十一日，到達虎門，受到關天培的歡迎。這天沒收鴉片五十箱。
十二日，沒收六百箱。十三日，一千一百五十箱。十四日，八百五十二箱，外加二百袋。
林則徐坐在新會一號兵船上，監督鴉片躉船繳出鴉片。
這樣，到四月二十二日為止，共接收了一萬一千七百多箱鴉片。為了進行清理，決定暫時停止接收。
二十六日，再次開始接收鴉片。但由於天氣的關係，進展不夠順利。
像大虎島、小虎島這些地核隆起的島嶼，形狀看起來確實像趴伏的老虎，那些濃綠的樹陰和褐色的岩石，一會兒沐浴著初夏的陽光，一會兒籠罩在雨雲之下，幾乎每天都在變化。有時潮溼，有時乾燥，忽而陽光燦爛，忽而陰雲密佈。
五月五日的晚上，林則徐與鄧廷楨在船上暫時把公務丟在一邊，作詩唱和。鄧廷楨的詩集《雙硯齋詩鈔》中的《虎門雨泊呈少穆尚書》，就是這時寫的。詩曰：
戈船橫跨海門東，蒼莽坤維積氣通。
萬里潮生龍穴雨，四周山響虎門風。
長旗拂斷垂天翼，飛炮驚回飲澗虹。
誰與滄溟淨塵塊，直從呼吸見神工。
林則徐也和總督的詩韻，寫了一首。這就是林則徐的詩集《雲左山房詩鈔》中的《和鄧嶰筠虎門即事原韻》：
五嶺峰迴東復東，煙深海國百蠻通。
靈旗一洗招搖焰，畫艦雙恬舶風。
弭節總憑心似水，聯檣都負氣如虹。
牙璋不動琛航肅，始信神謨協化工。
欽差大臣所乘的船上，掛著一塊「煙深海國」的匾額。他把這塊匾額寫進了詩中。
關於如何將沒收的鴉片運往北京的問題，林則徐幾乎每天都與鄧廷楨商談。兩人一致的意見，認為海路運送可能較陸路安全。於是決定將此意見與巡撫商量。但北京的御史鄧瀛反對，認為這麼多的鴉片在途中有被「偷漏抽換」的危險。
五月九日，道光皇帝下了裁決：「……斷不疑其（林則徐）稍有欺飾。且長途轉運，不無藉資民力……即交林（則徐）、鄧（廷楨）、怡（良）於收繳完竣後，即在該處督率文武官弁，共同查核，目擊銷燬。裨沿海居民及在粵夷人，共見共聞，鹹知震讋。」
到了陰曆四月，虎門收繳鴉片也大體完成。
五月十六日，鄧廷楨給林則徐送了十八個青荔枝。林則徐難得地作了一首幽默詩，表示感謝。詩曰：
蠻洋菸雨暗伶仃，忽捧雕盤顆顆星。
十八娘來齊一笑，承恩真及荔枝青。
不久前去世的英國著名的東方學家、《源氏物語》的翻譯者阿瑟?維裡，曾把林則徐的這首詩譯成英文。
鴉片全部收繳完畢，是五月十八日。總數為一萬九千一百八十七箱和二千一百一十九袋。除去包裝的重量，淨重二百三十七萬六千二百五十四斤，合一千四百零二十五噸。
這天，連維材來到虎門，登上了林則徐的船。「終於大功告成了。」連維材說。
「收繳完了。」欽差大臣回答說，「但是，下面的工作即將開始。」
「我得先向您道賀。」
「謝謝。由於您的協助，總算走到了目前這一步。」
這時，廣州派來了巡撫的急使，傳達了上諭：任命林則徐為兩江總督。到任前由陳鑾代理。「今後該是江寧（兩江總督的駐在地，現在的南京）啦！」林則徐仰首朝天說。
「再一次向您祝賀！」連維材說。
一般的總督管轄兩省或一省的地方，唯有直隸和兩江總督管轄三省的地方。前者是皇城所在地，後者是長江下游的富庶地區，一般都認為比他處的總督地位要高。就日本來說，大概相當於東京和大阪。連維材向他祝賀是理所當然的。
「不過，這件工作還不知道什麼時候能完。一時恐怕還不能赴任。」林則徐低聲說。
