自秦漢至於明清，是為中國的「秦制時代」，或謂「秦政時代」。
「秦制」「秦政」皆是由來已久的詞語。宋人歐陽修曾言：「秦既誹古，盡去古制。自漢以後，帝王稱號，官府制度，皆襲秦故，以至於今雖有因有革，然大抵皆秦制也。」至近代，則有譚嗣同在《仁學》中暢言：「二千年來之政，秦政也，皆大盜也。」
所謂「秦制」，是一種古代東西方皆有的政治制度，而以中國延續的時間最為長久，發育最為成熟。它有兩個基本特徵：
1．以官僚集團而非封建貴族作為政權統治的基礎。封建貴族有可能與皇權正面博弈，形成較為穩固的契約或類契約關係，進而有可能誕生私有產權之類的概念。但官僚集團一方面是皇權的工具，另一方面又有自己的利益訴求，他們與皇權之間的衝突幾乎不可能形成穩固的契約或類契約關係。秦制所追求的是「莫非王土」和「莫非王臣」。
2．皇權與官僚集團在施政中的主要訴求，是儘可能提升汲取人力與物力的強度與總量。為了做到這一點，他們致力於消滅一切有影響力的人與組織（包括控制、消滅官僚集團內部的「朋黨化」），追求散沙化與原子化的扁平社會結構。
秦制的萌芽、成型與西周分封制的衰落、崩潰大致同步。秦制的基本觀點至遲可以追溯到《管子》。《管子》中記載了管仲的這樣一種政治思想：
利出於一孔者，其國無敵；出二孔者，其兵不詘；出三孔者，不可以舉兵；出四孔者，其國必亡。先王知其然，故塞民之養，隘其利途。故予之在君，奪之在君，貧之在君，富之在君。故民之戴上如日月，親君若父母。
這段話的大意是：財富的流出渠道必須單一，必須由政府控制，也就是「利出一孔」，不能讓百姓有多餘的錢，不能讓他們有發財的渠道。政府做到了「利出一孔」，就可以「予之在君，奪之在君，貧之在君，富之在君」，恩賜與剝奪、貧困與富有全由君王決定，百姓才會視官府為日月，愛君王如父母。
不過，作為齊國「稷下之學」的產物，《管子》一書帶有強烈的雜燴氣息。比如，它提出了「利出一孔」這樣典型的秦制理念，但也強調「政之所興，在順民心。政之所廢，在逆民心」。提倡「利出一孔」，顯然不能說是「順民心」；提倡「順民心」，就應該反對「利出一孔」。
秦制的成熟是由商鞅與韓非子完成的。
一、商鞅的「理想國」：國富而貧治，民愚則易治
商鞅的出身，歷史資料的記載不夠詳盡，大略可以知道的是：商鞅姓姬，公孫氏，原是衛國貴族的遠支，成年後投到魏國相國公叔痤門下，世稱公孫鞅、衛鞅。商鞅是他在秦國受封於商後才有的稱呼。
據說，公叔痤臨終前，曾向魏王推薦商鞅，讓他接替自己做相國。且告誡魏王，如果不能用之，就殺之。這大約不是史實，更像是商鞅入秦之後，為推銷自己而編造出來的謊言。公叔痤死後，商鞅在魏國丟了飯碗。同時，新即位的秦孝公釋出了招賢公告：「賓客群臣有能出奇計強秦者，吾且尊官，與之分土。」商鞅遂決意西行，去碰碰運氣。
商鞅在秦國兩年時間毫無進展，直到通過賄賂秦王的寵臣景監，才見到了秦孝公。據《史記·商君列傳》記載，商鞅三見秦孝公，分別談了帝道、王道與霸道，秦孝公的選擇是霸道。對於秦孝公的選擇，《史記》保留了一段商鞅的「自述」：
