一直到三年之後，朝局穩定了，朝廷才想起來秋後算賬。這次出馬的是重慶衛的兩名指揮，他們帶著兵，強行把石耶洞的黃冊改回去。
到了這地步，楊正魁仍不肯服軟。他拒絕在黃冊上簽字，反而派了弟弟楊正敷去重慶，賄賂了另外一個指揮劉光先，讓劉光先出具證明，證明石耶洞實屬重慶衛。這份證明送到後湖黃冊庫，主官都瘋了，見過造假的，沒見過這麼囂張的造假。
後來楊正魁這事怎麼樣了，史書上沒提，但八成不了了之。朝廷對這些敏感地區的態度，一向是多一事不如少一事，安撫比講理重要，當地土司也心知肚明。數年之後，同樣是土司出身的楊應龍看透了朝廷虛實，便在酉陽更南邊的播州掀起了一場叛亂，規模之大，和西北哱拜叛亂、日本入侵朝鮮並列為萬曆三大徵。
楊正魁一案，是掀在明面上的黃冊弊端，充分暴露出了各級官衙互相推諉的稟性。
有人對這種現象做了一個很形象的描述：「或任憑裡書人役假公科斂，遷延作弊；或系差人領解在外，將罪贖銀兩挪移侵欺。州、縣正官既不暇親理其事，而委之佐二首領。該道監司又不肯時行比較，而視為故事虛文。一遇升遷，則雲原無瓜代之期，公然而去；問之接管，則雲此係前官之事，與我無干。彼此推諉，上下因循。」
可見黃冊的執行機構，基本上已經癱瘓了。沒人把它當回事，除了會用駁費創收之外，已經沒有任何用處。
張居正雖然倒臺，可他留下的政治遺產，讓大明結結實實地續了幾十年命。在萬曆後期、天啟和崇禎三朝，後湖黃冊庫一如既往，時時上疏，呼籲嚴查黃冊弊端，朝廷也煞有介事地下文訓誡。不過無論皇上還是滿朝臣工，包括黃冊庫自己，都明白這只是刷刷存在感，並沒有什麼人當真。
黃冊地位跌落至此，地方上攢造時的態度自然更加虛應故事，胡亂敷衍。
明清鼎革，到了順治十三年（1656年），戶部尚書孫廷銓向順治皇帝彙報天下戶籍情況。順治問他，是否蒐集到了前明黃冊戶籍檔案？孫廷銓苦笑著回答說，他蒐羅到一些府縣在崇禎十五年攢造的黃冊，裡面的戶口和數字，居然是原樣照抄洪武年的冊籍，一模一樣。
這些官員連基本的戶籍調查都不做了，隨便影印了幾份老檔去應付差事。敷衍至此，可以想見崇禎後期，地方管理混亂已到了什麼地步。
更有趣的是，孫廷銓還找到一本黃冊，上面赫然寫著「崇禎二十四年」字樣。這說明地方官府已經懶得每十年造一次了，索性一次把未來幾期的都造完擱著，到了時間再交。
孫將這種做法幽默地稱為「遙度」。可惜那些官員「遙度」得還不夠長遠，大明到了崇禎十七年（1644年）就亡了，這本崇禎二十四年造黃冊，變成了一件充滿諷刺意味的死亡物證。
大明就好像是一個動脈硬化的病人，因為長期貪婪地吃油膩食物加酗酒，身體各處血管已變得狹窄無比。血液壅積於中途，無法送至中樞。張居正的改革，是在血管裡做了一連串支架，暫時保證心臟獲得足夠供血。可是他沒辦法改變大明暴飲暴食的習慣，也無法逆轉血管劣化的趨勢。
時間一長，血液越發油膩，血管越發脆弱，梗塞點越來越多。到最後，就連支架也沒什麼效果了，只能靠「三餉」之類的舉措像打嗎啡一樣瘋狂透支殘存的生命力。
到了這個時候，無論閹黨還是東林黨，誰當權都無關大局。禍因早種，積重難返，大明的覆亡實際上是一次系統性的崩塌。
崇禎十七年三月十九日，久病的大明王朝突發心肌梗死，死於煤山之上。這是一個意料之中的悲劇。
北方的天子已經自縊而死，而後湖黃冊庫的命運還沒徹底終結。
在崇禎縊死的這一年，後湖黃冊庫的規模已經達到了冊庫七百間，遍佈於後湖諸島之上。從洪武十四年至崇禎十五年，一共攢造了二十七期，歷代累積黃冊一百七十九萬七千冊，達到了歷史巔峰。
可惜的是，它與大明命運糾葛太過深切，註定要和王朝一起承受毀滅的宿命。
崇禎十七年五月十五日，福王朱由崧在南京即位，次年改元弘光。清兵洶洶南下，旦夕可至，弘光小朝廷手忙腳亂地開始了備戰工作。
