後者其實已經不可避免，鄭芝龍在反覆思量後，決定接受這份條件。不就是雙方繼續攪在一口大鍋裡鬥智鬥勇麼？他鄭某人從一無所有的逃家子，混到威震南海的一方大豪，眼下連三十歲都不到，正是一生中膽氣最盛的時候，面對挑戰還有迎難而上的勇氣。而不會像後來晚年面對滿清那樣，輕易就作出投降決定。
認清了局勢，明確了方針，此後談判就簡單多了。鄭家痛痛快快認了老二，這邊也沒讓他們太吃虧，因為北路軍計劃在臺灣戰事結束後撤回大部分人馬，留在島上的人手有限，這邊乾脆連北部地區西班牙人的兩座城堡都丟給鄭家管理了。短毛的勢力將只收縮於臺南赤嵌城一帶，及其附屬港口。按照後世的發展前景，他們將來的主力開發方向將是更南邊一點的打狗港，也就是未來臺灣第一大港：高雄。
雙方約定組建了一個「聯合管理委員會」，簡稱聯管會，共同處理島上一切事物。鄭芝龍本人並沒有進入這個委員會，他覺得自己就算進來也只能做個副職，太沒面子，乾脆不幹。只是把自家兄弟鄭芝虎推出來當了個副頭目。
聯管會的正職首腦當然是由短毛眾派人擔當的，老李教授原本屬意解席，畢竟他最有在外面經營的經驗，和鄭家關係也好。但老解卻死活不肯留下——開玩笑，在這種地方一待下來，一年到頭除了野鹿之外恐怕連大活人都看不見幾個。高雄港將來也許會有很好的前景，但天曉得要多少年才能建設得像個樣子……他解席滿懷雄心壯志，可不想在這兒作一塊默默無聞的鋪路石……
解席不肯留，唐健倒是想要留下來守衞寶島的。但李教授考慮到這裡形勢複雜：留守人員不但要同時應對土著，日商，鄭家以及殘餘歐洲人等多方勢力，還要在荷蘭人留下的基礎上繼續建設港口，發展貿易……唐健領兵打仗是一把好手，但要處理這麼多錯綜複雜的局面，恐怕還難以勝任。
其間葉孟言等幾個年輕小夥兒還自告奮勇主動提出：他們想要留下來進行此地的開發工作。本來這幫小夥子就向委員會提議過要去海南三亞一帶開分基地，現在直接把分基開到臺灣島，對他們其實並沒有什麼差別——反正都是一樣的荒涼，一切都要從頭開始。
北路軍的領導層內部為此進行了一番討論，不少人覺得小傢伙們恐怕還難以擔當如此重任，不過老李教授卻認為年輕人有衝勁，敢於攬事——這絕不是壞事情，所以應該給他們個機會試一試。當然，必要的監督和制約肯定要有。
於是經過協商後，決定由文德嗣同學出任管委會的首任會長，帶領葉孟言所在的一營三連所部，接下治理寶島的第一棒。文德嗣平時主要管理運輸船隊事務，不會在島上常駐。當他不在的時候，岸上事務就由那批年輕人自行決定。
經過半年或一年，如果這些年輕人證實了自己確有管理一地的能耐，到時候就會把權力正式交接給他們。
……
在把駐軍和佔領的事情處理好之後，北路軍主力就準備搬師回航了。他們之所以這麼著急返回，是因為從鄭家那裡，得到了一條自福建官場轉發出來的確切訊息。
經過一番明面上無聲無息，私下裡卻頗為激烈的角逐和博弈，在明帝國內部終於最終確定：將由哪一派勢力接過熊文燦丟下的這份大功勞——招降短毛。
大明帝國的正式談判人員，他們自己稱為「招撫大使」的官員，已經從南都金陵出發，本來若是按常例走陸路，少說也要好幾個月路程，這邊也不必著急。但偏偏聽說這回那位「招撫大使」頗為心切，說是反正要坐船的，乾脆直接在長江口那邊就上了海船，直放瓊州島！
這樣，北路軍主力，特別是老李教授那幾位，就不得不盡快返回，為接下來真正的重頭戲：招撫談判，做好必要準備。