最後，他決定一反常規，採用「東守西攻」之策，集中優勢兵力於一路，重點突破雲貴，直搗南明大後方，只有避實擊虛，首先擊潰大西軍餘部，奪取了他們的礦場，方能徹底遏制那支神秘隊伍火器的優勢。
若果能如此，那麼，屆時憑藉兵力的優勢，便能把區區數千精銳明軍淹沒，為此，哪怕東路暫時節節敗退丟掉一些地盤，也在所不惜。
……
南京明故宮西側，原明初五軍都督府衙門內，洪承疇一行甫一抵達，便以此地為總督府，緊急召集各地將領前來議事。
南京，六朝古都，古稱石頭城，曾稱秣陵、建業、建康、江寧、金陵。元朝時改稱為集慶路，朱元璋攻佔此地後，改為應天府，後決定定都於此，改稱京師，以周邊京畿地區為直隸，並以開封為北京，以老家鳳陽為中都。
自此，南京成為了當時中國的政治、經濟、文化中心，明初時人口約有七十萬，到明代中葉，人口更高達一百二十餘萬，是當時中國規模最大、人口最多的城市，也是全世界最大最繁華的城市，修造歷時達二十七年的南京明城牆，是世界第一大城垣。
城內玄武湖畔，雞籠山麓的國子監學生多達近萬人，其中有很多來自日本、朝鮮、安南、琉球等國的留學生在此學習。
十里秦淮是南京繁華所在，一水相隔河兩岸，分別是南方地區會試的總考場江南貢院，另一畔則是南部教坊，名伎聚集之地，明末的秦淮八豔名聞遐邇。
秦淮河兩岸集市雲集，人流如織，經濟繁榮往往伴隨著文化的發達，詩詞、書畫都開一代之風。
明建文四年，朱棣發動靖難之役奪了建文帝朱允炆的帝位後，改元永樂，十九年後，朱棣正式遷都北平，改稱北京，將河北、天津一帶稱為直隸。
遂將南京改為留都，原直隸地區改為南直隸，設南京六部等機構，委派皇族和內臣管理，行使雙京制。
萬曆年間，西方傳教士利瑪竇遊歷中國後，在《利瑪竇評傳》中寫到：「目睹南京這座大城，未免眼花繚亂……南京城極其雄偉壯觀，本朝開國皇帝洪武把它造成奇蹟，東方所能見到的一切都無法望其項背……」。
後在訪問北京之後，他將北京和南京作了一番比較：「此一城市之規模，其房舍之佈置計劃，其公共建築物之結構，以及其防禦工事等，均遠遜於南京。」
終明一朝，南京一直是南方乃至全國的政治、經濟和文化中心，不僅北京一地所有吃穿用度均由此地籌集起運，甚至鄭和七下西洋，都是以此地為起點。
1644年二月，李自成急攻北京，有人建議明思宗朱由檢遷都南京暫避，朱由檢因對眾臣失望而心灰意冷決意殉國，同年五月福王朱由崧被四鎮擁立於南京，改元弘光，建立了第一個南明政權。
次年，清軍兵臨江南，攻陷南京後改南京為江寧，將南直隸地區改稱為江南省，明故宮改為八旗駐防城，設定將軍及都統二衙門於明故宮中，使明故宮建築群遭到了很大破壞。
從此，南京成為統轄今江蘇、安徽和江西三省軍民政務的兩江總督署駐地。