其實，對於海瑞的政績，許多人都不否認。
海瑞被免去應天巡撫之後，繼任人是朱大器。高拱和張居正都給朱大器寫了信，也都談到如何看待海瑞政策的問題。高拱和張居正雖然是政敵，也都主張罷免海瑞，但對海瑞的評價都很高，也相當一致。第一，他們都認為對海瑞不可全盤否定，高拱甚至開宗明義就說：「海君所行，謂其盡善，非也；謂其盡不善，亦非也。」第二，他們都認為海瑞的目的是「除弊」而動機是「為民」，只不過做法不妥。張居正甚至用替海瑞辯解的口氣說，「其施為雖若過當，而心則出於為民」，總之動機和出發點是好的。第三，他們都認為海瑞的政策只需調整不可推翻。張居正說得比較客氣，說：「霜雪之後，稍加和煦，人即懷春，不必盡變其法，以徇人也。」高拱則說得斬釘截鐵：「若於其過激不近人情處不加調停，固不可；若並其痛懲積弊、為民做主處悉去之，則尤不可矣。」這「尤不可」的一個「尤」字，說明高拱對海瑞的肯定要超過否定，甚至寧肯不否定海瑞的不足之處，也不能否定海瑞掃除積弊、為民做主的大方向。
看來，高拱和張居正這兩個人，還不能算是什麼壞人，更不是庸才。他們的頭腦都很清楚，度量也不算小。他們並不因為討厭海瑞這個人，就否定他的人品人格和他的正確方向，也不因海瑞已經罷官，就落井下石，窮追不放，非把他說得一無是處不可。兩位閣老，真有些「宰相肚裡能撐船」的味道。相比之下，海瑞的罵倒一切，倒顯得有些小家子氣。
高拱、張居正他們與海瑞的分歧，主要在方式方法上。高拱認為他「過激」，張居正認為他「過當」，海瑞自己則覺得還不夠。他曾對人既憂慮又憤懣地說：現在醫國的，只有一味藥：甘草。現在處世的，也只有兩個字：鄉愿！鄉愿也叫鄉原，孟子下的定義是：「同乎流俗，合乎汙世，居之似忠信，行之似廉潔，眾皆悅之，自以為是，而不可與入堯舜之道。」可見鄉愿就是虛偽、敷衍，四處討好，八面玲瓏，不講原則，表面上廉潔自律，實際上同流合汙。這樣的人，開出的醫國藥方，當然只是甜津津的甘草，治不了病，也治不死人。海瑞卻認為應該下猛藥。他給嘉靖皇帝上的奏摺，就是他下的猛藥，藥引子則是他自己的生命。他希望這味藥能使皇上猛醒，能使帝國振作。可惜，那位皇帝從身體到思想都已病入膏肓，終於一命嗚呼。難怪海瑞聽到訊息要號啕大哭了。他既是哭這位死去的皇帝，也是哭自己失效的藥方。
現在，海瑞好不容易才有了一個醫國的機會，自然不肯放過。因此他一到應天巡撫任上，便大刀闊斧，雷厲風行，甚至不怕矯枉過正。本來，徐階的田一退，他便應該見好就收。因為此事已經產生了影響，大地主沈愷等人見海瑞對徐階都毫不通融，也只好主動地把侵奪的民田退了出去。這時，誠如黃仁宇先生所言：如果海瑞「採取懲一儆百的方式，把徐家或其他幾家有代表性的案件廣事宣傳，以使借富欺貧者知所戒懼」，那麼，「他也許會在一種外張內弛的氣氛中取得成功」sup/sup。然而海瑞似乎並不懂得「一張一弛，文武之道也」的道理，他的工作熱情不但沒有稍減，反因初戰告捷而倍增。他不滿足於坐在巡撫衙門接受投訴（前面提到，這種投訴已達每月七八千件之多），還要親臨府縣聽取訴訟，一一過問，一一審理，一發而不可收，鬥爭的弦也就越繃越緊。
