接到中央的命令之後，綏察軍區當即召開會議，商討部隊重組以及幹部調整的問題。經過一個星期的商討，重組方案終於出臺了。而方案上報到延安之後，主席等人略加修改便批准實施。
重組後的綏察軍區的分工更加的精細了，整個軍區除司令員和政治委員外，還下設武裝部、參謀部、政治部、後勤部、軍工部、情報部、教育部七個部門。馬錚依然擔任綏察軍區司令員，但是政治委員卻由115師政治委員羅榮桓調任，徐英輝依然擔任軍區參謀長，而云鑑則是被調任山東軍區政治委員。
同時中央還對綏察軍區現有的領導班子進行了調整，武裝部主任由八路軍總部的莫少言調任、政治部主任由冀中軍區政治委員沈玉龍擔任、後勤部主任由王惠國擔任、軍工部主任則是由馮安繼續留任、情報部門則是由徐曉林擔任、徐英輝不再擔任軍情部主任，教育部主任依然是由延安調來的鄧國華擔任。
經此調整，綏察軍區高層算上司令員和政委九個高階職務，除了馬錚和徐曉林、徐英輝以及馮安外，剩下的都是中央先後從各個部隊調來的，其中包括羅榮桓等人。
同時在中央的支援下，馬錚在很短的時間內完成了對綏察軍區所有部隊的重組，整編後的綏察軍區保留原來的五個整編步兵師和騎兵師、裝甲師、騎兵旅、炮兵旅、工兵旅、後勤保障旅、野戰醫院等基本單位外，還組建了8個擁有綜合作戰能力的獨立旅。
新組建的獨立旅是專門用來對付日軍獨立混成旅團的，每個旅都轄有一個三千人的加強團和一個炮兵營、一個騎兵營以及一個工兵營，加上旅部和警衛部隊，每個旅的總兵力都在5800人左右。
同時，綏察軍區還在各縣區保留了85個地方警備團，每個團下轄三個四百人的步兵營，每個團還配備炮兵、騎兵、工兵各一個連，總兵力控制在1500人左右。
而且馬錚還對整編師也進行了調整，介於現在綏察軍區的整編師一般要充當各軍分割槽的核心部隊，要負責至少十幾二十個縣區的防守任務，所以馬錚對各個整編師也進行了擴充。
經過擴充，將原來兩旅四團制的編制調整成三旅9團制的加強步兵師，也就是說綏察軍區的每一個整編師都有三個步兵旅，每一個步兵旅都有三個步兵團，除此之外還有騎、炮、工、警衛各一個團，除了步兵團2500人的編制外，剩下的騎兵團1200人、炮兵團1500人、警衛團1200人、工兵團1200人，加上師部的尖刀營、通訊連、衛生連等部隊，全是總兵力滿員為28000人左右，與日軍的一個甲等師團相差無幾。
最重要的是馬錚對特戰隊也進行了調整，將現有的雷神、狼牙兩個特戰大拆分成三個800人的特戰旅，新增「飛龍」特戰旅的番號。這三個特戰旅除了一個留守根據地外，其餘的兩個分別隨馬錚前往山東以及調往冀東和熱河，劃歸熱南軍分割槽指揮，並且對關東軍控制的東北地區進行有計劃地滲透。
對於綏察軍區各部隊的軍政主官黨中央也進行了通盤考慮，決定調129師政訓處主任張浩等35名軍政幹部到綏察軍區任職，但是具體怎樣安排這些人中央並未作指示，只是讓馬錚自己酌情安排，同時給了綏察軍區75個到延安學習的名額。
拿到黨中央發來的這份名單後馬錚也傻眼了，這份名單中單單後世大將就有好幾個，抗戰勝利後這些最少都是個少將，根本就沒有少將以下的，像其中幾人更是共和國曆史上鼎鼎有名的軍中元老，再加上羅榮桓這位後世十大元帥中的軍神，馬錚自己都不知道該怎樣安排他們這些人了。
但是馬錚也知道部隊整編刻不容緩，不管怎麼說這些人都是黨中央安排下來的，再加上這一次整編部隊的編制又多出好幾個師旅來，高階幹部原本就缺少，這些人來了正好省得他到時候抓瞎。