當摩尼教獲得大部分人類的信奉之後，光明分子的解脫幾近完成。這時光明耶蘇會第二次降臨，稱為智慧世界之神（漢文摩尼經譯稱具智法王），他將建立法庭，自任審判者（漢文摩尼經稱平等王），把正義者和邪惡者分開。之後，支撐世界的光耀柱和活靈諸子將離開，天地隨之崩潰，爆發出一場大火，這場大火將持續1468年。生命之思（thoughtoflife，即漢文摩尼經中的「喚應警覺聲」）將以最後的相貌（thelaststatue，即漢文摩尼經中的「本相貌」）出現，收集一切遺留的光明分子，上升到新樂園。黑暗魔王及其他惡魔將被囚禁，新樂園將重新併入光明王國，這就是後際。
從以上的簡述可以看到，光明與黑暗對立的二元論、過去—現在—未來的三際論、最後的大戰等教義，淵源可能是瑣羅亞斯德教。摩尼教最高神偉大之父，已經高度抽象，不像猶太教的上帝干涉人間事務。舊約中創造世界的耶和華的角色在摩尼教中降低為由淨風來扮演，淨風在摩尼教科普特文史料中就被稱為造物主。基督教中的耶蘇形象在摩尼教中變得多元化了，主要表現為大神光明耶蘇和光明使者彌賽亞耶蘇，摩尼以耶蘇的使徒自居。這些地方都可以看出猶太教—基督教的重大影響。
教階和寺院制度
《摩尼光佛教法儀略》中記載，摩尼教團內部通常分為五個教階：第一，十二慕闍，譯雲承法教道者（使徒）；第二，七十二薩波塞，譯雲持法者，亦號拂多誕（主教）；第三，三百六十默奚悉德，譯雲法堂主（長老）；第四，阿羅緩，譯雲一切純善人（選民即僧尼）；第五，耨沙喭，譯雲一切淨信聽者（俗信者）。這些名稱的音譯，出自中古波斯文，同時，這些教階也能在希臘文和拉丁文史料中得到印證。摩尼設十二個使徒的做法，顯然模仿耶蘇的十二使徒。將信徒分為僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影響而形成的。
《摩尼光佛教法儀略》中記載，摩尼教寺院中有「經圖堂一，齋講堂一，教授堂一，病僧堂一。……不得別立私室廚庫。每日齋食，儼然待施；若無施者，乞丐以充。唯使聽人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，詮簡三人：第一，阿拂胤薩，譯雲贊願首，專知法事；第二，呼嚧喚，譯雲教道首，專知獎勸；第三，遏換健塞波塞，譯雲月直，專知供施。皆須依命，不得擅意。」這套寺院制度，可能是摩尼在印度觀察了佛教寺院以後，加以模仿而形成的。僧侶過的生活相當儉樸，主要靠施捨乞討為生，沒有奴婢、牲畜等私有財產，共同生活，沒有個人的私室、廚房、倉庫。
根據帕提亞文摩尼教傳教史殘片，阿馱曾在羅馬帝國建立一批摩尼教寺院。有的學者認為，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的發展。
摩尼教傳入回鶻後，借其勢力得以發展，唐大曆三年在京師長安立寺。以後陸續在荊、揚、洪、越等州、河南府、太原府建立寺院，直至會昌三年被禁斷。在查禁時，唐政府沒收了摩尼寺的錢物，並嚴加看守，以防「諸色人及坊市富人影占」。這說明這些寺院已經擁有相當財產，可能曾被粟特或回鶻商人用作貨棧和錢莊。唐季摩尼教受迫害以後，轉為秘密宗教，向華南發展，建立了一些寺院，如宋紹興年間（12世紀）在福建泉州石刀山有一座摩尼寺；十三世紀在浙江四明有一座，後改名為崇壽宮，貌似道教寺院，但是仍然承認摩尼教苦行主義的戒律；元代在福建泉州府晉江縣華表山建立過一座草菴，祭祀摩尼佛；在溫州平陽有一座潛光院，為明教寺院。
