溫體仁在崇禎十年六月下臺之前，百官們對他的彈劾接二連三。崇禎七年（西元1634年）五月，刑科左給事中黃紹傑上疏彈劾溫體仁「庇私人，用貪穢，黜錮正直；私受賄賂多至萬金；其私邸兩被盜，丟失黃金寶玉無數，匿不敢言」，黃紹傑稱，在這樣一個奸相秉政期間，帝國的局面是天怒人怨，無歲不幹旱，無日不風霾，無處不「盜賊」，無人不愁怨。他建議崇禎皇帝罷去溫體仁。但是溫體仁沒被罷，黃紹傑自己卻被降級使用了。
崇禎十年五月，準備提拔為刑科都給事中的傅朝佑還在臨川老家未抵京報到時，便憂國憂民地上疏彈劾溫體仁的六大罪：「得罪於天子；得罪於祖宗；得罪於天地；得罪於封疆；得罪於聖賢；得罪於心性。」結果，溫體仁沒被被判罪，他自己先被判罪了。史載，奏疏呈報後，「帝怒，下獄按治。」意思是傅朝佑因為言行衝撞首輔而被關進大牢。崇禎皇帝「遭瘟之深」由此可見一斑。
但溫體仁不知道，一個月後，他倒臺的序幕就悄悄拉開了。這事算起來其實源於溫體仁狠辣的性格，那就是把對手往死路上逼，以致於被反戈一擊，最終栽倒。不錯，溫體仁瞄準的目標依然是錢謙益。事實上，錢謙益革職為民後，「閒住」家鄉常熟已有七年時間。七年來，錢謙益沒對溫體仁做出任何挑釁的舉動，低調做人，但溫體仁卻沒有忘記他。畢竟是多年政敵，溫體仁認為，錢謙益一有機會，東山再起也不是不可能的。所以為了一勞永逸溫體仁在這一年（崇禎十年）對錢謙益進行了「清理行動」，指使常熟知縣衙門的師爺張漢儒告「御狀」，抨擊錢謙益以及受牽連罷官的瞿式耜在鄉間橫行不法，作惡多端。罪狀多達五十八條，什麼走私貿易、霸佔他人田地和住宅等，「御狀」中更指錢謙益的門生故舊遍佈朝廷各個部門，而他本人有「遙柄政事，退而不休」之嫌。這個政治罪名比起經濟罪名來更加嚴重，當然也是溫體仁居心叵測之所在。作為一個仕途老者，溫太知道如何攻擊對手的命門了。「御狀」上呈後，溫體仁立即代擬聖旨：令三法司逮錢謙益、瞿式耜關入刑部監獄，嚴加詢問。
接下來的局面一度十分有利於溫體仁。崇禎皇帝繼續遭瘟：江南巡撫張國維、巡按路振飛緊急上疏，為錢謙益鳴冤叫屈，皇帝置之不理；錢謙益在獄中上疏自辯，指溫體仁指使親信，陰謀陷害自己，皇帝還是置之不理。如此看來，錢謙益死罪難逃了。但關鍵時刻，他所託的一個人扭轉了局勢的進展方向。此人便是司禮監太監曹化淳。因為錢謙益早前曾為司禮監太監王安寫過墓誌銘，而曹化淳出於王安門下，錢謙益現在有難。曹化淳還是不忍坐視不管的。
其實事情到了這個地步，溫體仁如果適時收手，仕途也無大礙。畢竟崇禎皇帝「遭瘟」甚深，溫體仁即便指使親信，陰謀陷害錢謙益事敗，也不是什麼大問題，打個馬虎眼就過去了。但溫體仁的失策之處在於，他暗使他人出面誣陷錢謙益花了四萬兩銀子求救於曹化淳。這就等於變相揭發曹化淳受賄了。曹化淳是何等人物？他十二三歲入宮，深受司禮太監王安賞識；後入信王府陪侍五皇孫朱由檢也就是現在的崇禎皇帝，極受寵信。崇禎上位撥亂反正時，曹化淳受命負責處理魏忠賢時的冤案，平反昭雪兩千餘件，一時間為崇禎朝贏得仁和的清名，崇禎對他那是深為信任和倚重。曹化淳被誣指受賄後，主動向皇帝請求查辦此案。最終反戈一擊，向崇禎直指溫體仁結黨營私。溫體仁的政治生涯開始進入倒計時。史料記載，曹化淳「乃盡得漢儒奸狀及體仁密謀，疏上，帝始知體仁有黨，遂命漢儒等立枷死。」
張漢儒被殺其實是殺給溫體仁看的，但要命的是溫體仁卻執迷不悟，住進湖州會館（湖州人的同鄉會），向皇帝「引疾乞休」。溫體仁以為，崇禎一定會挽留自己的，畢竟他在內閣頻繁的人事變動中穩居首輔要職達八年之久。皇帝若不信任他，信任誰呢？但崇禎十年六月十一，溫體仁「得旨罷免」。一年之後，76歲的他就離開了人世。故事說到這裡，或許應該結束了，但世事難料，溫體仁死後還演繹了一段尾曲，並且有些出人意料。因為崇禎突然間又「遭瘟」了。他接到溫體仁訃聞，又念起此公之好來，竟然下旨贈與溫體仁太傅頭銜，諡號「文忠」（溫文忠公），似乎並不認可溫體仁生前「有黨」這樣一個事實。一個仕途上最具迷惑力的人物，在死後還能再「擺弄皇帝一道」，說起來也令人啞然失笑。
仕途中人林林總總，在《明史》中獲「機深刺骨」評價的溫體仁真稱得上是一大角。