但崇禎絕不願意承認這一點。他的名言是「朕非亡國之君，諸臣皆亡國之臣」。後世的乾隆皇帝也不喜歡從這個角度來反思明朝滅亡的教訓。他更惋惜明朝沒能消滅書院，更惋惜明朝沒能把東林黨徹底批倒、批臭。
三、乾隆為何痛恨東林黨？
在《題〈東林列傳〉》中，乾隆說過這樣一句話：
東林講學，始以正而終以亂，馴致與明偕亡。
這相當於是將明朝的滅亡與東林講學直接掛鉤。為什麼這樣講？乾隆也有一段解釋：「蓋有講學，必有標榜，有標榜，必有門戶，尾大不掉，必致國破家亡。漢、唐、明，其殷鑑也。」意思是：講學者，必會標榜自己講得好，講得對；有了標榜，必會形成不同的門派；形成門派，等於形成了有組織的團體，這些團體尾大不掉，就成了心腹之患。漢、唐、明三代都是這麼亡國的。
乾隆還說，那些講學的東林黨也有正人君子，但形成了門派，就有了門派利益，有利益，就會有小人趨炎附勢。所以，小人以東林黨自居，其過錯仍在東林黨。「開門揖盜者，本東林之自取，迄明亡而後已」，是東林黨自己在開門揖盜，吸引小人。
陳鼎的《東林列傳》旨在讚頌東林黨人。乾隆將他的讚頌斥為「邪說」。其邏輯是：國破家亡，黎民塗炭者數不勝數，東林黨人「不能守祖業，徒以國亡殉節為有光」，不能守護明朝，只知道成就自己的千古盛名，真所謂「國家將亡，必有妖孽」。
對於東林黨領袖顧憲成，乾隆也完全沒有好感。他在詩裡嘲諷「足識斯人學不醇」，這個人學問不行，沒做到家，同時還在詩後做注，說正因為顧憲成學問太糟糕，所以「其東林倡說，流而為門戶，掉而為禍患，不亦宜乎」，說顧憲成在東林書院宣傳歪理邪說，流毒成為利益門派，最終成了國家的禍患。
東林黨被乾隆定性為明朝亡國的主因，紀曉嵐等人奉旨於《四庫全書總目》之中對這一定性做了更詳細的闡釋。他們做的闡釋的主旨，簡而言之就是「夫明之亡，亡於門戶。門戶始於朋黨，朋黨始於講學，講學則始於東林」——東林黨聚眾講學，講學形成門戶、朋黨，門戶、朋黨不以朝廷利益為先，明朝於是滅亡了。
為了讓乾隆滿意，有些闡釋非常露骨，直指講學活動會將人聚集起來，而聚集對朝廷有害：「大抵門戶構爭之見，莫甚於講學，而論文次之。講學者聚黨分朋，往往禍患延宗社。操觚之士筆舌相攻，則未有亂及國事者。蓋講學者必辨是非，辨是非必及時政，其事與權勢相連，故其患大。文人詞翰，所爭者名譽而已，與朝廷無預，故其患小也。」講學和寫文章相比，前者的危害更大。因為講學會把人聚到一起，討論時事、辨別是非，形成有力量的團體；文人寫文章互相攻擊，不過是點對點爭個人聲譽，影響反而不大。
權力人物對讀書人聚眾講學的憎惡也見於朱元璋與張居正。
在「臥碑文」裡，朱元璋明確規定，「天下利病，諸人皆許直言，惟生員不許」，天下人都可以直言時事利弊，只有生員不可以。朱元璋還規定，遇到與己無關之事，生員不許去衙門，不許介入其中，否則革去生員資格，嚴重者發配邊疆，乃至殺頭。在朱元璋看來，生員擁有同窗、師長方面的優質社會關係，比普通百姓更有活動能力，是需要嚴格控制的物件。
張居正也有相同的認知。萬曆三年（1575年）已身為內閣首輔，大權獨攬的他再度重申並強化了朱元璋的祖制，嚴禁生員參與一切政治事務。他勒令天下：「不許別創學院，群聚黨徒及號召他方遊食無行之徒空談廢業……遊士人等，許各撫按衙門訪拿解發。」萬曆七年正月，張居正又下令遵照「皇祖明旨」，毀天下書院，全部「改為公廨衙門」，書院的田產、糧食全部劃歸地方里甲。全國著名書院中，超過60所遭到查封。與張居正禁燬書院大略同期，歐洲的中世紀大學開始向近現代大學轉型。
在約束生員方面，張居正的規定較之朱元璋的更為具體：「我聖祖設立臥碑，天下利病，諸人皆許直言，惟生員不許。今後生員務遵明禁，除本身切己事情，許家人抱告有司……其事不幹己，輒便出入衙門，陳說民情，議論官員賢否者，許該管有司申呈提學官，以行止有虧革退。若糾眾託幫，聚至十人以上，罵詈官長，肆行無禮，為首者照例問遣，其餘不分人數多少，盡行黜退為民。」
嚴禁生員議論國家政策的利弊。若生員自己的切身利益受損，只能由家人去找衙門；與自己的利益無關，卻前往衙門為民請命、議論官員的好壞，要被革除生員資格，喪失進入仕途的機會；如果利用自己的社會關係，聚集10個人以上，介入政治事務，為首者問罪發配，其他人一律革除生員資格，貶為庶民。
清軍入關後，全盤繼承了上述明朝的統治術，且有所發展。順治九年（1652年）向全國頒佈的《生員條例》，除重申朱元璋與張居正所定規章之外，另有補充：「生員不許糾黨多人，立盟結社，把持官府，武斷鄉曲。所作文字，不許妄行刊刻。違者聽提調官治罪。」生員不但不能議論時事，不能親自為自己的利益上訴，不可以幫助他人上衙門，不可以聚眾介入公共事務，也沒了結社、出書的權利。
