小澤治三郎海軍大將率領擁有四艘航空艦的「誘餌艦隊」遊蕩在諾魯以東一百多海里的洋麵上，他在半夜時也折向了西南方向。這支艦隊包括山口多聞少將指揮的蒼龍和飛龍號組成的第3航空隊和米切爾少將指揮的由兩艘塞班級航空艦組成的第21特混艦隊。
11月12日凌晨，米切爾少將接收到正在努庫馬努斯群島一帶監視共和艦隊的潛艇發回的報告，中國艦隊放棄了對美國艦隊的追蹤，又開始向南轉向。米切爾迅速與小澤進行了溝通，小治認為在南索羅門群島東側擔任警戒任務的那支主力艦隊肯定已經開始懷疑他們的動機，如果想把敵人的主力艦隊吸引過來，必須首先發動一次攻擊，才能把敵人的注意力吸引過來。
這時雙方的艦隊相距大約在260海里，在凌晨5時30分，米切爾少將果斷地把塞班號和賴特號上的一百多架艦載機全部派了出去，飛行員們在起飛前被告知，如果被俘則向敵軍供述他們分別來自第七艦隊的「約克城號」和「邦克山號」。
海戰首先在翁通爪哇環礁一帶開始。
程耀恆的第二艦隊首先遭到了來自「塞班號」和「賴特號」上起飛的戰機的攻擊，7時45分，航行在艦隊最北面的第六航空艦隊發現來襲的敵機，「浙江號」和「福建號」航空艦上的戰鬥機匆忙開始升空作戰，還沒有形成好防空網艦隊就受到了敵機的攻擊。「福建號」中彈起火。
根據報告，這些飛機來自東北方向的那支敵人艦隊。還沒有開戰即有一艘主力艦受創讓程耀恒大為光火，隨即下令艦隊開始轉向，向敵人的艦隊進行追擊。海軍大將認定前面就是敵人的主力，而且來自被俘的美軍飛行員的口供更證實了這一判斷。
程耀恆給方明浩發出了一份簡短的的急電，告訴他自己將會率領主力艦隊駛向東北，去追擊敵人的「主力艦隊」。
在方明浩接到從「廣東號」上拍發的電報後，程耀恒大將已經率領整個艦隊離開了翁通爪哇環礁，正向東北而去。在馬萊塔島的運輸艦隊只有靠方明浩手上的第五艦來來獨力保護了。共和海軍第二艦隊被調離了主要海域，而現在斯普魯恩斯的主力正在快速逼近馬萊塔島，而且從瓜達卡納爾島上起飛的美軍飛機也在干擾著共和軍的登陸行動，方明浩還要派出戰鬥機對蘇阿法灣進行支援。
上午10點20，在聖克魯斯群島附近海域，正在巡邏的第326潛艇大隊3509號潛艇發現了正在駛來的美國艦隊，正在高速航行中的特混艦隊螺旋槳發出的噪音足以被四十多海里之外的潛艇聲納所捕捉到。
326潛艇大隊指揮官常瑩上校在向艦隊發出緊急電報後。並立即召集在附近的6艘潛艇埋伏在敵人必經的航道上。
第326潛艇大隊所裝備的12艘1941型潛艇代表著這個時代目前最先進的潛艇技術和製造工藝水平，同時還吸收了德、意兩國的一些先進技術。艇身採用更為圓潤的梭型外形，艦長76米，寬9.2米，艇高8.5米，水面排量2460噸。水下排量3210噸。動力裝置為3臺5600馬力柴油機和2部2700馬力電動機，使得其能夠達到水上17.8節，水下18.6節的高航速。較大的排水量使得其續航力高達17000海里。
由於採用了最新屈服強度高達450mpa的高強度耐壓艇殼，1942型潛艇的首次採用了單層耐壓殼，其最大潛深能夠達到300米的極限。而且其內部空間和艇員的生活空間都有很大程度的改善，這也增加了潛艇的持續作戰能力。
由於高強度耐壓艇殼焊接困難。1942型潛艇的建造速度要比共和海軍之前服役的四型潛艇慢得多，在半年的時間裡，只有56艘1942型潛艇建造完成，由於此型潛艇擁有無與倫比的作戰效能，幾乎剛一服役就成為各大主力艦隊搶奪的目標。
1942型潛艇只有一門可自動隱藏的57毫米甲板炮和一挺12.7毫米機槍，但在艇艏和艇艉還佈置了兩具可升降的2x4聯裝210毫米cg-2e型管式火箭發射器。共和軍裝備的「長弓」2型大口徑火箭炮射程能達到36公里，雖然射擊精度較差，但還是能夠達到了軍方所要求的著彈點散佈要求，在1942年已經開始大規模在水面艦艇上開始列裝。
1942型潛艇在設計時即考慮到了要安裝可升降的火箭發射器，火箭以射裝置被安裝在兩個密閉的合金箱之中，在升出水面之後，箱體才會開啟。由於大口徑火箭發射器的裝備，使得潛艇具有了一定的遠端攻擊能力。
1942型潛艇另一項重要的技術進步是通過潛艇上的聲納系統能夠分析出目標位置和魚雷發射資料，使得潛艇能夠實現水下發射，再加上聲自導魚雷的使用，這使潛艇的攻擊力有了質的提高。