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由於因為孫綱在軍事上的力挽狂瀾，中國才得以轉危為安，所以在他被推選為「華夏共和國」政務院參政的同時，李鴻章把負責全事的軍務部也交給了他負責，由他兼任軍務部長，並批準了他擴充海陸軍的建議。
李鴻章和張之洞他們這些政壇大佬心裡很清楚，如果不是孫綱在軍事上取得了重大勝利，奠定了新的「華夏共和國」的基礎，想要有今天的安定局面，是根本不可能的。
槍桿子裡出政權，現在，李鴻章他們已經認識得非常深刻了。
這樣一來，中國的國防重任，就壓在了孫綱的肩膀上。
為了統一事權，李鴻章沒有仿效西方國家，分別成立不同的「海軍部」和「陸軍部」，而是將全國的軍事指揮權集中到了軍務部手裡。
因為，中國從甲午戰爭開始，到現在的抗俄戰爭結束，所取得的勝利，很大程度上依賴於海軍陸軍的協同作戰，李鴻章認為，「若按前清時分設海陸署，一旦有事，臨陣不能相諧，有難不能互助，實為不妥」，因此，設立了軍務部，由軍務部長統一負責指揮海陸軍協同作戰。
而孫綱多次指揮過海陸軍作戰，「年歲雖輕，然疊經戰陣，海陸軍事，莫不精熟，每戰皆勝，百戰宿將，亦服其能」，因此這軍務部長一職，就非孫綱莫屬了。
對孫綱來說，掌管全中國的軍事力量。並不是一件輕松地事。
滿清王朝給他留下來的將近百萬人的龐大「陸軍」，現在就夠他喝一壺地了。
清朝現在雖然沒有了，但在各地駐防的滿族旗兵。戰鬥力雖然極弱，但對剛剛新生的「華夏共和國」來說，仍然是一個不小的威脅。
在「己亥之變」剛剛開始時，除了東三省的旗兵隨同滿清王公親貴討逆外，在一些其它地省份。也有一定數量的滿族旗兵響應，但由於「討逆軍」失敗得太快。隨後又發生了俄國地侵略，這些旗兵又都返回了駐地，由於滿清王公親貴對國家的出賣，引起了百姓的極大憤怒，很多滿人官員都被漢官驅逐下臺（包括總督和巡撫這種量級的）。一些旗兵部隊還被所在省份的練軍解除了武裝，現在。新地以漢人為主體的「華夏共和國」成立了，這些旗兵和國內地很多滿人都惴惴不安，擔心受到漢人的清算。
畢竟，滿人幾百年對漢人和其它少數民族的壓迫造成的民族裂痕，不是那麼容易修復的。
自己想整頓全國的軍隊，這些旗兵就很不好處理。
孫綱和李鴻章張之洞等人說了自己的擔憂，「政務院」在經過仔細研討之後，決定先著手辦兩件事，以此來消除滿人對新政權的疑忌心理，讓國家不至於陷入民族分裂的狀態。
這頭一件事。就是給慈禧太后和光緒皇帝辦喪事。「以安天下滿人之心」。
慈禧太后被康有為派人殺掉後，這幫人採取了和日本人對待明成一樣的手法。進行了「焚屍滅跡」處理，後來又經過戰亂，現在僅僅能收集到一些慈禧太后地遺骨，而光緒皇帝因為悲傷過度，在慈禧太后被害後三天就去世了，屍體一直還放在殮宮內沒能下葬，李鴻章等人商議後決定，給兩位昔日地國家最高領導人舉行隆重的「國葬」，既表示對「前領導」地尊重，又向天下的滿人顯示，新政權「絕無仇滿排滿之意」，以達到國家安定的目的。
同時，這麼做的目的也是向天下人顯示，新的「華夏共和國」是繼承大清王朝的正統，而不是康有為弄出來的那種「偽政權」。
孫綱知道後，在心裡也不得不佩服李鴻章他們這幫老頭子的手段高明。
這麼一來，不但能安撫住滿人的心，還可以堵住那些藉此機會挑撥民族關系的「分裂分子」的嘴，也可以讓天下的漢人不再反過來要求新政權清算滿人。
而第二件事，就是在北京設立旌忠祠，將鳳翔，永山，壽山，長順等死於「己亥俄難」的滿族愛國將領和民族英雄左寶貴等在抗俄戰爭中犧牲的愛國將士一起，入祀祠中，春秋致祭，允百姓入內拜祭，並請原先翰林院的翰林們編撰《己亥抗俄英烈行記》，刊行天下，紀念這些死於國難的愛國英雄。
這些舉動所產生的影響，確實是孫綱原來也沒有想到的。