經過一番商議，陳季同向唐景崧提出拯救臺灣的新計劃：仿照西方慣例，宣佈臺灣自主，成立一個臨時抗日政權，由義軍和和守臺清軍聯合作戰，領導臺灣軍民抗日保臺。這樣就能夠名正言順地進行抵抗，又免得將清政府牽扯進來，同時還可以爭取到列強的支援。
在臺灣一些留臺官員和臺灣紳商的支援下，5月25日，臺灣民z主國正式成立。臺灣紳商林維源、林朝棟、丘逢甲等人共推唐景崧為民z國總統，以臺灣巡撫署為總統府,改國號為「水清」，寓永遠隸於清朝之意。
這一天，臺北紳民數千人，在丘逢甲等人的帶領下，在唐景崧的衙門前，舉行臺灣民z國總統就職典禮。唐景崧從內衙走出，先向北京行九叩大禮，然後轉身南向，接受丘逢甲和臺北民眾的兩跪六叩大禮，並接過了丘逢甲獻上的國璽和總統大印。這時，炮臺上升起了臺灣民z國國旗，井鳴禮炮11響，在臺的外**艦和船隻也升旗鳴炮表示祝賀。
隨後唐景崧宣佈臺灣民z國的內閣任命臺北時期政府組織：
大總統：唐景崧，軍務大臣：李秉瑞，內務大臣：俞明震，外務大臣：陳季同，義軍總兵：李惟義，團練指揮使：丘逢甲，遊說使：姚文棟，議長：林維源，臺中鎮守使：林朝棟，臺南鎮守使：劉永福。
臺灣總統唐景崧當天向清廷電告此事，並稱自己不情願當這個總統的，是被臺民強留下來的，等臺灣事稍定，如果能夠脫身，一定赴京請罪。
由臺灣人自發組織的抵抗戰爭就此開始。
1895年5月10日，即煙臺換約後的第二天，日本政府為以武力割佔臺灣，下了一道命令：「茲將海軍軍令部部長樺山資紀晉升為大將，任命其為臺灣總督兼軍務司令官，即日赴臺。」
5月13日上午，日本政府從東京致電美國駐北京公使田貝並轉給清政府，要求派員去臺灣辦理交割手續。其電文如下：「日本朝廷業已派水師提督子爵樺山資紀作為臺灣、澎湖等島巡撫，並授以欽差大臣之職，準其按照馬關所立條約之第五款末節辦理一切事宜。該撫約於兩禮拜之內赴任。抵任時，即行辦理特委事件。日本政府即希中國政府立派欽差大臣一員或數員進行交割。
給事中謝雋杭上奏，指名要李鴻章父子親赴臺灣交割。謝雋杭的奏摺這樣寫道：「此事即系李鴻章、李經方主謀，豈有功屆垂成，反自逍遙事外之理?且該大臣等即能定割地請和之策，自必具有用夷變夏之才。請旨飭派李鴻章、李經方等迅速親赴臺灣，依限交割。」軍機處認為謝雋杭的奏摺極有道理，反正你們父子惹下的麻煩，屁股還得你們自己擦，總不能讓別人再背上「賣國」的罵名吧，反正你們父子怎麼也洗不脫「賣國賊」的名聲了。
5月18日朝廷將諭旨電寄李經方：「著派二品頂戴前出使大臣李經方前往臺灣，與日本派出大臣商辦事件。欽此。」?李經方接到這個諭旨大吃一驚，心想如果此次去臺灣，非但事情難辦妥，而且恐怕連性命也會不保，還是裝病不去為妙，便請父代奏請個病假。
李鴻章寫了一個奏摺，致電北京說：「李經方自馬關隨同回津後，因憂勞成疾，回南方就醫。商交臺灣事體繁重，似未便令對情形隔膜、資淺望輕之員搪塞外人，必至貽誤。李經方實不勝任，請旨收回成命，另行簡派。」
然而，李鴻章非但代奏無效，還吃到一番訓斥。光緒帝下諭旨說道：「李鴻章身膺重任，當將此事妥籌結局，豈得置身事外?現倭使將次到臺，仍著李經方迅速前往，毋得畏難退避。倘因遷延貽誤，唯李經方是問!李鴻章也不能辭其咎!欽此。」