1954年刊佈的《回鶻文摩尼寺院文書》提到高昌、交河、唆裡迷等三處寺院。由愛吾赤（管事）、慕闍、依哈林、都督等管理寺院收入的派用。寺院有了殷實的經濟基礎，擁有土地，徵收租金、布匹、糧食、水果，飼養家畜，使用各種工役。高階僧侶豐衣足食，處於特權地位，別居一室，下屬不能隨便晉見，吃飯有人侍候，可以對下屬施行肉刑。這些與《儀略》的規定都有了很大不同。摩尼教從未成為居於統治地位的宗教，唯一的例外是在回鶻統治下，它取得了崇高的政治地位，有了經濟特權，因此難免發生深刻的變化。
儀規
《下部贊》的「此偈你逾沙懺悔文」寫道：「於七施、十戒、三印法門，若不具修，願罪銷滅」。「此偈凡至莫日與諸聽者懺悔願文」中也有類似的文句。三印和十戒是摩尼教的基本戒律。三印指口印、手印和胸印（東方文獻中有時指心印），三印與十戒有聯絡。根據《群書類述》，十戒是：不拜偶像，不妄語，不貪慾，不殺生，不姦淫，不偷盜，不欺詐，不行巫術，不二見（懷疑宗教），不怠惰。口印即不妄語等戒律，手印即不殺生等戒律，胸印即不姦淫等戒律。三印、十戒是僧侶、俗信徒都必須遵守的。十戒主要從負面設限，不許信徒做這個做那個。
對僧侶另有五條戒律，主要從正面鼓勵，希望僧侶以更高的道德標準要求自己。《下部贊》的「普啟贊文」寫道：「具足善法五淨戒」。根據粟特文書，五淨戒是真實，不害，貞潔，淨口和安貧。不害是禁止從事任何可能傷害光明分子的工作，即不要從事耕田、採集、收穫和殺害任何動植物的事情。貞潔是指禁止性交，因為性交被視為模仿惡魔通姦，會導致人類生生不息，繼續不斷囚禁光明分子。淨口是指禁止吃肉和飲酒。安貧是要求不蓄私產，靠施捨和乞討為生，年一易衣，日一受食。
根據《群書類述》，摩尼教要求一般信徒每天祈禱四次，僧侶每天祈禱七次，即《佛祖統紀》引《夷堅志》說的，以七時作禮。一般信徒在星期天（漢文音譯密日）齋戒，選民（僧侶）在星期天和星期一（漢文音譯莫日）齋戒兩天。《宿曜經》記載：「尼乾子末摩尼以密日持齋，亦事此日為大日，此等事持不忘。」《下部贊》中的「此偈凡莫日（星期一）用為結願」寫道：「贊此今時日，於諸時最勝，諸有樂性者，今時入香水，滲浴諸塵垢，皆當如法住」。可能在星期一舉行某種類似洗禮的儀式。《下部贊》中另有「此偈凡至莫日與諸聽者懺悔願文」，寫道：「對今吉日，堪讚歎時，七寶香池，滿活命水。」可見中國的一般摩尼教信徒在星期一也要舉行懺悔和類似洗禮的儀式。
摩尼教徒最大的宗教節日是庇麻節（festivalofbema），紀念摩尼受難，通常在每年的十二月舉行。此前有約一個月的齋戒。庇麻意為祭壇，虛位以待，象徵摩尼降臨。從描繪庇麻節的細密畫來看，一位僧侶右手握著一隻杯子，前面的紅桌子上放著麵包，可能在舉行一種類似基督教聖餐的儀式。《下部贊》「嘆五明文第二疊」說「夷數血肉此即是，堪有受者隨意取」，描寫的就可能是這種儀式。從《祈禱和懺悔書》中知道，庇麻節上要朗讀摩尼最後的書信，吟唱讚美摩尼、第三使、光耀柱、救主耶蘇、諸明使、庇麻等的詩篇和歡樂頌。
傳播
在西方，摩尼在世時，摩尼教已經傳播到敘利亞、巴勒斯坦和埃及。西元300年左右，摩尼教徒在埃及已經頗有聲勢，以致於哲學家裡科普里斯的亞歷山大覺得有必要撰文與其論戰。摩尼教又從埃及傳播到北非和西班牙，從敘利亞傳播到小亞細亞，再從那裡傳播到希臘、亞德里亞海東岸、義大利和高盧。這些地方當時均在羅馬帝國統治之下，摩尼教遭到政府的粗暴迫害。皇帝戴克裡先於297年釋出著名的詔書，命令非洲總督鎮壓摩尼教。基督教當時也遭到戴克裡先的迫害，但是不久即取得國教地位，將摩尼教視為最危險的對手，不遺餘力地從教俗兩方面進行鬥爭。執事馬克（markthedeacon）寫的加沙主教波菲裡（porphyry，thebishopofgaza）傳中，記載了375年波菲裡與摩尼教女信徒、來自安條克的朱莉婭（julia）的一場辯論。聖奧古斯丁（354—430）則記載了他與摩尼教徒福圖那圖斯、費利克斯的辯論。這些辯論正是基督教與摩尼教鬥爭的典型例子。著名的希臘文教義之正式宣告說明遲至九世紀，摩尼教仍然在西方活動。不過1000年以後，在西方就不再看到關於他們的記載了。
