時局在不斷地變化。蘇軾在黃州書生意氣依舊，寫下前後《赤壁賦》和《念奴嬌·赤壁懷古》這樣的名作，很有借古人情懷澆心中塊壘的意思。蘇軾在黃州呆到第五年年底的時候，一道意味深長的旨令傳了下來，令他從黃州團練副使改調汝州（今河南省臨汝）團練副使。汝州離京師較近，對於仕途敏感人士而言，這或許是接下來進一步升遷的暗示。但蘇軾自「烏臺詩案」後，對仕途浮沉已有所戒備。他北行至常州時，向皇帝上《乞常州居住表》，想在常州居住下來，不敢再往北走。神宗同意了。這是發生在元豐八年（西元1085年）年初的事情，蘇軾的仕途及人生晃盪在半空中，將上未上，將下未下，可謂前途未卜，禍福難料。畢竟神宗真的想重新啟用蘇軾的話，是斷不會讓他在常州居住下來的。他等於是發出了一個含義模糊的旨令，在用與不用蘇軾之間自個在那裡糾結。的確，「烏臺詩案」後，蘇軾作為標籤式的人物，發生在他身上的哪怕細微變化，都標誌著政策風向標的可能轉向，從而牽一髮而動全身，導致時局大變。在這一點上，神宗皇帝顯然很小心，不敢貿然行事。
但世事的弔詭之處在於，不是所有的謎面都暗藏一個謎底。元豐八年（西元1085年）三月，蘇軾剛剛在常州居住下來，神宗就去世了。京師的鉅變悄然發生，哲宗皇帝繼位，而後面的操盤手卻是宣仁太后。她開始了垂簾聽政。這其實是路線之爭，也是人事之爭。司馬光上臺，出任宰相，變法派人物呂惠卿、章惇、蔡確、呂嘉問以及呂大防、梁濤、劉安世等王安石的追隨者被罷黜，文彥博、呂公著、劉摯、王巖叟等支援司馬光路線的人士頂替了前者的位置。「元祐更化」開始了。得益於這個時代的人物當然還有蘇軾。在神宗去世兩個月後，蘇軾就感受到了來自京師的異動——他先是被命知登州（今山東省蓬萊市），做了登州市市長。可到任才五天功夫，朝廷的紅標頭檔案下發，令他火速回京任禮部郎中；十五天後，火速提拔為起居舍人，這起居舍人是記錄皇帝日常行動與國家大事的官，是為天子近臣。一百天後，蘇軾升為中書舍人，隨後再升為翰林學士，知制誥，與皇帝的距離走得更近了。第二年，蘇軾又被宣佈任為皇帝的老師，在仕途上的發展勢頭，一時無兩。
當然，就像沒有無緣無故的罷黜一樣，也沒有無緣無故的提拔。在蘇軾火箭般升遷速度的背後，有兩個人物起了關鍵作用。一是宣仁太后。她在解釋箇中緣由時說：「此先帝（神宗）意也。先帝每誦卿文章，必嘆曰：‘奇才！奇才！’但未及用卿耳。」另一個人物便是司馬光了。司馬光組閣，需要一大批得力的人才。在當時，趙彥若、傅堯俞、範祖禹、粱燾、韓宗道、朱光庭、王存、趙君錫、唐淑問等人都被他推薦到中央國家機關工作，而蘇軾則是其中的重要一位。前文提及，蘇軾在徐州詩贈《獨樂園》給司馬光，雖然讓後者也受了一點處分，但恰恰說明兩人在政見上還是相同，可以一起共事。
