海軍的情況就相對簡單許多。內河艦隊屬於守備軍，各海軍艦隊則屬於常備軍，內河艦隊主要有長江第一、二、三艦隊，各自負責武昌以西、安慶至武昌、鎮江至安慶的防務，鎮江以東江面則由駐崇明島的海軍第一海防艦隊負責；黃河第一、第二艦隊，各自負責東京以西和東京至淮安清江的河防，清江以東防務由駐海寧的海軍第二海防艦隊負責，此外還有海河河防艦隊、遼河河防艦隊，而渤海灣的防務則由駐金州的海軍第三海防艦隊負責。
海軍還將編製成四個艦隊，駐舟山昌國的第一艦隊，負責北至耽羅島，東至琉球，南至臺灣海面的海防和制海權；駐威海的第二艦隊，負責北至骨廆島（庫頁島），東至日本島，南至耽羅島海面的海防和制海權；駐香江的第三艦隊，負責北至臺灣島，東至呂宋島，南至南海的海防和制海權；第四艦隊則駐馬六甲，現在負責整個南海的戰事。
此外還有駐昌國的第一海軍6戰師，駐耽羅島的膠州的第二海軍6戰師。駐廣州的第三海軍6戰師，駐遼陽的第四海軍6戰師，駐漢陽的第五海軍6戰師，駐釜山的第六海軍6戰師，駐臺灣的第七海軍6戰師，從欽州移駐到越陳海門鎮的第八海軍6戰師，共計八個海軍6戰師，近十萬餘人。
整個海軍包括守備艦隊、常備艦隊、海軍6戰師只有四十萬人，這是由於北伐和對北元戰事的拖累，大明一直沒有太多的錢財用於大規模的造艦，一級戰列艦還只有「帝國榮耀」號和「大明萬歲」號這兩艘姊妹艦，大明海軍的主力艦-三極戰列艦也才造了六艘，平均一年一艘，倒是武裝商船從明曆元年開始造了六十艘，平均一年十艘，因為這船能迅帶來經濟效益，而且是各商會下的訂單，不用大明海軍出錢。想來北邊的戰事已經基本結束，大明在未來一段時間應該要將重點放在海軍建設上了。
由於在這次調整中，劉浩然將常備軍、守備軍全部明確職責，他們將只負責大明國防，不再參與國內治安維持等工作，只會在出現大的天災、叛亂等重大事故時才會投入使用。
可是為了保障地方社會治安，劉浩然在這次調整提出新建巡防部隊，即巡防營，以營為單位，上面有省巡防司和全國統一領導機構巡防總署。專門負責大明國內安全保衛任務以及防衛作戰、搶險救災等，如保衛省布政司以上官署、高階官員，重要的工廠或公共設施、重要的交通樞紐設施，重點區域或節假日、戒嚴期的武裝巡邏，負責看管監獄、拘捕所，協助巡檢司、都察御史官署、按察司、法務部調查局、計部、皇家銀行等司法或重要財金部門進行拘捕、看押、解運等任務，處置暴亂、騷亂、嚴重刑事案件，以及邊防巡邏等。
巡防營一般以隊為駐守單位，駐守在縣城附近，巡防營一般駐紮在府治，除了管理下署各巡防營分隊之外，還有一支巡防隊負責府治的治安任務。它按各省行政區域來劃分省、府、縣三極單位。
按照劉浩然的計劃，準備編練四百個巡防營，也就是四十萬，雖然還達不到每縣一隊，但是基本上可以覆蓋大明大部分縣，重要的工廠和設施。
巡防營接受內閣和樞密院雙重領導，它的人員招募同6軍一樣，由6軍部負責，實現和6軍一樣的軍銜，日常管理和訓練由巡防總署向樞密院負責。由自己獨立的軍令署、軍政署、軍輜署，同時也接受樞密院的軍政司、軍令司和軍輜司領導。但是巡防總署也接受內閣的調遣和指揮，各省、府、縣的巡防司、巡防營也接受地方官府的調遣和指揮。
看到這裡，在場的不少人在暗中猜測，這個新設的強權機構將會被劃到哪個部去？十有**是法務部，於是很多人都不由自主地看了一眼法務部的老大-周禎。法務部已經權勢熏天，再加上這麼一個半軍事化的機構，那還了得。
在這次大調整中，劉浩然確定了服役期限，所有大明男丁在滿十八歲和縣、府學畢業之後，都服兵役的義務，他們必須到當地的縣尉官署報到，接受資格審查，一旦身體、「政治」審查合格，必須接受朝廷的徵召，服從分配，加入到守備軍或巡防營，而常備軍按照慣例從守備軍中三月新兵訓練優秀者選調。
劉浩然提出，守備軍和巡防營兵役期限是三年，常備軍服役期限是五年，士官可以達到十年，他們叫退伍；軍官如果在五十歲前沒有升上將軍，也必須退役；而將軍則是終身制，就算六十歲退休依然保持軍籍，朝廷繼續養著。而逃除兵役將受到嚴懲，處五年勞役和一筆罰金。
前宋朝當兵不是什麼好事，好男兒一般情況下不會去當兵，大明自劉浩然佔據江南以來，軍中將士們待遇極高。又恰逢驅逐韃虜光復中華的時期，百姓們又踴躍參軍，加上劉浩然提倡的各種榮譽和宣傳，長時間默化下來，使得大明6海軍將士的社會地位急劇提高，已經排到司政官員、大學教授、學校教師、醫生的後面了，比律師和工匠還要靠前。
但是劉浩然知道，隨著太平時期帶來，開始穩定生活的大明百姓可能不會很踴躍地加入軍隊，參與對外擴張戰爭中去，為了繼續保持軍人的吸引性，劉浩然在這次調整中提出一攬子計劃。
所有退伍計程車兵，除了可以進入巡檢司工作，還將獲得一次免試進入各專學的機會，依照現在大明就業形勢，各專學培養出來的人才將佔據工、商、醫、農等中級技術層，前途可是一片光明，雖然比不上諸大學畢業的學子，可是全國大學每年也只不過畢業不到一萬餘人，司政、醫生、律師、工商各方面一分下去就沒有幾個了，反倒是各專學，一年能畢業近十萬人，到哪裡都吃香。而士官退伍。同樣除了可以直接進入巡檢司之外，還將獲得一次進入大學學習的機會，更是不得了。劉浩然倒不擔心士官的素質，他們能當上士官，必須考入士官學校學習，這個學習層面除了軍事方面，在文化方面倒和大學預科差不多了。而且大部分士官都想著能考入軍官學院，每年也考入一部分。