雍正說大阿哥允禔妒忌允祥，這有點立不住腳，因為當時允禔的最大敵人是太子允礽，而允祥當時不過二十三歲，並沒有什麼勢力可言。但若說允禔陷害允祥，雍正又沒有具體說明細節。以康熙的睿智和能力，一般的陷害斷難得逞，因此極有可能是允祥有什麼把柄落在允禔或者康熙手裡了，這才導致允祥遭到這麼嚴厲的處罰。
當然，也不能排除雍正嫁禍於允禔的可能，特別是在結合雍正即位後對允祥的過度熱情和超親王待遇，雍正的舉動更是讓人覺得詫異。如此看來，在康熙四十七年的廢太子事件中，似乎又和雍正有莫大的關係。或許，更大膽的推測是，允祥當時當了雍正的馬前卒，甚至可能替雍正背了黑鍋！不然，為何在《清聖祖實錄》中對允祥的記載遮遮掩掩，而修實錄的張廷玉卻能配享太廟？{1}
直到康熙六十一年（1722年），允祥重新出現在隨駕名單中。雍正即位後，允祥的地位更是如火箭般快速上升，成為雍正初期最為耀眼的政治明星。他很快被封為怡親王、總理事務大臣，並管理戶部三庫及其戶部事務等。由此，允祥便在雍正的領導下，成為雍正朝初期炙手可熱的第二號人物。
允祥的第一件事是領導清查虧空。雍正在即位前查辦京倉時便已知悉朝廷的財政其實都是數字遊戲，多年的虧欠已使朝廷財政危如累卵，於是他派允祥親自出馬，加以嚴查。允祥接手這個事情後，毫無容情，就算是皇親國戚，也決不姑息。比如，他追索十二阿哥允祹在內務府上的虧欠，逼得這個兄弟把自己家裡的傢俱、器皿都拿到街上去賣，以此來償還虧空。十阿哥允礻我也被追索了幾萬兩銀子，最後連家都被抄了。
總的來說，允祥的才幹還是很突出的，在這幾年裡，他整頓和完善了戶部的管理制度、總理京畿的水利營田事務、經辦兩淮鹽務、督辦工部圓明園營造等諸多事務。另外，允祥還負責了宗室內部的事務，「凡宮中府中，事無鉅細，皆其一人籌劃料理，無不精詳妥協」。在處理雍正臨時加派的任務時，允祥也能讓雍正感到滿意。雍正七年(1729年)設立軍機處後，允祥出任了首席軍機大臣，可謂是如日中天，權傾一時。
在雍正即位後的前幾年裡，允禩成為他的左膀右臂，經常代雍正傳旨發令，代表雍正辦理各種事務，雍正對他信任有加，大加讚賞。三年服制期滿後，雍正召叢集臣討論四位總理事務大臣的功過，結果允禩被評為無功有過，允祥則是無過有功，雍正還賞賜給允祥一個郡王的爵位，讓他隨便挑個兒子去承襲。但允祥堅決推辭，雍正沒辦法，只好給他加了一萬兩的俸銀。
雍正四年（1726年）七月，由於允祥政績卓然，雍正親自寫了一個匾送給他（雍正似乎有送匾的癖好，不過匾也分好壞），上面寫了八個字——「忠敬誠直勤慎廉明」，這八個字的評價不可謂不高。也就在這一年，雍正把所有的對手都基本收拾乾淨，他的心情大概非常之好。由於允祥被封為怡親王后，一直沒有舉行正式的封王慶典，於是在當年十一月時，雍正決定給允祥風風光光地搞一次慶典，也藉機慶祝他們的勝利。當日慶典非常隆重，大學士馬齊為冊封正使，其弟領侍衛內大臣馬武為副使，文武百官群集祝賀，雍正親自宣讀「表揚信」，場面熱鬧非凡，允祥幾乎已經到了人臣榮耀的極致。
面對雍正的恩寵和賞賜時，允祥卻總是表現得無比的謙抑，比如補給他二十六萬兩銀子，他死活不收，最後只收了一半；給他一個郡王的名額，這樣的好事，一般人更是求之不得，但允祥卻有功不居，有獎不受，一再推辭。允祥的謙抑和清醒，恐怕和兩方面因素有關，一是他自幼對雍正的性格作風極其瞭解，他深知雍正是個好表現的人，決不容許別人搶自己的權力和風頭；其次可能也是康熙四十七年的廢太子事件對他的打擊太大了，由此允祥也謹言慎行，敬恪有加，終其一生。
雍正七年（1729年）時，允祥又立下大功。當時雍正在挑選自己的陵墓位置時，本是選擇了河北遵化東陵的九鳳朝陽山，但雍正後來認為這裡「穴中之土有砂石」，將之廢棄不用，而選擇了與東陵相距三百多里的河北易縣泰寧山（即後來的清西陵）。但這樣的話，離父親的陵墓太遠，雍正又覺得有點說不過去，很是為難。
