西方騎士的驕傲無疑受到了挫折，但阿歷克塞一世對此卻樂見其成，因為他十分確定，如果與不計其數的穆斯林敵軍相抗衡，十字軍一方根本不可能有任何勝算。然而，出乎拜占庭一方意料的是，第一次十字軍東征最終取得了振奮人心的勝利。土耳其蘇丹再一次試圖阻攔十字軍前進的腳步，但在兩次敗仗之後，他只得下令截斷敵方的供給路線，然後下令迅速撤退。在大規模進軍至乾旱、炎熱的小亞細亞心臟地帶之後，十字軍到達了安條克，並計劃直接長驅直入。然而，他們剛剛佔領城市不久，一支摩蘇爾的阿塔貝格（省地方長官）率領的大軍很快來襲，陷入水源短缺困境的十字軍被迫殺死大量馬匹作為食物充飢。阿歷克塞一世集結大軍，準備前去協助防禦，但他在半路遇到了一個逃走的十字軍戰士，這個戰士告訴他，一切希望都已經徹底破滅，城市幾乎已經徹底淪陷。意識到即使軍隊白白犧牲，也不會取得任何戰果，阿歷克塞一世只能率軍掉轉馬頭，回到君士坦丁堡。
然而，此時的十字軍仍然在頑強抵抗，未曾投降。他們發現了一處神聖遺蹟，士氣大受鼓舞，決定背水一戰，抵抗到底，徹底擊敗敵人的大軍。他們繼續前進，在盛夏時分到達了耶路撒冷，西元1099年7月15日，十字軍成功地對聖城發起了猛攻。許多十字軍戰士望見這座聖城時，紛紛流下了熱淚，因為他們為了這個最終目標，已經經歷了太多艱難險阻，當大軍衝進城內時，似乎釋放出了四年來不得擺脫的所有壓抑與傷痛。只有一少部分居民得以倖免，他們既非東正教教徒，又非穆斯林，也非猶太教徒。針對非基督教徒的可怕大屠殺持續到了第二天早上。
整座城市因為屍體腐朽而發出可怕的惡臭，數星期之後才被徹底清除乾淨，此時十字軍已經選出了一位國王。根據他們共同的誓言，他們本應該攜帶著全部的勝利果實踏上回歸之途，返回拜占庭帝國，但如今他們已經放棄了最後的機會。就他們自己而言，當阿歷克塞拒絕在安條克提供協助時，便足以證明這位皇帝不過是一名叛徒，背棄了他們共同的誓言。博希蒙德已經佔據了安條克，自立為王儲，其餘被佔領的土地現在已經被分割成了若干個十字軍王國。如果皇帝希望在這些土地上佔據一席之地，那麼他便只能親自率領大軍訴諸武力了。
阿歷克塞一世十分樂意早早抽身，讓巴勒斯坦自生自滅，若干個基督教緩衝國已經脫離了帝國疆域數世紀之久，如今又重新迴歸拜占庭的掌控之下，可謂是一件天大的好事。不過，他的大敵博希蒙德始終佔據著安條克，這對阿歷克塞而言簡直是如鯁在喉。長久以來，安條克始終是帝國的第二大城市，也是整個基督教會的重要大教區之一，15年前便已經落到了土耳其人手中。安條克的人口基本上由東正教教徒組成，同樣使用希臘語作為自己的語言，文化也早已徹頭徹尾地根植於拜占庭的血液之中。但當博希蒙德徹底隔絕希臘教區，並且讓拉丁教區取而代之時，這種行為不啻雪上加霜，阿歷克塞對此無計可施。皇帝已經藉助十字軍分心之機收復了小亞細亞的西北大部分地區，包括以弗所、薩迪斯及費拉德爾菲亞，但他的軍隊過於分散，完全無法再向敘利亞進軍。
表面上，博希蒙德能夠完全為所欲為，但在西元1100年夏天，他不幸陷入了土耳其人的伏擊，接下來的三年中，他都被囚禁在一處偏僻的監牢之中。三支以上的十字軍部隊前來營救他，他們完全無視了阿歷克塞的指引和建議，而是一意孤行，最終遭遇土耳其部隊，導致全軍潰敗。然而，十字軍卻將自身的失誤導致的兵敗歸咎於阿歷克塞，當憤怒的博希蒙德最終得以贖身後，他在歐洲尋找到了充分的支援，然後再一次向拜占庭進軍。懷疑和敵意孕育的苦澀花朵最終徹底盛開，它的根系植於東西雙方難以逾越的文化鴻溝中，並且根深蒂固。