「文殊師利啊！如果看見男子女人中有為疾病所折磨的，就應當一心一意地為他們唸咒除病。為此就要經常地洗澡漱口，保持身口的清淨無染，將病人所用的食物、藥品或者沒有小蟲的乾淨飲水唸咒一百零八遍，然後才給病人服用，一切病患就會霍然盡除。如果還有其他的要求，只要能夠作到至心念誦大陀羅尼，就會得到那藥師琉璃光如來的神力加被，如其所願而得到無病無災、延年益壽；哪怕命終之後，也能得以往生東方琉璃清淨世界，決不會退轉到三惡道中去，直到最後終究能夠證得大菩提的覺悟。正因為這樣的緣故，文殊師利啊！如果有那善男子善女人，對於那藥師琉璃光如來，能夠一心一意殷勤尊重，恭恭敬敬虔誠地供養藥師佛，就應該時時地受持唸誦此大陀羅尼，萬萬不可將此咒廢忘啊！」
「再者，文殊師利！如果那些懷有清淨堅貞信心的善男子善女人，對於那藥師琉璃光如來的一切名號，如像應供、正等覺等等，能夠經常恭敬地念誦奉持，清晨用嚼齒木清潔口牙(古印度人用像楊柳枝嚼後除口臭，再以之刷牙)，再洗漱沐浴，使身體齒口都潔淨清爽，爾後又用各種各樣有香味的鮮花，把上等的佛香燃燒起來，再塗滿各種奇香供奉藥師琉璃光如來，並演奏伎樂來歌頌讚嘆藥師佛的形象；不僅如此，他們還能對於那『藥師琉璃光如來功德本願經』加以供養受持，或自己抄寫，或請人抄寫，一心信奉受持，聽聞其中的深奧大義，實踐其中的殷殷教誨；不僅如此，他們又能對那弘揚藥師如來法門的經師廣設供養，向他們施捨一切所需的生活資具，絕不讓這些法師們感受些微的匱乏和窘迫。如能做到這些，就可以經常得到諸佛如來的護念攝持，所求的一切願望都能得到滿足，乃至最終得以證得大菩提。」
這時，文殊師利童子便對佛陀說：「世尊！我非常感動地在此立下誓願。我將在未來時節，在那像法時代，盡我之力行種種方便，幫助一切有清淨信心的善男子善女人等，能夠聽到那世尊藥師琉璃光如來的名號，哪怕他們身處睡夢之中，也能讓他們因為耳聞佛的名號而覺悟。世尊！一切眾生之中，如果能夠對此經信奉受持誦讀，或者再能給他人演說講解此部經文；或者能夠自己抄寫經典，或者能夠請他人代為抄此經，以種種花香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂等供養此經；以五色彩帛作袋子貯放此經；灑掃地方，安設高座，以淨處供養此經。這種時候，四大天王及其眷屬，還有無量無盡的百千諸天之眾，都會來到此人的清淨法壇，對修此藥師琉璃光如來法門的人加以供養、攝持、護衛。」
「世尊啊！若依我的誓願，凡此寶經流行的地方，只要有人能夠信奉受持那藥師琉璃光如來的法門，那麼憑著那藥師琉璃光如來的本願功德之力，憑著那聽聞藥師琉璃光如來名號所得的憶念功德，則此處便不再會有非分的橫死災難，一切諸惡鬼神也不再能得逞其害，奪人的精氣色力；就算真有被奪去精氣色力的，也能夠使之恢復精力，並使身心享受安樂而一無所虞。」
佛陀於是告訴文殊師利說：「正是如此，正是如此！如你所說的一樣。文殊師利啊！如果有懷清淨信心的善男子善女人等，打算供養那藥師琉璃光如來，他們應該首先樹立那佛的形像，再敷設清淨高座安放佛像；散放種種鮮花，燻燒種種香料，又以種種幡幢裝飾供養其處；此外，在行供養之前，應該實行七天七夜的八關齋戒，吃清淨的飲食，並用香湯沐浴，穿清潔衣物，更為重要的是保持內心的寧靜，絕沒有汙濁垢染，也沒有憤怒與嗔害，對於一切有情眾生滿懷善意，一心要使其得利益，使其得安樂；滿腔是慈、悲、喜、舍的四種無量平等心。在這樣的情形下面，才來作絃歌鼓樂，恭敬讚歎，右繞佛像，虔心禮敬。此外，還應憶念那藥師琉璃光如來的本願功德，懷著這種意念去誦讀那『藥師琉璃光如來本願功德經』，仔細思索它的意義，再向別人演說開示。」
