很快，平家戰船上的水手一一被源氏武士射倒，平家的戰船失去了控制。再加上這個時候水流方向發生了變化，不利於平家，平家軍節節敗退。主將平知盛一看大勢已去，就來到了平清盛的夫人和安德天皇坐的御船上說：「看來大勢已去，必將受害的人，還是讓他們跳海自盡吧。」平清盛的夫人把三件神器之一的八坂瓊勾玉夾在肋下，腰裡插著草薙劍，抱起了八歲的安德天皇。她跟小天皇講：「陛下不要害怕，波濤洶湧之下的大海，也有我們金碧輝煌的帝都。」然後投海自盡。這一幕像極了九十四年之後，在中國發生的陸秀夫揹負南宋幼帝自盡。
安德天皇的母親平德子也投海自盡，但是被源氏武士用撓鉤抓住頭髮拖了上來，撿回了一條性命。另外一名平家貴婦抱著三件神器之一的八咫鏡想跳海，被源氏士兵阻止，搶下了八咫鏡。
平家武士當中，有頭有臉的紛紛投海自盡。不甘心自殺的平家猛將平教經決定最後一搏，揮舞大刀向源氏的船上跳去，見到穿著華貴鎧甲的就砍，直奔源義經殺去。源義經被迫從一艘船上跳到另一艘船上，一共連跳了八艘船，才躲開了平教經同歸於盡的打法。平教經一看實在追不上源義經，就一隻手抓起一個源氏武士，跳進滾滾波濤中，跟敵人同歸於盡了。
這次戰役平家的總指揮——平清盛的兒子平知盛，穿上兩套鎧甲，跳進了波濤當中，很快沉沒在大海之中。平家宗主平宗盛畏懼投海，跟兒子平清宗一起做了源義經的俘虜，被押到京都遊街示眾。想當年他們在京都過著天上人間的日子，這個時候身為囚徒，故地重「遊」，心中也是感慨萬千！後來平宗盛父子被押到鎌倉，源賴朝以勝利者的姿態接待了這位敗軍之將。在源賴朝面前，平宗盛氣節盡喪，低聲下氣，乞求活命，可是源賴朝心狠手辣，絕對不會犯當年平清盛犯下的錯誤。如果當年平清盛不放自己，那麼平家一門焉有今日？平宗盛被就地斬首，長子平清宗，幼子平能宗，也被處死，平家一脈就此斷絕。
自平治之亂以來，統治日本二十多年的平家武士政權，在壇浦的戰火中灰飛煙滅。
祇園精舍的鐘聲，有諸行無常的聲響。娑羅雙樹的花色，顯盛者必衰的道理。驕奢者難久長，正如春夜的一夢。強梁者終將敗亡，恰似風前的塵土。
《平家物語》卷首的這首詩，千百年來為日本人所詠唱，訴說的其實不僅僅是平氏一門的曇花一現。
b誰也沒見過的三件神器/b
前面講過，每一次平氏出逃的時候，都是帶著天皇和三件神器一起出逃。那麼這三件神器是什麼東西？為什麼在日本這麼神聖？
三件神器指的是八咫鏡、草薙劍和八坂瓊勾玉，簡稱劍、鏡、玉，是保證皇位的寶物，天皇代代傳承。有點兒像中國的大禹劃天下為九州時鑄的九鼎，成為夏商周三代代代相傳的王權象徵。當年楚國強大，楚莊王派人問鼎之輕重，表示有取而代之的野心，留下「問鼎中原」的成語。中國的九鼎傳到秦末就失傳了，而日本的劍、鏡、玉一直傳到今天。
根據日本古書《古事記》的記載，太陽神天照大神躲在天巖屋戶裡，宇宙沒有了太陽。為了引誘她出來，一位大神用天金山的鐵製作了八咫鏡，對著天照大神照射，鏡中照出了天照大神的神體，感到好奇的天照大神就露出了身姿。由於天照大神的身姿在鏡中出現，鏡子裡就存有了她的魂，八咫鏡就變成了天照大神的神體，在三種神器當中是最尊貴的寶物。
天照大神派自己的天孫瓊瓊杵尊降臨到人間統治日本國的時候，把八咫鏡交給了瓊瓊杵尊，神鏡由此落入人間，一直到第十代崇神天皇為止。從此之後，八咫鏡就成了代替天照大神神體的標誌，真品被供奉在伊勢神宮，複製品放在皇宮裡。歷代天皇繼位的時候，用的鏡子都是山寨版。
八咫鏡到底什麼樣？按照古書的記載，直徑兩尺，內徑一尺六寸三分，大概四十九釐米左右。但是這面鏡子誰都沒有見過，鏡子的本體直到今天都不讓目睹，就連神宮裡的神官們都不能看，據說偷看者眼睛要瞎掉。八咫鏡的鏡盒每年更換一次，但都在半夜進行，替換者必須閉上眼睛，摸黑作業，弄得神神道道、鬼鬼祟祟的。