李鴻章讀畢這個上諭，深知嚴旨不可違抗，便一面上奏朝廷，要求命科士達同往襄助;一面打電報給在上海的兒子說：「赴臺交割之事萬難辭退，俟各員到齊後刻日前往。」這兩份電報發出後，想到如李經方如果登上臺灣島，非得給人活活打死不可，李鴻章為其子的安全計，想出一個在澎湖交割的辦法。當天又給伊藤博文發了一份電報，全文如下：「臺灣主權已經交給日本，日本自應派遣水陸各軍以資彈壓，保守平安。李經方擬即前往澎湖，與日本特派大員會晤。」
伊藤博文收到李鴻章的電報，讀後知道中國大員是害怕去臺灣有危險，便想出一個辦法，讓中國大員先來長崎，然後乘日本船一同到臺灣。5月22日，伊藤的覆電到天津，其中說：「如中國特派大員先來長崎，帶同日本國家船隻前往，以資護衛，更為穩妥。」
李鴻章認為這個辦法雖能確保安全，但會招致議論，本來自己被看做倭黨，如果這樣做，更要被罵為賣國賊了。他想來想去，最後想出一個辦法——在臺灣海口會晤。23日李鴻章的辦法得到朝廷的批准。
5月30日，李經方偕道員馬建忠，顧問科士達，外文翻譯伍光建，日文翻譯盧永銘、陶大均，文官張柳、黃正，武官呂文經、高軒春等，還有警衛40名，登上德國商船「公義」號，從上海啟航。6月1日凌晨「公義」號駛抵淡水海面，由日艦「千代田」號護送至基隆以東海面的三貂澳附近，在日本大員乘坐的「橫濱丸」右舷拋錨。是日下午4時30分，李經方派陶大均前往「橫濱丸」，告知中國特派大員到達，並商定會商時間。
6月2日上午，李經方帶領日文翻譯盧永銘、陶大均坐小船登上「橫濱丸」。樺山資紀等人親自在甲板上迎接，然後引其進入專門準備好的艙室內。
待雙方落座，樺山資紀便開口說道：「我這次奉命來臺，以為和約批准，交接十分容易，不料到淡水後派小兵輪進口，清兵開炮阻擋。因而轉道基隆，又遭清兵炮擊，不得已暫泊三貂澳。不得已只能採用武力，現在我國陸軍1萬多人已經開始登陸，數日內即可攻取基隆。」
李經方說道：「我奉命來此與閣下辦理臺灣交接事宜，究竟如何處置，還先聽聽貴方的要求。」
樺山資紀看了一眼李經方：「那等我軍攻克基隆，大家再一起去臺北辦理交接事宜。」
李經方怎麼也不肯親自登岸，於是雙方討價半天，他在「橫濱丸」上匆匆與樺山資紀辦理了交割手續，當夜就乘「公義」號客船返回，寶島臺灣就這樣被滿清政府輕率地捨棄掉了。
5月29日，日本近衛師團避開臺灣防守嚴密的基隆、淡水等地，並炮擊金包裡附近海岸，造成將要登陸的假象，突然襲擊了位於基隆東北的偏僻漁村澳底。澳底附近只有清軍兩營人馬，而且大多是唐景崧剛剛從廣東招募不久的「廣勇」，根本沒有經過什麼訓練，雙方剛一接觸，清軍立即潰散，日軍在澳底順利登陸。
隨即日軍即越過三貂嶺，直撲基隆側後。
經過日軍海陸軍數日圍攻，6月3日，防衛嚴密的基隆要塞隨即失陷，日軍轉而向臺北北部的獅球嶺進攻。
林朝棟聞聽臺北告急，立即率棟軍五營前往增援。
6月4日，清軍潰兵逃入臺北，唐景崧等人逃往淡水，清軍潰兵將藩庫搶劫一空，隨後在街頭任意劫掠，並縱火燒燬藩庫和總統府衙。
6日，唐景崧等人乘外輪逃往廈門，9日，丘逢甲下令解散臺勇，匆忙內渡廣東，剛剛成立的臺灣民主國主要官員一逃而空。
臺北數日內即告失守，形勢急轉直下。
林朝棟帶兵行至新竹，即接到臺北失守的訊息，感到大勢已去，不禁仰天長嘆：「吾盡力守臺，朝廷未必容我，若拼死奮勇殺敵，倭人必視我族人如仇寇，何必如此！」遂給屬下支付了所帶餉銀，後連夜帶著一營親兵乘船返回廈門。