考成法卻只能廢除。這不僅出於「去張居正化」的政治需要，也出於申時行自己的考量。在他看來，張居正除了有過度自信﹑嚴峻細刻﹑得理不讓人﹑生活作風不夠檢點等等問題外，最大和最根本的錯誤在於完全不懂如何治國。
當然，申時行沒有說過這句話，但應該認真想過考成法的初衷和利弊，結論是弊大於利，得不償失。事實上，稅賦能否如額徵收，盜匪能否按時捕獲，並不完全取決於官員的努力和能力。如果以此作為考評的條件，不是導致基層弄虛作假，就是逼得他們誣良為盜，這又豈是聖朝氣象？
就連提高行政效率，也沒有必要。帝國的治理目標原本不高，只要黎民不飢不寒，官員不吵不鬧，就是太平，那又何必提高能力和效率？相反，政令的雷厲風行，考績的公平認真，只會給文官集團帶來恐懼和不安。官不聊生必定朝野動盪，因此維持政府的低效和低能反而是人間正道。
太平無事，無事即太平。
於是，萬曆十五年考察京官時，申時行高抬貴手，網開一面，大小官員都得以各安其位，被罷免或降職的少到只有三十三個，且都供職於無關緊要的部門，算是考績制度得到嚴肅執行的一個象徵。結果上上下下好評如潮。sup/sup
朝廷走出了張居正的陰影。
申時行的好日子卻也到了頭。正如張居正不知道穩定比效率重要，這位和事佬也忘記了官場還需要洗牌。如果總不洗牌，就不會出現新的贏家，遊戲也就做不下去。何況朝廷養了一大幫言諫官員和監察官員，他們要盡職盡責就得找茬挑毛病，以至於這些人跟內閣竟勢同水火，相互為仇。sup/sup
其實早在萬曆十三年，對申時行的攻擊就開始了。有人企圖以壽宮（皇帝死後的陵墓）選址不當為由，要求申時行下臺，同時密謀另推三輔王錫爵繼任。幸虧二十三歲的皇帝並不糊塗，他憤怒地斥責那些人說，閣臣職在佐理，難道是風水先生？王錫爵則因為鬧事的有自己的門生，而宣佈引咎辭職。他說：大臣不能帥群臣，師長不能訓弟子，老成而為惡少年推薦，三條有一條，都該自己走人！sup/sup
陰謀這才未能得逞。
想想也真是可悲。海瑞以身作則，希望能夠以道德清除積弊，引來怨聲四起；張居正銳意革新，試圖運用法令振作精神，結果抗拒橫生；申時行妥協安撫，極力靠調和來維持團結，終至紛爭不已。他們都敗給了無形的敵人。
心灰意冷而且無力支撐的申時行只好辭職，第十一次時萬曆也沒好意思挽留，何況兩天前次輔許國已經離去。其實這時京城裡充滿緊張的氣氛，皇帝與廷臣鬧僵，左右逢源的和事佬也變成了千夫所指的受氣包。因為他們都陷入了一個大麻煩，以至於陛下對文官集團恨之入骨又無可奈何。他在此後拒不視朝，甚至不批奏章不補官，這是原因之一。
這個麻煩，就是立儲。
見《明史》之《申時行傳》和《宰輔年表二》。
這個資料由劉朋根據《明神宗實錄》和《萬曆起居注》統計。兩書所載不盡相同，也可能都有遺漏，但比例應該不會錯。
見《明史·申時行傳》。
見《明史·雒於仁傳》。
以上見樊樹志《萬曆皇帝傳》及其所引。
《明史·申時行傳》稱：章奏留中自此（雒於仁案）始。但《明史·神宗本紀一》又稱：萬曆十五年冬十月庚申，大學士申時行請發留中章奏。這裡不爭論。
見《明神宗實錄》卷一百四十九及《明史·申時行傳》。
見黃仁宇《萬曆十五年》及其所引。
見《明史·申時行傳》。
見樊樹志《萬曆皇帝傳》及其所引。