歐洲中世紀出現過所謂新摩尼教，比如，7世紀亞美尼亞的保羅派（paulicians）、10世紀保加利亞的鮑格米勒派（bogomilists）、和12世紀法國南部的阿爾比派（albigensians），都有類似摩尼教之處，可能曾受其影響。但是很難確定它們與摩尼教之間的直接歷史聯絡。
在東方，薩珊王朝時期（224—651）摩尼教在波斯本土不斷遭到血腥迫害，它的主要力量逐漸匯聚到中亞烏滸水（oxus，今阿姆河）流域。粟特城市薩秣建（撒馬爾幹）和赭時（塔什干）成為摩尼教傳播的重要基地。六世紀末，中亞摩尼教團在撒特—奧爾米茲（sad-ohrmizd）領導下，與巴比倫的領袖分裂，以電那勿（denawars）派的名稱獨立。這種分裂狀態到八世紀初才結束，中亞重新接受巴比倫法王米爾（mihr，約710—740）的領導。七世紀中葉，穆斯林征服波斯以後，摩尼教徒的處境有所改善，伍麥葉王朝（661—750）讓他們和平地活動，可能根本沒有怎麼注意他們。阿拔斯王朝時期（750—1258），許多摩尼教文獻被翻譯成阿拉伯文，比如，伊本—穆蓋法耳（757年卒）曾把摩尼的幾本著作翻譯成阿拉伯文，比魯尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文譯本的基礎上，撰寫摩尼教歷史的。同時，阿拔斯王朝恢復了薩珊王朝反摩尼教的做法，譴責許多波斯血統的翻譯者是摩尼教的同情者。在麥海迪（775—785）和穆格臺迪爾（908—932）統治時期，設立了專門處置異教徒（主要是摩尼教徒）的機構，無情地對摩尼教徒進行迫害。967年前奈丁在首都巴格達親身認識三百個摩尼教徒，但是，當他寫作《群書類述》時，只有五個還留在首都，可見迫害之激烈。可能西元1000年左右，摩尼教徒在就滅絕了。
在中國的傳播
唐高宗朝（650—683）摩尼教可能已經傳入中國。武則天延載元年波斯國人拂多誕（侍法者）持《二宗經》至中國。開元七年吐火羅國（位於今阿富汗北部）支那汗王帝賒上表，獻解天文大慕闍（承法教道者），請置法堂。開元二十年，唐玄宗下敕嚴加禁斷，但西胡可以繼續信仰。安史之亂末期，代宗寶應元年叛將史朝義誘回鶻牟羽可汗進攻長安，唐遣藥子昂迎勞，牟羽可汗遂支援唐軍東擊史朝義，克洛陽，放兵攘剽。牟羽可汗於次年帶睿息等四僧回到回鶻，與他們討論了三天三夜，經過激烈思想鬥爭，改宗摩尼教。「燻血異俗，化為茹飯之鄉；宰殺邦家，變為勸善之國。……法王聞受正教，深贊虔誠，大德領諸僧尼入國闡揚。自後，慕闍徒眾，東西迴圈，往來教化。」遠在巴比倫的摩尼教教主派第一級僧侶到回鶻，確立摩尼教在回鶻的國教地位，使回鶻社會發生深刻變化。同時，摩尼教依靠回鶻的勢力，在唐帝國各地設定寺院。摩尼教勢力的擴張引起了佛教徒的警覺，禪宗典籍《歷代法寶記》中出現了對外道末曼尼（即摩尼）的攻擊。《歷代法寶記》約765年傳入吐蕃，不久後（約775—797年間）赤松德贊贊普所撰《真正言量略集》中也出現對異端末摩尼的抨擊。
元和、長慶年間（806—824）摩尼教僧侶常與回鶻可汗議政，作為回鶻的官方代表出使唐朝，勢力鼎盛。開成五年，回鶻為黠戛斯所破，唐朝立即改變對摩尼教的優容態度，會昌三年沒收摩尼寺的莊宅錢物，焚燒其書籍圖畫，流放其僧侶，死者大半。會昌五年武宗禁佛，同時禁止各種外來宗教，摩尼教當也在其列。
