實朝在位的時候，跟天皇還講點兒君臣之禮，實朝一死，天皇覺得鎌倉剩下的那幫關東武士，渾身馬糞味的粗人，根本就沒法控制。這幫粗人有權有勢，有刀有兵，怎麼對付？這讓上皇很費腦筋。
後鳥羽上皇是高倉天皇的次子，是在平家政權覆滅之後，才由源氏扶持登上皇位的，也是日本第一位少了傳國神劍的天皇。他多才多藝，詩歌方面很有成就，也好耍刀弄劍。
在鎌倉幕府成立之後，他屢受鎌倉幕府的嫌棄。當時的攝政九條兼實跟鎌倉幕府一個鼻孔出氣，很讓天皇不爽。後鳥羽覺得，要想改變自己的命運，必須學習關東。因為關西的公卿貴族，包括民風都太柔弱了，不如關東武士驍勇善鬥。
為了能把權力從幕府手裡奪回來，後鳥羽帶頭示範，勤習武藝，還親手鑄造刀劍，並在上面刻上菊花紋，賞賜給隨從。從此菊花紋成了日本皇室特有的紋章，只有皇室才能用這種紋章。二次大戰時的日本軍艦上、靖國神社的大門上都有這種皇家專屬的紋章。
另外，他大量蓄養武士。除了父祖時期設立的北面武士之外，又招納了很多西面武士。他罷免了與幕府關係密切的九條兼實，大量啟用反幕府人士。可惜的是，天皇專政早已經消散在歷史的雲煙裡，天皇時代已經過去了。後鳥羽上皇不明時勢，還夢想著有朝一日天皇家能夠掌權。
實朝一死，源氏的男性血脈斷絕。當時幕府的執權北條家派人上奏天皇，要求派一位皇子東來做將軍。後鳥羽上皇沒有答應，而是派了使者去鎌倉弔喪。同時，他提出要罷免兩位鎌倉幕府的地頭。
當時，北條當家人北條義時特地派人率精兵來到京都，準備迎皇子東來做將軍。但是上皇堅持，先得罷免地頭，才給派皇子，雙方僵持不下。源賴朝的遺孀北條政子做主，讓藤原氏的後人繼位為徵夷大將軍，政子夫人繼續在幕後垂簾聽政，由北條義時來輔佐這位將軍。
上皇勃然大怒，認為暴力是幕府唯一聽得懂的語言，要想讓幕府聽話，只有起兵對抗幕府。手下的公卿大臣紛紛勸阻上皇，幕府的勢力太大了，以天皇家目前的實力根本不足以對抗幕府，您千萬不能輕舉妄動。但是上皇非常堅決，他覺得長子土御門天皇才幹平平，不足以擔當討幕大業，於是強迫長子退位，讓位給次子順德天皇。為了保證順德天皇專心主管軍事，又讓順德讓位給仲恭天皇。這一下，朝廷中就出現了三位上皇，一位天皇。
當時上皇最寵幸的西面武士頭叫藤原秀康，他跟上皇拍胸脯，一定能夠討幕成功。另外，鎌倉派到京都來衛戍的武士三浦胤義也倒向了天皇一方。
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承久三年（1221年）五月，後鳥羽上皇認為時機成熟，搶先發動攻擊，把京都中親鎌倉的人一個個拘禁起來，還把幕府的代表招來囚禁斬殺。然後上皇下詔，要求五畿七道討伐幕府。
當時上皇大會諸將，問關東到底有多少人是北條義時的死黨。三浦胤義跟上皇說頂多千把號人。上皇一番比較，自己手下有兩萬人馬，覺得討伐幕府定能成功。於是派出使者攜帶詔書到鎌倉，呼籲關東豪傑起兵反抗北條氏，歸順朝廷。一時間，關東豪傑人心惶惶，畢竟朝廷佔據著道義的上風。天皇要討伐誰，誰就是朝敵。
值此幕府危急時刻，源賴朝的遺孀北條政子挺身而出，聚集關東諸將，發表了一場演說，給大家做了個戰前動員：大將軍源賴朝征伐朝敵，草創關東，你們今天能有這個官位俸祿，是賴朝公的恩惠，賴朝公對你們的恩惠比山高，情義比海深。你們是要忘記賴朝公的恩惠投靠朝廷，還是感念賴朝公的恩德在鎌倉奉公，你們今天決定吧。
大小武士聽了北條政子的一番話，無不流淚傷感，紛紛宣誓，要效忠鎌倉，跟京都決戰。
幕府派出十九萬大軍從鎌倉出發進攻京都，幕府軍總大將是北條政子的外甥北條泰時。大軍出發後，執權北條義時將上皇派來的使者放回京都給上皇回奏：臣本無罪，既然被討伐，不敢逃避。聽說陛下您好戰，我先派我兩個兒子帶領十幾萬人來，跟陛下打一打，讓陛下您瞧個樂。如果您覺得打十幾萬人不過癮，臣還準備了二十萬人，屆時臣將親自率領，陪陛下您打著玩兒。
上皇一開始還很樂觀，認為幕府內部必然會生變，關東武士一定有忠義之人背叛幕府、投效朝廷。可惜這只是他的一廂情願。雙方一接戰，上皇最信任的武士首領藤原秀康先跑了。主帥一跑，官軍中雖然還有忠勇之士，但是根本不經打，全作鳥獸散，幕府軍一路衝進了京都。
北條泰實在進攻京都的路上，接到了上皇的侍臣帶來的諭旨，意思是討幕一事不是我乾的，跟我沒關係，是臣僚所為。如果你要問罪，找臣僚問罪，千萬別騷擾我。
上皇一封詔書將自己的責任推得乾乾淨淨，也不管屬下的死活。上皇手下的大將山田重忠和三浦胤義在激戰中突圍，逃到皇城，夜叩宮門，以求庇護，上皇竟然閉門不納。氣得山田重忠敲著宮門大罵：懦主誤我！追隨上皇討幕的一干大將武士只好全部自盡了。
幕府宣佈了對皇室的處分，雖然天皇是不能殺的，但必須受到嚴懲，後鳥羽上皇、土御門上皇、順德上皇全部充軍；後鳥羽上皇的兩位皇子——雅成親王和賴仁親王也被充軍；剛剛繼位七十天的仲恭天皇被廢，由幕府另立後堀河天皇。
這就是日本歷史上著名的「承久之亂」。皇室經此變亂，尊嚴喪盡，三位上皇都充了軍，天皇被廢，雖然保全性命，但是威信無存，政治重心徹底被幕府取代。
從此日本皇室在政壇上隱退，幕府成了日本真正的政治權力中心。從此以後，即便是英明的天皇想要復辟，在老百姓的心目當中，也會認為是天皇叛逆不道，稱之為「天皇御謀叛」。
這種觀念形成以後，維持了將近六百年，一直到明治維新的時候，才有了轉變。