「對於這樣的善男子善女人，無論他們有什麼樣的祈求，都能如願以償；欲求長壽者便得長壽；欲求財富者便得財富；欲求官位者便得官位；欲求兒女便得兒女。」
「如果有什麼人偶然做了惡夢，有種種惡相現前，或見貓頭鷹、烏鴉之類的怪鳥來集家中；或於住處有異聲怪相，以至有鬼魅等出現，如遇這些情況，此人只需置辦好各種美好的物品，恭敬地供養那藥師琉璃光如來，則一切惡夢惡相以及種種不祥之兆，都會消失隱沒，不能再為患作怪。」
「如果面對水火刀毒，身臨懸崖絕壁、危牆險橋，或受惡象、獅子、虎狼、熊豹、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等令人恐怖畏懼的毒物威脅時，只要能夠全心全意地憶念彼藥師如來，至誠恭敬地供養他，便可以擺脫一切危險與恐怖。如果別的國家來侵略騷擾，國內盜賊反叛起亂，只要一心憶念彼藥師如來，恭敬地供養他，那麼一切盜賊侵略都可以得到解脫。」
「再者，文殊師利啊！如果有些清淨信心的善男子善女人們，直到壽命終結，一生都沒有信奉過其他各種各樣的天，以及溼婆神等天魔外道，一心一意地皈依佛法僧三寶，接受並持守佛為弟子們制定的五戒、十戒、菩薩四百戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒等。在所受持中，假如有所毀犯，自然會害怕墮入三種惡道的報應。」
「或者有的女子，臨到生產小孩時，受極大的痛苦折磨。此時她如果能夠至心稱名念佛，禮讚那藥師琉璃光如來，恭敬供養那藥師琉璃光如來，便可以消除一切痛苦。不僅如此，她所生的小孩，也就四肢五官具足，相貌端正，人人見了都會喜歡。這樣的孩子，聰明智慧，健康少病，安安穩穩，一切非人的鬼魅之類均不能夠奪去他的精氣色力。」
這時候，世尊告訴阿難說：「像我這樣稱讚頌揚那世尊藥師琉璃光如來的所有功德，這是十方諸佛最奧妙、甚深的行願之處，在眾生看來是非常難以理解的，你對此是否懷著信心呢？」
阿難回稟佛陀說：「大德世尊啊！對於如來所說的契合世間、出世間一切真實的經典，我是不會有任何疑惑的。為什麼呢？因為凡是如來動身發語，起心生念，無不具有清淨本質。世尊啊！天上的太陽和月亮可以墮落，巍巍的須彌山可以傾斜倒塌，但只要是諸佛如來所說的話，就是永遠真實不需的，不會變異的。」
「世尊！有這樣一些眾生，他們的信心根基並不具備，一旦聽聞十方諸佛的極其深奧的願行，就會這樣去想：為什麼說只要憶念那藥師琉璃光如來的名號，就可以獲得如此之多的微妙功德及殊勝利益呢？就由於這種不信，心生疑惑，他們反而會生出毀謗，從而在生死的漫漫長夜，失卻了極大利益，墮入到了各種惡趣之道，於無窮無盡的苦海中，流轉不已，永無出期。」
佛陀於是告訴阿難說：「像這樣的有情眾生，如果能夠聽聞那世尊藥師琉璃光如來的名號，而且專心一念地虔誠信受奉持，就不會在內心產生什麼疑惑，要說他們也會墮入到惡趣裡去轉生，是絕不可能的事！」
