在矩陣的源頭中，尼奧見到了矩陣的幕後大boss：架構師！
他是矩陣的建立者。矩陣內的一切，都是出於他之手。
尼奧的真實身份，也在這一刻呼之欲出！
「你的存在，彙集了矩陣程式設計時產生的所有不平衡因素。你是程式異常的產物，我費盡全力，還是不能消除這些異常。」架構師面無表情，淡淡道：「雖然我極力避免產生異常，卻也做了準備。因此你的到來，完全在我的掌控之中。」
看到這裡，觀眾們終於明白了尼奧的來歷，同時心裡也泛起了驚濤駭浪。
主角，真特麼就是一個系統的bug啊，真特麼不是一個純粹的人類啊！
但還沒等觀眾細細消化這段秘聞，架構師後面的話再次毀了所有人的三觀。
「矩陣的歷史遠比你瞭解的久遠....」
「現在的矩陣，已經是第六版。」
也就是說，在之前，還有五個版本的矩陣。尼奧之前，也還有五個救世主！
構架師解釋道：「我設計的第一版矩陣十分完美，是一件藝術品....」
但是，就是太過完美，反而導致了第一版的崩潰。因為人類固有的性格缺陷導致他們根本不可能生活在一個完美無瑕的世界。
貪婪，驕傲，色慾，憤怒等等各種人類的缺陷讓他們不可能和平的生活。
就像華夏的共產主義，根本就不可能實現一樣。
所以，構架師根據人類的歷史，模仿21世紀初，設計了一個不那麼完美的現代社會，以供人類生存。
這樣一來，系統總算穩定了一點，但是，最後還是崩潰了。
因為人類自由的天性，即便99%的人潛意識接受虛擬世界，總特麼有1%的人會產生與之對立的系統性異常。
這些人，就是覺醒者。
所以，為了處理這些拒絕接受系統的人，機器人設立了錫安！
而每當錫安的人數達到一定數量時，機器人就會派出大軍去消滅殆盡！
這一次，便是第六次消滅錫安！
「救世主的作用，就是在此時返回源頭，將你身上的部分程式碼，重新注入主程式。」架構師冷漠道，「之後，你再挑選23命人類，16名女性，7名男性，重建錫安！」
「如果不這樣做，系統將會出現崩潰，並殺死所有與矩陣連結的人，再加上錫安的毀滅，人類將徹底滅絕！」
「你的五位前輩，都是基於對人類反應的預測進行設計的，這先入為主的設定，讓他們對人類產生了眷戀，以促使他們完成救世主的義務。」
「不過，其他幾位救世主的眷戀是廣義的，你的卻要具體的多....」
「也就是..愛！」
與此同時，螢幕中，電影最開始出現的女主隕落的那一幕幕鏡頭真實的發生了。
安妮，即將死亡....
所以，此刻的主角面臨著及其艱難的選擇。
「這裡有兩扇門，你右手邊的門通往源頭，可以拯救錫安。左手邊的門可以帶你回到矩陣，去找她。」
「但人類，也將隨之滅亡！」
看到這裡，一個又一個幕後的秘密被揭曉，觀眾們也是被這一個接一個高潮震撼地無以復加。
人類，被前前後後滅掉了五次？
救世主，就是為了解決系統的bug，然後帶著23個人類重建被毀滅的錫安，開啟第七個版本？
「臥了個槽！」
「原來錫安是機器人為了處理這些不穩定因素，故意讓救世主建立的。」
「神特麼第一代救世主解放了人類，這尼瑪就是機器人的陰謀。」
「臥槽，這幕後也太驚悚了吧？」
「我只想知道這一次的主角會怎麼選。這一次，他和前幾個救世主不一樣，他被機器人注入了新的元素，愛。結果呢，會不會不一樣？不是說愛情的力量是最偉大的嗎？」
「呀呀呀，這到底怎麼選啊。一邊是自己的愛情，一邊是人類存亡的大義！」
「之前的救世主都選擇救人類，這一次.....」
這一次....
正如架構師看穿尼奧一樣，尼奧的腦袋裡產生一系列化學反應，產生了一系列電訊號，最後生成一種可以壓倒邏輯和理性的情緒。
簡而言之，尼奧被愛情衝昏了頭腦。
所以最後，他選擇了左邊的門，選擇了通往矩陣可以尋找安妮而不是通往源頭可以拯救人類的門。
而且，在安妮即將砸落在車頂的瞬間，尼奧從天飛過，如同超人一般，將安妮救起。
最後，尼奧挽救了自己的愛情。
但是，人類呢？
他沒有回到源頭，這樣一來，系統的崩潰會殺死所有與矩陣連結的人，而現實世界，機器人大軍也會滅掉錫安。
這樣一來，人類這個物種就真的滅絕了。
而且死無葬身之地！
之後，尼奧和安妮回到現實世界。剛一回來，屁股還沒坐熱，機器人大軍就找到他們的飛船，並將其摧毀。
逃亡時，尼奧卻是無意中感受到在現實世界裡，自己也擁有著控制程式的力量。
所以，他一招手，無數機器人彷彿系統出故障一般，倒地不起。
但尼奧自己也暈厥了過去，不知道剛才那一招消耗了他太多的精神力，還是他作為系統的bug，自身出了故障。
電影的最後一幕，尼奧被趕來救援的飛船帶走，在一張病床上，尼奧閉著眼睛，昏迷不醒。
在他的旁邊，同樣躺在病床上，那個被雨果侵蝕，並來到現實世界的複製體卻是悄然動了一下手指。
至此，第二部結束。
矩陣的奧秘被揭曉，但是人類這個物種卻是處於被滅絕的境地。
高潮，依然還未完結！