吾說君以帝王之道比三代，而君曰：「久遠，吾不能待。且賢君者，各及其身顯名天下，安能邑邑待數十百年以成帝王乎？」故吾以強國之術說君，君大說之耳。然亦難以比德於殷周矣。
大意是：我先拿出來獻給秦君的是儒家的「帝王之道」，但秦君追求生前「顯名天下」，不願等待「數十百年」，於是我換了一套「強國之術」，獲得秦君青睞。秦君的選擇雖佳，卻也將導致其國之「德」難以與尊奉「帝王之道」的殷周相提並論。
這段「自述」的來歷相當可疑。「帝王之道」與「強國之術」的分野是漢儒喜歡討論的話題，「難以比德於殷周」的感慨更像是事後諸葛亮刻意將自己的觀點掛靠在了商鞅身上。
其實，商鞅是一個所學龐雜、並無固定思想體系之人。君王喜好「帝王之道」，他就獻上「帝王之道」；君王喜好「強國之術」，他就提供「強國之術」。他可以在道、術之間自由切換，毫無思想壓力。秦王選擇霸道，於是就有了商鞅變法。
嚴格來說，商鞅變法其實有先後兩次。第一次始於西元前356年，也就是商鞅見到秦王后的第三年。這一年商鞅榮升左庶長，頒佈了自己的第一份變法令，史書中一般稱作「變法初令」。第二次是在西元前350年，這一年商鞅升任大良造，相當於國相，借遷都之機再次推行變法。
前後兩次變法，主旨上並無太大差異。據《史記·商君列傳》記載，第一次變法時頒佈的「變法初令」主要內容包括：
1．將民眾編為什伍，實施連坐之法。具體的辦法是「不告奸者腰斬，告奸者與斬敵首同賞，匿奸者與降敵同罰」。即不舉報奸人者腰斬，舉報奸人者獲賞等同於斬敵首，藏匿奸人者受罰等同於投敵。
2．「民有二男以上不分異者，倍其賦。」即家中有兩個成年男性卻不分家者，雙倍徵收賦稅。
3．鼓勵公斗，按軍功的大小授爵；禁止私鬥，按情節輕重量刑。努力耕種、紡織之人可以免除本人的勞役和賦稅，因懶惰而貧困者沒為奴隸。
4．宗室也得靠軍功來謀取富貴，「宗室非有軍功論，不得為屬籍」。制定明確的爵位和俸祿制度，田宅與奴隸的多少與爵位直接相關。有軍功才有社會地位，無軍功之人再怎麼富有也無法提高政治身份。
有說法認為，商鞅的變法措施打擊了「頑固腐朽的秦國舊貴族勢力」，為底層平民提供了一條上升的通道。
這樣的效果或許確實是有一些，但商鞅的本意並不在此。強化對民眾的控制（什伍、連坐與告奸），將有力量的大家族打散為無力量的小家庭（民有二男以上不分異者，倍其賦），打擊阻礙國家直接管理百姓的封建貴族，將人的社會地位與軍功直接掛鉤。這一套變法措施的核心目的，都是提升秦國對資源（包括人力與物力）的汲取能力。
秦國致力於消滅國內的貴族。秦民存在的目的就是提供人力物力，給國家添磚加瓦。按《商君書》（該書雖未必是商鞅親筆所寫，卻屬於商鞅思想、言論的彙編無疑）的說法，要讓百姓更好地為國家添磚加瓦，首要之務是消滅「六蝨」。
「六蝨」的概念見於《商君書·靳令》，具體是指六種危害國家的東西：禮樂、詩書、修善孝悌、誠信貞廉、仁義、非兵羞戰。這些東西在今人眼中屬於最基本的人類文明，但在商鞅眼中，卻構成了對國家強盛的威脅。商鞅另有一套強國的邏輯：
國貧而務戰，毒生於敵，無六蝨，必強。國富而不戰，偷生於內，有六蝨，必弱。
