但是從藥師佛的十二大願中，我們可以深深的感覺到它與一般佛教主張出世類的經典的不同。它特別關注現世人的生活，從生活中求解脫，與現在所提倡的人問佛教有很多相關之處，對於構建人間佛教亦有莫大的啟示。
吳立民先生認為：「藥師佛的願不但重衣服，飲食這些物質生活方面，而且還注意到了教育，健康正常的娛樂以達到我們全人類和樂生存。」
「從藥師十二願我們也可以看到，學佛不是死後才有好處的，不是讓我們等著死，等著往生，對現實不顧。佛法在現實的人類生活當中，就能夠幫助我們提高物質生活和精神生活。所以曾有許多大德，包括太虛大師，趙樸老在內，都提倡人問佛教這樣一個指導思想，是完全正確的。
佛法到今天，出世是根本精神的一面，但只有這一面不行，出世還得入世，世法，出世法要圓融。」「藥師法就是要我們在現實物質生活，精神生活都已經得到滿足的基礎上，發大乘心來修菩薩行，像藥師佛那樣發願來利益眾生。」
三、藥師佛的修證法門
關於藥師佛的修證法門，在佛教各宗派當中皆有不同。從大的方面講有顯教與密教之差別，而從小的方面說各種傳承亦是有所不同。筆者簡單的把它分為六大類，即：持念佛號，持藥師咒，誦經，修藥師定，禮敬供養，秘密法門等（或還有它法，此處不錄）。以這六個方面的法門比較常見。限於篇幅，下面僅就持念佛號的法門和修藥師定的法門做簡略說明。
1、持念藥師佛聖號的法門
在所有修藥師佛的法門中，以持念藥師佛的聖號為最簡易。弘一法師認為：「經屢雲聞名持名，其法最為簡易其所獲之益亦最為廣大也。」
持名念佛也是顯教常用的一種方法。弘一法師還根據《藥師經》舉出了念藥師佛的十種利益：「
一，速得成佛，經中屢言之。
二，行邪道者令入正道，行小乘者令人大乘。
三，能得種種戒，又犯戒者還得清凈不墮惡趣。
四，得長壽富饒官位男女等。
五，得無盡，所受用物無所乏少。
六，一切痛苦皆除，水火刀兵盜賊刑戮諸災難等悉免。
七，轉女成男。
八，產時無苦，生子聰明少病。
九，命終後隨其所願往生。（人中，得大富貴；天上，不復更生諸惡趣；西方極樂世界，有八大菩薩接引；東方凈琉璃世界。）
十，在惡趣中暫聞佛名即生人道修諸善行速證菩提。」
那麼，簡單的念佛何以有如此多的利益呢？人們多從宗教信仰角度出發來分析這個問題，或信而不論。實則此中大有奧義，非自身體證者難明其理。南懷瑾先生的在《凈土究竟論》中的一段話可供有心者參究：「何以持名念佛，一心不亂，即可往生凈土？
又何以佛光能來接引？欲明此義，須先取自然科學中之光學、力學，參酌佛法，自可會通。首須瞭解，佛之一名，涵有體用之義。佛之體，乃法身如來藏性，即宇宙萬有之本體。佛之用，即報身、化身，如釋迦、彌陀之各別應身。次須瞭解，如來藏性之為力為明。初有常寂光，此光無相無形，具含於宇宙萬有法界之塵塵物物。世界形器有壞，此光不滅。凈明初動，快速無比，乃發光明，於是有色之光得以生起。粗看無形，實則光波隨時自在振動。其速度之快，科學家稱之為光年。地球高空以外進入黑暗，然黑暗亦為有色光之一種，其振動當亦存在。
唯速度之快，尚非今日科學所知。過此黑暗光層，必另有一色光之境。太虛之間，純為光照。無論光色不同，其為光則一。光能發熱，同時與力並具，而光與力，皆依本體這法爾（自然）功能所生，涵於常寂光中。萬有眾生之心身性命，皆為如來藏中之一環。此心具足力之與光。念念專精得至一心不亂，則光力專精統一，自可與佛之常寂光接流。加以自他二力互相憶引，臨命終時，形器毀壞，常光現前……願力相應，自然不消彈指之間，乘彼常寂心光之無比速度，往生凈十矣。」
對於藥師佛名號的念法，一般有兩種，即：「南無藥師琉璃光如來」和「南無消災延壽藥師佛。」弘一法師認為：「今人持名者皆日『消災延壽藥師佛』似未盡善，佛名惟舉「藥師」二字未能具足。佛德惟舉「消災延壽」四字亦多所缺略，故須依據經文而日『藥師琉璃光如來』斯為最妥善矣。」
南懷瑾先生則認為：「經典上有藥師如來的咒語，念『南無消災延壽藥師佛』或『南無藥師琉璃光如來』都可以，可是一定要結這個手印。誠誠懇懇地去祈求、去唸。」（南先生所說的手印乃藥師印。手印為密教身密的修法，其意甚奧，暫不論述）
筆者認為，比較來說，「南無藥師琉璃光如來」的念法更加全面。但不論念哪個佛號，念佛之時皆不可帶功利之心。重點即是藥師經上所說的「至心受持」這四個字，惟至誠一心者，乃得深入。
