就在這時候，江寧發生了一件清朝開國以來，從未有過的怪事：兩江總督馬新貽被刺。馬新貽在江寧練了四營新兵，規定每天操演兩次，專習洋槍、抬炮、長矛，每月二十五校閱，主要的是看新兵用洋槍打靶，地點就在新建總督衙門未完工前，暫時借用的江寧府署西面的箭道。他對新兵用洋槍的「準頭」如何，看得很認真，好在出了署西一道偏門，就是箭道，走了來，走了去，不費什麼事，所以每一次都是親臨校射。
七月二十五又逢校閱之期，因為下雨，延遲一日。第二天一早，依例行事，到了九點多鐘看完，馬新貽亦同往常一樣，步行回署。後面跟著負責警衛的督標中軍副將喻吉三和替總督傳令的武巡捕葉化龍，還有兩三名馬弁。走近偏門，只見有個中年人，用馬新貽家鄉，山東荷澤的口音喊道：「大帥！」
接著便跪了下來，雙手捧著一封信，高舉過頂。
馬新貽認識這個人，一見便問：「你還沒有回去？」
「回大帥的話，盤纏用完了。今天特為來求大帥。」
「不是給過你兩次了嗎？」馬新貽的神色顯得頗不耐煩。
「是……。」
正當那人囁嚅著不知何以為詞時，右面又有人高聲喊道：「大帥伸冤！」接著也跪了下來。等馬新貽回頭來看時，那人突然從衣襟下取出一把雪亮的短刀，左手拉住馬新貽的手臂，右手往上一遞，刀已插入右胸。
「扎著了！」馬新貽大喊一聲，接著便倒在地上。
於是喻吉三和葉化龍等人，一擁上前抓住了刺客和告幫的那個山東人，同時將馬新貽抬回上房，找醫生來急救。
這樣一件大事，立刻傳遍全城，無不驚詫萬分。於是將軍魁玉、署理藩司孫衣言、臬司梅啟照，還有學政殷兆鏞，一起趕到督署，只見馬新貽奄奄一息，已無法說話，他的兩個已入中年的姨太太嚎啕大哭，跪在魁玉面前，口口聲聲：「請將軍替我家老爺伸冤！」
魁玉知道，話中是要請他緝拿指使的正凶。但是魁玉自己也在害怕，在他看裁撤的湘軍，個個都象是指使的正凶。這話不能說，說了保不定連他都會挨一刀。
因此，魁玉除了好言安慰以外，不敢說什麼擔當的責任的話，只巴望能保得住馬新貽一條命。無奈刺中要害，群醫束手，延到第二天中午，終於嚥氣了。
這時，江寧知府孫雲錦和上元、江寧兩知縣會審兇手的供詞，亦已呈送到魁玉那裡。兇手名叫張文祥，河南汝陽人，做過洪軍李侍賢的裨將。供詞離奇不經，魁玉看了，只是不斷搖頭，連稱「荒唐」。
「出缺的原因，怎麼說？」魁玉問臬司梅啟照，「這麼荒唐的供詞，怎麼能出奏？」
「是！」梅啟照緊皺著眉說，「主使的人，其心兇毒，不但要馬制臺的命，還要毀他的清譽。好在兇手還在審訊之中，只好先含糊其詞。」
於是以「行刺緣由，供詞閃爍」的措詞，飛章入奏，到京城那天是八月初二。
總督的權柄極重，威儀極盛，居然會在官兵校射的地方被刺，這件事不但令人驚駭，而且無不詫異。因此也沒有一個人不懷疑張文祥後面有主使的人，只是主使的人是誰，目的何在？卻只有極少數人能夠看出一個大概，這少數人中便有恭王在內。