整整一年，長安城不知死了多少人。
自去年冬天，朱安世在西市被斬，血光便像瘟疫一般四處漫延。
先是丞相公孫賀被滅族，接著天子以清查巫蠱為名，重用佞臣江充、黃門蘇文，宮裡宮外滿城大搜，兩位公主相繼被處死，數萬人被殺。最終禍及皇后、太子。衛皇后畏而自殺，太子宮中據說搜出木偶和帛書，帛書上有不道之語。太子被逼起兵，殺死江充，城中混戰，又是數萬人死亡。血流入河溝，紅染數里。
太子逃亡，最終被捕自殺。門值田仁因為放走太子，被腰斬。御史大夫暴勝之因為失察，畏罪自殺。就連呂步舒，也被問罪誅戮。太子曾向任安調兵，任安拒絕，天子認定任安坐觀成敗，任安也被判死刑，冬季即將問斬。
耳聞目睹這一切，司馬遷心中慘痛，卻無能為力，只能一筆一筆載入史記。
朱安世一案，他也牽連其中，遲早會被追查出來，命在旦夕，他無暇多想，唯有趕在死前，晝夜拼力，完成史記。
只有一件事，讓他迷惑不已：朱安世從宮中盜出孔壁《論語》後，韓嬉曾將副本送來一份給他，他搬出齊魯兩種《論語》對照，發覺並沒有多大差異，既不見長陵圓郎所留殘簡中那句「天下者，非君之天下，乃民之天下」，也不見簡卿臨終所言的「從道不從君，從義不從父」，更不見其他貶天子、責君父之語。
那夜，朱安世深夜突訪，他要詢問盜經詳情，朱安世卻匆匆告別，誰知那一面竟成永訣。他又在宮中四處打探衛真和孔驩的下落，卻聽不到絲毫音訊。
有一天，他去石渠閣查閱檔案，經過孔子書櫃，心中一動，便過去開啟檢視，竟赫然看到孔壁《論語》古簡。忙展開細讀，簡上所用文字確是古字，但內文與朱安世所盜的《論語》完全相同。
他悵然若失，難道是自己猜測有誤？
但隨即生疑：既然如此，呂步舒先前為何要盜走孔壁《論語》？而且還偷改藏書目錄？既然已經盜走，為何又要放回來？
他慢慢捲起那捲竹簡，卻忽然發現穿皮繩的小孔內壁與外面看起來有些不同：竹簡表面古舊汙朽、內壁卻很新鮮。湊近細看，發覺這竹簡其實只是看起來像古簡。這種仿古手段司馬遷以前就曾見過，是用煙燻、泥染、土埋等法子，將新簡做出古舊的模樣，但穿繩之孔太細，不好動手腳，所以難免露出破綻。
這孔壁《論語》是假的！
既然這部古簡是假的，那麼朱安世盜的那部也是假的！呂步舒是在借朱安世之力，以假替真，將假孔壁《論語》流佈於世上！
一時間，司馬遷驚怒悲憤之極：呂步舒心機如此可怖！朱安世為了救孔驩而盜經，為進宮而淨身毀容，最後連性命都搭上，盜出來的竟是一部假《論語》！
他又猛地想起衛真，這假《論語》是衛真傳給朱安世，他所傳《論語》不是從孔驩口中得來，而是受呂步舒之命！呂步舒讓衛真給孔驩送飯，只不過是設下釣鉤，用來誘騙矇蔽我和朱安世。
衛真啊衛真，你為何要這麼做？
司馬遷心中悲傷，不敢深想，匆匆離開了石渠閣。
回到家中，他將此事告訴了柳夫人，柳夫人聽後也驚駭無比，不禁落淚。
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史記只剩最後一篇——《孔子列傳》。
這幾年，司馬遷一直在等待孔壁《論語》，然而現在孔驩不知去向，恐怕早已遇害，此生再也無望見到《論語》全文。
他滿腔悲憤，心想：後世縱使不知《論語》真面目，但必須知道這一真相。
於是他奮筆疾書，將真相全部書之於文，終於完成《孔子列傳》。
寫罷最後一個字，天色微亮，已是清晨。他擱下筆，吹滅燈，直起身子，望著案上竹簡，萬千滋味一起湧上心頭，一時間難辨悲喜。不由得喃喃念起兒寬帛書上的那六句：
星辰下，書卷空
高陵上，文學燔
九河枯，日華熄
九江湧，天地黯
鼎淮間，師道亡
啼嬰處，文脈懸
尤其是讀到「啼嬰處，文脈懸」，更是喟嘆不已，呆坐半晌，萬千感慨最終化作一聲深嘆，消散於清寒之中。
正要起身，遠處忽然傳來一聲雞鳴，他心中一動：人心鬱暗，世道昏亂，孔子一片仁心，不正是這世間的一聲雞鳴？雄雞不會因世人昏睡，便不鳴叫。仁人志士，又何嘗會因為天下無道，便杜口噤聲？孔子一生寂寞，但為傳揚仁義，明知其不可為，卻不遺餘力而為之。
痴嗎？傻嗎？的確是。但世間若沒有了這一點痴傻，人心還能剩下什麼？
人可死，魂不可滅。他精神一振，生出一念，忙抓起書刀，將卷首《孔子列傳》的「列傳」二字削颳去，重新提筆蘸墨，寫下「世家」二字。
他寫史記，是以人為綱，獨創了紀傳體，將史上人物按身份分為「本紀」「世家」「列傳」三類。《本紀》記帝王，《世家》記王侯，《列傳》則記載古今名臣名士、特出人物。孔子家世低微，故而一直分在《列傳》中。但此刻想來，孔子雖不是王侯，但孔子之重，重過歷代所有王侯。世間少一位王侯，並無損失，但世間若沒有了仁義，則暗無天日。
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史記完成，只剩下最後一件事：如何留傳？
古史部分倒還好，天子也曾看過。但當代之史，不少都是隱秘醜聞，尤其景帝及當今天子本紀，他毫無避諱，秉筆直書，一旦被天子看到，必會被焚燬。
他能託付的人，只有女兒女婿，女兒司馬英頗具膽識，自不會推託，但女婿楊敞膽小怕事，只要看到當今天子本紀，就斷然不敢收留史記。就算他敢，一旦被察覺，也必將禍及全族。孔壁《論語》之禍已經令人慘痛，再不能為了史記，又禍害親人、傷及無辜。但如果不能公之於世，寫史記又有何用？
司馬遷思前想後，始終想不出一個妥善之策。
幸好柳夫人想到一個主意：抄一份副本，將該避諱的地方全部刪去，再交給女兒女婿，這樣，至少大部分史記能得以留傳。至於正本，萬萬不能託人收藏，找個隱秘的地方，埋藏起來，以待後世之人發掘。
這個法子兩全其美，很是妥當。但正本藏在哪裡好？
藏的地方既不能太顯著，也不能太荒僻。太顯著，易被當世人發現，則仍然難逃被毀之運；太荒僻，則恐怕永世都不會被人發現。最好是劉氏王朝覆滅之後，再被發現，到那時，則不用再怕觸怒朝廷。但什麼地方能保證這一點？
夫妻兩個一邊思索商議，司馬遷一邊抓緊抄寫史記副本，邊抄邊刪改。
景帝及當今天子本紀，全部刪去。
河間獻王劉德，只留下劉德好儒學一句，藏書、獻書及死因全部刪去。