廣成子等人去東海流波山斬殺蘷牛，回來之後公孫軒轅用其皮製成鼓。果然如九天玄女所說聲震如雷。然而關於如何辨清方向，他們還是一籌莫展。最後還是公孫軒轅自己想出了辦法。公孫軒轅發明了指南車用來辨別方位。
公孫軒轅造出鼓，又發明了指南車。覺得可以打敗蚩尤了，便摘去免戰牌與蚩尤再戰於逐鹿之野。蚩尤的風伯和雨師故技重施，然而公孫軒轅用鼓為號，以指南車為向。同時應龍、林明衝等水神吸水，赤精子、旱魃等火神去水，使得風伯和雨師的法術效果降低到最低。
在公孫軒轅等人的多計並用之下，蚩尤無力迴天。最終蚩尤被吳明峰和嚴明碩生擒，風伯和雨師亦被生擒，巫族那邊請來的八十一位高手盡皆喪命，蚩尤部落的將領死傷大半小半被擒。
公孫軒轅將蚩尤生擒之後，便勸降蚩尤。奈何蚩尤如何肯投降？！公孫軒轅在廣成子等人的勸說下只得下令殺了蚩尤。然而蚩尤是大巫之身，別說是普通士卒，即便是廣成子等人的仙家寶劍也難傷蚩尤分毫。
蚩尤看見公孫軒轅奈何不了自己，更是囂張的罵他們無用。
關鍵時候還是玄都大法師提醒公孫軒轅，他進言道：「陛下，軒轅劍既是首山之銅鑄造而成，又是天定神劍！陛下持之，必然可傷蚩尤！」
公孫軒轅這時候才恍然想起自己第一次跟蚩尤交手的時候，自己的軒轅劍就曾經刺傷蚩尤的左手。於是公孫軒轅親自出手，劍斬蚩尤之首。蚩尤之首果然被砍下了！然而讓公孫軒轅的無奈的是蚩尤之首，在地上滾一圈之後，竟然又回到蚩尤的頸上！
蚩尤笑道：「公孫軒轅小兒，我已經練成木之祖巫句芒大神的‘枯木逢春之術’，已經是不死之身！你殺不了我的！」
公孫軒轅不信邪，又斬了數次，可是蚩尤依舊如故！
蚩尤道：「如何？！」
公孫軒轅雖然不知道如何是好，但是嘴上卻不認輸。他道：「連句芒大神都已歸天，可見‘枯木逢春之術’並不能真正不死！你休要得意我定然會找出你的破綻的！」
公孫軒轅再次詢問廣成子師傅，奈何廣成子亦不知道該如何是好？！最後廣成子獻計，將蚩尤的四肢和頭顱分開，並封印住！這樣蚩尤就不能作亂了。
公孫軒轅採納師傅廣成子的意見。找來五匹千里神駒，各拖住蚩尤的四肢及其頭顱，然後公孫軒轅將蚩尤的四肢和頭顱斬開，五匹神駒分別將蚩尤的肢體拖到五嶽山峰，最後公孫軒轅等人將蚩尤的肢體分別封印在五嶽之下！
公孫軒轅將蚩尤封印之後，眾位仙家紛紛告辭，只有廣成子繼續留下來輔助公孫軒轅。
公孫軒轅繼續領軍南下，在公孫軒轅恩威並施的情況下，南方大小黎族部落大半歸降，少數不願意臣服公孫軒轅的部落則搬遷至更南方！那邊窮山惡水，瘴氣遍地，猛獸蟲蛇橫行。公孫軒轅本想繼續南下，奈何士兵水土不服，又難防蟲蛇猛獸，只得放棄！
公孫軒轅擊敗蚩尤取得勝利之後，炎帝自知不是對手，亦上表臣服。公孫軒轅得到幾乎全部人族部落的臣服之後，便準備封禪事宜，以便繼任人族共主之位。
不過這次公孫軒轅和三皇不一樣，他想在泰山封禪！
山莫大於之，史莫古於之。
公孫軒轅不是第一個在泰山封禪之人，三皇均在泰山封禪過。不過當時三皇是在功德即將圓滿的時候，順從天意，才在泰山封禪！
公孫軒轅本來是沒有這種想法的，又是廣成子勸說的。廣成子成為帝師，他自知公孫軒轅沒有辦法和三皇一樣，不會又封禪在泰山的天意。但是他作為第一位帝師，自然希望自己能得到更大的聲望，因而勸說公孫軒轅！
公孫軒轅在泰山封禪，元始天尊亦是知曉的。他將中央玉虛杏黃旗祭出，假託祥瑞為公孫軒轅之功德！元始天尊作為一個聖人，製造這些祥瑞是輕而易舉的事！