在歐洲人眼中，似乎十字軍國家真正的大敵並非伊斯蘭世界，而是貪婪無度、兩面三刀的拜占庭帝國。當十字軍戰士在安條克遭到圍困時，拜占庭的皇帝袖手旁觀，禁止他們進入帝國的城市，卻給予穆斯林囚徒關懷與照顧（甚至在食物裡也沒有包含任何豬肉的配給），似乎穆斯林才是帝國的寶貴同盟。另一方面，在君士坦丁堡，阿歷克塞起初的懷疑如今終於徹底變成了現實——十字軍東征的精神根源不過是老生常談。這些外來者口頭上聲稱會提供支援，談論雙方的手足情誼，最終不過是征服掠奪的美妙藉口罷了。如今阿歷克塞一世將面臨新的大敵威脅，指揮官正是他的宿敵博希蒙德。
從入侵之初，博希蒙德便企圖複製自己父親曾經成就的霸業。在率領3.4萬精銳大軍在伊庇魯斯登陸之後，他立刻進軍至達爾馬提亞海岸，圍困了規模宏偉的都拉斯城。但此時的拜占庭與25年前羅伯特·吉斯卡爾率領諾曼大軍肆意征伐的那個頹弱帝國已經不可同日而語。四分之一個世紀以來，拜占庭始終掌控在一位統治者的手中，這位皇帝給拜占庭帝國帶來了穩定的保障，憑藉一己之力將眾多貴族世家聯合在一起。繁榮發展的經濟再度重現，拜占庭中央政府的集權制度也得到加強。隨著士氣一路高漲，都拉斯城很輕易便擊退了敵人的進攻，拜占庭派出艦隊徹底阻斷了博希蒙德一方的供給線路。阿歷克塞從容不迫地率領大軍從君士坦丁堡出發，迫使諾曼人同時抵禦來自軍隊後方和城市內部的雙面夾擊。到了當年年末，博希蒙德計程車兵陷入饑荒的困境，同時軍營中瘧疾爆發，士兵苦不堪言。精疲力竭、屈辱不堪的十字軍戰士只能面見皇帝，被迫同意無條件投降。博希蒙德在恥辱煎熬中回到了義大利，三年之後去世，餘生再也沒有覬覦東方土地的膽量。
阿歷克塞讓衰弱腐朽的帝國再一次煥發出了勃勃生機，在他統治的初期，這是所有人都未曾想象過的榮光，但如今他已經年近六旬，開始迅速衰老。同時，阿歷克塞患有十分嚴重的痛風，如今，他更多地致力於將自己曾經收復的土地團結起來，而非與土耳其人燃起新的戰火。為了減輕人民的負擔，他減免了窮苦人民的賦稅，為他們提供免費的醫療服務，在都城為無家可歸者建立庇護所，滿足他們的所有需求。阿歷克塞為帝國內部威尼斯日漸增長的勢力而擔憂，因此在比薩設立同樣的通商條約，希望這兩個海上共和國能夠彼此達成勢力制衡。1116年，帝國面臨著最後一次對土耳其人的戰爭；阿歷克塞徹底擊潰了蘇丹的大軍，拜占庭海岸長年累月的敵襲迎來了最後的一刻。根據戰後訂立的條約，安條克城內的希臘化人口遷移至拜占庭疆域內，逃離被奴役的命運，但依然保留著小亞細亞地區的伊斯蘭化特點。
阿歷克塞又一次取得了最後的勝利，但他內心十分清楚，自己大限將至。如今他只能通過維持坐姿順暢呼吸，因為重疾而全身浮腫，這種情形一直延續到1118年8月，這位皇帝在床上嚥下了最後一口氣，他的家人都圍繞在他的身邊。毫無疑問，阿歷克塞一世是一位傑出的帝王，完全有資格被葬入聖使徒教堂，與無數偉大的先人同列，但他選擇了沿著防波堤建立的一座小型禮拜堂作為自己的安息之地。登上皇位的37年來，阿歷克塞一世在千鈞一髮之際為帝國帶來了穩定和平的局面，為帝國的繁榮富強打下了基礎。帝國的全面崩潰中止了，這位皇帝甚至計劃收復地中海和黑海沿岸富饒的地區。藉助與人民大眾和十字軍勢力的適度合作與友好態度，阿歷克塞一世幾乎將小亞細亞地區徹底收復。隨著安條克的心臟地帶重歸帝國領域，曼奇克特一戰帶來的危害得到有效遏制，拜占庭帝國國力日益強盛，成功阻止土耳其人在西歐立足。接下來的數世紀中，還有很多能力強大、野心勃勃的人登上帝國的皇位；如果他們能夠掌控小亞細亞地區的豐富資源，或許足以避免半個歐洲即將面臨的500年飽受奴役的歲月。然而拜占庭與十字軍之間的不和諧關係並非是阿歷克塞一手造成，他也不應因為雙方關係惡化而受到譴責。十字軍本身具有比脆弱的帝國強大得多的力量，但阿歷克塞一世運用才智成功地化解了危機，並贏得了任何人都無法想象的巨大成功。他的所有繼任者中，擁有如此才能或如此運氣的人，可謂是鳳毛麟角。