另一件神器草薙劍是天照大神的弟弟須佐之男命降臨到人間的時候，碰上一位呼喊救命的美少女，說有一條大蛇，每年要吃一個美麗的姑娘，今年輪到她了。須佐之男命英雄救美，斬殺了大蛇。斬蛇的時候，從蛇尾掉出了一把劍，須佐之男命就把這把劍供獻給了姐姐天照大神。
後來天孫降臨人世，這把劍就被帶到了人間，到第十二代景行天皇的時候，開始供奉在熱田神社。與神鏡相同，沒有任何人見到這把劍的真容。據說在德川幕府時期，熱田神社的大宮司和其他神職人員出於好奇，偷窺了草薙劍，不久這些人相繼死去，只有一個人沒死，將劍的體貌特徵記錄了下來。據他說草薙劍全長八十五釐米，刀柄上刻有魚的背脊骨，刀身中央部分較厚，整個草薙劍形如菖蒲葉，呈白色，應該屬於白銅劍。
至於八坂瓊勾玉，傳說是天照大神在天巖屋裡的時候，八百萬神命令玉祖製作的，形狀好像動物的牙，又好像人的心臟，所以叫八坂瓊勾玉。坂是尺度的意思，表示玉的大小。
根據日本第九十五代花園天皇的日記記載，勾玉跟日本皇室關係很深，一直存放在日本皇宮之中。放置勾玉的木箱上著鎖，用青絹包裹，四角扎有紫色的絲帶。如果包裹木箱的青絹舊了，不能將其更換，必須用一塊新的絲絹重新裹蓋在舊絹之上。木箱放置的時候，絕不允許傾斜。
據說日本第六十三代冷泉天皇，就是瘋瘋癲癲到處放火的那位，什麼缺心眼兒的事兒都想幹，出於好奇，曾經想開啟木箱看看。當他解開絲帶的時候，包裹勾玉的木箱突然冒出一股白煙，嚇得瘋子天皇驚慌失措，當即放棄了偷看勾玉的念頭。
神武天皇繼位之後，作為日本傳國至寶的三種神器，先是存放在宮中，後來神鏡被轉到了伊勢神宮儲存，神劍存放在熱田神宮，皇宮中僅有玉的真身。崇神天皇時代，複製了神鏡和神劍，與真玉一起存放在皇宮。
平家逃離京都的時候，把三件神器全帶走了。後鳥羽天皇繼位，是在沒有三種神器的情況下舉行的儀式，這在日本天皇家也是第一次。
壇浦海戰，平家全軍覆沒，平清盛的夫人抱著八歲的安德天皇和三件神器跳入大海，為的就是不讓神器落入源氏手中，使得源氏支援的後鳥羽天皇沒有合法性。但存放玉的箱子落入海中之後，由於浮力的作用，漂浮於海面，被源氏的軍隊撈起。神鏡也被打撈出海，只有寶劍不見了蹤影。寶劍本身的重量已是不輕，再加上劍鞘的重量，一入海可能直接沉到海底了。雖然源家花費了大量的人力物力，進行了長時間的搜尋，無奈大海撈針，談何容易。
天皇家一直到1189年，也就是壇浦之戰後四年才放棄了尋找寶劍。從此神劍真身就不見了蹤影。三件神器缺了一個，天皇家遭遇了非常嚴重的問題，後代天皇怎麼繼位呢？無奈之下，朝廷只好決定，退而求其次，用天皇寶座邊上放置的御座之劍為草薙劍的替代品，這也是個沒有辦法的辦法。
以前朝廷舉行儀式的時候，都是劍在先、玉在後。寶劍丟失之後，就變成了玉在先、劍在後。
b打了勝仗卻不受待見/b
壇浦海戰之後，源義經派人到鎌倉，給哥哥源賴朝送了一份戰果報告。內容主要有這麼幾點：首先報告安德天皇跳海自盡了，其次詳列了平家被俘和跳海者的名單，最後說草薙劍丟了。
這份報告令源賴朝非常不滿。源賴朝對平家動武的最大目標，是要奪回安德天皇擁有的劍、鏡、玉三件神器。為此，賴朝下了死令，如果在平家滅亡和三件神器之間二選一的話，寧可不要平家滅亡，也要三件神器。沒有三件神器，就沒法控制天皇，沒法建立他的關東武士國。
可惜，源義經沒有理解哥哥的這一份苦心，把寶劍弄丟了。面對壇浦海戰如此輝煌的勝利，源賴朝只評價了一句話，這傻傢伙根本就不知道最重要的東西是什麼。
源賴朝對弟弟的不滿不是從遺失了草薙劍開始的。一之谷大戰後，源義經得勝回到京都，後白河法皇非常高興，封義經為左衛門少尉，加檢非違使。檢非違使又被稱為判官，源義經從此被日本人稱作源九郎判官義經。對於源義經不經請示、擅自接受法皇厚封之事，賴朝勃然大怒。