自順治而下，康雍乾三代皆繼續維持並強化這種統治術，對「生員」實施嚴格管控。乾隆借修《四庫全書》的機會，集合紀曉嵐等學者，以「明朝亡於講學」為歷史定論，將東林眾人拉出來鞭撻，其實是在警告清帝國的讀書人千萬不要「重蹈覆轍」。
黃宗羲著：《明儒學案》第十一冊卷五十八，商務印書館1934年版，第47頁。
也有學者主張將「東林黨」與「東林學派」分開來看。見劉軍：《東林黨與東林學派辨析：關於東林是否為黨的另外一種思路》，《石河子大學學報》（哲學社會科學版）2010年第3期。
［日］小野和子：《明季黨社考》，上海古籍出版社2013年版，第7—10頁。
吳亮輯：《萬曆疏鈔》卷十八《懇乞聖明節收輔臣權勢疏》，見南炳文、龐乃明主編：《「盛世」下的潛藏危機：張居正改革研究》，南開大學出版社2009年版，第204頁。
胡鐵球：《新解張居正改革：以考成法為中心討論》，《社會科學》2013年第5期。
吳亮輯：《萬曆疏鈔》卷五《亟斥輔臣回籍守制以正綱常疏》，見［日］小野和子：《明季黨社考》，上海古籍出版社2013年版，第18頁。
倪軍民：《試論明季言路膨脹與政治失控》，見《明史論集》，吉林文史出版社1993年版，第271—272頁。
部分學術著作將東林黨視為江南地主和商人的利益代言人。如吳慧認為，東林黨由「中小地主、中下級官吏和地主階級知識分子」組成，「代表東南地區部分地主和新興的工商業者利益」。為了維護自己的利益，他們反對腐朽的「以皇帝、宦官、王公、勳戚、權臣為代表的大地主集團」，「反對王公勳戚的掠奪土地,反對稅監礦使的橫徵工商」。見吳慧：《中國商業通史簡編》，中國商業出版社2015年版，第202—203頁。
此段及後文關於明神宗鋪張浪費窮奢極欲的史料總結均引自南炳文、湯綱：《明史》下冊，上海人民出版社2014年版，第711—717頁。
南炳文、湯綱：《明史》下冊，上海人民出版社2014年版，第718—722頁。
南炳文、湯綱：《明史》下冊，上海人民出版社2014年版，第722—723頁。
方興：《明朝萬曆年間「礦稅銀兩」的定額與分成》，《首都師範大學學報》（社會科學版）2016年第6期。
方興：《明萬曆年間「礦監稅使」的階段性考察》，《江漢論壇》2016年第3期。
南炳文、湯綱：《明史》下冊，上海人民出版社2014年版，第743—746頁。
方興：《明朝萬曆年間「礦稅銀兩」的定額與分成》，《首都師範大學學報》（社會科學版）2016年第6期。
南炳文、湯綱：《明史》下冊，上海人民出版社2014年版，第746—748頁。
吳慧主編：《中國商業通史》第三卷，中國財政經濟出版社2005年版，第852—857頁。
周遠廉、謝肇華：《萬曆後期的礦稅之禍：明代遼東檔案研究之三》，見《中國古代史論叢》，1982年第2輯，福建人民出版社1982年版。
蔡明倫：《論明萬曆中後期言官對神宗的批判》，《史學月刊》2006年第4期。
李三才：《請停礦稅疏》，見［日］小野和子：《明季黨社考》，上海古籍出版社2013年版，第176頁。
楊豔秋：《〈明光宗實錄·三朝要典〉的編修》，《史學史研究》1998年第4期。
樊樹志《晚明史》中《「東林黨」論質疑：關於「東林與浙黨」》一節，已清晰指出東林無黨，「所謂‘東林黨’與‘浙黨’對立云云，實在是臆測多於事實的」。見樊樹志：《晚明史1573—1644》上冊，復旦大學出版社2015年版，第529—537頁。
［日］小野和子：《明季黨社考》，上海古籍出版社2013年版，第376頁。
陳登原：《陳登原全集》第八冊《崇禎五十相》，浙江古籍出版社2014年版，第93—95頁。
《題〈東林列傳〉》，見張傳鋒：《〈四庫全書總目〉學術思想研究》，學林出版社2007年版，第247—248頁。
《題顧憲成解論語四勿詩及注》，見張傳鋒：《〈四庫全書總目〉學術思想研究》，學林出版社2007年版，第248頁。
《四庫全書總目》卷九七，見張傳鋒：《〈四庫全書總目〉學術思想研究》，學林出版社2007年版，第246頁。
《四庫全書總目》卷一四八，見寧俠：《四庫禁書研究》，商務印書館2018年版，第212頁。
朱元璋：《臥碑文》，見《歷代小說筆記選·清一·松下雜抄》，上海書店1982年版。
《張太嶽集》卷三十九，見鄧洪波：《中國書院史》，東方出版中心2004年版，第369頁。
鄧洪波：《中國書院史》，東方出版中心2004年版，第370—373頁。
《張太嶽集》卷三十九，見［日］小野和子：《明季黨社考》，上海古籍出版社2013年版，第22頁。
朱漢民、鄧洪波：《嶽麓書院史》，湖南教育出版社2013年版，第398頁。