摩尼教不容於唐朝朝廷，但西域各國五代北宋時摩尼教猶盛。回鶻西遷，在吐魯番建立高昌王國，摩尼教繼續處於國教地位，留下了大量各種語言的文獻和寺院、壁畫、細密畫等遺物。北宋太平興國六年出使高昌的王延德等親眼目睹了那裡摩尼寺的情況。西遷後的回鶻和于闐也曾派遣摩尼師出使中原。但是佛教逐漸佔居上風，到十三世紀中葉蒙古征服塔里木盆地地區時，摩尼教與佛教相比已經微不足道。
中原的摩尼教則不得不依附佛教、道教以自存，逐漸演變為一種秘密宗教，通常被稱為明教。逃脫會昌法難的摩尼教呼祿法師來到福建，「授侶三山（福州），遊方泉郡（泉州），卒葬郡北山下。」福建成為摩尼教在中國南方繼續傳播的主要源頭。北宋至道（995—97）中，懷安士人李廷裕在京城開封一家卜筮商店裡用五十千錢買到了一尊摩尼像，從此摩尼像就在福建流傳開了。大中祥符九年（1016）、天禧三年（1019）朝廷兩次敕福州；政和七年（1117）、宣和二年（1120）禮部兩次牒溫州，「皆宣取摩尼經頒入道藏」。真宗朝（998—1022）進獻明教經典的福建士人林世長授守福建文學。編入道藏的摩尼教經典中可能有《老子化胡經》、《明使摩尼經》、《二宗三際經》等。摩尼教已經在福建贏得部分士人的信仰，依託道教，向合法化方向發展。
但是，摩尼教經常被指斥為鼓動叛亂的邪教。北宋太平興國間撰寫的《僧史略》把梁貞明六年陳州毋乙叛亂以及後唐、石晉（923—946）時的相關叛亂歸罪於末尼黨類。宣和二年方臘發動大規模農民起義，統治者大為震驚，嚴厲鎮壓各種宗教結社，重立禁約，止絕江浙「吃菜事魔」之徒，連帶根究溫州明教，毀拆其齋堂，懲辦為首之人，懸賞獎勵告發。明教徒的特點是每年正月內，取歷中密日（星期天）聚集侍者、聽者等，所念經文及畫像有《證明經》、《圖經》、《日光偈》、《廣大懺》、《妙水佛幀》、《先意佛幀》、《夷數佛幀》、《四天王幀》等，多引爾時明尊之事。
南宋時，有的道教徒不甚分得清楚吃菜滅魔與明教的關係，道士白玉蟾（約1215）的學生問他，鄉間多有吃菜持齋以事明教，謂之滅魔，彼之徒且曰太上老君之遺教，然耶？否耶？白玉蟾告訴其學生一些明教的教義，大要在乎清淨、光明、大力、智慧八字而已。但是沒有分辨吃菜滅魔與明教的異同。有的佛教史家把明教與吃菜事魔聯絡在一起。1265年撰寫的《佛祖統紀》引述洪邁（1123—1202）《夷堅志》說：吃菜事魔，三山（福州）尤熾，稱為明教會。所事佛衣白，又名末摩尼。其經名二宗三際，其持修者，正午一食，以七時作禮。有的官員常把明教與其他宗教結社並列，視之為邪教。陸游在紹興三十二年（1162）寫的條對狀中寫道：淮南謂之二子，兩浙謂之牟尼教（即摩尼教），江東謂之四果，江西謂之金剛禪，福建謂之明教、揭諦齋之類。名號不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、軍兵亦相傳習。其神號曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等號。白衣烏帽，所在成社。偽經妖像，至於刻版流佈，假借政和中（1111—1118）道官程若清等為校勘，福州知州黃裳為監雕。陸游稱，近歲之方臘皆是類也。要求加以嚴懲，多張曉示，限期自首，限滿懸賞搜捕，焚燬經文版印，流放傳寫刊印明教等妖妄經文者。
元代在泉州設有管理明教和秦教（當即景教）的管領。馬可波羅及叔叔1292年到達福州時遇到的一個當地無名教派可能是摩尼教團。明太祖洪武（1368—1398）初曾下詔並立法禁止各種異端信仰，其中包括牟尼明尊教（即摩尼教）。浙江按察司僉事熊鼎以大明教瞽俗眩世，且名犯國號，奏請沒收其財產而驅其眾為民。明太祖可能因為這道奏摺，嫌明教教門上逼國號，擯其徒，毀其宮，戶部尚書鬱新、禮部尚書楊隆奏留之，因得置之不問。儘管清律、安南律都因襲明律，繼續禁止牟尼明尊教，但是，有清一代和安南地方未必真正有摩尼教徒的活動了。
（完）