「轟！」炸彈從四川號後甲板貫穿而下，並在機庫內爆炸。幾十名正在加緊組裝備用飛機的空勤士兵被炸死，火焰瞬間灌滿整個空間。爆炸還波及艦艉的40毫米高射炮，誘爆了這裡的防空彈藥庫。萬幸的是，四川級航母採用的是容易維修的木質包鐵甲板和敞開式機庫，所以爆炸衝擊波通過通風窗洩壓後沒造成更大損失。但不得不說，這也是因為日機此次攻擊距離太遠，所以攜帶的都是250公斤炸彈，如果是500公斤，那麼這一下就足以要了航母半條命。當四川號從硝煙中衝出時，就連楊國昌都嚇了一跳。只見航母的左艦艉彷彿被什麼東西咬了一口，竟然少了一截近十米長的船體，露出了航海甲板。「還好，沒減速。」林若盛也拍拍胸口，但剛要慶幸，又有四架九九艦爆突破成功，分別衝向四川號和貴州號。
「打掉他們，打掉他們！集中火力……轟！」林若盛眼睛都紅了，但腳下猛然的顫動，讓他顧不上再管航母。炸彈擊中了安海號左舷，摧毀了三座40毫米高射炮，還將交通艇和吊車直接抹平，引發大火。眼看九九艦爆得意洋洋拉起快速逃離，一架奮不顧身衝入艦隊防空圈的閃電替死去的安海號水兵報了仇。
「報告損失！動力艙……」
「動力完好，左舷舯部三個艙室被毀，四號輔助發電機失效，雷達天線斷了！損管，封鎖相鄰艙室，啟動……司令，四川號！」楊國昌還沒問完損失情況，旁邊的四川號再遭重創！第二枚炸彈直接命中艦橋，炸彈貫穿了航海艦橋和航空管制塔，爆炸和火焰瞬間將所有玻璃和艙室破壞。等硝煙淡後大家才發現，半個艦橋已經不見蹤跡，煙囪倒塌一半，包括艦長在內的二十多名高階軍官全部犧牲！更糟糕的是，煙囪斷裂後，大量有毒煙霧倒灌艦體。正在艦艉處置第一枚炸彈傷害的大副得知自己成了全艦最高軍官後，立刻下令關掉一半鍋爐，防止有毒濃煙擴散造成更大傷害。雖然有毒煙霧的威脅解除，但這也讓航母的速度下降到23節。
對付空襲時，速度快慢決定戰艦的生死，失速也就意味著無法規避炸彈和魚雷。眼看四川號減速明顯，已經率艦擊落三架敵機的羅勇狠狠地扯下帽子，聲嘶怒吼：「右舵十九度，靠過去，距離1000米！保持同速、同規避方向。發訊號讓四川號繼續航行，我艦負責你艦右舷保護！」別人不知道他這麼做的意義，但楊國昌和23艦隊的官兵卻鼻腔滿熱。因為在過去的幾十次演習中，海軍發現，魚雷機對艦船的傷害最危險。而魚雷機使用時有很大限制，必須保證在500米低空投彈，否則魚雷會因為衝擊力過大一頭扎入深海。戰機想進入500米低空不是說幾百米距離就夠的，起碼要從兩到三公裡外就減速下降，所以此時如果有一艘軍艦橫插在目標和飛機之間，就能最大程度破壞魚雷機從這個方向的進攻。當然，此時橫在中間的軍艦將會陷入敵魚雷的打擊。
一個簡單的同步航行戰術，卻需要極大的勇氣。當黑龍江號果斷的衝上去，也就意味著六百多名官兵誓死要用血肉之軀保護核心的航母的安全！
