按照事先的計劃，叛軍於2月26日早晨6點30分左右，派出第一旅團副官香田清貞大尉和村中孝次、磯部淺一大尉為代表，在陸軍大臣的官邸與川島義之進行會談。
這幫人不顧他們還在吃奶的時候，川島已經在戰場上為國流血的事實，像訓孫子一樣教訓陸軍大臣，說明此次起事之目的：要求撤換懲治軍內統制派人物；要求任命皇道派首領擔任重要軍職；要求召集在各地的皇道派人物入京共商善後；要求陸軍大臣將起事部隊進行「昭和維新」「忠君愛國」之本意上奏天皇等等。
對日本陸軍的領導，正常情況下由陸軍大臣、參謀總長、教育總監負責，此時的參謀總長載仁親王在外地養病，教育總監渡邊錠太郎剛被殺死，陸軍最高領導人，僅有川島義之一人。
政變爆發四十分鐘後，天皇侍從武官長本莊繁大將就從副官中島哲藏少將那裡得知出事的訊息，他讓中島立即給天皇的貼身侍從甘露寺受長打電話。甘露寺連忙叫醒尚在睡夢中的裕仁天皇，簡要彙報了局勢突變的情況。裕仁一邊嘟噥「終於還是幹起來了」，一邊穿上陸軍大元帥軍服，起身前往皇宮政務室。
早上6點，一干重臣全都趕到皇宮，向天皇彙報情況。本莊繁已經嚇得面無血色，他告訴天皇，首相、大藏卿、內大臣和侍從長等重臣都已遭到襲擊，生死不明。三十六歲的天皇皺著眉頭，氣憤地說：「這是從未有過的不祥之舉。要立即平息，使軍隊恢復正常。」然而，本莊繁並沒有按照裕仁的指示迅速鎮壓叛亂，這不僅是因為他在思想上同情叛亂軍人，而且還因為他的女婿也捲進了叛亂活動。
上午9點，被香田大尉扣押在陸相官邸的川島陸相，在和政變軍人談得唇焦舌敝之後，終於獲准趕到皇宮覲見天皇。他帶來了叛軍的宣言書，並轉達了叛軍的要求。奏完之後，川島趁勢建議說：「請陛下姑念起事者系奉陛下之名、秉承統帥之意去行動，完全是一片為國盡忠的赤誠，請陛下予以諒解。」
川島的話還沒說完，天皇就十分震怒：「渾蛋！先不論他們的精神何在，他們之所為首先就有傷國體的精華。殺害朕的股肱老臣，如此殘暴的軍官，無論其‘精神’如何，也不應予以任何寬恕。我絕不允許兇暴的將校胡作非為。要儘快將這一事件鎮壓下去！」川島一見龍顏大怒，只好諾諾而退。天皇餘怒未消地自語道：「陸軍簡直是在掐朕的脖子！」
天皇下達的鎮壓命令沒有立即執行，因為由陸軍高階將領組成的軍事參議官會議是由皇道派的荒木和真崎所操縱的。對於皇道派的叛亂，統制派的軍官們當然恨不得立即鎮壓而後快，但是由於無法直接調動部隊，他們只得求助於天皇的最高權威。26日下午，樞密院決定由陸軍宣佈戒嚴，進行鎮壓。陸軍雖不願意，但還是在27日凌晨頒佈了戒嚴令。
與陸軍上層心懷鬼胎的觀望態度相反，由於鈴木貫太郎、岡田啟介和齋藤實三名海軍大將遭到襲擊，海軍在第一時間內就定下了對政變堅決鎮壓的方針。海軍軍令部總長伏見宮博恭王當天就召集幕僚，表明了鎮壓的態度。26日中午12點，聯合艦隊司令高橋三吉向正在土佐衝演習的艦隊釋出命令，下令第一艦隊進入東京灣，第二艦隊進入大阪灣。
當時任海軍軍務局局長的豐田副武咆哮：「陸軍如果不想鎮壓的話，就由咱爺們兒來動手！」海軍省辦公樓前擺了一地的高壓水龍，以防萬一。海軍陸戰隊奉命加強對海軍各岸上設施，包括海軍領導機關辦公樓和退役高階將領私宅的警戒，另外還打算把天皇接到艦上，以免受陸軍叛兵的挾持。26日下午，橫須賀鎮守府司令米內光政把陸戰隊送上岸，堆起了沙包工事，擺出準備戰鬥的態勢。
27日一整天，裕仁天皇都是在焦急不安中度過的。此時第一艦隊已經在旗艦「長門」號戰列艦的帶領下浩浩蕩蕩地開進東京灣，各艦都將炮口對準了陸上的叛軍陣地。
雖然海軍已經把艦隊開進了東京灣，但陸軍還是遲遲按兵不動。憤怒的天皇幾次將本莊召來催問：「討伐部隊出發了嗎？」「交上火了嗎？」本莊含含糊糊地答道：「因為居民尚未撤離……」未等他把話說完，天皇便厲聲喝道：「如果陸軍大臣無能為力，朕就親率近衛師團去平定叛亂！快快備馬！」
