於是神戰紀元第九百八十年，從不加入具體爭鬥的女媧，在苦勸神族和解未果之後，不忍自己創造的人族子民滅絕，終於收回縹緲的神思，將目光投注在下方這片熱土上。在人族已經喪失所有反抗力量的情況之下，女媧大神挺身而出，與冥頑不靈、目空一切、肆無忌憚的五大魔神直接大戰。神族五魔神，本就是諸神之紀高居於所有生靈最頂端的卓絕人物；他們再加上直接承繼太古盤古混沌力量的太古五魔獸，力量可謂冠絕宇宙。在同女媧開戰之初，這五大魔神魔獸，竟是絲毫不懼，奮力搏擊之下，竟然抵擋住女神橫掃一切的太初神力，堪堪打了個平手。
這是，代經傳承的五魔神、還有隻不過是盤古殘軀所化的五魔獸，如何能是盤古大神精髓所化的三皇力量能敵？在這攪動乾坤、震顫宇宙的絕世大戰最後，洞察一切的純潔女神，所有對墮落三族的失望和悲憤都化成無盡的哀傷，並落下哀婉的淚水。
晶瑩的女神之淚，在鴻蒙初始的微光和映亮宇宙的星輝中，化成紛揚宇宙的冰雪。它們帶著宇宙終極的力量，將狂妄的五魔神擊倒。那些懵懂無知、助紂為虐的太古五魔獸，在充斥宇宙虛空的冰雪中被女媧煉化成五顆靈珠。這便是後世聞名的水、火、土、風、雷五大靈珠。
而上古五魔神、太古五魔獸，力量實在太過強大了，並且又是天生應運之物，縱使大神女媧也不能將它們徹底封印銷燬。某種角度，女媧造就的這五靈珠是鎮獄之門，她決定把它們放在人間，不停地宣洩它們強大的五靈之力，用紅塵俗世的鎖絜達到削弱它們戾氣的目的——但是這時間，實在太漫長了……
不管如何，女媧打倒了五魔神五魔獸，並封印成五靈珠。藉助五靈珠那磅礴可怕的力量，女媧煉成了五色石，將不周山柱傾頹導致的天窟補齊。當女媧的力量介入之後，綿延了千年的上古三族諸神之戰，註定走向終結。
恐是天有定數，恰在神戰紀元第一千年這個應劫之數，女媧和另一位上古祖神伏羲在宇宙的虛空中談判。在這一場秘密的會面過後，伏羲勒令神族宣告停戰，並讓這些已經開始喪失本心的神族子民，永久地退出大地空間。從此以後，曾經耀武揚威的上古神族，將在浩渺無涯的虛空神界重新修身養性，找尋失落已久的本心。
上古諸神之紀的三族千年大戰，至此終於熄滅了最後一縷硝煙，落下它可悲可嘆的帷幕。
曾經都為本族有一個更好未來而奮勇作戰的三族，在這一刻，看到的是什麼？是支離破碎的大地，是顛沛流離的生靈。他們得到的是什麼？已經永恆逝去的親朋火熱生命，正在紛揚宇宙的女神冰冷之淚，還有深隱在內心的那一聲悲傷苦澀的嘆息……
作為千年大戰終戰象徵的五靈珠，究竟代表著什麼？沒有人知道。包括後世機緣巧合、輾轉得到它們的人們，也永遠不會知道五靈珠真正意味著什麼。有人說，這裡面封印著太古五魔獸。有人說，上古五魔神的部分魂魄也被拘禁在裡面。也有人說，這五顆靈珠只不過是空間之門，如果能開啟它們身上的封印，便能直達太古五魔獸被囚禁的虛空神獄。
事實的真相，已經隨著時光的流逝，越來越趨於湮滅。五靈珠、上古五魔神、太古五魔獸，真實的面目已經漸漸成為散逸在風中的傳說。不過有一點可以肯定，得到這五顆靈珠，就可能得到太古五魔獸那神奇、強大的五靈力量，從而成為站在這個世界上最頂端的強者。
還有專門研究五靈珠的智者說，那五顆靈珠，等於是太古五魔獸、上古五魔神與女媧封印力量的集合。總之隨著真相被時光掩埋，最初的事實落滿了歷史的塵埃之後，五靈珠漸漸成為後世六界三族不少有心人覬覦的物件。
漸漸地，通過五靈珠中封印的太古靈魔之獸能觸碰到天地初創時的寶貴資訊，從而窺視諸神誕生的秘密——這一個其實蘊含著驚天價值的事實，卻反而被大家漸漸地遺忘……
在後世六界三族的紛擾中，在生靈歷史永恆的遺忘中，反倒是有一個謠言開始悄悄地萌芽和流傳。它說，誰能集齊五顆靈珠，便能讓太古五魔獸重新合體，從而擁有超過上古三皇的盤古力量，能夠隨心所欲地讓這個世界滅世重生。到那時，五靈珠的主人就能成為新世界的唯一創世神……