在最後的十字軍離開拜占庭許久之後，他們所造成的影響開始在帝國都城的領域內顯現出來。雖然雙方的第一次碰撞兩敗俱傷，但一直以來養尊處優的拜占庭宮廷顯然被他們的野蠻同盟的強壯體魄和氣勢深深震撼了。大體而言，這些耀武揚威的戰士顯然讓他們第一次對遙遠的西方有了些許瞭解，雖然十字軍中的大多數人未受教育、舉止粗魯，但這些身披鐵甲的戰士狂野不羈的氣質仍對他們具有強大的吸引力。
當由德意志和法國君主率領的第二次十字軍東征開始時，正值阿歷克塞的孫子曼努埃爾統治時期，騎士時代達到鼎盛，十字軍穿過都城的壯觀景象引起了拜占庭富人階級的極大興趣。富裕階層的淑女貴婦們身著西方式樣的衣裙逐漸成為時興的風尚，皇帝曼努埃爾甚至親自參加了馬上長槍比武的錦標賽，並且單槍匹馬躋身前列，令圍觀的朝廷群臣深深折服。
然而，這種全盤西方化的狂熱時尚也有其自身的優勢，所有邁入老年的拜占庭公民似乎都重新煥發青春，變得年輕強壯。富人們通過模仿這些外來的異族和他們的野蠻風俗消遣取樂，但他們內心對自己的西方兄弟並沒有多少真正的善意或深刻的理解。不論這些騎士在戰爭中多麼剽悍勇武，大多數拜占庭人的內心深處依然認為他們與蠻族暴發戶無異，無法真正與君士坦丁堡精神上和現世的榮耀並駕齊驅。羅馬帝國或許已經失去了它表面上的無限風光，但學問和文明的燈塔依然在黑暗的世界裡熠熠生輝，沒有任何來自西方蠻族的所謂國王或王子能夠真正跨越這樣的鴻溝。
這樣崇高的光輝宣言在科穆寧王朝的歷任帝王治下基本上得到了徹底的實現，帝國始終在光復的道路上一步步前進。阿歷克塞的兒子「美男子」約翰二世輕鬆擊敗了好戰的匈牙利國王，迫使土耳其達尼什曼德王朝臣服於拜占庭，成為附屬國。當頑固不化的亞美尼亞王儲繼續公然挑釁拜占庭的威嚴時，約翰二世進軍亞美尼亞，將當地的王侯全部俘獲，帶回拜占庭軟禁。帝國力量的擴張讓混亂分裂的十字軍國家迴歸正軌，安條克的儲君甚至親自面見皇帝，謙卑地對他起誓效忠。然而，約翰二世在一次狩獵事故中意外去世，他前途光明的統治就此終結，但他更加傑出的兒子曼努埃爾一世繼承了父親未竟的大業。安條克公國傲慢自大的親王誤以為這位新國王年紀尚輕，力量弱小，因此要求將數座要塞立即歸為安條克所有，然而曼努埃爾率領大軍以迅雷不及掩耳之勢來到了安條克城下，城中人民陷入極大恐慌。另一個十字軍王國得到訊息，馬上宣佈拜占庭皇帝是他們的最高統治者。當曼努埃爾於西元1159年突破安條克城，正式宣告拜占庭對該城的統治權之時，整個十字軍西方世界的權貴階層，包括耶路撒冷的國王，都對他表示絕對臣服。三年之後，塞爾柱土耳其成為拜占庭的附屬國，作為交換條件，曼努埃爾承諾讓他們獨立自治；在西方，塞爾維亞和波斯尼亞也被併吞。拜占庭似乎已經從曼奇克特戰役的慘敗中重新站起，恢復了輝煌的聲望。