位於北城牆之外的後湖黃冊庫，在此時已經毫無用處。有人提議，不如把那些黃冊拿出來廢物利用一下。於是禁絕了二百多年的後湖黃冊庫，終於撤去了封鎖，向世人露出真容。
大批士兵跳上湖中五島，踹開庫房大門。他們顧不上感嘆卷帙浩繁，把那些曾經悉心晾曬的黃冊一摞一摞地搬了出去，粗暴地扔上小船運走。
中國古代有造紙甲之法，把軟紙一層層相疊捶實，剪裁成甲，防禦效果不錯。黃冊都是上好綿紙所制，正是做紙甲的好材料。另外明軍裝備了大量火器、火箭，將綿紙搓成細條蘸上火藥，即是上好的藥捻和引火折。
這是一幕極具象徵意味的畫面。曾令大明江山永固的黃冊，在風雨飄搖中被一一扯碎。漫天的紙屑飛舞於後湖之上，萬億大明子民的戶籍化為甲冑和火器，以毀滅自己的方式，試圖成為挽救這個王朝的最後希望。
可惜這一切努力，終究只是徒勞。弘光元年（1645年）——恰好是弘光登基一週年——五月十五日，南京城落入清軍之手。在瀰漫的硝煙裡，黃冊庫和它所忠心侍奉的政權一起滅亡了。
從洪武十四年至弘光元年，後湖黃冊庫一共存在了二百六十四年，幾於大明二百七十六年國祚等同。
這是大明保留下來的最後記憶。在這個王朝治下的每一個人——你能想象嗎，幾乎每一個人——後湖黃冊庫都記得，大明都記得。
洪武初年在浙西耕作的農夫、永樂時遷至北京附近的軍戶、正統朝遠在雲南深山打獵的土司、正德朝在淮西燒鹽的灶戶、嘉靖朝山東進學計程車子、萬曆朝建陽的書商子弟……幾乎所有曾在這片土地生活過的大明子民，都在這座庫房裡有自己的一席之地。他們的身軀早已化為一抔黃土，名字卻永遠凝固在了這裡，並和他們所效忠的朝廷再一次化為飛灰。
在這座黃冊庫裡，記錄著整整一個王朝的田土盈縮、民生消長。你可以拉遠視角，注視大明王朝跌宕起伏的一生；你也可以拉近視角，看到任何一個地區任何一個家庭的生老病死。其儲存之巨、資訊之豐、分列之細，是全世界檔案史上從未有過的一個奇蹟。
其實嚴格來說，死去的只是黃冊庫這個功能，實體依然還在。弘光朝廷太過倉促，只來得及消耗掉庫存黃冊的一小部分，大部分冊籍還好好地擱在庫房裡。
清軍進入南京之後，第一時間控制住了黃冊庫。順治皇帝還特意提醒主帥多鐸：「南京各衙門圖書史冊……地理戶口版籍、應用典故文字……用心收掌，不許乘機抽毀，致難稽考。」
清軍一時半會兒還不知道拿這地方幹嗎用，便暫時擱著。一直到天下安定之後，清廷才想起來還有這麼一個後湖黃冊庫等著處理。
順治皇帝原本指望能從中拿到一些有用的檔案，用來重括天下戶籍，就像朱元璋當年做的那樣。可清點一番之後，順治君臣失望地發現：天啟、崇禎兩朝的黃冊形同廢紙，毫無參考價值，至於再往前的冊籍資料，更是朽爛不堪用了。
既然沒什麼用，這麼多紙放在那裡也是浪費，不如重新利用一下。很快工部先跑過來，從黃冊庫裡取出五十五萬五千五百三十斤冊籍變賣了——你沒看錯，是論斤賣的，得銀一萬六千六百六十五兩。
黃冊每冊約重四斤，也就是說，工部一次就處理掉了十三萬八千冊。平均下來，一本黃冊能折不到一錢的銀子。比起造價，這可真是賤賣了。
當然，工部是無所謂，反正這是前朝的存貨，沒成本的。
吃到甜頭之後，大清臣工把黃冊庫當成了一座予取予求的寶山。很快靖南王耿繼茂請求提供軍備，朝廷大手一揮，給他送去了七十二萬八千五百斤，折銀二萬一千八百五十五兩。緊接著，江南總督馬國柱申請要造火藥、火箭，又討走了五十四萬五千四百九十五斤。操江巡撫陳錦看著眼紅，也偷偷摸摸弄走了四千兩百四十八斤黃冊。戶部聞之大怒，揪住陳錦要求賠償，而且不許賠黃冊，得賠折銀一百二十七兩四錢四分……
就這麼東家要西家要的，偌大的後湖黃冊庫終於被搬了個精光。
這還只是大數。南京當地的居民也趁著兵荒馬亂之際，偷偷潛入後湖，零零碎碎地盜取黃冊出來。這些冊子被公然堆放在大街上，被人隨意叫賣。
