阿旺晉美語重心長地對垂頭喪氣的阿旺松繞勸解道：「阿旺松繞大人，現在悔悟還來的及呀！您千萬別再執迷不悟了！和我們一起回到祖國的大家庭吧！」
阿旺松繞嘆了一口氣，此時已經插翅難逃的他無可奈何地道：「好吧，阿旺晉美，我答應漢人的條件，希望他們真的能言而有信。」
總指揮官和最高領導人的集體被俘更加讓拉薩城內外的藏軍鬥志煙消雲散，在接到阿旺松繞下達的「不許開槍，向漢軍投降」的命令後，所有的藏兵立刻全部放下了武器。下午3時整，東北軍第45旅的第777摩托化步兵團在沒有遇到抵抗的情況下緩緩地進入了拉薩城區，漢語和藏語的歡呼聲中，青天白日滿地紅國旗和東北軍的紅底黑色戰斧軍旗一起飄揚在了這座世界之巔的城市上空，標誌著拉薩和絕大部分的西藏地區就此解放，重新迴歸到了中國中央政府（東北邊防政府）的控制和領導下。
迴歸祖國懷抱後的西藏，經過東北邊防政府的申請和武漢中央國民政府的批准後新建為「中國西藏自治區」，首府城市定為拉薩市，全區的政務權事全部高度自治（重大事情需要和中央政府通報請示）。4月15日，武漢中央國民政府宣佈追封已故的達賴十三世大師為「護國弘化普慈圓覺大師」，追封已故的班禪九世大師為「佑民慈悲妙玄仁光大師」，並高度地讚揚了這兩位西藏佛宗教派領袖的偉大愛國高風亮節和生前為國家團結、西藏發展所做出的巨大貢獻；國民政府承諾將保留並絕對尊重西藏人民的宗教信仰和西藏「金瓶擎籤」的靈童轉世制度，規定西藏地方政府的行政和宗教最高領導人為達賴喇嘛活佛和班禪額爾德尼活佛；同時任命攝政達扎-阿旺松繞為西藏自治區主席，阿沛·阿旺晉美和五世格達活怫怫洛桑登真·扎巴他耶兩人共同擔任西藏自治區的副主席。
在重新整頓安排了西藏政權教權的結構框架後，東北軍第256、第257、第258、第270山地作戰師等部隊逐步入駐拉薩城和西藏的各個邊防地區，並全力進行剿滅叛亂的西藏土司、地主等舊貴族的軍事行動，以確保了西藏牢牢地控制在中央（東北）政府的手裡；同時東北軍招募藏人組建西藏邊防軍（即新藏軍）和西藏的警察部隊，其中新藏軍下轄5個高原山地作戰旅，總兵力約4萬人，正副總司令分別由阿沛-阿旺晉美中將（由武漢軍委會軍政部新授予的）和荊德文少將擔任。
4月27日，西藏自治區主席攝政達扎·阿旺松繞、副主席阿沛·阿旺晉美、自治區政府高層官員凱墨-素安旺堆、桑頗·丹增頓珠、土登旦達、土登列門等人以及藏佛教宗代表五世格達佛洛桑登真·扎巴他耶大師等人組成西藏代表團，應全國陸海空三軍副總司令兼國防部長張學良上將的邀請分乘數架東北軍的「鸕鷀」軍用運輸機抵達瀋陽，進行友好訪問並就西藏今後的發展等諸多問題展開協商討論會議。
在瀋陽，撮政達扎·阿旺松繞、阿沛·阿旺晉美、五世格達活佛等人受到了張學良的親自接和東北軍政高層以及東北人民的熱烈歡迎。經過十多天友好商談後，雙方簽訂了《中國東北邊防政府與西藏自治區政府和平協定》、《奉藏友好共同發展四十六條》等協議條約；期間，他們還參觀了舉世聞名的東北「1號」重工業區和東北鞍山第一鋼鐵廠，在工廠的生產流水線車間裡，西藏代表團成員們可謂大開眼界，因為過去的西藏根本沒有工業，哪怕小型的工廠也沒有。阿旺晉美羨慕地問張學良：「張將軍，西藏也能建設工廠嗎？」
張學良堅定地道：「能！只要我們萬眾一心，就能實現。」他又推心置腹地娓娓講解道，「想必你們已經看到了，除了傳統的農業外，工業也是必須要大力發展的，這樣才能讓一個國家、一個地區強盛發達起來，讓人民過上幸福的生活。西藏由於位處高原地區，嚴峻的氣候和地理條件都不適合重工業的發展，但是可以興建起輕工業和中小型工廠。西藏蘊含的自然資源十分豐富，並且擁有世界第一的太陽能資源和地熱資源…哦，就是你們的那些溫泉呀！這些自然條件都應該好好地充分利用起來，為西藏人民造福呀！還有，西藏目前的封建農奴制度是十分落後和野蠻的，它嚴重地阻礙西藏生產力的發展和社會的進步，窒息了西藏社會的生機和活力，雖然它能讓少數的西藏上層貴族過著窮奢極欲的生活，但是卻讓廣大藏族人民生活在水深和現代化的工業建設是必然的。」
張學良轉過身，又對格達活佛扎巴他耶大師誠懇遁：「西藏人都是信奉佛教的，佛教有云‘眾生平等’，而且我佛是大慈大悲的。那西藏的那些農奴百姓也應該得到平等仁慈的對待呀，也應該得到自己的土地、自己的牛羊，以及醫療、教育等權益呀！怎麼能讓佔西藏95%以上的人民都終日過著被剝削壓榨日子呢？這些都不符合佛祖的‘眾生平等’和‘大慈大悲’精神呀！其實，解放了農奴，就是解放了西藏的生產力，也就是解放了西藏呀！」