「阿難啊！這就是我說的諸佛的大悲大智所行達的境界，其深刻與奧妙是一般眾生難以真正信受、明確瞭解的。你今天之所以能夠信受奉持，應當知道那完全是因為承受了藥師琉璃光如來的大神威力！阿難！我今天所說的這些，除了那些下一世就可以成佛的菩薩，其餘所有的一切聲聞、獨覺以及尚未達到初地階段的菩薩都是不能如實地信奉理解的。」
「阿難啊！能夠轉生到這個世界上，要具備這一人身的體貌、智識，實在是非常不容易的呀！而在佛法僧三寶之中，如要始終保持虔信、恭敬與尊重，也是難能可貴，極不容易的呀！至於要聽聞那藥師琉璃光如來的名號，虔誠地信仰，恭敬地奉持，則比前面所說的那些，更不容易做到了！」
「阿難！那藥師琉璃光如來，在過去的菩薩因地中，因為修了無量多的菩薩行而獲得極大的功德，有著無量多數說不清、不可計數的善巧方便法門用來拯救超拔一切受苦受難的眾生。他許下了無比廣大的慈悲誓願要使眾生脫離苦痛得享安樂。我若要廣泛詳細地敘說那藥師琉璃光如來的功德行願，那及使用上一劫，或者一劫以上的時間，也是講不完的呀。若我要廣泛地述說起來，那麼，一個那劫的時間就會迅速畢竟悄然地流逝而去，可那藥師琉璃光如來的行願功德，善巧方便法門，卻多得綿綿難以窮盡，無法用語言來概述完畢呀！」
佛陀說到這裡時，那些在他周圍恭敬聽說法的大眾之中，有一位名號稱作「救脫」的大菩薩，從座中站起身，來到佛陀跟前。他袒露著右肩，然後用右膝曲膝著地，雙手合十，恭敬地伏身向佛陀致意，然後對佛說道：「大德世尊！我佛滅度千年之後，便至佛法衰替的像法時代了，到那時候，有情眾生善根微薄，業障深重，為種種病患困圍折磨，有的長期臥病在床，體弱羸瘦，不能吃，不能喝，喉嚨嘴唇都枯乾燥澀，眼睛看到的四面八方都是沉沉的陰霾黑雲籠罩著，死亡的徵兆迫在眉睫；此時，父母、兄弟、妻子、親屬、朋友、老師、尊長都圍繞在床前，哭哭啼啼、涕淚泗流；而病人自己身臥病榻，眼中只見閻羅王的差役，前來勾取其神識，將其帶到閻羅法王的跟前，聽候審判。諸位有情眾生，平時都有這神識伴隨其人身，一刻不離左右，人的言行舉止，所作所為的所有善惡感應，它都以或者是罪、或者是福的形式記錄書寫下來。到了閻羅法王處，這神識便將所有的書寫記錄呈交給法王。閻羅王於是審訊推斷此人的所作所為，計算其平時所累積的善惡多少，按其應得的罪福給予獎懲。」
「這個時候，病人的親屬、師友如果能夠為他皈依世尊藥師琉璃光如來，延請僧眾，一遍又一遍地為這病人轉讀這部『藥師琉璃光如來本願功德經』，同時點燃每層七盞，七層共計四十九盞的延壽長明燈，懸掛五種顏色的續命神幡，這樣或許可能使病人的神識得以重返世間，使病人再次活轉過來。」
「凡是這種神識返回得以活轉過來的病人，就好象從大夢中清醒過來一樣，對於夢中所見所聞的一切，都會記憶猶新，清楚明瞭。其神識或許是經過了七天，或許是經過了二十一天，或許是經過了三十五天，或許是經過了四十九天才還蘇回來。當神識返回這病人身上時，如同剛剛從夢中覺醒過來一樣，都能清楚地回憶自己作惡或者行善所得到的善果業報。由於自己親自見證應驗了業果報應的緣故，這些人就是到死，也都不會再去造作任何惡業了。」
「所以說呀，凡是具有清淨信心的善男子善女人們，都應該信受奉持藥師琉璃光如來的名號，按照自己的能力大小，至心地恭敬供養那世尊藥師琉璃光如來。」
這時候，阿難又向救脫菩薩問道：「救脫菩薩呀，作為善男子，他應當怎麼做才能恭敬地供養那藥師琉璃光如來呢？還有那續命的神幡和延年的長明燈又應該怎麼做呢？」