源賴朝雖然非常生氣，只是當時源平兩家鹿死誰手尚無定論，還需仰仗能征善戰的義經帶兵打仗。於是賴朝強壓怒火，暗暗忍了下來。如今平家已滅，豈能再容源義經？壇浦海戰後一個月，賴朝下令，東國武士不許聽從義經指揮，實際上把源義經的官給罷了。緊接著，賴朝收回了賞賜給義經的原本屬於平家的二十四塊領地。
義經剎那間變得無權無財，卻不明白是怎麼回事兒，根本不瞭解哥哥的心思，於是親自押解抓獲的平宗盛等平家俘虜趕往鎌倉，幻想見到哥哥，一切美好如舊。
結果，賴朝連鎌倉幕府的大門都不讓義經進，把他攆到相模國的腰越驛安置。義經覺得很委屈，寫了一封言辭懇切的信，向賴朝表功的同時，訴說自己的委屈，這就是日本歷史上有名的「腰越狀」。
但是賴朝這個時候已經對功高蓋主的弟弟動了殺心，在賴朝的眼中，威脅到自己地位的人必須死。
b名將如花般凋零/b
義經不能進入鎌倉大門，只好返回京都。
在返京途中，義經得知平宗盛父子被斬首。這個時候，義經看出來哥哥有敲山震虎、威脅自己的意思。回到京都之後，義經就準備公開跟哥哥決裂了。
賴朝為了置義經於死地，召集手下武士問計：我弟弟現在名頭這麼響亮，粉絲比我還多，怎麼辦？你們誰敢去殺義經？
源氏武將都沉默不語。雖然鎌倉公待我等恩重如山，但是畢竟九郎是滅平氏的首功之人，要去殺他，大家覺得於心不忍。只有與義經早生嫌隙的梶原景時，給源賴朝出主意，讓他派一個叫土佐坊昌俊的和尚到京都去謀殺義經。
土佐坊昌俊來到京都，意圖刺殺之時，被義經識破，寫下悔過書，宣誓不再刺殺義經。但等到他返回京都居所，竟然出爾反爾，率領六十多名騎兵，偷襲義經居所。結果被義經的手下七騎以一當十，打得大敗。土佐坊昌俊也被義經活捉。
義經非常生氣，指責土佐坊昌俊違背誓言，應該受到懲罰。土佐坊昌俊肉爛嘴不爛：「是鎌倉公讓我殺你的，我不算違背誓言。」義經一生氣，給他一大嘴巴。土佐坊昌俊又說：「你打的不是我的臉，是賴朝將軍的臉。」義經一聽這話，心裡也是一激靈。兩國相爭，各為其主，土佐坊昌俊倒也算條漢子。義經問他：「你想不想回鎌倉？」土佐坊昌俊說：「我既然不幸被擒，你就趕緊把我殺了吧。」義經只好親手殺掉了土佐坊昌俊。
隨後，義經就向後白河法皇討得了征討哥哥源賴朝的院宣。賴朝聽說之後，率領源家諸將，出兵討伐義經。法皇這個時候是兩邊都不敢得罪，給了義經討伐源賴朝的院宣之後，怕賴朝生氣，又下達了讓西國武士追討義經的院宣。
義經率兩百多騎郎黨出行，不幸在揚帆去九州的途中遇上暴風，船隻沉沒，兩百多一騎當千的勇士全部葬身大海，義經這下徹底沒咒唸了。
義經走投無路，只好帶領數名郎黨亡命到了奧州，投奔藤原氏。此時的藤原氏已經傳到第四代藤原泰衡的手裡。泰衡收留了義經之後，經不住賴朝不斷施加壓力，加上內心害怕源義經有朝一日「鳩佔鵲巢」，遂於文治五年（1189年），親率五百人包圍了義經主從居住的衣川館。
義經手下只有十餘人，雖拼死抵抗，終究寡不敵眾。義經麾下第一大將武藏坊弁慶手持大刀，跟奧州兵纏鬥許久，最後被亂箭射成了刺蝟，死屍立而不倒。義經眼見郎黨紛紛陣亡，心知大勢已去，於是殺死正妻和年方四歲的女兒，在火中自盡身亡，享年只有三十歲。
日本人把擅長偷襲、以少勝多的軍事天才義經形容成「戰場之花」，也許就是因為源義經壯麗而短暫的一生就像花兒一樣，一經綻放便迅速凋謝。
源義經死後，頭顱被浸泡在酒中，裝入黑漆匣子送往鎌倉。梶原景時檢查了首級，確認無誤之後，上報源賴朝。
源義經悲慘的遭遇，非常符合日本人崇拜悲劇英雄的情懷。在日本人的心目中，源義經變成了一個神話，很快民間就出現了不少義經沒死的傳說故事。最離譜的是，到了明治時期，日本的一位政治家通過自己的所謂「考察」，把傳說進一步發展成了源義經就是成吉思汗的論點，認為源義經沒有自盡，而是逃出生天，渡過大海，經北海道前往大陸，最後變成了成吉思汗。他的這個所謂的「學術成果」，特別符合當時日本向中國大陸擴張的需要，轟動一時。但是在今天看來，簡直就是一個笑話。