朱元璋不久就發動有計劃地合法屠殺，完全採用七世紀來俊臣的冤獄手段，但殘酷的程度，卻使來俊臣所作的，看起來好像兒戲。
最重要的兩次行動，一是胡惟庸冤獄，一是藍玉冤獄。
胡惟庸是朱元璋的宰相，極有才幹。在本質上，自卑感過重的領袖跟有才幹的幹部不能並存。一三八○年，「有人」告發胡惟庸謀反，勾結東方大海中的日本，準備在宴會上殺掉朱元璋（參考來俊臣的《羅織經》，就可瞭解，當權人物決心除去某人時，自會「有人」告發他謀反）。朱元璋把胡惟庸磔死，屠滅三族。
過了漫長的十年，到了一三九○年，朱元璋的獸性再度發作，宣稱，他又發現已死的胡惟庸的新陰謀和新同黨，於是展開全面逮捕，連朱元璋最尊敬的開國元老，七十七歲的宰相（太師）李善長，都包括在內，共處決二萬餘人。朱元璋還編撰一本書，名《奸黨錄》，附錄李善長的供詞，昭告全國。
三年後，一三九三年，朱元璋發動第二次屠殺。「有人」告發大將藍玉謀反，立即逮捕下獄。然後發表藍玉的供詞，藍玉在供詞中承認準備發動兵變。於是藍玉被磔死，滅族。根據口供牽引，被滅族的有一萬五千人，其中有一個公爵，十三個侯爵，二個伯爵。若干人早已死亡，但朱元璋的法律是追溯既往的，所以死者的子孫仍要抵罪。朱元璋又編撰一本書，名《逆臣錄》，昭告全國。
朱元璋兩次大屠殺的對氛都是他初起兵時親如手足的患難朋友。他們為朱元璋效命，當他們以為可以分享富貴時，卻無到朱元璋的毒手。然而，這兩次大屠殺不過只是整批死亡。事實上朱元璋每天都在屠殺，像皇太子的教師宋濂，朱元璋尊稱他是「聖人」，來往宮中，如同一家，因他孫兒牽涉到胡惟庸案中，乃貶竄而死。朱元璋最信任的智囊劉基，他的高度智慧使朱元璋如芒刺在背，終於把他毒死，反而宣稱是胡惟庸毒死的，故意向宰相之一的汪廣洋詢問是否知道。汪廣洋不明瞭朱元璋的用心，回答說不知道。朱元璋大怒，立即把江廣洋貶竄，等他走到中途，再下令把他絞死。平定雲南的大將傅友德，父子同時賜死。平定廣東的大將朱亮祖，父子同時被鞭死。大臣李仕魯在金鑾殿上表示堅決辭職，朱元璋認為看不起他這個皇帝，教武士摔死階下。在所有共患難的老友之中，只有三個人保全生命，沒有被扣上謀反的帽子。一是常遇春，一是徐達，一是湯和。常遇春運氣最好，早早的就病死。徐達事實上死於處決，他患一種疽瘡，最忌鵝肉。朱元璋偏偏送了一碗鵝肉給他，並命送鵝肉的宦官在旁監督著他吃掉，徐達一面吃一面流淚，當晚毒發逝世。所以事實上只有湯和一個人活的最久而且善終。他逝世後，他的家族暗暗慶祝。
本世紀（十四）最後三十年，中國成為恐怖世界。官員們每天早上入朝，即跟妻子訣別，到晚上平安回來，閤家才有笑容。首都應天（江蘇南京）如此，全國各地皆然。朱元璋在各州縣設有「錄皮亭」，官員一旦被指控貪汙，即被剝皮，懸皮於亭中，以示警戒。根據統計，中央政府副部長以下和南直隸（江蘇省及安徽省）一省大小官員，因貪汙罪名死於監獄或被判決作苦工的，每年都有數萬人。而嚴厲的追繳贓款制度，更使大逮捕向四方蔓延，全國中等以上人家，幾全部破產。
嚴懲貪汙使人歌頌，但問題在於訴訟法，即被指控貪汙的官員，是不是真的貪汙。在酷吏酷刑之下，連滅三族的謀反罪名，都坦承不諱，更何況僅殺一身的貪汙。不過真正的恐怖並非死刑，而是追贓。死刑一死即了，追贓則遺禍無窮。死囚的財產不足以賠償贓款時，在拷打中只好供出曾寄存某家若干，於是某家即被摧毀。如果仍不能夠足額，那一家在拷打下也只好再供出曾轉存到另一家若干。輾轉牽引，幹裡外素不相識之人，都會成為窩主，家破人亡。
五人權的蹂躪
朱元璋無止境的屠殺，史學家認為最主要的原因是皇太子懦弱而皇太孫年幼，後來皇太子又很早死去。為了保持政權，不得不如此。但僅此現象不一定非產生無止境的屠殺不可，十世紀宋王朝開國皇帝趙匡胤就曾使用杯酒釋兵權的方法作為反應。前二世紀西漢王朝開國皇帝劉邦的情形相同，但劉邦只對少數的將領懲處。七世紀南周王朝開國皇帝武(上明下空)的處境更為嚴重，也只個別打擊。朱元璋所以如此，主要的在於他的性格，一種絕對自私和愚昧的蛇蠍性格——他的後裔也具有這種性格，表現在行為上的是短見、冷血，喜歡看別人流血、看別人痛苦、看別人跪下來向他哀求，而他又拒絕寬恕。這是人類中最卑鄙最可怕的一種品質，具有這種品質的普通人，對他的朋友和他的社會，都能造出最大災害。身為皇帝而具有這種品質，更使這種災害擴大，無法加以控制。歷史上任何一位暴君，偶爾都還有他善良的一面，朱元璋則完全沒有，除了一些故意做出來的小動作。