當時南京城裡有一位遺民文人叫方文，桐城人，他看到昔日國家重典竟淪為街頭垃圾，心中沉痛，忍不住寫下了一首《負版行》：
數年不到三山街，今春偶到多感懷。
不知是何大書冊，路旁堆積如蘆柴。
行人紛紛來買此，不論何書只秤紙。
官價每斤錢七十，多買少買隨人耳。
借問此是何版圖，答雲出自玄武湖。
天下戶口田畝籍，十年一造貢皇都。
玄武湖心絕炊爨，永無火患及鼠患。
洪武至今三百年，收藏不知幾千萬。
一從世變陵谷新，此圖廢閣空埃塵。
……
這首詩，可以算作後湖黃冊庫最後的輓歌吧。
清廷對南京沒有興趣，更不會把自家檔案庫建在這裡。後湖對他們來說，只是一個普通的湖罷了，不需要去特別對待。黃冊被搬空之後，往日鱗次櫛比的冊庫架閣，也被逐一拆光燒盡，毛老人廟和諸多附屬設施慢慢荒棄坍塌。就連後湖這個名字，也變成了玄武湖。後來為了避玄燁的諱，又改稱元武湖。
就這樣，在經歷了二百六十四年與世隔絕的日子之後，玄武湖重新成為一處遊人如織的風雅景點，彷彿做了一場漫長的奇夢。
黃冊庫就這樣徹底消失在人們的視野裡，可黃冊的故事，還有那麼一點點餘緒。
絕大部分後湖庫存黃冊，在順治初年便因為種種原因而湮滅，但也有極少數幸運的冊籍逃過一劫，流散到了民間。
康熙登基之後，籌修明史，向民間徵集前明的各種資料，很快搜羅到了一大批包括戶口冊籍、奏疏題本、邸報塘報在內的明代文書。據當時的記載，這批資料中包括了萬曆至崇禎期間攢造的一千本黃冊，這是黃冊庫碩果僅存的孑遺了。
這些資料在修完明史之後，燒的燒，毀的毀，殘存的被送入北京的內閣大庫。這個大庫坐落於紫禁城內，裡面除了存放明末文獻之外，還有清代的諸多詔令、奏章、硃諭、外國表章、歷科殿試卷子、盛京老檔等等。這個大庫的收藏十分豐富，戒備也異常森嚴，王國維曾經評價說：「三百年來，除舍人、省吏循例編目外，學士大夫，罕有窺其美富者。」
轉眼到了宣統元年（1909年），大清國眼看要完。這個內閣大庫年久失修，收藏急需清理。但主事人不知怎麼想的，覺得最沒用的就是那些年代久遠的檔案，把它們都挑出來要統一焚燬。幸虧在學者羅振玉的堅持下，這個計劃沒得到執行。羅振玉親自下場，將這些價值千金的舊檔裝了八千個麻袋，轉移到了國子監內。
及至民國，政府籌建歷史博物館，又把這八千麻袋檔案遷到午門，然後就一直扔在那兒無人問津。著名藏書家傅增湘當上了教育總長之後，委託魯迅進行整理。可惜篇卷浩大，以魯迅先生的能力也不可能面面俱到，只勉強完成了二十麻袋的工作。剩下的就只能擱在原地，任由別人隨意盜取。魯迅先生曾專文介紹過這段經歷，叫《談所謂「大內檔案」》，收在《而已集》中，有興趣的人可以去看看。
1921年，教育部的資金入不敷出，便把主意打到了這八千麻袋上面。他們以四千零五十枚銀洋的價格，賣了十五萬斤檔案給西單同懋增紙店。紙店把這些檔案運去唐山，準備打成原漿。幸虧羅振玉得知此事，也幸虧他手裡有錢，以三倍價格從紙店把這些檔案搶了回來。
羅振玉深入挑揀，從裡面搜揀到了頗多明清資料，出版了《史料從刊初編》，是研究明末清初的重要材料來源。
1924年，羅振玉以一萬六千元的價格，把這批檔案中的十二萬斤賣給大收藏家李盛鐸；1928年，李盛鐸把其中六萬件交還溥儀，剩下的賣給了中央研究院歷史語言研究所。史語所從中搶救、整理出了四十冊明清史料，尤其是明代史料最為珍貴。
幾經周折，這八千麻袋內閣檔案已經嚴重縮水。抗戰開始之後，政府遷移了一部分到南京，還有一千七百麻袋的資料留在了北京。中華人民共和國成立以後，國家檔案局於1958年對這一千七百麻袋展開了清理工作，最後挑出三百麻袋具有史學價值的資料，其中有三千件明代的文牘檔案，收藏於中國第一歷史檔案館至今。
往日的喧囂，就這樣逐漸遠去了。
細小的塵埃緩緩落定在破舊的黃冊封皮上，悄然累積，不再飄起。不知歷經世事的它如有靈智，是否會回想起那些年在後湖黃冊庫的日子。