只是接下來的橋段卻在意料之外。蘇軾竟然要反對司馬光「廢除免役法，恢復差役法」的政治主張。這一點讓司馬光大跌眼鏡，因為王安石時代，蘇軾是一直反對免役法的，現在司馬光上臺，「撥亂反正」，蘇軾應該大力支援才對，可蘇軾卻認為免役法雖然有一些問題，但到底推行了十幾年，取得一些實效，加以修正後還是可以繼續採用的。在司馬光的政事堂，中書舍人蘇軾據理力爭，做著只有一個純粹的書生才可能做得出來的事情。接下來蘇軾我行我素，在司馬光之外硬是搞出了《給田募役法》，並且建議宣仁太后在河東、河北和陝西三路試點，看看可否推行。司馬光冷眼旁觀蘇軾的我行我素，礙於自己的身份不便強行反對，但他的追隨者侍御史王巖叟、右司諫王覿、殿中侍御史孫升和監察御史上官均等人紛紛站出來指責蘇軾變亂成法，居心不良。這其中王巖叟認為蘇軾《給田募役法》存在十個方面的弊端，不同意在河東、河北和陝西三路試點。宣仁太后不置可否，這事也就這麼拖了下來。蘇軾到底是不懂政治，所作所為既見惡於舊黨，也不容於新黨，實際上他的位置很尷尬。
恰在此時，學土院風波發生，蜀洛黨爭成形，進一步加劇了蘇軾的尷尬處境。實際上在學土院風波里，蘇軾只是一顆被利用的棋子，在新舊兩派的權力博弈中充當催化劑，從而使他開始被邊緣化，為其再一次離開中央到地方工作埋下伏筆。這場風波的起因其實很簡單，緣自於蘇軾為「試館職」考試擬定的一道策問題，名曰：「師仁祖之忠厚，法神考之勵精」。左正言朱光庭望文生義，認為該題暗含「今朝廷欲師仁祖之忠厚，而患百官有司不舉其職，或至於愈；欲法神考之勵精，而恐監司守令不識其意，流入於刻」之意，斷定蘇軾有影射仁宗、神宗兩朝皇帝業績之嫌。他建議宣仁太后「正其（蘇軾）罪，以戒人臣之不忠者。」但右司諫呂陶站在了蘇軾一邊，上書彈劾朱光庭，認為他的發難是因為蘇軾曾經戲謔過朱光庭的老師程頤，此舉為公報私仇，也是「烏臺詩案」後又一次文字獄的發端，必須嚴正視聽，勿使忠良受誣。宣仁太后發話，說：「詳覽（蘇軾）文意，是指今日百官有司、監司守令言之，非所以諷祖宗也。」（見《宋史·朱光庭傳》）
事情到了這裡，本來可以告一個段落了，但誰知學土院風波愈演愈烈。司馬光的支援者御史中丞傅堯俞、侍御史王巖叟等也紛紛上書，強烈要求治蘇軾之罪。這裡頭其實有一個背景存在，那就是朱光庭和傅堯俞、王巖叟一樣，都是忠於司馬光的勢力。朱光庭能做左正言這一官職，是司馬光推薦的結果。他任職後也知恩圖報，提議罷去提舉常平官、保甲青苗等法；彈劾蔡確為臣不恭、章惇欺罔肆辯、韓縝挾邪冒寵，為司馬光定調時局立下大功。而現在他彈劾蘇軾折戟沉沙，傅堯俞、王巖叟等人自然不同意。至此，黨爭逐漸成形，傅堯俞、王巖叟跑到宣仁太后面前攻擊蘇軾和呂陶不法，而蘇軾為避嫌，不再去翰林院上班，並且上書太皇太后，請求解除職務。這場黨爭的結果是元佑四年（西元1089年），蘇軾以龍圖閣學士的身份出知杭州——再次從中央貶到地方去工作了。蘇軾在杭州寫下一首意味深長的詩說「到處相逢是偶然，夢中相對各華顛。還來一醉西湖雨，不見跳珠十五年。」十五年恍然一夢，終點又回到起點，看似匪夷所思，其實一切自有緣由。這個仕途上的書生真是不懂政治，將書生理想與人事規則對立起來，結果是自己很受傷。