波風水門為了保護木葉，便自己犧牲，封印了九尾。
波風水門犧牲之後，本來猿飛日斬想要出來重新執掌木葉，但是卻受到不知道什麼原因回來的三忍之一綱手的反對，而隨著綱手反對的，還有不少的小忍族，畢竟當初猿飛日斬之所以下臺，都是因為他們的逼迫。
所以猿飛日斬不得不宣佈只是代理火影之位，並且會盡快的選出第五代火影。
雖然猿飛日斬下臺了，但是畢竟當了數十年的火影，他的舊部勢力依舊極為強大，後來便將他的另一個弟子自來也推上了前臺，成為了第五代火影。
身為三忍之一，又經歷過二戰，三戰，在戰爭之中立下赫赫戰功的自來也自然有成為火影的資格。
之前是因為自來也一直懶散，沒有權力的慾望，所以才沒有參加爭奪火影，否則的話，第四代火影絕對不會輪到波風水門，而應該是自來也。
也不知道猿飛日斬怎麼說服的自來也，自來也竟然還真的回來繼承了第五代火影的職位，同時綱手也回到木葉擔任了火影輔佐。
有著兩個三忍，擁有真正影級的強者坐鎮，再加上猿飛日斬等強者，木葉終於恢復了一些實力，原本見到波風水門死去還有些蠢蠢欲動的雲隱頓時安份了下來。
值得一提的是，原本雲忍依舊想著用抓日向一族的宗家來試探木葉的實力，結果不同於猿飛日斬的處理方式，自來也直接將這些使團綁了起來，並且致信給雲隱的雷影，讓他做出選擇。
見到木葉依然強勢，雲忍也不敢有所異動，雷影自然再派使者致信給火影，說這是使用擅自的舉動，雲隱並沒有打算挑起戰爭，回去之後定當嚴懲這些使者云云，這才將這些使者接了回去。
而除了這些之外，還有一個需要注意的是，趁著忍界大戰脫離的宇智波一族，先是舉族逃到了鬼之國，然後在趁著第三次忍界大戰之時，吞併了雪之國、幽之國以及熊之國三個國度，建立了一個屬於宇智波一族的國度－－智之國。
智之國的制度與忍界其它國度相同，都是一國一村制度，只是不同於其它國度的軍政分離，智之國的大名是出自宇智波的宇智波富嶽，而智之國的忍村被稱為恆忍村，初代恆影則是由宇智波夜所出任。
一下子吞併了四個國度，智之國的國力一下子大漲，而之前宇智波一族在成立恆忍村之後，同樣也大力宣傳招收流浪忍者，再加上經過十幾年借鑑著木葉的發展，恆忍村現在的實力其實甚至於已經比一直經費短缺的砂隱村還要強大一些了。
也就是說，現在的時代，忍界不再是五大國，而是六大國並列。
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