同樣石中玉在與天魔相鬥了百十招之間，才發現天魔竟然是芯兒，幾人一番閒聊，卻聽到門外有打鬥聲起，忙開啟銅門，出門一看，卻見白自在等人帶著大隊人馬前來營救石中玉等人。
眾人好不容易團圓，當下寒蟬一番，雙方化干戈為玉帛，就在扶桑住了下來。
而南京城那邊，燕王朱棣發現石中玉等人到扶桑去了，而且不知他是從哪得到的訊息，據說石中玉此去有去無回，當下下定決心，又糾集起秦王、晉王一干人馬，再次起兵造反。
相對於真正歷史上的造反時間，這次又是提前了，燕王第二次造反，顯然已經徹底失去民心，但奈何他與秦王、晉王結成同盟關係，三王軍隊眾多，一齊掉轉人馬直奔南京城去。
眼看南京城危在旦夕，可石中玉等人此時還在扶桑遊玩，絲毫沒有注意，在來扶桑之前，朱允文曾派來的海軍今在何處。
也就是這稍微的一絲鬆弛，導致南京城破，朱允文在其祖父的書房中，找其一鐵盒，盒中講了關於萬一眾藩王作亂，他的逃亡路線。
朱允文忙帶著身邊的幾名親信連夜剃度，穿上朱元璋事先就預備好的僧服等物，又從地道里逃到一處湖旁，湖旁有船早已在等著他了，朱允文逃上船中，朱棣等人的軍隊雖攻破了紫禁城門，在一番查詢之下，並沒有找到朱允文，一怒之下的朱棣下令火燒紫禁城。
當夜屠殺南京城百姓數萬人，沾滿血腥的朱棣為防止石中玉等人又回到中原，一面派人加速去尋找朱允文的下落，一面又派了一些同他效力的江湖中人，前往扶桑，務必要將石中玉殺死於扶桑。
因為南京城的殺戮太重，朱棣屬下大臣們紛紛建議，朱棣還是回北平（京）重新建紫禁城。
就這樣，北京成了日後的國家首都，而紫禁城也座落於北京城郊。
同年十二月份，遠在扶桑的石中玉準備帶著眾家屬回中原，舉辦婚禮，於是一大幫子人，在將扶桑的一些領導人大換血之後，安置了自己的心腹，就準備歸國，結果在海上遇到朱棣派往扶桑的殺手們，一番惡戰，石中玉等人盡數將其殺手誅滅，同時也瞭解到原來中原如今已經被朱棣所得，（期間石中玉安置的情報網被朱棣連根拔起，出賣者竟然是藍橋，那位石中玉曾派他去聯絡朱棣的傢伙……）再說那陳峰兄妹二人，本已投靠到了石中玉帳下，可惜石中玉連連有事，哪裡顧及的了他們二人，只是將這二人安置在福建省，而陳峰一路走來，也早已看淡一切，發現石中玉對他不是很上心，也只有在福建一帶幫著石中玉管理情報部門，朱棣再度造反期間，陳峰得知訊息，忙準備發報到扶桑，奈何當時朱棣搜查緊張，情報非但沒有送出，還差點將陳峰兄妹兩人的性命給搭進去了，好在後來兜豆帶著兜奶等人趕來，將一眾士兵殺退，帶著兄妹兩回到了凌霄城，以待石中玉回來之後再作打算。
逃亡之中的朱允文，曾一度在九江城待著，他一路顛沛流利，對人生冷暖看的更為透徹，徹底改變了那書生氣十足的性格，暗暗發誓終有一日將把朱棣等人諸滅掉，可惜似乎老天似乎不想給他有這個機會，同月十四日，朱允文在九江城遭叛徒出賣，被朱棣軍活捉，為免其辱，朱允文咬舌自盡，是以明朝第二個皇帝，建文帝就如此戲劇性的走了……
同月二十日，匆忙從扶桑趕回來的石中玉，在一路長途漫行之中，親眼看到朱棣統治下，一些保帝黨被其殘忍殺害的事件，此時又聽到建文帝前幾日在九江城遇害，而朱棣更是心狠手辣的將其屍體掛於北京紫禁城外暴曬。
憤怒之下的石中玉，理都不理周圍一眾勸他的家人，直接單騎朝著北平衝去。
石中玉的一眾同伴，擔心他，一路跟隨，暗自又與凌霄城上的兜豆等人聯絡上了，在兜豆等人經過聯絡，得到各大門派支援，同月二十二日，討伐朱棣軍臨時組建而成，而主帥之名掛的是石中玉，只是奈何他們的主帥此時正在趕往北平的路上。
經過三日三夜，不停的趕路，石中玉終於來到了北平郊外，期間也累死了寶馬三匹之多……
三日未進糧食的石中玉不顧自己的身體，直接朝著北平城打去。