先在橫濱安頓下來後，孫文隨即又轉至東京居住。宮崎滔天等日本同志代為介紹的財政界重要人士大多居住在東京。
孫文先是住在銀座的旅館。此時大清國政府通過駐日公使館要求將孫文驅逐出境。
大清國駐日公使自甲午之役（日清戰爭）後一直由漢軍旗人裕庚擔任。之前孫文剛從香港亡命出奔時，裕庚也才剛到任，因尚要處理敗戰問題（賠償等事宜），故雖也曾提出驅逐出境的要求，但僅是做做樣子而已。此次則是比前一次更嚴厲的要求，而比這種正面要求更可怕的是暗地裡的刺客。
受到倫敦事件的教訓後，孫文比以前更加小心行事。雖是如此，日本同志中仍有人對宮崎滔天表示不滿：
——孫文明明得到教訓，卻又處處露出空子，這未免太小看清朝當局了吧。清朝或許是在覆亡前夕，但也正因如此，反倒可能使盡全力一搏呢！
孫文必須同時對抗清朝的表面權威和暗地謀略。日本的官員也未必個個都是秉持著善意的中立想法。有些日本人甚至認為，萬一到了緊要時刻，可將孫文出賣給清朝，這樣對日本更為有利。
「總之他是客人，只能自求多福。」
滔天一概如此說道。
孫文使用日本式的化名。
中山樵。
有一次在日比谷公園散步時，見到一幢豪宅的門牌上寫著「中山」二字。孫文見了便用筆談方式問道：
「中山這姓氏在日本算稀有嗎？還是很普遍？」
「是很普遍的姓氏，比我這個宮崎還普遍。此宅的中山是侯爵世家，但也有乞丐或小偷同樣姓中山。」
滔天如此寫道。
「能在此見到，應該是有緣吧！我就用它來當化名。姓中山，名樵，那是樵夫之意，小時候我曾經想過要當樵夫呢！」
孫文這段話是通過陳少白的翻譯。在日本已停留一段長時間的陳少白也使用「服部次郎」這個日本名字。
孫文自己選定的中山樵這名字後來過於有名，幾乎成了孫文的別名而被稱為「孫中山」。
他在簽署機密檔案時也使用「中山樵」這名字，但出了名之後就不得不再次改用別的名字。甲辰（一九○四）之後的機密檔案大多署名為「高野長雄」。此化名是將同是醫師也同為國事奔走的高野長英之姓名變更其中一字而成。
孫文的運動目的有兩項，即消滅大清國和建立新的共和國。換言之，就是破壞與建設。
孫文很早就在思考建國的理念，而其理論基礎則是在大英博物館附設圖書館裡經過研究而奠立的。
孫文將之命名為「三民主義」。
民族主義。
民權主義。
民生主義。
有時也會分別改用「國家主義」、「民主主義」、「社會主義」代替來做闡釋。當然這都是後來的命名，在他第二次訪日之時，這些理論都還只是處於混沌的狀態罷了。
此一時期或許可稱為是孫文的「待機時期」吧。
（確實有些累了。真想去到鄉下暫時過著悠閒日子。）
孫文如此想著，此時宮崎滔天伸長了自己原本高大的身子，取出近來常備的紙筆寫下：
——養吾浩然之氣？
最後還畫上一個大大的疑問號。
一旁的陳少白說道：
「宮崎先生是想邀請孫先生到自己的故鄉熊本縣荒尾村去嗎？」
剛才想到要去鄉下田莊哪！孫文頗覺不可思議，通過陳少白告訴滔天：
「宮崎先生，莫非你會什麼奇術？我剛剛心裡想著要去鄉下，你竟會立即出現並邀我前往九州島。看來你會讀心術呢！我當然樂意和你一道去。」
滔天仰天大笑。
於是孫文與陳少白一道造訪位在熊本縣荒尾村的滔天老家，時間是那年（一###七）的十一月。
孫文在荒尾村停留了十餘日。滔天之妻槌子熱情款待，讓失意的亡命客孫文等人寬慰了心懷而永銘肺腑。