而當初孫可望受撫的引路人楊畏知一貫尊主行事，聞訊後勸說可望：「‘秦’‘冀’等爾，假何如真？」孫可望嗤之以鼻，不予理睬。
楊畏知上朝痛哭自劾，言語中多有職責孫可望，遂被永曆留為東閣大學士，與吳貞毓共同輔政，可望聞之大怒，派人召楊畏知至貴陽，當面責難，譏諷楊畏知忘恩負義，楊畏知忍無可忍，脫下頭上冠擊可望，遂被殺。
錦衣衛指揮使馬吉翔是個奸佞之人，因在皇帝倉皇南逃途中十分殷勤諂媚，並獻出四千兩銀子資助困頓貧苦的皇帝勞軍撫眾，深得永曆帝以及太后歡心，以為這是個忠勤之人，賜他為永安侯，並以區區錦衣衛指揮使身份入內閣，執掌絲綸房，專可票擬，其寵信程度即便是有擁立之功的大學士瞿式耜都比不上。
一朝得勢的馬吉翔暗中結交大宦官龐天壽，兩人沆瀣一氣把持朝政，權傾朝野，並暗自投靠孫可望。
當時孫可望派出的部將是總兵曹延生、胡正國，龐天壽矯旨強行命令曹延生、胡正國與馬吉翔結拜為兄弟，結拜後馬吉翔對曹延生說：「秦王功德兼隆，天命已歸，我意欲令主上行授禪事，你能替我辦到嗎？」曹延生、胡正國雖是武將，性實忠義，聞言愕然道：「此國家大事，您怎麼能隨便說呢？況且我等只是軍官，只懂軍事，其它不敢聞命。」
而曹延生、胡正國一向與大學士吳貞毓關係很好，把馬吉翔的話都告訴了他，並且說道：「您是朝中重臣，安危系焉，宜勸皇上駐在廣西境內，系屬人心，號召遠近，以阻奸謀。」
馬吉翔得知後，暗中報告給孫可望，孫可望知道後暗恨吳貞毓，於是不肯出兵廣西勤王。
此次得報清軍兩路夾擊，滿朝上下一片張惶，於是永曆不得不答應賜封孫可望為秦王，同時賜封遠在昆明練兵的李定國為西寧王，劉文秀為撫南王，希望孫可望以社稷為重，出兵抗敵，保衛行都。
孫可望遣部將鄭國率兵至南寧，卻隻字不提保衛行都，反而一味趁機威逼遷都安龍。
鄭國剛到南寧，焦璉與李元胤的捷報便先後傳到，簡直是喜從天降，開初滿朝上下都不敢相信，經過幾天的探聽，永曆君臣才解除了疑慮，頓時一片歡騰，於是朝中眾臣紛紛上表阻止遷都，重新收拾已經打點好的逃難行裝，準備重整河山了。
給事中徐極、員外郎林青陽、蔡綢、主事胡士瑞、張鐫等人趁機聯名具疏彈劾龐天壽與馬吉翔外結藩鎮，內弄權柄，媚及宮禁，欺妄朝廷。
永曆對加封孫可望等為王之事正後悔不已，本就對極力慫恿的馬吉翔心生不滿，知道實情後對二人弄權再也無法容忍，準備追究了。
龐、馬二人一方面求太后說情，一方面賄賂鄭國以「盜寶矯詔、欺群害良」擬罪，派兵壓陣火速擒拿了十八人下獄，欲斬吳貞毓以下十八朝臣。
瞿式耜、張同敞趕到南寧的時候，朝廷上下就處於這種風雨飄搖，無君無臣的紛亂怪相之中……
瞿式耜的突然歸來，雖令永曆帝大為振奮，然手中無兵的皇帝已然無力挽回局面，只有諭請瞿式耜速約林嘯義軍前來解救困局。
……
林嘯與何守信通完話，思忖片刻後，立即召集李元胤和眾兄弟商議此事。
鑑於孔有德清軍主力已除，北上戰事壓力不大，決定由祝俞嘉、段正宏、張晨楓等人帶領本部繼續北上，相機收復柳州、桂林及周邊州縣；丁帥的一營則隨林嘯回師南寧。
由於繳獲大批戰馬，林嘯把全軍將士全部改編為機動騎兵，部分不會騎馬的暫時編入各營輜重連跟大車一起走，邊行軍邊學習騎術。