這樣一種工作熱情也是海瑞所獨有的。他本來就是工作狂，下車伊始，又發現要做的事千頭萬緒，真可謂百廢待興。海瑞深知，像他這樣既非進士出身又沒有後臺老闆的人，能官任封疆，是特例中的特例，唯有拼命工作，才能報答國家，不負皇恩。何況，這時他已經五十好幾，能做事的時間已不太多，亦所謂「時乎不待」。因此他有一種緊迫感，很有些韓愈當年「欲為聖明除弊事，肯將衰朽惜殘年」的味道。另外，他心裡也有數：天下沒有不散的宴席，也沒有不下臺的官，他海瑞就更是如此，只能在任一天就猛幹一天，能做多少事就做多少事。為了加快吳淞江治水工程的進度，他把行署設在工地，並斬殺了三個監工不力的吏員，把他們的屍體用席子捲起埋在行署廳前。結果，工程進展迅速異常。一個本想阻攔、陷害海瑞的巡按御史還沒來得及下手，工程便已完成，那個巡按也只好徒喚奈何，嘆息說「萬世功被他成了」。當然海瑞也讓人挖出了廳前的屍體，卻是三隻肥豬，而那三個吏員則被海瑞轉移藏匿在別處。
一項水利工程或許可以這樣加緊進行，政治工程可就沒有那麼簡單。現在看來，海瑞當時的處置可能是簡單了點。他受理的案件如此之多，事實上也不可能不簡單。可是他涉及到的問題，卻又十分複雜：丈量土地，清退農田，平反冤獄，整頓治安，興修水利，遣散募兵，重新整理吏治，考核官員，以及推行「一條鞭法」（一種新的賦稅制度）等，哪一件不是盤根錯節，牽一髮而動全身？然而海瑞的力量卻很單薄，既沒有明確的法律條款，又沒有得力的專門機構，僅憑一股政治熱情，外加對善與惡的道德直覺，就希望快刀斬亂麻，在一個早上把百年積弊清除殆盡，其不能成功也自不待言。
對海瑞的彈劾幾乎與海瑞在應天的改革同步進行，而且同樣出手極重，攻勢凌厲。給事中戴鳳翔甚至危言聳聽地說，在海瑞的治下，佃戶不敢向業主繳租，借方不敢向貸方還債，民間流傳的說法是「種肥田不如告瘦狀」。如果不是因為海瑞自己清廉到無可挑剔，他一定會被描述成周興、來俊臣那樣的酷吏。內閣也深為海瑞的做法憂慮。他們想起一個醫生，這個醫生曾給病人猛吃巴豆，還振振有辭地講什麼醫書上說「巴豆不可輕用」，當然要重用了。內閣覺得海瑞就是這樣一個醫生，應該迅速地將其從巡撫的任上召回，以免我們這個原本就病病殃殃的帝國被他過度的熱情醫得人仰馬翻。
海瑞決定向張居正求援。
海瑞在京時，大約與張居正有過接觸。在他看來，張居正這個人還是有頭腦的，不至於和那些尸位素餐的大員一樣都是婦人。這時張居正已入閣三年，為吏部尚書，武英殿大學士。因此海瑞希望張居正能出來主持公道。張居正和海瑞一樣，也主張革新政治，加強法紀，而且也討厭蘇（蘇州）松（松江）地主，然而對海瑞的求援卻表示無能為力。他給海瑞回信說：「三尺之法不行於吳久矣。公驟而矯以繩墨，宜其不堪也。」sup/sup他還說，現在朝廷對海瑞的議論，是「訛言沸騰，聽者惶惑」。所以他雖然忝列廟堂之末，也慚愧不能為奉法之臣說幾句話。
張居正這封信歷來頗受譴責，認為他陽為同情，陰為譴責，虛偽得很。我卻認為張居正所言句句是實。當時朝廷上下確實已視海瑞為眼中之釘，必欲去之而後快，張居正幫他說上幾句也無濟於事，何況還不以海瑞的做法為然？當然不能怪他不援手。
那麼，張居正自己做得又如何呢？好像也不怎麼樣。
張居正應該算是明代最有名的政治家之一。他在萬曆皇帝登基那年（西元1572年）採取突然襲擊的方式，以迅雷不及掩耳之勢擊倒首輔高拱，到萬曆十年（西元1582年）去世，擔任元輔兼帝師十年之久。去世前九天，被加封太師銜，成為有明一朝生前獲此殊榮的唯一一人。這十年間，萬曆皇帝其實不過只是他的學生（萬曆登基時九歲），慈聖皇太后對他又恩寵信任到無以復加的程度，所以這十年間的皇帝聖旨和太后懿旨，不過是他張居正的旨意。滿朝文武，也大多是他提拔、栽培的私人。這樣的權勢，海瑞當然不敢望其項背。
