碇真嗣看到這機體的第一時間就大聲吼叫了出來，他陷入了震驚與心慌中，因為此刻的他已經不是動畫裡時的他了，一是性格的變化，二是他和明日香關係的變化，事實上，雖然沒有言明，甚至他對凌波麗還有莫名的好感，但是這些日子裡的那種奇特感覺，他和明日香的那種默契感，他也是感覺到了的，雖然沒有言明，但是他已經在心裡預設了和明日香的關係，他要守護她，無論如何都要！然後等以後和平了，等以後和平了……他們的日子還會很長很長……
所以當羅傑說這次的eva三號機很可能有問題時，他甚至不顧對父親的懼怕感，當面就提出了疑問，甚至在檢查之後依然堅持不讓明日香試駕駛eva三號機都是如此，而此刻，見到eva三號機之後，他的心情簡直難以形容，震驚，心慌，還有就是憤怒，極度的憤怒。
「爸爸！你說過eva三號機是沒問題的！你說了羅傑大叔只是在信口開河，你說了要讓明日香試駕駛eva三號機！你都幹了什麼！？」
在nerv中，碇源堂只是雙手抱拳的默然無語，他戴著的眼鏡下面，冰冷的目光彷彿沒有感情一樣，只是冰冷的說道：「這是使徒，你可以攻擊了。」
「攻擊什麼！？你讓我攻擊明日香嗎！？可惡，可惡，可惡！我是絕對不會攻擊她的！」碇真嗣大聲吼叫著，瘋狂的拍打著eva駕駛艙裡的座椅。
「那你會死的。」碇源堂依然冷冷的說話道。
「死就死！那怕是死，我也絕對不會攻擊她，她，她……她是我要用生命去保護的人啊！」碇真嗣依然大聲吼叫道。
這時，eva三號機已經來到了離eva初號機大約千米的距離上，就見得eva三號機猛的跳了起來，跳到了數百米的高度，然後猛的下落，直接砸在了eva初號機身上，eva初號機頓時被砸在了地上，而且直接被在地上砸出了一個大坑來。
eva的駕駛與那些科幻系的機甲有很大的不同，其中最大的不同就在於eva機體本身是一個生命體，巨大的人工生命體，而要駕駛這樣巨大的人工生命體，那就必須要用人腦來代替eva機體本身的大腦，也即是感同身受，只要eva受到什麼傷害，那麼同樣的傷害疼痛也會傳遞到駕駛員的大腦中，雖然身體看起來沒有受到什麼傷害，但實際上大腦已經收到了受傷的指令，而科學家們早就做過無數次此類實驗了，大腦的功能強大到可以「欺騙」身體，若是大腦身體真的受過如此重的傷，那麼身體很可能就會真的如此的反應，嚴重時直接死亡都有可能。
所以此刻eva初號機受到攻擊時，這傷痛直接就反映到了碇真嗣的大腦中，他痛得直接叫了出來，而且這還沒停，控制eva三號機的使徒直接就抓住了eva初號機的脖子，將其死死掐住，然後壓在了地面上。
這樣的情形直接反應到了碇真嗣的脖子上，他的脖子上也出現了被掐住的痕跡，但是即便如此，他也依然沒有任何攻擊，而與此同時，碇源堂就冷冷的問道：「為什麼不攻擊？」
「不能攻擊！裡面是明日香！我絕對不攻擊！」碇真嗣大吼著叫道。
碇源堂似乎有了冷笑，他就問道：「你不攻擊會死的。」
「那怕是死也不會攻擊！」
聞言，碇源堂就準備下令切換到傀儡系統，一種明面上說是幫助駕駛員駕駛eva，其實是另有目的而存在的一種裝置機關。
就在這時，碇真嗣的耳邊就響起了羅傑的聲音道：「你不打算攻擊，這本身就是在逃避，因為你不攻擊就代表著你無法救出被使徒侵蝕著的明日香，你在期待著什麼？英雄的降臨？還是我的幫助？或者是既不敢違抗父親，又不想手上沾上鮮血？告訴我，這個時候你該怎麼辦！？」
碇真嗣此刻已經被掐得快無法呼吸了，但是聞言之後，他依然還是從牙齒縫裡憋出話來道：「我……我會攻擊！但是絕對不會傷害有明日香的插入栓，羅傑大叔，爸爸……我要救出明日香！」