元朝末年，官府統治黑暗腐敗，終於大局糜爛，不可收拾。各地百姓不堪殘暴壓榨，紛紛揭竿而起，群雄相爭，尚不知鹿死誰手。
當時有名士施耐庵，生而好學，博古通今，他痛恨元帝殘暴，常年遊走四方，聯絡各地義軍，謀劃抗元大業。
某日，施耐庵被元兵追捕，獨自逃入深山，結果迷失道路，環視四周，所見盡是危石奇峰，絕無人跡，心裡甚是惶恐，莽莽撞撞地走了半天，途中見有一個少年乞丐餓倒於路邊，眼看就要餓死了。
施耐庵心地仁厚，便將身邊僅有的半塊乾糧給他喂下。那乞丐跪地感謝救命之恩，然後與施耐庵二人結伴尋找出山的路徑。走到深夜裡，發現山林中有座破廟，兩人身上又餓又冷，悽惶之際，只好棲身在破廟泥胎中過夜。
施耐庵剛剛睡著，忽聽廟裡窸窸窣窣有腳步聲響起，他以為是元兵追至此地，大氣也不敢出，從泥胎縫隙裡偷眼觀瞧，就見兩位赤瞳黃衫客，正在燈燭下對弈，身後各有侍童數人，執意甚恭。
施耐庵擔心惹禍上身，不敢露面，繼續藏身在泥胎中窺探，卻聽那兩位黃衫客縱論古今得失成敗，言辭古意昂然，高談闊論，無不盡中機宜，再看棋局間往來縱橫，似乎暗合兵法，神妙無方，常人難測其奧。
施耐庵大為歎服，知道是遇到了世外高人，連忙從泥胎中爬將出來，拜見那二位黃衫客，懇請收納為徒，傳授兵法古術，用以匡扶天下。
那兩個黃衫客見狀並不驚訝，當即請施耐庵落座，他們自稱其祖輩乃是春秋戰國時鬼谷子門下，歷代隱居於此山，有許多年不見外人了，而今有人誤入山中，也是機緣難得，看來天下大變在即，合該兵家出世定亂，於是取出一捆竹簡，告之施耐庵："此乃兵家秘訣，分為形勢、技巧、權謀三篇，內合陰陽術數，蘊涵天地形勢變化，暗藏扭轉乾坤之機，如能領悟其中一篇奧妙，當有九五之尊。"
施耐庵忙說："我一介布衣，從不敢有非分之想，只求能夠輔佐賢明聖主，推翻元人暴政，以解天下蒼生倒懸之苦。"
那兩個黃衫客聞言怪笑了幾聲，當場將竹簡盡數相授，施耐庵再次拜倒叩謝，隨後在燈下翻閱"兵家秘訣"，越看越是入迷，渾然忘卻了身外之事。
驀地裡一陣山風將廟門推開，頓時寒意襲人，施耐庵周身打了個寒戰，等他抬起頭來，卻不見了那些人的蹤影，此時天色破曉，晨霧只見有一群長臂蒼猿，正自穿林越澗而去，為首兩頭巨猿都是赤瞳黃背，空山沉寂，猿聲轉瞬間已在數里之外了。
施耐庵心中驚疑不定，站在破廟中茫然若失，還沒回過神來，忽然腦後被人狠狠打了一記悶棍，當即昏倒在地，等醒來之後，發現腦袋上滿是鮮血，"兵家秘訣"不翼而飛，而那個躲在泥胎中的少年乞丐，也早已不知所終。
施耐庵心知是那乞丐恩將仇報，趁己不備，盜走了竹簡兵書，未成想世間竟有如此狼子野心之輩，不由得追悔莫及，卻也無可奈何。好在施耐庵已將"兵家秘訣"盡數記在腦中，當下匆匆忙忙離了荒山野嶺，後來他懷抱宏遠，投奔到農民起義軍張士誠帳下，充為軍中幕僚，謀劃了許多攻城奪地的奇計妙策。卻因張士誠居功自傲，獨斷專行，親信佞臣，疏遠忠良，施耐庵幾次諫勸，張士誠都不予採納，於是憤然離開平江，此後心灰意冷，浪跡江湖，許多年後他才知道，當初自己在深山裡搭救的少年乞丐，正是大明朝的開國皇帝朱元璋。
原來濠州有個出身貧苦的朱元璋，幼時名為朱重八，靠給大戶人家放豬放牛為生。元順帝四年淮北蝗災，赤地千里，百姓易子而食。十六歲的朱元璋孤苦無依，成了一個流落鄉野的乞丐。