不過張居正和海瑞的地位權威雖然懸殊，兩人的作風卻頗多相似之處。比如都勇於任事，認真負責，一絲不苟，雷厲風行等等，只是張居正比海瑞少了廉潔，多了權謀。張居正的政治才能是毋庸置疑的，他的個人魅力也很讓人傾倒。他聰明絕頂，機敏過人，博聞強記，明察秋毫，而且重禮儀，修邊幅，裡裡外外都表現出一個賢相應有的風度。隆慶去世時，他與高拱同在內閣。高拱是首輔，他是次輔。因為明代沒有宰相制度，只有閣臣制度，因此次輔也略為有些「第一副總理」的意思。但當時的廷臣們，都很厭惡高拱這個一號閣臣，而對二號閣臣張居正有好感。張居正為了排擠高拱，由宦官馮保穿針引線，與萬曆的生母李貴妃達成政治上的秘密協定，條件是尊李貴妃為「慈聖皇太后」，與萬曆的嫡母「仁聖皇太后」兩宮並尊。這種向為正派臣僚不齒的行徑，居然也得到了諒解。張居正當時人緣之好，威望之高，可見一斑。
小皇帝萬曆對張居正也是既敬且畏。萬曆皇帝名叫朱翊鈞，萬曆是他的年號，死後的廟號是神宗。明以前，一個皇帝的年號有許多，其中尤以武則天的年號為最多，有時一年之中要改好幾次，因此歷史上習慣用他們的諡號或廟號來稱呼，比如漢武帝、唐太宗。明清兩代的皇帝只有一個年號（唯明英宗朱祁鎮因兩次登基而例外），人們也就習慣於用年號來稱呼，如明的萬曆，清的雍正。萬曆和他的兩位母親對張居正有著特殊的尊重，稱他為「元輔張先生」。因為張居正幫他們孤兒寡母除掉了驕橫跋扈、有不臣之心的首揆（即首輔、元輔）高拱。其實這事是張居正和馮保的陰謀。馮保把高拱哭靈時說過「十歲的太子，如何治天下」的話，稍加改動，變成「十歲的孩子，如何做天子」，傳到後宮，使兩宮太后大為震驚，萬曆皇帝也陡然變色。於是，在張居正的精心安排下，高拱在一個早晨突然被褫奪全部官銜職位，驅逐出京，遣返原籍，交地方嚴加管束。據說當時跪在百官最前列的高拱如遭雷擊，癱倒在地，不能動彈，最後還是在張居正的攙扶下，才得以蹣跚出宮。
張居正有勤王保駕之功，加上他是那樣的儀態莊重，道貌岸然，聰明睿智，博學多才，每一句話都說得那麼在理，每一件事都辦得那麼得當，每一項舉措也那麼合理和得體，讓十歲的小皇帝和那兩個婦道人家佩服得五體投地，也就理所當然地成為國政的總設計師和皇帝的總教育長。
然而張居正的下場，卻比海瑞慘得多。他去世半年後，就遭到了全方位的揭發和批判，罪名有欺君毒民、收受賄賂、賣官鬻爵、任用私人、放縱奴僕，以及結黨營私、把持朝政、居心叵測，甚至還有人告他妄圖篡位謀反。兩年後，即萬曆十二年（西元1584年），他的家財被抄了個一乾二淨，長子也在所謂「追贓」的過程中自殺。四個月後，又正式宣佈了他的罪行，一共五項：誣衊親藩，侵奪王府，鉗制言官，蔽塞聖聰，專權亂治。有如此罪行，本當剖棺戮屍，姑且加恩寬免，但他的弟弟和兩個兒子被送到煙瘴地面充軍。
張居正是否果真犯有上述罪行，是一個既說不清又不重要的問題，因為在中國古代的政治鬥爭中，一個頭麵人物身敗名裂的真實原因，總是會被一系列似是而非而又冠冕堂皇的說法所遮蔽。張居正由「萬人稱頌」一變而為「萬人唾罵」，真正的原因其實同海瑞罷官一樣，是得罪了官場全體。不過海瑞只是壞了官場的規矩，張居正卻幾乎是要砸官們的飯碗。同海瑞一樣，張居正也認為帝國積弊甚多，非予以重新整理不可。所不同者，在於海瑞的念頭，是要為民做主，因此更注意廉政；張居正的目的，卻是要富國強兵，因此更注意效率。反腐倡廉，只要弘揚道德精神和恢復洪武成憲就行了；而要提高國家機器的運作效率，則非得變法不可。變法，就一定會觸及整個官場的神經系統，損害相當多人的既得利益和將得利益，使許多人升官發財的計劃泡湯。所以，張居正的「官憤」更大。
