此事具體是發生在從無錫向常州追擊過程中，該師團第十九旅團步兵第九聯隊第三大隊副官野田毅少尉和大隊炮小隊長向井敏明少尉，相約在到達南京時，看誰先用日本刀斬殺滿100人。
此後，兩軍官開始大肆斬殺，在到達南京城外的紫金山時，野田毅斬殺了105人，而向井敏明斬殺了106人。由於不能確認誰最先殺夠100人，所以決定重新比賽。
除了這些暴行之外，第十六師團最嚴重的暴行是發生在攻佔南京之後。
1937年12月13日凌晨，第十六師團步兵第二十聯隊佔領了中山門。當天，該師團第三十三聯隊和第三十八聯隊在輕型裝甲車的配合下，從太平門外沿玄武湖急進至南京城北的下關江邊，以截斷中國軍隊的退路。
下午，當第三十三、第三十八聯隊進至下關時，長江邊有大批准備渡江的中國軍人，江面上也有許多正在渡江的中國軍人。日軍立即用機槍進行猛烈掃射，一時間江水被染得殷紅。在長江邊等待渡江的中國軍人有些返回南京城內，避入安全區，有些被日軍射殺或俘獲。接著，日軍在長江邊將俘獲的中國軍人加以集體屠殺。
南京淪陷後，第十六師團根據事先制定好的計劃，對南京城內及城外東郊地區進行「掃蕩」。在「掃蕩」過程中，第十六師團俘獲了許多放下武器的中國軍人。
對於被俘的中國俘虜，第十六師團師團長中島今朝吾在其日記中記述說：「敗逃之敵大部進入第十六師團作戰地區的林中或村莊內，另一方面，還有從鎮江要塞逃來的，到處都是俘虜，數量之大難以處理......基本上不實行俘虜政策，決定採取全部徹底消滅的方針」，所謂的全部徹底消滅的方針便是殺俘。
據不完全統計，單單第16師團在南京屠殺的中國俘虜就不下五萬人。尤其是日軍佔領南京後，以第十六師團步兵第三十旅團為主的南京警備部隊開始在全城搜捕放下武器的中國士兵。在次「掃蕩」殘敵過程中，第十六師團將頭上有帽痕，手上有老繭的青壯年男子從難民中強行拉走，予以集體屠殺，其中許多人是普通的平民。
在搜捕中國士兵的過程中，一些毫無軍紀可言的日軍官兵還大肆婦女、搶劫財物。在戰後對日本戰犯的審判中，許多南京市民指證日軍「中島部隊」的暴行。所謂「中島部隊」，就是以中島今朝吾為首的第十六師團。
可以說中島今朝吾和他的第十六師團在中國大地上犯下了極為嚴重的罪行，簡直是罄竹難書。對於這樣一支野獸部隊，馬錚早就想會一會了。
要說馬錚最想消滅的日軍師團的話，谷壽夫的第六師團排名第一，而這個第十六師團則是名排名第二。只可惜以前這兩個師團都在華中地區作戰，馬錚所部沒機會與之交鋒。老天有眼，竟然讓十六師團到了他的防區邊上，連上天都這麼給面子，馬錚又怎麼能和他們客氣呢！
因此得知第六師團即將調防察哈爾的時候，馬錚就命令宣傳部開始宣傳這支野獸部隊的暴行，同時加緊時間訓練部隊，爭取在第十六師團抵達前讓那些新兵部隊形成戰鬥力。
鑑於部隊兵力還是有點不足，尤其是即將面對第十六師團這樣的龐然大物，馬錚當即向二戰區長官部發報，要求軍委會調撥給他的那兩個團立即歸建，以彌補兵員不足的問題。
閻老西剛剛在京西北的事情上欠了馬錚一個人情，接到電報之後當即給孫蔚如部發報，命令所部兩個團即刻起北上。