有一次朱元璋餓倒於深山，被救後不思報答，反而恩將仇報盜走了"兵家秘訣"，以為從此就能當上皇帝，可竹簡上面字跡古樸，難以辨識，就揣在懷中，回到市上請人解讀，不過文意深奧，朱元璋大字認不了幾個，哪裡讀得明白？留下來既不當吃也不當穿，還不如換幾個錢飽餐一頓，但他想到如今天下動盪，正值英雄豪傑建功立業之秋，大丈夫豈可不動一念，這"兵家秘訣"遲早會有用武之地，於是藏帶在身，秘不示人。
此後朱元璋到黃覺寺出家當了和尚，每日帶上木魚、瓦缽，到處遊方化緣，終於找機會投奔義軍，並以戰功連續升遷，逐漸形成了自己的勢力，他聽聞劉基劉伯溫，有文經武緯之才，就想請其出山，共謀大業，為了表示誠意，不惜以部分"兵家秘訣"相授。
劉伯溫深感其德，從此充為軍師，追隨左右，屢次獻出奇謀良策，使義軍取襄陽，收滁州，平蕪湖，克太平，以摧枯拉朽之勢，橫掃長江兩岸，誅滅張士誠、陳友諒，然後揮師北上，直取大都，將元順帝逐回漠北，終於建立了不世之功。
朱元璋出身草莽，空以徒手奪取天下，從一介放牛童當上了開國的太祖皇帝，自然對那些用兵如神精通謀略的開國元勳深為忌憚，唯恐朝中有人起兵造反，所以劉伯溫雖以大功，止封伯爵。但最使朱元璋感到不安的，還是當年救他的那位恩公，他十分後悔當初行兇時做賊心虛，手底下有些發軟，致使留下了隱患。
朱元璋擔心竹簡兵書落入別人手中，早已將竹簡付之一炬，可一想到世間還有某個人掌握著"兵家秘訣"，便寢食難安。但他並不知道施耐庵的身份姓名，時隔多年，也無法再按當年的形貌緝拿此人，於是暗中頒下密旨，命各地嚴加搜捕"兵家秘訣"的傳人。
卻說施耐庵浪跡天涯，多年隱居不出，因感時政衰敗，作《江湖豪客傳》寄託心意。不料此書被洪武皇帝看到，惹得龍顏大怒，認定是宣講謀逆做亂之道，就勒令地方官員，將施耐庵問罪下獄。
施耐庵的門生羅貫中，早年間有志圖王，也曾投奔張士誠及劉福通參加起義軍，但未遇明主，都沒能得到重用，只得遁隱江南，以撰寫戲曲平話為生。在施耐庵下獄後，羅貫中求到劉伯溫府上，望他念在舊日相識的份兒上設法相救。劉伯溫當即上書請命，又勸施耐庵在獄中將《江湖豪客傳》改為《忠義水滸傳》，在八十回本之後另加四十回，專講以宋江為首的草莽豪傑受了招安，報效朝廷，為國盡忠，才使得施耐庵免於一死。
施耐庵此時已經知道了朱元璋的身份，料想那洪武皇帝為人陰狠，又慣於猜忌，不願像唐太宗一般與功臣同始同終，就算那些開過元勳們想要急流勇退，恐怕也難得善終，今後朝廷中必然還有一場血腥浩劫，但大局已定，他身為一介草民，終無回天之力，只把"兵家秘訣"轉授給羅貫中，囑咐他妥善收藏，萬誤失落，時移則事易，事易則備變，隨後鬱鬱而終。
不出施耐庵所料，洪武皇帝果然開始大肆殺戮功臣，前後有四萬多文臣武將遇害，軍中為之一空，更不允許"兵家秘訣"留在世間。羅貫中暗恨朱元璋殘暴狠毒，立誓讓"兵家秘訣"流傳後世，但朝廷上法度森嚴，明寫兵書無異於自尋死路，況且也沒有書商膽敢出版印製。
羅貫中心生一計，窮其畢生精力，將神妙無比的"兵家秘訣"分解開來，以明朝開國戰例為素材，全部寫入《三國志通俗演義》，全書借用三國時期複雜的政治軍事鬥爭為背景，起自黃巾起義，終於西晉統一，書中褒劉貶曹，寄託了羅貫中師徒對仁君的嚮往，以及對奸雄的切齒痛恨。
這部暗藏"兵家秘訣"的《三國志通俗演義》，終於在嘉靖元年刊印出版，自此膾炙人口，廣為傳播，改編成評書戲曲的段落不計其數，卻一直沒有任何人察覺到被羅貫中隱匿在書中的"軍事密碼"，也正是由於這篇密碼的存在，徹底顛覆了大明王朝的江山社稷。