大意是：國家貧窮，多搞擴張戰爭是有益的，既可以損害敵國的利益，也可以保證本國沒有「六蝨」，國家必強；反之，國家富足，卻不對外擴張，百姓生活安逸了，就會追求詩書禮樂，就會講究孝悌、誠信，就會倡導仁義，反對戰爭，「六蝨」全跑了出來，國家必弱。
《商君書》還解釋了國家為什麼應該制定告密制度，讓百姓互相監視：
刑加於罪所終，則奸不去；賞施於民所義，則過不止。刑不能去奸而賞不能止過者，必亂。故王者刑用於將過，則大邪不生；賞施於告奸，則細過不失。治民能使大邪不生、細過不失，則國治。國治必強。
大意是：罪行發生後，再對犯罪者實施刑罰，不能起到「去奸」的效果；義舉發生後，再來獎賞當事人，也起不到「止過」的作用。刑罰不能「去奸」，獎賞不能「止過」，國家就會亂。所以，統治者必須在百姓違法之前，提前實施刑罰，如此才不會出現「大邪」；統治者必須賞賜告密的百姓，如此才不會忽略「細過」。統治百姓，能夠做到「大邪不生」「細過不失」，國家就會強盛。
針對上述思想，商鞅有一句簡練的總結：「殺刑之反於德，而義合於暴。」——仁義只會抵達「暴」，殺戮反而會歸於「德」。
在中國歷史上，商鞅變法是第一次將「告密」納入國家制度，也是第一次將「事前懲罰」制度付諸實施的變法。這種體制化的告密之風與秦國的興亡相始終，直到漢文帝時代才得以改變。據《漢書·刑法志》記載：
及孝文即位……懲惡亡秦之政，論議務在寬厚，恥言人之過失。化行天下，告訐之俗易。吏安其官，民樂其業……選張釋之為廷尉，罪疑者予民，是以刑罰大省，至於斷獄四百，有刑錯之風。
漢文帝與眾臣吸取秦朝滅亡的教訓，以寬厚為務，以告密為恥，上行下效數十年，才使得「告訐之俗易」，社會上的告密風氣得到糾正。事前懲罰制度也不再存在，取而代之的是「罪疑者予民」（近似於疑罪從無）。
商鞅的變法思想裡還有一條叫作「國富而貧治」，原話是這樣說的：
民貧則力富，力富則淫，淫則有蝨。故民富而不用，則使民以食出，各必有力，則農不偷。農不偷，六蝨無萌。故國富而貧治，重強。
百姓貧窮，就會有求富的上進心（力富）；富有之後，就會放縱、貪圖安逸（淫），然後國家有「蝨」，就不能強盛。所以，百姓富裕了，就不易役使，那就讓他們拿出糧食來頂替外出服役。他們重新陷入貧窮，就不會怠惰，「六蝨」就不會產生。所以，讓國家富有，使百姓保持貧窮的政策，可以讓國家強上加強。
也就是說，商鞅主張將百姓的生活水準控制在最低限度的溫飽線上。
上面這段話裡的「蝨」，前文已經說過，指的是禮樂、詩書、修善孝悌、誠信貞廉、仁義、非兵羞戰六種危害國家的弊端。至於「淫」，《商君書》中有一段解釋：
奚謂淫道？為辯知者貴，遊宦者任，文學私名顯之謂也。
「淫」即淫逸。按商鞅的理解，「淫道」包括了靠能言善道得到富貴，靠遊散求官進入體制，靠著書立說獲取名聲。也就是說，只有靠軍功和耕作來獲取社會地位才是正道，其他靠智慧、人脈資源、學識來提升階層的做法都屬於邪道，都對國家有害——儘管商鞅自己正是依靠著辯智和遊宦而得到秦君的重用。
將國家與百姓對立起來，強調國家的富強必須建立在百姓的愚昧與貧窮之上，這是商鞅變法的核心理論。百姓越弱、越愚昧，國家就越強、越穩定，這是商鞅變法的核心邏輯。對此，《商君書》中有大量的陳述和解釋。試舉幾例：