救脫菩薩回答說：「大德！如果有病人要想脫離疾病的痛苦折磨，那他的親屬、師友就應該為這病人用七天七夜的時間來受持、信奉八關齋戒。應該竭盡自己的所能，置備辦理飲食和別的供養品；延請比丘僧人並加以恭敬供養；在晝夜的六時中(8點、12點、16點、20點、0點、4點)，虔誠地禮拜供養那世尊藥師琉璃光如來；把這部『藥師琉璃光如來本願功德經』讀誦四十九遍；點燃四十九盞長明燈；塑造七尊藥師琉璃光如來的形象，每尊佛像前又各置七盞長明燈，每盞燈都應當大如車輪，在四十九日中，這些燈光明不絕；再造五種顏色的彩幢，使其有四十九桀手長(桀=23公分)；另外還應當把四十九種雜類眾生放生。這樣便可以度過危險的厄難，而不至於再遭受各種橫惡鬼魅的劫持操縱了。」
「還有，阿難呀！如果剎帝利、灌頂王等世間的國王遭受災難時，即所謂的世間瘟疫難、他國侵逼難、國內叛逆難、星宿變怪難、日月薄蝕難、狂風暴雨難、久旱不雨難等等天災人禍，則這些剎帝利、灌頂王等世間君主國王，這時便應該對一切有情眾生髮起慈悲之心，先是大赦天下被關押的囚犯，並且要依照前面所說的供養方法，虔誠地供養那世尊藥師琉璃光如來。由於這樣做所累積起來的善根功德，再加上那藥師琉璃光如來的本願之力，便可以令他們的國界安定穩固，風調雨順，國泰民安，五榖豐收，一切有情眾生都無災無難、無病無痛地歡樂自在；在他們的國家之內，不會有任何暴惡夜叉等鬼神危害作祟，使有情眾生煩惱憂慮；一切險惡的徵兆都銷聲匿跡，不會再次出現；至於那剎帝利、灌頂王自己，則壽命增長，精力充沛，身心健康，無災無病，自在快樂，舉國上下也都各得增益。」
「阿難啊！如果那些帝后、王妃、大子、王子、大臣、輔相、太監、宮女、百官及庶民百姓等，也為疾病所折磨，痛苦煩惱異常：或者是蒙受了別的災難禍害的困厄，也應當造立起五色的神幡，點燃長明燈以求續命，再放生各式各樣的有生命的物類，散發各式各樣顏色的鮮花，焚燒各式各樣名貴的供香，就能使得一切病痛最終得到解除痊癒，一切災難得到擺脫消滅。」
這時候，阿難救問救脫菩薩說：「菩薩啊！為什麼眾生已經到了盡頭的生命還可以得到延續增益呢？」
救脫菩薩回答道：「大德！你難道沒有聽如來曾經說過，有九種橫死嗎？所以他才勸說我們建造續命的長明燈和五色的神幡，並且修習各種善業，廣求福德。由於修習福德，累積善業的緣故，所以直到壽命終結，人都不會再去經歷痛苦，遭受災難了。」
阿難又問道：「九種橫死是怎麼樣的呢？」
救脫菩薩回答說：「首先，如果有這樣的有情眾生，得病雖然不是很嚴重危急，但卻沒有醫生的診斷，得不到藥物的治療；或者，有些去看病的人，雖然有醫生給予診斷療治，但卻給錯了藥，結果本不應當死的卻死去了，這就是一種橫死。另外又有一些人，相信世間的邪魔外道，妖孽巫師，聽信他們胡說有禍有福的話，結果弄得自己心中驚惶失措，恐怖萬分日夜忐忑不安。自己心中一旦喪失了平衡正見，便去請人看相算命，求籤問卦，為追尋禍害的根源，甚至不惜殺害種種生命。他們還作法祭祀神靈，召請役使各種鬼魅魍魎，只為乞求福佑，大享平安，希冀能夠延其壽命。殊不知，這種方法種就是不能如願以償的。愚昧無知，迷惑本性，信隨邪魔，起倒亂見，使他終究遭受了橫死之苦，沉淪於地獄之內，沒有出離的日子，這便是第一種橫死。」
