1857年47歲咸豐七年
3月，曾國藩自江西回籍奔父喪。
8月，清廷允曾國藩請，開兵部侍郎之缺在籍守制。
1858年48歲咸豐八年
7月，清廷命曾國藩馳赴浙江辦理軍務。
11月，李秀成軍抵安徽三河鎮，合陳玉成軍大敗湘軍，李續賓自盡，曾國華等六千餘人皆戰亡。
1859年49歲咸豐九年
11月，官文、曾國藩、胡林翼等會奏四路攻皖之策，分由曾國藩、多隆阿、胡林翼、李續宜統之。
1860年50歲咸豐十年
5月，曾國藩輯錄《經史百家雜鈔》二十六卷，「取精用宏」，「盡掄四部精要」。
8月，清廷實授曾國藩兩江總督，並命為欽差大臣督辦江南軍務，大江南北諸軍均歸節制。
12月，祁門大營兩度被困，太平軍距大營僅20裡，危險萬狀。
1861年51歲咸豐十一年
9月，曾國荃率部攻陷安慶。以安慶克復，清廷加官文、胡林翼太子太保，曾國藩太子少保，曾國荃布政使銜以按察使記名。
11月，詔命曾國藩統轄江蘇、安徽、江西、浙江四省軍務，所有四省巡撫、提督以下各官悉歸節制。
1862年52歲同治元年
1月30日，清廷命兩江總督曾國藩為協辦大學士。
4月，李鴻章率軍抵上海。
5月，曾國荃率軍進駐雨花臺，會同彭玉麟的水師圍攻天京。
12月，其弟曾國葆病死於雨花臺湘軍大營。
1863年53歲同治二年
11月，彭玉麟、鮑超水陸各軍攻佔高淳縣東壩鎮。至此，太平天國首都天京的所有物資補給通道全部被切斷。
1864年54歲同治三年
6月1日，太平天國天王洪秀全在天京病逝。
7月19日，湘軍攻克江寧。太平天國運動失敗。
8月，以克復江寧省城，清廷賞加兩江總督曾國藩太子太保銜，賜封一等侯爵；浙江巡撫曾國荃太子少保銜，一等伯爵；湖廣總督官文賜封一等伯爵；江蘇巡撫李鴻章賜封一等伯爵。
8月15日，曾國藩奏準裁撤湘軍。
1865年55歲同治四年
5月23日，清廷以詔命曾國藩赴山東督師剿捻，以李鴻章暫署兩江總督。
5月28日，詔命欽差大臣曾國藩督辦直隸、山東、河南三省軍務，所有三省旗、綠各營及地方文武員弁，均歸節制。以李鴻章署兩江總督。
10月，曾國藩將金陵製造局遷往上海虹口，和李鴻章原設的炮局及購自美國人的鐵廠合併，再加上容閎購回的百餘部機器，建成江南製造總局。
1866年56歲同治五年
11月，曾國藩以病難速痊及「剿捻」無效，奏請開協辦大學士、兩江總督缺，並請另簡欽差大臣接辦軍務，登出一等侯爵襲職。
11月26日，上諭：李鴻章暫署欽差大臣，湘、淮各軍均歸節制。曾國藩賞假一月，在營調理，自請暫行登出封爵，著毋庸議。
12月7日，清廷命曾國藩回兩江總督任，授江蘇巡撫李鴻章欽差大臣，專辦剿捻軍事。
1867年57歲同治六年
5月，曾國藩會同李鴻章將江南製造總局由虹口遷往高昌廟，徵地擴建，規制大增。
6月，清廷命曾國藩補授體仁閣大學士。
1868年58歲同治七年
4月，清廷改授曾國藩為武英殿大學士。
8月，劉銘傳等大敗西捻軍，捻軍起義至此失敗。
9月，清廷調曾國藩為直隸總督。江南造船廠試製的第一艘輪船駛至江寧，曾國藩登船試航，取名「恬吉」。
1870年60歲同治九年
6月，清廷詔命曾國藩赴天津辦理天津教案。曾國藩到天津後，考量當時局勢，沒有與法國開戰，接受了一系列屈辱要求，成為其個人生平上一大遺憾。
1871年61歲同治十年
9月3日，曾國藩上幼童赴洋學習章程折到京。
1872年62歲同治十一年
2月27日，曾國藩領銜上奏，促請「派遣留學生一事」儘快落實，並提出在美國設立「中國留學生事務所」，在上海設立幼童出洋肄業局。
3月12日，午後，曾國藩至官署西花圃散步，突發腳麻之症，由曾紀澤扶掖回到書房，端坐三刻逝世。清廷聞曾國藩哀訊，輟朝三日。追贈太傅，諡文正。
7月19日，葬於長沙南門外之金盆嶺。次年12月13日，改葬於善化縣（今望城區）湘西平塘伏龍山。與夫人歐陽氏合葬。