而對於應兵部的徵調令而來的衛所兵將採取抽兵不抽將的原則。根據學院生本身的能力，分別命令其從衛所兵卒中抽取十人到三十人的部屬。因為學院生大部分是抽取原來衛所中的試百戶和副千戶組成，所以試百戶抽十人部屬為小旗。副千戶抽三十人組成為總旗。
在經過詳細商議，加上朱允墳的生搬硬套。定**的基本構成就出來了：一個小旗為十一人，其中旗長一人，三個小旗為為一總旗，設旗長一人。三個總旗加上兩個小旗，為一個百戶，稱之為「連」設連長一人，副連長二人。
這樣的話，一個連的正規編制為一百二十七人，三個總旗為戰鬥序列，兩個小旗中一個小旗負責伙食和醫療，一個小旗則是火器兵，為百戶直屬小旗。
三個百戶組成一縱，設縱隊長一人，鎮撫三人，其中配備一個火器兵總旗，為縱隊長直屬。一縱人數正規編制為四百一十九人。
三個縱組成一千戶，稱之為團，設團長一人，副團長四人，配備一個火器連為直屬，一個斥候總旗，團長可以有一個小旗的親衛作為扈從。一個團的正規編制為一千四百三十三人己
三個團組成一個師，設師長一人，副師長四人，配備一個火器縱，一個斥候連，師長可以有一個總旗的親衛作為扈從。一個師的正規編制為四千八百八十四人
以此類推，三個師為一軍，三個軍為一個集團軍，而定**這次的目標，就是建立兩個集團軍和一個直屬火器師，大約十餘萬人。
經過試驗、磨合、調整，定**軍制，由小旗、總旗、連、縱、團、師、軍、集團軍構成。團以下組織不再變動，團以上的單位則配備參謀、後勤團隊。
其中團不得過兩個。總旗。師不得過兩個連，軍不的過兩個縱，集團軍不得過兩個團等規矩也隨之而下。
當這樣定下之後，讓一些軍旅老人給予意見，傅友德、馮勝、耿炳文，甚至是徐輝祖在內，都覺得這樣分配比較繁瑣，而且平添了許多軍官，可能會給財政帶來一定的壓力，還有會讓很多兵卒無所適從，不知道該聽誰的好了。
朱允墳聽了之後，大筆一會，寫了一行字：「一切行動聽指揮。」並且馬上規定，在軍中無論那種等級，只要直系上司在場，只聽真繫上司的命令，如果直系上司不在場，就聽從在場官階最高之人的命令，如果同級別的官員同時在一個場地要布命令，必須協商統一意見後才能布命令等等。
作為另外一個時空的現代人。朱允墳並沒有太多的軍事理念，只能靠印象加上老將們的提醒來做事情，至於老將們提出的增加財政負擔、軍官人數太多等等意見，他則裝作沒有聽到，因為他增加許多軍官的原因，就是想給軍士以更多的展空間，用來激勵軍士的上進之心。
而財政負擔更是不用考慮，在以後的時間內，他會慢慢的總結出一條精兵路線。而走精兵路線肯定要裁撤許多軍隊，要不，以大明六千萬的人口，養活二百多萬的軍隊，即便是有老朱的屯兵制，那也只能是能夠讓軍隊吃飽，想要展，想要配置尖器，三十個百姓養一個軍人的比例，實在是不可能實現的。
至於怎麼激勵軍士們上進，朱允墳也有規定，他認真的總結了老朱所規定的軍隊賞罰制度。
大明建國初期四方並不安定，元朝的舊貴族、雲南大理的段氏小王朝、元末戰亂期間出現的各派軍事力量的殘餘仍然佔據山林，各霸一方；尤其僂寇在海上的騷擾不斷升級，他們燒殺搶奪，危害百姓，迫使大批居民被迫逃離家園，造成沿海地區的大片田地荒蕪，迫使政府經常用兵。
為了鼓勵部隊勇往直前，奮勇殺敵的精神，軍隊的賞罰制度則以封官加爵的激勵為主。規定把戰功分為三等，即奇功、功、次功。凡是在兩軍交鋒之際，能夠勇敢的衝入敵人陣地、斬將奪旗的，衝到敵人的背後、給對手以大量殺傷的，本隊已經獲勝但友臨隊伍勝負未決、能夠及時救援克敵制勝的，執行特殊任務、出奇制勝的都可定為奇功；
衝鋒在前、戳敗敵人銳氣的，前隊交鋒被敵人抑制、後隊衝鋒使敵人敗退的，圓滿完成偵察任務、擒獲敵人密探細作的耳定為功；
其他都為次功。為了抗擊僂寇又規定，斬殺來犯僂寇將領一人的官升三級，不願意授官的一次性賞給大明寶鈔一百五十兩；斬殺僂寇士兵一人官升一級；斬殺漢奸一人官升半級。與僂寇交鋒陣亡的，本人的撫卹按升高一級給付、其兒子按官升一級襲職。凡是在海都按奇功待遇。
現階段朱允墳也不想改動的太多，只是將奇功、功和次功這三種功勞提了出來，追加規定道：奇功，則可在戰後立即由上司選出增補進陣亡軍官的序列，不論出身，不論年齡。
功，則可在立功一年後，由上司選出增補進軍官缺口。而次功積五次為功，九次為奇功。五年為限，第一個次功五年後清除。其他規定不變。
這些都是在建文二年年底就已經議定的，看著堆積如山的案犢，作為皇帝的朱允墳以為怎麼也需要半年的時間才能夠組建完畢，未曾想到，只是兩個月的時間，耿炳文就上奏言道。兩個集團軍計九萬五千餘人，一個直屬的火器師五千人已經集結完畢，隨時聽候皇上的差遣。
這才感覺到在另一個時空所謂的封建社會中，在國家機器的運作下，排除通訊的因素，效率真的是很高，這是他回到大明後第一次參與整肅軍隊，也是他一手飾造的軍隊，怎麼會不令他感到萬分興奮，所以才在第一時間來到龍潭附近巡視，他想看看他所飾造的這支軍隊到底是什麼樣子的。
比：蟲子不算是軍事燒友，所以大大們要拍磚的話就快點，蟲子也有改正的時間，否則就像是楊蝶的斷臂一樣，寫的多了，就沒有辦法改了，不過楊蝶的斷臂是有伏筆，而軍制可以再修訂，希望大大們多多提醒，連著幾章會寫一些蟲子不熟悉的軍事，想省略但是覺省略不了，因為軍制和以後的政治體系也有關係，所以請大家多多包涵，多多鼓勵，最後撕破嗓子的大叫一聲：求月票、為了面子！，如欲知後事如何，請登6，章節更多，支援作者，支援正版閱讀！回明最新章節