「第二種橫死，因為違犯王法而遭到刑律的誅滅殺戮。第三種橫死，肆意打獵，嬉鬧遊樂，沉迷於婬欲之中不能自拔，嗜酒如命毫無節制，以至於邪鬼惡神趁機奪其精氣而遭橫死。第四種橫死，遭受火災焚燒而死。第五種橫死，溺水淹沒而死。第六種橫死，被各式各樣的兇猛惡獸啖食而死。第七種橫死，即從懸崖斷壁上墬落而死。第八種橫死，遭受毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等中傷毒害而死。第九種橫死，因為飢餓焦渴的煎熬困厄，得不到點滴飲食而渴餓橫死。上面這些是如來簡單略舉的九種橫死，其他的各種橫死還有許多許多，實在難以一一細說呀。」
「還有呢，阿難！那閻羅法王主宰著世間一切眾生的生死紀錄簿。一切有情眾生中，如果有那些子孫忤逆不孝的，還有破壞侮辱佛法僧三寶的，敗壞君臣綱紀秩序的，違犯殺妄盜婬的根本性戒的，那麼閻羅法王便會根據其所犯罪過的輕重加以審判拷問，量刑懲罰。因此我今天在這裡勸告諸位有情眾生，為了度過苦難厄運，免遭眾多的災禍，一定要點燃長明燈，建造無色神幡，供養那藥師琉璃光如來，還要放生積善，廣修福德，使一切災難厄運消弭不再，以求平安歡樂。」
這時，在聽佛說法的會眾之中，有十二位藥叉大將也各在會座之中。他們分別是宮毗羅大將、伐折羅大將、迷企羅大將、安底羅大將、額?羅大將、珊底羅大將、因達羅大將、波夷羅大將、摩虎羅大將、真達羅大將、招杜羅大將、毗羯羅大將。
這十二位藥叉大將，各各領有七千名藥叉作為部屬。所有這些藥叉同時舉聲向佛稟告：「世尊啊！我們今天承蒙佛陀您的神聖莊嚴的威力加被，得以聽聞那世尊藥師琉璃光如來的神聖名號，我們已經完全擺脫了對那可能輪迴轉生到三惡道去的結局的恐懼。我們一定要相互鼓勵，同心協力，即使身體壽命都到了終結的那一天，也都要始終皈依佛法僧三寶；我們立誓要擔負天下一切眾生的苦難，為他們作種種義利之事，使其得到饒益安樂；無論在什麼地方，無論在任何村邑、城鎮、國家、及空閒的山間、林中，只要有此經流行傳佈，只要有人奉持那世尊藥師琉璃光如來的名號並加以虔誠地供養的，我們以及我們所有的眷屬，都會守護、保衛這個人，使他解脫一切苦難，如果他有什麼願望企求，都會使他得到一一滿足；如果有人遭遇到疾病或者厄難而希望得到解脫的，也應該誦讀『藥師琉璃光如來本願功德經』，並以五色的絲縷，把我們十二藥叉大將的名字編織在絲縷結中，我們一定使他如願以償，使病痛痊癒，厄難解除，然後再解開絲縷結。」(佛教中的解厄法，可有二解：(1)以五色絲線結成十二藥叉的名字(2)一邊以絲線打結，一邊稱念十二藥叉的名字)
這時，世尊便對諸位藥叉大將連聲讚歎，並說：「善哉！善哉！藥叉大將，你們能夠思念著報答那世尊藥師琉璃光如來的恩德，你們常常應該如此利益安樂一切有情眾生啊！」
這時候，阿難又對佛陀說道：「世尊！應當怎樣稱呼這個法門呢？我等又應該如何奉持信守這法門呢？」
佛陀告訴阿難說：「此法門的名稱就叫做『藥師琉璃光如來本願功德』，又叫『十二神將饒益有情結願神咒』，又叫『拔除一切業障法門』。你們就應該像我說的這樣持守信奉這一法門。」
佛陀說完這番話時，所有的大菩薩和佛身邊所有的聲聞大弟子，在場同聞佛法的國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、幹達婆(香神或樂神)、阿修羅、迦樓羅(金翅鳥)、緊那羅、摩訶羅迦(大蟒神)、人及非人等等，一切大眾，都因為聽了佛陀宣說的法音而皆大歡喜，人人無不頂禮膜拜，信受奉行。