然而此時，不祥的烏雲卻再一次籠罩帝國的上空。帝國在西方的聲譽自從第一次十字軍東征以來始終未曾徹底恢復，第二次東征的徹底失敗無疑雪上加霜。雖然失敗並不應歸咎於拜占庭，但在法國，尤其是諾曼十字軍踏上歸途之後，關於拜占庭的流言蜚語甚囂塵上，人們指責拜占庭表裡不一，與穆斯林大敵恢復關係，影響了帝國的盟約。然而，十字軍一方卻前後幾次忽略了曼努埃爾的正當建議，即避免與土耳其人正面對抗，繞行安全的海岸路線；與土耳其蘇丹的和約本身已經足夠令人痛恨了。自然，異教派的希臘人不會關心東方的基督教事業，他們正密謀暗中破壞十字軍的偉大成功。
然而，相比拜占庭帝國在西方遭受的非議，更加危險的卻是帝國與威尼斯逐漸惡化的關係。這個義大利城邦已經建立起一個規模巨大的商業帝國，由此帶來的龐大花銷都由拜占庭帝國承擔，威尼斯日益驕傲狂妄的態度也令普通的本土商人無法接受，他們的生意遭到嚴重影響。當他們在都城的大街上行走時，幾乎時時刻刻都會碰到狂妄自大、令人厭惡的威尼斯人，這些人巴不得皇帝將所有的一切都拱手相贈，然後再大搖大擺地回到他們的潟湖地區去。誠然，像拜占庭這樣輝煌、強盛的帝國不能容忍自己的商人遭到外來者的排擠壓制，帝國的財富也絕不能流向那些偏遠城市商人的錢袋。約翰二世曾經嘗試通過拒絕擴大他們的貿易權來抑制威尼斯人的影響，但這樣的決定不啻挑起一場戰爭，在這場戰爭中，衰朽的拜占庭海軍也起不到任何作用。幾個月來，帝國的海岸地區火災頻發，貿易遭到嚴重破壞，約翰忍氣吞聲，對威尼斯一方提出的要求做出了讓步，但並未收穫多大成效，反而令雙方的關係進一步惡化。他的兒子曼努埃爾則不同，相比父親，他的運氣要好得多。1171年，皇帝突然發難，下令逮捕帝國全境所有威尼斯人，收繳他們的貨物，無視對方激烈的抗議。這次行動十分欠妥，但又堪稱勇氣可嘉。憤怒的威尼斯使節恩里科·丹多洛被召回（雖然此時他的一隻眼睛已經失去視力），之後威尼斯便派出海軍正式宣戰。兩個國家再一次陷入了戰爭，但這次拜占庭的海軍力量已經徹底衰弱，無力出戰，因為約翰在數年前便已經大幅削減海軍軍費支出。然而不可思議的是，曼努埃爾的好運再一次發揮了作用。威尼斯的艦隊中暴發了一場瘟疫，威尼斯人在戰爭中取得的成果迅速化為烏有。倒霉的威尼斯總督無奈之下率軍返回，同時也將瘟疫帶回了威尼斯本土，隨後他本人被一名狂怒的暴民殺死。
威尼斯對帝國海上貿易的支配權被嚴重削弱，但這次勝利也付出了極其巨大的代價。就目前而言，威尼斯共和國一蹶不振，被迫休養生息，對帝國俯首帖耳，但威尼斯人的個性是睚眥必報。時間已經過去了32年，但威尼斯及恩里科·丹多洛依然在醞釀著自己的復仇行動。
如今拜占庭已經在世界範圍內獲得了相當的聲望，雖然其中也摻雜著諸多敵意挑釁與不情願，但帝國再次成為愛琴海和巴爾幹地區首屈一指的強大勢力，因此對周圍的敵意並沒有太過在意。如今拜占庭只需振臂一呼便能召集龐大的軍隊，深深震懾了東方的各路敵人，在西方也牢牢掌控著各個行省。曼努埃爾對帝國此時的力量信心十足，他甚至寫信給教皇，希望對教會提供武力保護。然而，拜占庭的力量很大程度上不過是一種假象，是由三位偉大的皇帝描繪出的鏡花水月。博學多才、充滿智慧的曼努埃爾或許對身為皇帝的職責瞭如指掌，他廣博的學識令每一個面見他的人都驚訝不已，但這位皇帝所取得的成功缺乏真正的實質基礎。十字軍國家的諸侯和國王對他承諾將臣服拜占庭，但這種承諾隨著大軍撤退自然而然地化為泡影；雖然土耳其已經成為帝國的屬地，但這不過是虛與委蛇的把戲。如今小亞細亞依然在帝國的控制範圍之外，拜占庭缺乏永久復興的基礎，然而除了一次徹底失敗的嘗試之外，所有科穆寧王朝的皇帝都未曾嘗試收復帝國失去的心臟地帶。他們的戰爭只是防禦性質的作戰，對外界的威脅做出被動反應，而非主動去彌補曼奇克特戰役曾經帶來的巨大損失。