俯衝轟炸機連續突破防空圈後，速度較慢的魚雷機也紛紛從低空殺來。同時要應對高低兩個方向，艦隊的防空火力開始分散。「九七艦攻，三架！」果然，在黑龍江號貼上四川號右舷做同步機動後不久，三架九七艦攻帶著魚雷從硝煙中衝出。密集的火力中，日軍飛行員顯然也沒想到面前會有一艘輕巡擋住；鄂發射角度，其中兩架不得不低空轉彎想繞到後面去。但黑龍江號和另外一艘驅逐艦的速射炮很快咬中他們，擊落一架，並將另一架驅散。但最後那架魚雷機卻還是在一千米外發射了魚雷。
日本的魚雷技術一直獨領風騷，民國和歐美在此項上都要稍稍落後。九一式航空魚雷同樣保持了日軍重魚雷戰術的傳統，450毫米直徑的彈體，卻有著240公斤的彈頭，速度高達42節！如果不減速，羅勇自認有很大機會避開，但現在為了航母的安全不得不低速機動。轟隆的一聲巨響從艦艉響起，努力規避的黑龍江號還是沒能避開，被魚雷擊中艦艉右舷。猛烈的爆炸撕開了脆弱的水下防護裝甲，不到幾分鐘數百噸海水就湧入船艙。但讓人驚訝的是，在羅勇下令注水保持平衡後，黑龍江號居然還能保持24節航速，頑強的頂在航母身邊。
此時艦隊陣型已經開始混亂，繼四川號後，定海號和寧海號也連續吃到了炸彈和魚雷。幸好兩艘戰列艦大改中重點加強了水平裝甲和水下防護能力，加上日機炸彈威力不足，才沒更大損傷。但兩艦的損失也很大，尤其是定海號，因為掛著旗艦旗幟，所以成為日本轟炸機的第三目標，連續被兩枚魚雷命中後速度猛降不說，甲板也傾斜了五度。
「能不能維持住？」但最危險的還是四川號和黑龍江號。羅勇不放心艦艉傷害，親自跑去檢視情況，巨大的缺口和傷害讓他心疼得要死，剛要去下層看看，損管隊隊長卻陡然暴喝一聲，猛地將他撲倒在地：「艦長，小心！」一架突入的零戰對艦艉實施了掃射，子彈當場打死幾名水兵。借這個機會，兩架突擊的九七艦攻也從七百米外發射了魚雷。轟轟……連續兩次爆炸，將七千多噸的艦體震得猛顫，剛爬來的羅勇和水兵又紛紛摔倒。三枚魚雷，就算是重巡都扛不住，所以黑龍江號很快就出現大傾斜，二十分鐘後就沉沒在世界最深的菲律賓海，六百三十二名官兵中有兩百零七人戰死。
慘烈的戰鬥並沒隨著羅勇下令棄艦結束，連一直被幸運女神眷顧的貴州號航母也冒起黑煙，連吃兩枚炸彈，一半的甲板都開始起火。
下午兩點整，雷少保和劉宇率領的攻擊機群終於出現在視野中，但他們看到的，卻是一副可怕的場面。離開前還完好無損的艦隊已經混亂不堪，幾乎每艘戰艦都在起火冒煙！天空中到處都是絞殺的戰機，海面上一道道魚雷航跡觸目心驚，爆炸和濃煙幾乎讓他們辨不出戰艦舷號。更糟糕的是，兩艘航母的甲板都已經起火，完全無法看清是否還能使用。「他孃的！有油的，跟我上！」由於大部分戰機的油都快用完，即使有心也不敢做格鬥等耗油動作，所以雷少保和劉宇一邊帶著還有油料的飛機加入戰圈，一邊讓油料不足的飛機去水上飛機附近迫降。
雖然俯衝轟炸機和魚雷機不能和戰鬥機格鬥，但對付同級別的飛機完全可以。而且數十架飛機的加入也讓摸不清底細的巖本澈三不敢戀戰，立即招呼大家撤退。就在這時，最讓人心痛的一幕出現了！一架九九艦爆利用驅逐艦爆炸產生的濃煙作掩護，突然從一千米高空向珠江號輕巡俯衝下來。由於珠江號的防空火力之前就已經被炸彈破壞，所以沒等擋住這架九九艦爆。
