劉存厚接到電報，雖然恨不能宰了戴戡，但還是遵照命令，放戴戡和熊其勳出了成都，不過卻一直派兵監視其進入陝西，省得他萬一調頭南下與羅佩金會合。
劉存厚得到成都，即聯合劉成勳再加上收容的第四師殘兵，一起反攻滇軍。因滇軍內部不穩，造成全線潰敗，劉存厚趁勢掩殺，收復眉山、敘府等地。滇軍連吃敗仗，羅佩金只得將兵權交到顧品珍手上，沮喪地返回雲南。
自重起義以來，唐繼堯第一次吃到敗仗，這對於剛剛就任廣州軍政府陸軍元帥的他來說，不諦是當面捱了一個耳光。
唐繼堯組織「靖國滇黔聯軍」打起護法旗號，浩浩蕩蕩開進四川。另外黔軍王華部也開赴川黔邊境，逼近chóngqìng。
劉存厚與川軍第三師師長鐘體道一起一面抵擋滇軍，一面向央求援。
林鑠接到劉存厚的電報立即下令李漢銘師由鄂西、羅炳南師從陝南、簡從周部一個混成旅由宜昌、李雲龍師於常德兼程入川。四川的地理位置就很容易形成軍閥割據的局面，若不趁著這幫小軍閥們還沒成氣候的時候入川，後面處理起來更為棘手。
益州之地，沃野千里，最主要這裡有四千多萬人口，能夠提供足夠的兵源。
此時滇軍第一軍顧品珍部已經抵達簡陽、資，第二軍趙又新部在自貢，第四軍黃毓成部和第八軍葉荃部佔領了瀘州。
川軍第二師和第三師一左一右夾攻顧品珍部，雙方展開激戰，由於川軍憤慨滇軍禍川，兼之有保衛家園之責，人人奮勇。顧品珍被川軍打個措手不及，連忙退往自貢、富順，與滇軍第二軍會合。
其後，雙方你來我往，形成拉鋸局面。
1917年11月，共和軍簡從周部由宜昌首先抵達chóngqìng，其後張廷輔師由萬州入川，林鑠下令雙方停戰，由陸軍部次長蔣作賓整理四川軍務。
12月初，蔣作賓由湖南趕到成都，與劉存厚及滇軍將領商議決定將駐川的各省軍隊改編為央軍，川軍合編為三個師，滇軍編成兩個師。
實際上由於糧餉供應困難，大部分小軍閥倒是很希望自己的部隊改編為「央軍」，這樣最起碼糧餉總會有了保證，由於北洋軍的不信任，加之任意裁撤和遣散南方軍隊，這才引出一波又一波的武力對抗。
唐繼堯見勢不妙，命令滇軍收縮川南，拒不執行央的改編計劃。
唐繼堯此舉令顧品珍、趙又新、葉荃等人的不滿，也為今後顧品珍等人起兵驅唐埋下了種子，這是後話，暫且不提。
四川稍靖，林鑠命吳佩孚率第三師入洛陽，整理河南軍務。
武昌方面，湖北督軍王佔元因剋扣軍餉引起兵變，駐防漢陽的李漢俊部進武昌維持秩序，王佔元在李漢駿所部的逼迫下，在收到林鑠的100萬元安撫款後主動交出軍權，辭去鄂督一職。湖北即歸於共和軍控制之下。
1918年5月，華復興黨軍事委員會和共和國國防委員會發布共和軍重新整合後的編制及人員任命：
共和軍陸海軍大元帥兼國防委員會委員長：林鑠
總參謀長：林鎔，總軍令部長：李秀山，總裝備部長：劉慶恩，總後勤部長：黎承恩，總作訓部長：梁烈。
共和軍整編為十二個集團軍三十個步兵師和個騎兵師。
至此，除奉天、兩廣和雲貴尚不服從央統一軍令，其餘各省及特別區軍政大權又重歸於央領導之下。
林鑠暫時停止了國內的軍事行動，因為整個俄國已經亂成了一團。