「昔能制天下者，必先制其民者也；能勝強敵者，必先制其民者也。」過去能夠控制天下的人，一定是首先制服他的民眾的人；能夠戰勝境外強敵的人，一定是首先制服他的民眾的人。
「樸則強，淫則弱。弱則軌，淫則越志。弱則有用，越志則強。」「樸」是「淫」的反義，意思是沒有知識、人脈、溫飽之外的追求。這句話的意思是：百姓甘於「樸」國家就強，追求「淫」國家就弱。百姓弱，就安分守己；百姓強，就會逾越本分，對抗朝廷（越志）。
「無以外權爵任與官，則民不貴學問，又不賤農。民不貴學則愚，愚則無外交；無外交，則勉農而不偷。民不賤農，則國安不殆。國安不殆，勉農而不偷，則草必墾矣。」如何引導百姓不去追求知識，是商鞅在改革過程中深入思考過的問題。他給出的答案是：不要在戰功與農耕的收成之外，以任何理由賜予官爵，尤其不可讓百姓有機會通過知識來提升階層。久而久之，百姓就會很自然地鄙視學問、專心務農。百姓不重視學問，就會愚昧。百姓愚昧，就不會與外界有過多的思想交流。沒有過多的思想交流，百姓就會一心務農。百姓一心務農，國家就會強盛。
「國之大臣、諸大夫，博聞、辨慧、遊居之事，皆無得為，無得居遊於百縣，則農民無所聞變、見方。農民無所聞變、見方，則知農無從離其故事，而愚農不知，不好學問。愚農不知，不好學問，則務疾農。」國家不許大臣與士大夫去做任何展示其博學多聞、能言善辯的事情，不準外出遊歷、寄居他鄉。這樣的話，農民就沒有機會聽見「變」（通「辯」，論辯）與「方」（學問、道理）。「知農」（聰明的農民）沒有機會結識大臣、士大夫，也就沒有機會放棄農業生產；「愚農」無知，不喜歡學問，也就會積極務農。
為了徹底貫徹「民愚則易治」的理念，商鞅在變法過程中的一些做法相當極端。據《史記·商君列傳》記載：
秦民初言令不便者有來言令便者，衛鞅曰「此皆亂化之民也」，盡遷之於邊城。其後民莫敢議令。
百姓反對變法時，商鞅曾把他們抓起來坐牢，甚至砍頭；百姓轉變立場，稱讚變法，又被商鞅抓起來流放邊關。反對不可以，歌頌也不可以，目的是造成一種「民莫敢議令」的氛圍。百姓不能議論，就會減少思考。百姓只需要遵守變法推行的政策，不需要思考政策的好壞。
西元前338年，秦孝公去世，太子駟繼位，是為秦惠文王。商鞅的生命也走到了盡頭。對此，商鞅本人是有預感的。他的變法幫助秦孝公極大地提升了秦國的資源（人力與物力）汲取能力，但這種提升是以打壓秦國的封建貴族為前提的——秦孝公想要掌控更多的人力、物力，就需要秦國的封建貴族吐出更多的人力、物力。如今，新君即位，首要之務不在汲取資源，而在君位的鞏固。君位的鞏固需要獲得國內政治力量足夠的支援，其中自然也包括勢力仍盛的封建貴族。而取悅封建貴族、獲取他們支援的最佳辦法就是誅殺商鞅。
為了保全性命，秦孝公一死，商鞅就自請隱退，迴歸封地，希望利用封地的武裝保護自己（削弱貴族力量恰恰是商鞅變法的核心訴求），並聯絡魏國權臣，欲以秦國的利益為籌碼換取魏國的幫助（但魏國無意為了商鞅與秦國開戰）。最終，秦軍攻入商地，「滅商君之家」，商鞅被殺，他的屍體被帶回秦都咸陽，公開車裂。
商鞅雖死，但他的強國之道儲存了下來，被歷代秦君奉為治國的圭臬。