至少有兩件事使張居正遭到文官們的痛恨。
第一件事，是他曾用皇帝的名義責令地方將所欠的稅收按照規定全部繳足。這道命令表面上看並無不妥之處：種田納稅繳皇糧，自古以來就是天經地義的事。如果沒有繳足，當然要補繳，除非遇到天災，朝廷特令減免。然而實際情況卻是全國各地，無論窮縣富縣、災年豐收，稅收都一律拖欠。其原因大體上是這樣的：本朝一千一百個縣，自然情況大不相同，因此各縣的稅額乃至稅率，都不相同。據說一個富裕縣份的稅糧總數，竟可以是一個窮僻貧困縣份的三百到五百倍。這就會引起心理上的不平衡。在貧困縣，人們的納稅意識往往都很低。在他們看來，既然享受低稅優惠是天經地義的，拖欠一些稅糧也不算什麼。因為誰都知道他們窮，繳不起。即便什麼稅都不繳，與富裕地區相比，生活水準的高低優劣也不可同日而語，真要繳足了，還過什麼日子？再說，稅率和稅額本來就很低，即便都繳齊了，也沒多少，何必斤斤計較呢？我們帝國地大物博，財大氣粗，還在乎咱這兩個小錢？富裕地區從牙縫裡省一點就有了。貧困地區的地主和農民既然都作如是觀，自然能拖就拖，能賴就賴。
富裕地區的農民和地主則是另一種想法。他們認為，既然「普天之下，莫非王土，率土之濱，莫非王臣」，就該一視同仁，公平對待，憑什麼他們就該多繳稅糧，別人就可以少繳？窮縣地少人稀，稅糧總額少一些不足為奇，但稅率不該兩樣。事實上卻相差很大。比如蘇州府的田賦，大約佔農村收入的20%，而山東曹縣只佔9%，溧陽更少，約在1%到5%之間。溧陽與蘇州相去不遠，稅率之懸殊卻有天壤之別，難怪蘇州人心裡要不平衡。況且，富裕地區哪怕只繳60%的稅糧，數目也已遠遠超過貧困地區的總和，貢獻已經很不少了。餘下的數額，自然也是能拖就拖，能賴就賴。
結果，無論窮縣富縣，都只能收到六成的稅糧，剩下四成的收繳，也就成了永無期日的事情。這個數目也是有講究的。誰都知道，抗繳稅糧是犯王法的事。田主既不能一點都不繳，地方官也不能一點都收不上來，否則便烏紗難保。但如果收繳了六成，已在半數以上，就不好說民抗稅而官無能了。因為有這個數目墊底，大家都有恃無恐，則拖欠剩下的四成，也就成了官民之間心照不宣的約定俗成。
還有一點也很重要，這就是百姓繳納稅糧，在法定的數字以外還有約定的附加。比如糧米在轉運儲存的過程中難免有所損耗，碎銀重鑄為元寶也難免有損耗。為了彌補這些虧損，收繳稅糧時就要有所附加，稱為「米耗」和「火耗」。這些附加的「常例」，其實是各級官吏的額外收入，連海瑞也有一份，只不過海瑞宣佈自己不收而已。但其他地方官則沒有不收的。事實上一個地方官只要不在「常例」之外再巧立名目，就會被公認為清官。因為如前述，本朝官吏的薪俸極低，正二品大員的年俸竟然只有紋銀一百五十二兩，根本就入不敷出。他們要想維持稍微體面一點的生活，都不能不有些額外的「灰色收入」。在京官，主要靠地方官的「孝敬」；在地方官，則少不了這一份「常例」。所以，這份收入，雖然認真說來要算貪墨，卻又公認合理合法，至少正常，故曰「常例」。一種制度居然會導致「合法的貪汙」，這種制度本身的合理性就大成問題了，但沒有人敢對制度表示懷疑。