——對草莽英雄或革命群眾而言，一旦判斷錯誤，或被命運之神作弄，選擇或擁護朱元璋這類人物作為領袖，那是一種真正的不幸。
然而，僅只屠殺，帶給中國人的痛苦，仍是暫時的。朱元璋對中國人最嚴重的傷害，是他在政治上所作的若干重要措施。中國文化和物質文明，一直到本世紀（十四），都比歐洲進步，但朱元璋使這種進步停止。以致十九世紀歐洲人侵入中國時，中國已墮落成一個白痴般的部落，至少落後三百年，植根於此。
三百年的落後，才是朱元璋和他的明政府的無與倫比的罪惡。我們分下列三項，敘述這罪惡的內容。
一人權的蹂躪
二絕對專制制度的建立
三文化醬缸的加深
朱元璋跟劉邦，是中國歷史上僅有的兩位平民出身的帝王，但劉邦畢竟是一位英雄，他始終保持英雄們所有的豁達大度的氣質，不脫平民社會的本色。朱元璋卻深以他的平民身份為恥，深以他當過乞丐和當過和尚為恥。在他充滿自卑的情意結中，異常羨慕官員和士大夫所保持的優越地位，因而產生強烈壓制別人的暴虐意念，以求自己心理平衡。
我們曾一再提及中國古代政治思想中缺乏人權觀念，但故意建立摧殘人權制度的，則由朱元璋創始，即三百年間使人聞而顫慄的「詔獄」與「廷杖」。
我們先用下頁表，說明明政府中刑事訴訟機構的地位和互相關係：
刑部負責法律的制定和頒佈，管轄全國各地司法機構，有權提審它認為不恰當的案件。都察院負責對不法事件糾察檢舉，並派遣官員（御史）分赴各地，擔任「巡撫」官職，接受人民對官吏的控訴，它也可以審理，也可以判決。大理寺類似國家最高法院，負責對前二機構的審判，作最後裁定。它們被認為「三法司」，是政府正規的司法系統。三法司當然地是在皇帝絕對控制之下，但朱元璋認為它們仍有理性成分，於是另行設立他直接指揮的「錦衣衛」（錦衣衛親軍指揮使司），即首都治安司令部。錦衣衛內設「鎮撫司」，即軍法處。錦衣衛逮捕罪犯，拷打出口供後，即交鎮撫司判刑處決。如臂使指，快捷了當，沒有任何顧忌。胡惟庸、藍玉等五萬人的兩大冤獄，就是錦衣衛完成的使命。
然而，朱元璋的後裔認為錦衣衛的理性仍未能完全泯滅，於是，下世紀（十五）時，再創立「東廠」，又創立「西廠」。下下世紀（十六）時，更創立「內廠」，由皇帝最親信的宦官主持。本已佈滿全國的秘密警察，遂互相交錯，密如蛛網，這是中國前所未有的現象。街頭巷尾的一舉一動，夫妻爭吵和市井打鬥，早上發生，晚上就到了皇帝耳朵。宦官主持詔獄最大的方便，是他可以隨時向皇帝直接提出報告，皇帝可以隨時向宦官釋出命令。宦官具有雷霆般威力，無人可以抗拒。所以罪犯如果落到三法司之手，還有活命的希望或不受苦刑的希望，一旦被「廠」、「衛」逮捕，沒有一個人能夠倖免。
對人權具有同等摧毀功能的，還有廷杖。廷杖，即在大庭廣眾之下，用木棍對罪犯拷掠（打問）。它是逼取口供的工具和追贓的工具，也是刑罰的一種。一個人如果被處罰廷仗一百以上，他所接受的即是死刑，而且是極端痛苦羞辱的死刑。在延杖制度下，上自宰相，下至平民，沒有人能維持人性的尊嚴。對高階官員（部長副部長以上）執行廷杖時，一定有宦官高坐中央監刑，其他政府官員則陪坐兩旁，左邊站小宦官三十人，右邊站錦衣衛三十人，庭下站行刑獄吏百餘人，都穿短褲，手執木棍。宦官向「犯罪」的大臣宣讀皇帝的詔書（判決書）後，「犯罪」大臣立即被行刑獄吏撲上來，扌卒伏倒地，用麻布把他從肩膀以下綁住，使他不能轉動。再把他雙足用繩索綁住，由壯士四方牽拽握定，只露出臀部和腿部，接受廷杖。廷杖時，受刑人痛苦難忍，大聲哀號，頭面撞地，塵土塞滿口中，鬍鬚全被磨脫。這是一副慘不忍睹的摧殘人權的圖畫，朱元璋用它對付中國人民。
強壯的人可支援八十下，超過一百的往往即在杖下斃命。不死時，也要割去敗肉數十碗，醫治半年以上。錦衣衛行刑獄吏，都受過特別訓練。如果得到滿意的賄賂，他們打下的木棍，看起來很重，甚至血肉橫飛，但受傷較輕，痛苦也較輕。如果家庭貧苦，無錢行賄，他們下杖時看起來很輕，皮膚也不破，但痛徹心腑，只三四十杖，靜脈血管就會寸寸切斷，全部肌肉組織潰散，不久即死，無藥可救。