不過各地的民戶中。他們那種小農經濟的耕種方式，哪裡抗得住天災的侵襲？因此黃來福除傳文各地儘量學習五寨堡農場，發動百姓挖掘一切水源外，也決定擴大兩鎮各地的建設規模，增加各地民戶以工代賑的機會。
同時間，黃來福也下令總督府民政部下屬的文衛局做好相關的衛生防疫工作，大災後是大疫，為了儘量避免鼠疫在山西各地爆發，黃來福除了讓文衛局開始四下宣傳，增加各地民眾的衛生意識外。還在兩鎮境內開展大規模的滅鼠運動，連旱獺也殺了不少。
為了充分調動百姓們的積極性，總督府下令收購老鼠，一隻老鼠一文錢，最後收到了幾百萬只的老鼠，成為各地文官們的笑談。
黃來福當然不會理會那些文官們的陰暗心理，從春節開始，滅鼠運動便在兩鎮境內轟轟烈烈地展開。
事實如黃來福所預知的，從萬曆二十九年開春後，大明北方各省便是滴雨皆無，這種情況一直延續到六月時分仍是絲毫沒有改善。算上從去年六月開始，大明北方己是整整一年沒有下過雨，北直、山東、山西、河南各地都是赤地數千裡，連南方許多省份同樣也是大旱。
六月初六日，禮部上奏：「自二月至六月初，畿輔內外半年不雨，土脈焦枯，河井榦涸，二麥盡槁！」
北直巡按何爾健也是上奏：「阜平縣丈水洞礦夫張世誠飢餓，將六歲小兒殺死煮食！」
雲南巡撫上奏：「雲南大旱，民飢甚，米價驟漲，米每鬥至銀四錢！」
河南巡撫上奏：「……」
一時間，大明各地紛紛拉響了旱災警報。
同時間，北方各省瘟疫大作，鼠疫開始流行，河南巡按上奏：「河南滎陽縣春大疫，民死不隔戶。三月路無人行」。
空前的大旱災讓北方各地又是災民雲集，每日湧入京師各地的災民達到數萬，萬曆皇帝下令賑災，並親自求雨。不過這個天災機會卻讓一些文官們欣喜不己，他們認為自己抓到了機會，一時間，大規模攻擊礦稅之害的奏章又是潮水般湧入宮內。
六月初十日，戶科給事中田大益上奏：「陛下驅率狼虎，驅而食人，使天下之人剝膚而吸髓，以致天災地裂、山崩川竭。禍害自皇上而開，民憤由怨積而來，奈何欲塞民耳目以自解釋。今四方百姓，見陛下在上天警示後仍無意改弘更張，知禍必不解，必定群起為變。為此之時，只有盡殺礦監稅使以謝天下，國家才能有救！」
接著吏部尚書李戴奏言：「今北直隸各府旱災嚴重，民不聊生，草木既盡，即食樹皮，屍橫滿道，村空無煙，坐而待救濟者有十八萬人。夏麥已柘死，秋種未得播，使百姓坐而待死，更何忍言！而再派宦官四出開礦、徵稅，小民豈能不困！今村裡空，山澤空，郡縣空，部銀空，國庫空，民之窮困如病人血氣已盡！」
鳳陽巡撫李三才上疏道：「一旦眾叛土崩，則小民皆為敵國」。
左都御史溫純上疏：「國內百姓，困於水旱，困於開礦，已毫無樂生之心，請即日罷礦稅，逮治稅使李鳳、楊榮、陳增、高淮等人！」
……
攻擊礦稅之害的奏章一波接一波，連新任內閣首輔沈一貫也是上疏勸萬曆皇帝盡罷各地稅使。不過如潮的奏疏中，卻沒有幾個人認真地談談該如何應對眼前這場大災，讓萬曆皇帝憤怒不己。
六月底，京師報館的《五寨堡新聞報》突然發行黃來福的署名文章：「是守心供職，還是挾私沽名？——淺論天災只是大自然正常現象！」，一石激起千層浪，黃來福署名文章的發行，在大明官場上引起渲然大波！
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