格達活佛聽得微微動容，他雙掌合十地欽佩遭：「無量壽佛！張將軍所言甚是呀！西藏的農奴制度確實必須要廢止的。」
參觀完東北的現代化重工企業和遊覽完瀋陽大都市的繁華後，張學良還特地安排了西藏代表團觀摩東北軍的軍事演習。大連軍港演習場上，後方重炮群震天怒吼，炮彈鋪天蓋地飛嘯而去，將遠處的目標盡皆轟炸成火海；空中直升機和大批的戰鬥機編成戰隊穿雲破霧、呼嘯盤旋，用六管重機槍、空對地火箭彈以及航空炸彈漫山遍野地清除掉地面反抗的「敵方火力碉堡」；地面上，一排排殺氣騰騰的「東北虎」主戰坦克縱橫如梭，飛沙走石和震天殺聲中，全副現代化裝備的東北軍士兵龍驍虎猛地挺著精良的ak突擊步槍衝鋒掃射；海面上，一般艘艨艟戰艦乘風破浪、千帆競就，一排排艦炮怒吼咆哮，震耳欲聾的爆炸聲中，大片大片的海灘被籠罩在血火硝煙中……這一幕幕氣吞山河的壯觀場面更加讓西藏代表團成員們驚歎不已，因為按照他們以前的觀念，打仗比的就是人多和槍多，但現在見識了東北軍現代化軍隊的陸海空三維立體火力打擊的巨大威力後，頓時他們都覺得人再多也無濟於事。尤其攝政達扎·阿旺松繞，更加看得是驚心動魄，此時他愈發覺得自己當初要武力對抗東北軍是一件多麼荒唐可笑的決定了
最後，張學良還熱情地宴請了西藏代表團。在宴會上，張學良誠懇地對攝政達扎·阿旺松繞、阿沛·阿旺晉美、五世格達活佛等人道：「這次東北軍進入西藏，一來是為了保衛邊疆、固國防；二來則是幫助西藏人民解除痛苦並建設西藏。東北軍在西藏期間，不論是軍隊官兵還是地方幹部，只要做了違犯你們心願的事或者欺負了你們，你們一定要向我報告，我們馬上就改並嚴懲肇事者。」
阿沛·阿旺晉美等人聽了後很受感動，都紛紛表示要盡最大的努力為中華民族的團結統一和西藏的建設發展而奮鬥下去。
進入5月後，西藏自治區政府在東北邊防部駐藏工作人員的協助下開始著手對全西藏展開了脫胎換骨般轟轟烈烈的「土地改革運動」，宣佈廢除掉農奴制和舊西藏的《十三法典》、《十六法典》等；沒收掉舊貴族、地主、土司、官僚的土地、牛羊、財產並分發給廣大農奴和投有土地的底層藏民。這樣，廣大的藏民紛紛翻身得到了解放，由農奴轉變為了自由的農民，這無疑極大地刺激藏民們的積極性，促進了西藏農業的飛速發展；同時，由東北邊防政府支援的一批現代化的輕工廠和新型中小學校也在西藏的大地上如雨後春筍般拔地而起。隨著時間的推移，西藏的面貌愈發煥然一新，公路、機場、建立具有現代工業裝置的工廠、銀行、貿易公司、郵電局（所）、綜合農場等建築設施遍地開花；同時藏區政府在東北邊防政府支援下還向農牧民們無償分發大量的生產工具，興修水利，救濟受災群眾，向僧尼和乞丐佈施，開展公平的貿易活動等等等等；在促進了西藏現代經濟力量的增長的時候，也逐步在藏民們中樹立了平等、人道的生活方式，這些重大措施都在西藏各階層中產生了深遠影響。
建設西藏的同時，實際控制著大西南的川、滇、黔、康、藏五省的東北邊防政府行政部在張學良的授意下展開了對西南諸省行政權的大清洗，以確保東北軍對這裡的絕對控制權和治理權。其中，重慶市脫離四川省獨立為與北平市、天津市平等的全國第三直轄市（此時上海市還歸屬於江蘇省），市長之職位由川軍著名愛國將領潘文華上將擔任市長；西康省被分成康西、康東兩大區域，康東併入四川省，康西併入西藏自治區，原西康省主席劉文輝上將調任四川省副主席。這樣，大西南重新被劃分為了川、黔、滇三省和重慶直轄市以及西藏自治區，東北軍在此駐軍約十五萬，並擁有當地四十餘萬新建川軍、滇軍、滇軍、藏軍的絕對控制權。
六月一日，中國東北邊防政府和中國國防部長張學良上將對外宣佈：錫金王國、不丹王國、尼泊爾王國自古以來都是中國神聖不可分割的領土，中國中央政府對三國擁有主權並在不日予以收復。六月三日，駐藏東北軍的第260山地作戰師開進錫金王國首都甘托克市，錫金國王塔希·納姆伽爾率領錫金王室政府宣佈投降，錫金並人中國；六月十日，駐藏東北軍的第266山地作戰師開入不丹王國首都廷布市，不丹國王吉格梅-旺楚克率領王國衛隊進行抵抗，但傷亡重，衛隊死傷過千，迫於東北軍的強大軍威和軍力，吉格梅·旺楚克國王被迫宣佈不丹王室政府投降，不丹併入中國。