第二年，也就是康熙四十八年（1709年），康熙決定復立胤礽為太子，三阿哥胤祉、四阿哥胤禛和五阿哥胤祺則同時被封為親王。康熙還頗動感情地說：「自去年九月，不幸事出多端，朕深懷愧憤，以致心神損耗，形容憔悴。其他人不過尋常虛語，別無良法。惟貝勒胤祉、胤禛特至朕前痛哭陳請：‘皇父聖容如此清減，不令醫人診視，進用藥餌，徒自面前耽延，萬國何所依賴！臣等雖不知醫理，願冒死擇醫，令其日加調治。’」
在康熙五十一年（1712年）太子胤礽再度被廢后，康熙對胤祉更加信任，父子關係也相當不錯，康熙每年都會去胤祉的私家花園參觀一次到兩次，和胤祉的家人喝喝小酒，聊聊家常，共敘天倫之樂。當時能請得動老爺子的，除胤祉外，也只有四阿哥胤禛了。
搞政治的人未必比搞學術的人更聰明，但學術搞得好的人大多不能去搞政治，胤祉即為一例。胤祉雖然文化素質高，且文武雙全，但康熙似乎並不看好他在政治上的前途。在康熙的眼裡，胤祉雖然聰明，但似乎缺乏一種政治家的魄力，而這也許是胤祉的性格至柔所決定的。
正所謂「術業有專攻」，胤祉在政治方面缺乏悟性，但他在學術方面的確幹得不錯。康熙五十二年（1713年），胤祉奉命在熱河避暑山莊設立纂修館，負責修書。經過一年多的努力，胤祉等人將康熙親撰的《律呂》編製成《御製律呂正義》，這是一本音樂方面的叢書，後來在乾隆年間得到補充，保留了中國古代很多音樂方面的原始材料。
編完《御製律呂正義》後，胤祉等人又受命編纂了《曆象考成》和《數理精蘊》，這兩本分別是曆法和數學方面的著作。康熙在天文曆法和數學方面頗有造詣，《曆象考成》這本書也是康熙親撰的初稿，《數理精蘊》在編纂過程中也經過了康熙的指導。這兩本書和前面的《御製律呂正義》，都是中國古代科技史上重要的文獻。為修好《曆象考成》這部新曆法，胤祉還特意派人到廣東、雲南、四川、浙江等地去實地測量日影，以取得第一手的資料。在康熙的這些兒子裡面，也只有胤祉繼承了康熙在學術方面的興趣和能力。
胤祉最大的成就並不是這三本書，而是編纂《古今圖書整合》。《古今圖書整合》是繼明朝《永樂大典》之後的大型叢書，由胤祉領導翰林陳夢雷等人完成。早在康熙三十七年（1698年），陳夢雷在胤祉府上任侍讀學士時，他發現胤祉家裡有很多藏書，由此產生了一個念頭，想把這些書分門別類，編成一套叢書，既可方便查詢，提高利用率，也免得一些珍貴的書籍流失。
胤祉本是愛書之人，他聽後拍手叫好，全力支援。在胤祉的幫助下，陳夢雷便開始按經史子集等名目編寫目錄和凡例，由於書的數量眾多，陳夢雷編輯了十幾年，才算弄出點眉目來。後來，胤祉將此事稟告康熙，康熙聽後也非常支援，並委派胤祉和陳夢雷兩人負責設立蒙養齋館，並招收了八十名學者來編纂一個更大規模的叢書，這就是後來的《古今圖書整合》。
為鼓勵他們做好這項工作，康熙還特意賜給陳夢雷一副對聯：「松高枝葉茂，鶴老羽毛新。」當時進館的，還有桐城學派的創始人方苞等著名學者，館中人才濟濟，頗有文治氣象。到康熙五十九年（1724年），編纂工作基本完成，但即將要刊印時，不巧遇到康熙去世，事情發生了變故，這是後話。
當然，也有人認為胤祉其實也是覬覦大位的，只不過不像他的那些兄弟們咄咄逼人罷了，當時有個「孟光祖事件」就是證明。孟光祖是胤祉府上的人，康熙末年也就是胤祉最受康熙青睞時，他曾打著胤祉的名號到地方各省（如陝西、四川、江西、廣西等地）活動。按當時的制度，皇子及其屬人離開京師的話，需要批准登記，而孟光祖在地方上行走的話，應當具有勘合（相當於介紹信），地方官府才能給予接待。但是，孟光祖居然沒有任何證明檔案，在各省間依舊是通行無阻，這要是沒有地方官員的配合，恐怕是做不到的。
孟光祖在各省活動時，還經常以胤祉的名義給地方督撫大員饋贈禮品，譬如他曾給當時的四川巡撫年羹堯送過禮物，年羹堯則回贈了馬匹、銀兩等；去江西時，江西巡撫佟國勷也曾經回贈過銀兩、綢緞。按規定，阿哥們和地方上的饋贈往來，地方官員應當上奏朝廷備案，但當時這些地方官並不想得罪胤祉，所以孟光祖活動了數年之久，後來才被發覺。康熙得知此事後，派人將孟光祖捉拿正法，佟國勷被革職，年羹堯也受到革職留任的處罰。
但是，康熙也只是將孟光祖處死了事，並沒有再去追究孟光祖到底在下面都幹了什麼。不僅如此，康熙還特意對供職於蒙養齋館的魏廷珍說，你「每日和三阿哥在一起修書，若有此事，即當以身命保之」。康熙的意思是，萬一有人問起孟光祖的事情，就讓魏廷珍以修書的事情為由，幫胤祉頂一頂，不要把胤祉牽連進去。很顯然，晚年的康熙並不希望政治鬥爭牽連太大，特別是牽扯到胤祉身上。
由於「孟光祖事件」沒有進一步追查，所以胤祉到底有沒有派人去下面爭取地方大員的支援，這事尚難定論。不過，孟光祖作為胤祉府上的屬人，在下面活動了好幾年，胤祉說自己一點都不知道，恐怕也是說不過去的。
總體而言，三阿哥胤祉並沒有很明顯地表現出要爭奪儲位的跡象，也許他心裡也清楚康熙對自己的定位，因而一直是以學者的形象出現。但是，在康熙的最後十年中，胤祉始終受到信任，這也是不爭的事實。事實上，即使胤祉一直想明哲保身，不參與儲位的爭奪，但他作為大阿哥和太子胤礽被廢后最年長的皇子，加上他的才華和與康熙的親密關係，各種流言蜚語仍舊充斥坊間，一些人也認為胤祉很可能是「儲位之爭」中的最大「黑馬」。
正因為如此，雍正（四阿哥胤禛）即位後，也曾指責胤祉在胤礽被廢后，「以儲君自命」，「希冀儲位」，這或許與之前的流言有關。但凡搞政治的人，總是把那些具有實力的人當作自己的對手，從來不管別人心裡想什麼，此所謂「楚人無罪，懷璧其罪」，胤祉無意，雍正有心，想逃哪那麼容易？