2、藥師定的修持方法
藥師定的修證方法亦是藥師法門當中一個殊勝的方法。「定」即「祥定」也。禪定的種類很多，《瑜伽師地論》卷十一《三摩多地》中將之歸納為四類，即「靜慮、解脫、等持、等至。」「靜慮」，為梵語「禪那」之漢譯，即於一所緣境繫念寂靜、正審思慮之意。靜慮有四種，就是通常所說的四禪。（初禪，離生喜樂；二禪，定生喜樂；三禪，離喜妙樂；四禪，舍念清凈。）「解脫」類定，包括了八解脫（有色觀諸色解脫；內無色想觀外諸色解脫；凈解脫身作證具足住；空無邊處解脫；識無邊處解脫：無所有處解脫；非想非非想處解脫；想受滅解脫）八勝處、十遍處（地、水、火、風、青、黃、赤、白、空無邊、識無邊）三種。「等持」，梵語「三摩地」。即平等持心之意。此通攝一切有心位中「心一境性」，亦通散位定，如欲界定。（有關「等持」，《瑜伽師地論》卷十二中說有十種，文繁不錄。）
「等至」，梵語「三摩缽底」，是等引（指勝定地，離昏沉、掉舉等，平等能引諸功德）之果，故名等至。此通指一切有心、無心諸定位中所有定體，包括了五現見等至、八勝處、十遍處、四無色定、二無心定（無想定和滅盡定）等。以上四大型別的禪定，其中四靜慮是最基本的，它遍通於有漏無漏、大乘小乘，又是其它三類禪定的基礎。
藥師定，即藥師佛修法之定，是此類藥師修證法門的根本。吳立民先生認為：「藥師法的本質就是藥師定。藥師經是藥師法的說明，藥師法是藥師定的作用，而藥師定的本質就是色、息、心法。人為色、息、心之一具，修藥師定者，教人明乎自己色息心之所由具，以及如何用此色息心之所具而做頂天立地之人也。亦即教人如何在生活中了生死，而又在了生死中生活也。
所以藥師經法是教人生活做人之大法，是教人即身認識人身人生而改造人身人生之大法也。釋迦為人問之本師，藥師為人道之本尊，大日為天道之本尊。修密教者，修人道也。而修藥師法者，是正修人道，以人合人，以人合天，天人合一也。
故藥師經法，是人間佛教正信正念、正知正見、正定正命之正法也。」吳先生認為，禪定的修法，不外乎色法，息法，心法三門。佛教八萬四千法門，「攝之不外如來禪、祖師禪、秘密禪三大類。如來禪以安般入手，都攝六根，較側重於息法；祖師禪以觀心為本體，較側重於心法；秘密禪以六大四曼三密為體相用，較側重於色法。
故如來禪為破惑證真之禪，祖師禪為明心見性之禪，秘密禪為即身成佛之禪。」而「色，息，心」在生活中即對應「飲食、呼吸、睡眠」三大活動，由此可見，藥師法正是為我們現實的人生所立，非常的平易但又深不可測。
「會做人生活者，會通藥師法。而不會做人生活者，必不會藥師法。所以修學藥師法必需做人第一，學會生活。」
吳立民先生的《藥師經法研究》把藥師定的修持要點歸納如下：
「一、上座推開尾閭（色法）單、雙盤為好，鼻吸口呼數分鐘。
二、誦咒大咒一遍，心咒七遍。
三、視鼻端白（心法）內視，用神照顧一下鼻頭，心息相依。
四，安那般那（息法）數息1，2，……10，1，2，……10，1，2……鼻吸鼻呼，呼吸勻靜、細長。防止：
（1）散亂：攀緣心；（2）昏沉：打瞌睡；（3）無記：失念。
五，下座鼻吸口呼數分鐘（與上座時間相同）。」此中最值得注意的便是息法。
藥師定包括色法，息法，心法，把它們融合在一起，但重點還是在息法中。息法在四大（地，水，火，風）中屬於風風大，是交融體內物質（比如骨胳，排洩，消化等）和精神（如思維等）的地方。我們的消化，排洩，迴圈都靠呼吸（息）來推動，所以息法是修法中的樞紐。「藥師定的功法在息，藥師定的本體在色，藥師定的妙用在心。」「息是色，心的交融點，心是息色的生化機，色是心息的依止處，這就是藥師經精要的地方。」
三、簡短的結論
佛教號稱有八萬四千法門，無非是為了對治人們的八萬四千煩惱。生死問題正是人們的一大根本煩惱。藥師經法在解脫人們的生死方面不僅自成體系，而且有其獨特的一面，即在現世求解脫，在生活中解脫，不尚空談，立地起修。這是它殊勝之處，正是非常符合當今時代特點的當機法門。隨著時代的發展，科技的進步，人們必將越來越認清它的價值。
藥師佛之十二大願，猶如琉璃光一般，照耀著我們的世界，凈化著我們的靈魂。近代大德所提倡的人間佛教的思想，就是要我們人人都發藥師大願，行藥師法門，轉此娑婆世界為人間凈土。藥師經法的宏揚必將給人類一個光明的未來。