按下景天幾人籌劃利用創世靈光迴歸上古不提。且說他們即將經歷的上古，在最初正是個光輝燦爛的時代。宇宙之初，太古巨神盤古創世，在宇宙法則的趨勢下，軀體化為日月星辰、大地山河。盤古並未完全消亡，在其最核心的燦爛精魂中，誕生了上古三皇：天帝伏羲、人祖女媧、地皇神農。地皇即獸皇。對這段歷史，古史有云：「天數極高，地數極深，盤古極長，而後乃有三皇。」
三皇之間，女媧和神農敬服伏羲，其中神農又微微仰慕女媧。這三皇誕生之後，又分別創立三族：伏羲創造神族、女媧創造人族、神農創造獸族，他們一起生活在盤古巨神開闢的原始大地上。這大陸，被稱為「盤古大地」。後來當神族伏羲強勢，這塊大陸又被改名為「神州大地」。
這時期的神人獸三族各有特點：神族靈力強大、智慧極高；人族善於合作、勇於創造；獸族具備靈獸異能、常與禽獸草木相親，同時數量和種類最為龐大，體格十分強大。這時期的三族精英力量非凡，雖然只以神、人、獸各自相稱，但在後世眼裡，他們都是神靈一樣的人物。
最開始時，神人獸三族成員數量並不多，並且剛經創世而來的盤古大地上資源極為豐富，因此三皇之紀的三族生活都十分美滿逍遙。
三皇之紀的一切事物，都帶有這時期的一個鮮明烙印：相比後世，距離盤古創世極近。因此這時候大地空間靈氣充斥，極為豐沛。這些靈力直接承繼於太古巨神盤古的神力，距離後來六界分離後靈氣逐漸稀薄消散的趨勢來說，還有漫長的時間。正因具備這樣得天獨厚的條件，三皇之紀湧現出的三族精英，如同天穹星河一樣璀璨燦爛。
三族中獨佔鰲頭的神族擁有：日神羲和、月神常羲、春神及生命之神句芒、夏神及火神祝融、秋神及刑罰之神蓐收、海神、風神、冬神及瘟疫之神禺疆、土神、方位之神及幽都大統領后土、雷神雷澤主、九天玄女、應龍、天女魃等諸位神靈。
緊隨其後的人族擁有：軒轅、顓頊、少昊、夸父、巨眉、鯀、大禹、后羿、嫦娥、禺號、禺京、風后、力牧、常先、大鴻、檮杌、窮蟬等。
具備靈獸異能的獸族擁有：蚩尤、共工、瑤姬、刑天、相柳、女嬌、女丑、歡兜、冰夷、猰貐、鑿齒、大風、封豨、修蛇、計蒙、驕蟲等。
當然在他們之中，神族有飛蓬出世，誕生於天地風雲之中；亦有夕瑤出世，以霞為精，以玉為魂。魔族有重樓出世，為蚩尤幼子，於戰場英靈煞氣中誕生。因緣際會，在宛若星辰的三族精英中，這三人結為好友。
因為這時候的神人英傑閃耀如夜空群星，三皇之紀也被稱為諸神之紀。
諸神之紀，三族共存的盤古大地大致可劃分為九州之土。東南神州「農土」，南方次州「沃土」，西南戎州「滔土」，西方弇州「並土」，正中冀州「中土」，西北台州「肥土」，北方泲州「成土」，東北薄州「隱土」，東方陽州「申土」。
這九州只為後人敘述上古諸神之地的方便，與今後人間九州不可同日而語。九州之中，又有神農九泉。這九泉關係重大，稍後自當詳述。
上古九州之土的外圍，便是八荒：東方「碣渚」，東南「越垠」，南方「雲陸」，西南「林莽」，西方「敦煌」，西北「瀚夏」，北方「幽雲」，東北「大荒」。
八荒之名，後世神州倒多有沿用。如南方之越、西北之夏，西部敦煌、北方幽雲、東北大荒，其實都脫胎於上古八荒。
八荒之中還有八澤，雖不似神農九泉那樣的仙機靈脈，倒也是震盪一方的大水。這八澤分別為：東方「洪澤」，東南「渤蕩」，南方「浩瘴」，西南「滇池」，西方「澄瀚」，西北「青海」，北方「寒溟」，東北「滄漭」。
和八荒一樣，很顯然後世也採用了其中部分大湖澤名，如洪澤、滇池、青海。當然無論是八荒還是八澤，上古之地完全不可與後世三界分離後的人間可比。
八荒之外，便是八殥。八殥是真正的大洋大水：東北名「大澤」，又稱「無通」；東方名「大渚」，又稱「少海」；東南名「具區」，又稱「元澤」；南方名「大夢」，又稱「浩澤」；西南名「渚資」，又稱「丹澤」；西方名「九區」，又稱「泉澤」；西北名「大夏」，又稱「海澤」；北方名「大冥」，又稱「寒澤」。
傳說，從八殥和八澤升騰而起的雲霾，落下成雨，潤澤了九州之土。
八殥的外面，還有八紘。八紘是比八荒更荒蠻原始的神秘土地；因為八殥的存在，這裡基本只有最強大的神族和身具異能的獸族才可能達到。對於人族而言，那八殥神秘莫測的遼闊水波就把他們擋在八紘之外。八紘有：東北方「和丘」，又名「荒土」；東方「棘林」，又名「桑野」；東南方「大窮」，又名「眾女」；南方「都廣」，又名「反戶」；西南方「焦僥」，又名「炎土」；西方「金丘」，又名「沃野」；西北方「一目」，又名「沙所」；北方「積冰」，又名「委羽」。