轉眼間時移物換，到了明朝末年，已是朝綱敗壞，各地流寇蜂起，衝州撞府，勢如席捲，內憂外患接踵而來。
清太祖努爾哈赤起兵攻明，八旗鐵甲橫掃遼東，訊息傳到北京，舉國憤慨。大廈將傾的危難關頭，天啟皇帝授袁崇煥山海監軍之職，築寧遠城，憑藉壁壘堅固和紅夷大炮，重挫八旗精銳。
袁崇煥認為八旗彪悍，來去如風，十分善於野戰，但攻城戰術有限，北騎尤懼大炮轟擊，一遇堅城重炮便無可奈何，所以明軍應當憑藉火器，守而後戰，堅壁固壘，避銳擊惰，相機堵剿，可為取勝之道。他採用這一戰術，先後取得了兩次寧遠大捷，預計數年之內即可收復遼東。
但這時候袁崇煥受到朝中奸黨彈劾，不得不稱病請辭，他回到北京叩見皇帝謝恩，心中不免感慨萬千。返鄉前無意獲悉了一個驚天動地的大秘密，相傳古時有"兵家秘訣"，神鬼不測其機，幽冥難窮其幻，羅貫中臨終前留下一部手書原稿，比坊間刊印書籍，多出了一個關於漢代"傳國玉璽"的古怪謎語，原來真正的"兵家秘訣"，都被他用暗語寫在《三國演義》的字裡行間。後漢三國時期，各路諸侯討伐董卓時，率先攻入洛陽城的孫堅，在井中得一宮女之屍身上有一紅色盒子，匣中之物正是傳國玉璽。之後孫堅之子孫策將玉璽獻與袁術以借兵馬。孫策用此璽從袁術處換來三千兵將，從而奠定了孫吳霸業之基。袁術稱帝失敗後，玉璽歸屬曹操。羅貫中所著《三國演義》中，凡是涉及傳國玉璽的段落，都與他生前留下的謎語有關，謎語的答案即是解讀"兵家秘訣"的方法。此時關外女真與闖賊都在暗中尋找這份手稿。
袁崇煥急忙寫表上疏，稟告皇帝，女真八旗雖然狡猾悍勇，卻不懂兵法中的詭變之道，所以明軍揚長避短，憑堅城大炮可以穩中求勝，倒也不足為患。但坊間流傳"話本三分"，詳細描寫了三國前後一百多年間的戰爭，這些具體的戰役和戰鬥——"或是陳師百萬，正面決戰；或是小股設伏，暗中偷襲；或披堅執銳，衝鋒陷陣；或運籌帷幄，決勝千里；或堅壁清野，以逸待勞；或一鼓作氣，連續作戰；或水淹、或火燒；或寡不敵眾，或以少勝多；或先勝後敗、或反敗為勝；有將計就計，於中取事；有乍降投順，內外夾擊；有嫉斬謀士，也有七擒七縱、恩威並施；有空城退敵，有氣殺統帥"。其中所藏之兵機權謀，何止千變萬化，其手稿中更可能暗埋春秋戰國時傳下的"兵家秘訣"，若為關外女真所窺，實乃與虎添翼，恐怕終將成為我大明心腹之患，懇請聖上明察嚴防。
此時朝政紊亂，奸黨橫行，袁崇煥的奏摺並未受到重視，幾番明爭暗奪之後，羅貫中的手稿終於落入盛京，隨即被范文程破解了其中的秘密。皇太極正愁統兵的旗主貝勒們不懂漢學兵法，他知道昔日太祖皇帝在大明總兵李成梁府中為奴之時，就常讀"三分"，後來在行軍佈陣中獲益匪淺，但也僅得皮毛而已，今得體用之道，何愁大明不滅？當即命范文程將《三國演義》譯成滿文，更作詳細分解，用做兵書，皇太極終於得其所助，使用反奸計，讓崇禎自毀長城，除掉遼東督師袁崇煥，掃平了八旗入關的最大阻礙。
此後滿清鐵騎入關，定鼎燕京，八旗席捲南北，削藩平叛，出兵西北，收復臺灣，抗擊沙俄，功業澤被後世，歷史潮流浩浩蕩蕩，轉眼間又是風雲變幻，世事幾度起落浮沉，然而關於"兵家秘訣"的傳奇，卻連清宮最機密的檔案裡都沒有留下任何記載，它仍舊默默無聲地沉睡在《三國演義》之中，等待著一個將要改變時代的偉人把它喚醒。