這時，允祥摸透了雍正的心思，他上奏說：「歷代帝王營建之地，遠或千餘里，近亦二三百里。」他舉出漢唐時期帝王的陵墓也是散佈在陝西各地，有的也相距甚遠。允祥的話，等於是為雍正另闢陵墓提供了理論依據。這樣，清代的陵墓便分為東陵和西陵兩個陵墓區，其後代子孫也只能隔代分別在兩地安葬。
在挑定了自己的陵地後，雍正很高興，便打算把西陵旁邊的一塊候補的「中吉之地」（雍正那塊陵地是「上吉之地」）賞給允祥做陵地，想讓允祥死後也能陪伴自己身邊。不知為何，允祥是死活也不肯答應，後來他自己在離西陵六十里外的淶水縣水東村挑了一塊「平善之地」，作為自己的安息之地。雍正聽後，未置可否。
由於政務過於繁重，允祥在輔佐了雍正七年多後，終於在雍正八年（1730年）的春天一病不起，雍正得知後十分著急，他不但親自過問允祥的治療情況，還經常為之祈禱。後來，允祥自知餘日無多，唯恐自己被埋入雍正替他選好的那塊「中吉之地」，便再次請求將自己的陵墓確定在淶水縣的那塊「平善之地」，雍正沉吟再三，終於同意。允祥怕雍正反悔，便立刻命手下人去那裡取一塊土給他，併吞食下去，作為確定陵地的標誌。
當年五月初四，允祥病情惡化，雍正得到訊息後，急忙趕往怡親王府看望。還沒有等到雍正到達，允祥便永遠地閉上了眼睛，走完了他短暫而榮耀的一生，終年四十五歲。按允祥的年紀，本應該是政治家最黃金的時期，可惜的是，允祥卻就此倒下了。這個每日「殫竭心思」的雍正朝總理事務大臣或許就是累死的。
允祥死後，雍正傷心不已。在允祥去世的第二天，雍正親自到允祥的靈前祭奠，並宣佈輟朝三日，併為之素服一月。這種哀榮是從來沒有先例的，這也說明雍正和允祥之間已經超越了一般的君臣和兄弟關係。允祥走了，正如雍正在祭文中說的：「既抱終天之恨，更增同氣之悲，含酸茹嘆，何能自已？」雍正失去了一個最知心的兄弟和最得力的助手，他也感到了從沒有過的孤獨和落寞，也許他的一首詩最能體現當時的心情：
對酒吟詩花勸飲，花前得句自推敲；
九重三殿誰為友，皓月清風作契交。
（雍正：《花下偶成》）
在這數年間，雍正戰勝了他所有的對手並建設了日漸強大的大清王朝，但是，他的事業再成功，再輝煌，沒有人和他分享與交心，那也只能和清風明月說話了。如此看來，這雍正朝的盛世年華，看起來又多少有點蒼涼。
在清朝兩百多座王爺園寢中，允祥的園寢是規模最大、最壯觀的，其園寢的神道有三里之遙，這在親王的園寢裡極為罕見。按現在的話來說，這是超標準的豪華版。事實上，允祥生前一再交代家人按普通親王的規制建造，千萬不得逾越，不然自己心裡不安。但是，允祥死後，園寢的事情由雍正親自來負責，他為了表示自己對十三弟的哀悼，將其規模大大擴充套件，遠遠超過了其他親王級別的陵寢。
從規制來看，允祥的園寢最前方是龍首龜趺神道碑，碑刻「忠敬誠直勤慎廉明怡賢親王神道碑」十五個大字，接著是三門四柱的石制火焰牌坊，隨後是一座五孔橋和三門四柱七樓的超大石牌坊，牌坊以西有一對華表，後面是刻有雍正御製碑文的神道碑亭（後毀），再後是規模宏偉的大殿，大殿之後則是允祥的圓形寶頂（棺柩所在地）。可惜的是，此園寢近代被盜，後來又在戰爭中毀壞。建國後，除三里長的神道、牌坊儲存下來外，其他的地上建築都已蕩然無存。
康熙的兒子裡面，除雍正皇帝一脈，唯有怡親王的王爵沿襲最久，從雍正的「允」子輩傳到乾隆的「弘」字輩，再傳到「永」字輩、「奕」字輩，在道光時傳到怡親王載垣，後來道光駕崩時載垣被任命為「顧命大臣」。1861年，咸豐在熱河駕崩，載垣再度被任命為「顧命八大臣」之一，不過，在隨後慈禧太后發動的「辛酉政變」中，載垣被賜令自盡。一直到同治三年（1864年），「怡親王」的王爵才被恢復，接著到了「溥」字輩，後來又傳到了「毓」字輩。