裕仁天皇為何如此焦急？因為他剛剛獲悉，在第八師團任大隊長的御弟秩父宮雍仁親王已動身搭乘火車前往東京。雍仁向來與皇道派軍官來往密切，在思想上傾向於皇道派的主張，與天皇對立，這已經是公開的秘密。叛亂髮生後，叛軍已公開宣稱「雍仁是我們的首領」。如果雍仁站到叛軍一邊，形勢將更加難以控制。
日本歷史上天皇之弟篡位的事，多得不勝列舉，神武天皇的後繼者綏靖天皇就是弒兄自立的。為了防止出現這種可怕的情況，宮內省派雍仁的歷史老師前去攔截他。老師登上雍仁乘坐的火車，一路上向其詳細說明了情況，並懇求雍仁不可輕舉妄動。雍仁神色凝重地聽著，一言不發。火車一到東京車站，雍仁就在大批軍警「護送」下被帶進了皇宮，與叛軍隔離開來。
情勢如此，雍仁只好在當天晚上拜謁了哥哥，並做出了服從天皇的保證。
b走上戰爭的不歸路/b
28日，在天皇的一再催促下，猶豫不決的軍部終於下了鎮壓的決心，開始討伐叛軍。
參加鎮壓兵變的部隊總數近兩萬四千人。29日上午，荒木、真崎兩位陸軍大將為避免兵變部隊遭到武裝鎮壓，前往戒嚴司令部進行交涉，但遭到拒絕，戒嚴部隊參謀石原莞爾將兩名大將趕出了司令部。在他們離開後，戒嚴部隊司令官再次提出避免「皇軍自相攻擊」，但杉山元參謀次長嚴格執行天皇敕令，力主以武力討伐。
東京街頭的坦克車裝上高音喇叭，不停地廣播nhk著名播音員宣讀的《告軍官士兵書》。這份由戒嚴司令部發布的宣告稱：「現在歸復原隊，仍為時不晚；抵抗者全部是逆賊，格殺勿論；你們的父母兄弟在為你們成為國賊而哭泣。」與此同時，飛機在政變部隊上空盤旋撒下《告軍官士兵書》的傳單，勸誘政變部隊迴歸營房。
叛軍此時已在嚴冬中堅持了三天，疲憊不堪，士氣消沉。在聽到廣播、拾到傳單後，紛紛返回了原部隊。策動叛亂的軍官見大勢已去，也未加以阻攔。這些軍官隨後被戒嚴部隊拘捕，集中到陸軍省大院。關押他們的統制派軍官岡村寧次預想並期待他們自盡，已讓第一衛戍醫院的護士兵準備好消毒藥水和脫脂棉，還準備了三十多口棺材，但叛亂軍官拒絕自盡，想要通過公審來「揭露軍閥的陰謀」。
陸軍首腦對政變主謀實行了軍法審判，但不公開審判過程，不設辯護律師，一審即終判。由於「二二六事件」直接威脅到了天皇的統治權，因此對叛亂軍官的處置也異常的嚴厲。
7月5日，軍法會議判處在政變中起領導作用的磯部、香田等十七名軍官死刑。有意思的是，判詞中一點兒也沒有提到謀殺罪，判刑的唯一根據是這些軍官犯了未經天皇批准而擅自動用皇軍之罪。其餘計程車官和士兵則被免予處分，因為他們只不過是遵從上級的命令。這次對政變軍人懲處的嚴厲程度，遠遠超過了此前歷次的處理，明顯帶有徹底根除皇道派影響的意圖。在軍部上層，統制派也趁機進行了大規模人事整肅，荒木、真崎和川島陸相被解除現役，所有傾向於皇道派思想的軍官均被從陸軍核心部門清除出去。至此，統制派徹底掌握了陸軍實權，確立了對陸軍的絕對控制。
諷刺的是，皇道派發動政變時所積極追求的目標，例如軍部獨裁、國家政權法西斯化，在政變失敗後反而得以實現。這不僅是因為同屬法西斯派別的統制派牢牢掌握了軍部大權，而且內閣也被以新首相廣田弘毅為首的文官法西斯集團所控制。
對於日本陸軍在「二二六事件」中的角色，以及在隨後日本法西斯化中的作用，二戰後當了一名英語教師的舊日本帝國海軍最後一位海軍大將井上成美，在日本投降前曾經有過一番很有意思的講話：「陸軍動輒把自己大肆吹噓成什麼‘皇國的中流砥柱’，事實上，正是陸軍……最終把日本拖入了災難。所謂的‘中流砥柱’，就是中國的黃河上有幾塊挺立在河中、頑固阻擋潮流前進的頑石。從這個意思去理解的話，陸軍也不愧是真正的‘中流砥柱’啊！」
「二二六事件」之後，日本建立了法西斯專政。一年後，發動了全面侵華戰爭；五年後，挑起了太平洋戰爭。從此在戰爭的不歸路上恣意馳騁，直到走向最後的滅亡……