曼努埃爾所犯下的最大錯誤便是未能將伊斯蘭的軍隊從安納托利亞徹底驅逐。在他統治初期，土耳其達尼什曼德王朝已經四分五裂、搖搖欲墜，帝國軍隊當時實力強大，任何一次威脅都會令塞爾柱人聞風喪膽。在輕鬆擊敗十字軍諸王國之後，曼努埃爾本應回頭進攻土耳其，但他卻接受了對方的臣服請求，然後在將近10年的時間裡都對土耳其的動向毫無覺察。當帝國軍隊離開這片土地時，塞爾柱人馬上入侵了達尼什曼德人的領土，輕易便戰勝了他們衰弱不堪的敵人。將近一個世紀以來，小亞細亞首次在一位強大蘇丹的領導下完成了統一。四分五裂、爭鬥不休的敵人已經徹底消失，曼努埃爾如今需要面對的是一個團結統一、充滿敵意的聯盟。1176年，他試圖糾正自己犯下的錯誤，率軍進攻土耳其首都以哥念，卻在穿越密列奧塞法隆地區時遭到敵軍伏擊。在將近一個世紀的重建之後，帝國軍隊在面對土耳其人大軍時又一次陷入了無能為力的困境，拜占庭的聲望也遭受了無法挽回的損失。這場戰役證明了帝國所謂的強大力量不過是虛有其表，一種建立在皇帝華而不實外表之下的假象。
曼努埃爾餘下四年的生命中始終策劃著一場伏擊，希望打敗土耳其軍隊，為自己曾經的失利雪恥，但他的精神已經徹底被擊垮，歷史的大潮也不可避免地向著不利於拜占庭的方向奔流。西元1180年秋天，他的病情已經到了無法挽回的地步，這一年的9月24日，曼努埃爾的去世將科穆寧王朝一個世紀以來締造的輝煌帶向了尾聲。他的死亡也像他的大半人生一樣，完美地抓住了關鍵的時機。他的統治帶來了拜占庭帝國聲望的又一個高峰，在帝國的力量開始瓦解崩潰，天空復歸黑暗之時，他的生命也走到了尾聲，留下他的繼任者們去面對即將到來的狂風暴雨。那些參加他葬禮儀式的人不知不覺之中目睹了帝國的最後一縷光輝消失於無形。曼努埃爾之後，帝國的命運最終無可挽回地墜向了破滅的深淵。
阿歷克塞對拜占庭帝國不為人知的貢獻之一便是恢復了帝國流通貨幣中的黃金含量，因而結束了嚴重的通貨膨脹，挽救了凋敝的國家經濟。
他的遺體最終被埋葬在義大利菲斯卡多地區風景宜人的小鎮韋諾薩——此處也是他逝世之地，菲斯卡多正是以他名字的變體命名。
他計劃躲藏在一口棺材裡，秘密逃離拜占庭，同時用一隻腐爛的公雞屍體假冒人體腐爛散發出的惡臭。他的支援者用哭泣和穿著喪服來掩蓋事實真相，博希蒙德的「棺材」經由水路被偷運出城，安全地返回了羅馬。
其中包括他的女兒安娜·科穆寧娜，《阿歷克塞傳》（alexiad）的作者——該書或許是關於阿歷克塞生平和所處時代最為有趣的著作。
這座教堂至今仍然佇立於此，掩映在周圍的磚石建築群中，並不十分引人注目，雖然它現在已經大部分化為廢墟（並非完全杳無人跡），所有陵墓都已經不知所蹤。或許阿歷克塞仍在某處不為人知的地下墓穴中沉睡，沉浸在關於昔日美好時光的夢境中。
和早期那些熱愛奧林匹克比賽和其他格鬥競技遊戲的皇帝不同，曼努埃爾顯然更加擅長於馬上長槍比武。根據拜占庭文獻記載，在一次錦標賽中，他曾經將兩位著名的義大利騎士挑落馬下。
日耳曼人忽視了曼努埃爾的建議，全速進軍，並很快遭到埋伏，幾乎令條頓大軍全軍覆沒。在法國一方的命令下，剩餘的十字軍戰士做出了令人難以置信的決定，前去攻打大馬士革——已經同他們結盟的穆斯林勢力所在地，並在盛夏時節發起了進攻。到了西元1148年7月28日，在五天災難性的圍攻戰之後，領軍者走投無路放棄了進攻，撤回了自己的家鄉。