皇極天皇的弟弟輕皇子雖然對蘇我氏專權不滿，但是他為人智勇不足，也就是發發牢騷而已。而他的外甥（也可以算侄子，看從哪邊論了），也就是皇極天皇的長子中大兄皇子，這個時候已經長到十八歲了，器宇非凡，胸懷大志，一直想打倒蘇我氏，把政權奪回到天皇家手裡。於是輕皇子就把自己外甥介紹給了中臣鐮足。
倆人一見如故，就好像姜太公見到周文王，諸葛亮見了劉備，十分投契。從此之後，中臣鐮足和中大兄皇子就是雲從龍、風從虎的關係，感情非常好。
中臣鐮足告訴中大兄皇子，堡壘最容易從內部攻破，要想對付蘇我氏，首先得離間蘇我入鹿跟他族人的感情。中臣鐮足力勸中大兄皇子去籠絡蘇我入鹿的堂兄蘇我石川，這等於在蘇我氏安插了一個間諜，打進了一個釘子。
蘇我石川是個老實人，一看皇室這麼看重自己，咱不能給臉不要臉呀。為表誠意，他把自己的愛女許配給了中大兄皇子。這樣一來，中大兄皇子也成了蘇我氏的女婿。蘇我入鹿並不知道蘇我石川這個時候已經背叛自己了，所以在他眼裡，中大兄皇子也成了自己人。
接下來，中臣鐮足告訴中大兄皇子，下一步就是結交忠義、勇武、奇能、異才之士，建立聽命於中大兄皇子的隊伍。倆人把工作做得十分保密，一般很少見面，偶爾踢場球，或者到當時的大學問家南淵清安家裡藉著求學的機會見上一面。
倆人就這麼佈置了將近一年，但世上沒有不透風的牆，蘇我氏可能得到了一點兒訊息，就在飛鳥川旁的高崗上建立了新居。新居依山傍水，可以窺伺皇宮的動靜，而且建造得像山寨一樣，駐有兵馬，設定了柵欄、糧倉、兵庫、水槽，易守難攻。
蘇我入鹿非常得意，說我有這樣的豪宅什麼也不用怕，並且拿鞭子指著山崗下的皇宮說，只要等到老婆子（皇極天皇）一死，我的表弟古人皇子做了天皇，我想怎麼幹就怎麼幹，天下就是咱家的了。驕矜之情溢於言表，根本不知道自己的死期將近。
日本版「玄武門之變」
b政變進行時/b
皇極四年（645年），高句麗、新羅、百濟三國一起入皇宮獻貢。這是朝廷頭等的大事，蘇我入鹿作為大臣自然要出席。
6月12日，皇極天皇升殿，古人皇子以皇太子的身份侍立在側，大臣蘇我入鹿昂然入座。因為蘇我入鹿是曹操、王莽一類的權臣，平時都是帶劍上殿、設有專座的。
這一天，中臣鐮足買通了殿下人，指使他趁蘇我入鹿不注意的時候，偷走了蘇我入鹿的佩劍。與此同時，中大兄皇子以維穩為理由，矯詔把所有宮門都關了。然後，中大兄皇子提了長槍，中臣鐮足更是手持弓箭躲在殿柱之後，做好了埋伏。另外，在殿旁還埋伏了兩名勇士，提前約好，只要蘇我石川開始讀表文，就衝出來刺殺蘇我入鹿。
但是直到蘇我石川讀完了表文，兩位勇士也沒有行動，可能是這兩人事到臨頭有些害怕。蘇我石川不明就裡，以為是密謀敗露，嚇得渾身顫抖，汗流浹背。蘇我入鹿一看，疑心頓起，大聲喝問，你怎麼抖成這樣，出什麼事兒了？
中大兄皇子一看再不動手就完了，機不可失，時不再來，衝出殿柱一槍就刺中了蘇我入鹿的肩頭，伏兵也同時趕到，一陣亂砍，蘇我入鹿血花飛濺，倒地而亡。
皇極天皇嚇得目瞪口呆，古人皇子驚得是渾身戰慄。中大兄皇子一看蘇我入鹿死了，急忙跪地向他的母親皇極女帝稟報，蘇我入鹿欺君犯上，圖謀不軌，論罪當死。
皇極女帝此時還沒有從驚嚇中緩過神來，哪裡還敢再說什麼？古人皇子急忙躲回自己的家中面壁，所有的公卿大臣全部跪在地上向中大兄皇子表示效忠。
蘇我入鹿雖然死了，但是蘇我蝦夷還在。中大兄皇子當機立斷，立刻發兵去攻打蘇我蝦夷的居所。蘇我蝦夷一看兒子已死，再加上部下星散，眾叛親離，大勢已去，長嘆一聲，放了一把大火，自焚而亡。
此次政變，蘇我蝦夷、蘇我入鹿父子伏誅。皇極天皇在宮殿上目睹了血腥的一幕，深受刺激，就想禪位不幹了，想把皇位讓給自己的兒子中大兄皇子。
中臣鐮足不愧是智謀過人，一番時事分析之後，告訴中大兄皇子，目光要放長遠一點兒，要以退為進，力勸中大兄皇子此時不要繼位：你這個時候做天皇的話，所有對政變不滿的人，以及蘇我氏的殘餘勢力就會把靶子對準你，先退一步，不要著急。
因此，中大兄皇子就推薦自己的舅舅輕皇子承繼大統。於是，輕皇子繼位，這就是日本歷史上有名的孝德天皇。