輕巡洋艦的防護本來就差，炸彈脫離掛架後又從一號炮塔和二號炮塔的結合部穿透水平裝甲，並擊穿了炮塔地井。爆炸引燃了捲揚機上的發射藥，最終擴散誘爆了整個彈藥庫！轟隆隆的爆炸中，標準排水量10350噸的珠江號前甲板四散爆裂，艦體從這裡被折斷，揚起數百米高的爆炸塵埃！最終軍艦僅在水面上維持了五分鐘，就帶著七百九十名官兵沉入大海。
所有飛行員都發瘋了，珠江號的大爆炸讓他們忘記了油量和彈藥，人人都開足馬力向日機衝去！這時，從澎湖和基隆趕來的三十多架閃電和四十多架厲風也加入戰圈，面對數量越來越多的中國飛機，巖本澈三帶著剩餘的零戰，掩護轟炸機邊打邊退。
由於很多戰機已經嚴重缺油，所以楊國昌下令停止追擊。到下午三點二十分，最後一架救援飛行員的日軍九七大艇被擊落後，宣佈琉球海戰結束。
在這場人類史上第一次真正地航母大戰中，雙方都付出了慘重的代價。六個小時的鬥智鬥勇中，日本海軍松島和嚴島兩艘戰列艦沉沒，鳳翔和瑞鳳號航母沉沒、還有兩艘輕巡和六艘驅逐艦被擊沉，總計有一百五十三架戰機被擊落。民國海軍23艦隊也因為被「作戰半徑」禁錮思維，導致在大勝到手後被山本五十六的主力偷襲，四川號航母嚴重損傷，在拖回基隆港途中翻覆，不得不被自己的魚雷擊沉，貴州號航母也在船塢裡整整待了半年。定海號和寧海號兩艘戰列艦中度損傷，各自進入船臺維修四到六個月，還有兩艘輕巡、五艘驅逐艦被擊沉，其餘戰艦也都渾身帶傷。由於航母甲板被破壞，導致飛行員不得不迫降或跳傘，最後統計有三十九架戰機被擊落，還有九十六架迫降時損毀。幸運的是，由於楊國昌的提前安排，所以只有二十二名飛行員戰死或失蹤，其餘全部獲救。還有兩千餘名海軍官兵戰死，四川號航母的少將艦長也成為開戰以來民國戰死級別最高的軍官。而海軍海航第五大隊隊長章鵬以一戰擊落六架零戰，總擊落十六架日機的成績，一下子成為全國矚目的零戰剋星，雲向南、雷少保和劉宇等人也被授予王牌稱號。
如果說首輪突襲是有心算無心，只是岸基航空兵的精彩表演的話，那麼琉球海戰就是海軍的獨舞，真正戳破了日本海軍的不敗神話。戰後兩國同時宣佈勝利，民國宣佈擊沉包括戰列艦和航母在內的四十艘戰艦，摧毀八百架飛機，而日本更宣稱擊沉四艘中國戰列艦和四艘航母，摧毀了南洋艦隊主力。在當天的戰鬥中，湛江、香港和廣州也遭到菲律賓日機的轟炸，因雷達和防空準備充分是，所以大部分日本轟炸機都被攔截，只有少量完成投彈，並沒太造成太大損失。
得到楊國昌的戰報後，楊秋卻在沙發上發呆了整整一小時。他倒不是因為損失，而是失去兩艘航母后，導致海軍僅剩三艘艦隊航母可以使用（護航航母因為速度和防護，使用時缺陷很大）。而山本五十六回來後，日本海軍已經有四艘艦隊航母坐鎮琉球海域，拉包爾的雙鶴也在回來途中。
更糟的是，由於四川號沉沒，貴州號需要大修，能不能順利拿下關島並守住，一下子成了他心頭病。