「我剛才雖然向您道賀。」連維材說，「其實我還是希望您能在這裡多留些時候，處理對外工作。」
十二天之後，北京傳來了命令：鴉片就地處理。
4
據說一箱鴉片淨重一百斤。其實馬爾瓦產的鴉片在孟買裝運時一箱是一百零一斤。這是考慮到乾燥之後，重量會減輕，因此多裝了一斤。
瓦臘納西一帶產的鴉片品質低劣，價錢僅為公班土的一半。而且損耗大，所以在裝運時一箱為一百六十磅，即一百二十斤。在運輸途中及在伶仃洋上存庫期間，經過乾燥，大約變為一百斤。箱子的表面上向來都印著1331〖〗3磅（一百斤）。由於以上原因，淨重一般都不太準確。
裝鴉片的容器因產地而異。一般都是裝在長一米、寬五十公分、高五十公分的芒果樹木材的箱子裡。所以，即使是相當大的房間，最多也只能裝進四五十箱。像虎門這樣偏僻的地方，可以用作儲藏的民房或寺廟是很少的。因此，在處理之前，林則徐建造了臨時儲藏所。這種儲藏所是在廣場上圍起結實的木柵，上面蓋著塗漆的屋頂。有監督的文官十二人，武官十人和一百名士兵，在它的周圍晝夜巡邏，擔任警戒。
關於處理的方法——根據試驗的結果，瞭解到如果用簡單的焚燒法，比如澆上桐油，點火焚燒，鴉片的「殘膏餘瀝」將滲入地中，過後把土挖起來熬煮，仍可得到二三成鴉片。因此，不能採取這種方法。
研究了鴉片的性質，發現它最忌的是食鹽和石灰。因此，林則徐令人在虎門鎮口海邊較高的地方挖了兩個池子。據說池子縱橫十五丈餘。大約是五十米見方的池子。為了防止鴉片滲透，在池子的四邊釘上木板，池底鋪上石板。臨海的一面安上涵洞（閘門），相反的一面挖有溝道。池子的四周圍著高高的木柵，木柵裡設有監督官等的席位。
首先從後面的溝道把水引進池中，撒下大量食鹽，然後從木箱中取出成球狀的鴉片塊，每塊切成四半，投進池中鹽水裡。就這樣讓鴉片在鹽水中浸泡半天。
然後投進生石灰塊。於是逐漸地冒煙，最後沸騰起來。池子的上面搭著跳板，許多小工站在跳板上，用長木棒和鐵鋤攪拌，加快鴉片融解。
到了退潮的時刻，開啟海岸邊的閘門，把融解了的鴉片放入海中。
以後，用水清洗池底和四邊的木板，使其不留鴉片的殘渣。
另外，在現場處理鴉片的正式命令，是五月三十日到達的。而林則徐早在這之前就知道了。北京的吳鍾世，把道光皇帝五月九日的裁決意見，用不到十天的時間就送到廣東林則徐的手中。當然是通過金順記的信鴿傳遞的。
開始銷燬鴉片是六月三日（農曆四月二十二日）。在兩天前，林則徐就設祭壇，祭告海神。
實際祭海神是四月二十日。而作為《鴉片奏案》的附錄留存下來的祭文寫作日期是四月七日。而且陰曆四月七日的林則徐日記也明確寫著「作祭海神文一篇」。當時還準備把鴉片運往北京。但林則徐通過吳鍾世的快速情報，已經知道了要在現場處理。
祭文的開頭是這樣寫的：「惟道光十九年歲次己亥，孟夏之月，丙寅朔，越七日，欽差大臣調任兩江總督林，謹以剛鬣、柔毛、清酒、庶羞，敢昭告於南海之神曰：……」
這種難懂的古文，要逐字翻譯幾乎是不可能的。大意是這樣：首先歌頌了神德，然後陳述鴉片的弊害，因而要嚴禁，要沒收。關於沒收的上萬箱鴉片的處理，如果用火燒的話，則有被人拾去殘膏的危險，因而不如投之深淵，「長淪巨浸」。這樣，就會有「蜃蜃氣滅凌雲之幻」。……所以希望水族們暫且到什麼地方去躲避一下這種毒氣。我的本意是為了除害群之馬，而不是殃及魚類。
六月三日，雨過天晴，初夏的陽光灑在虎門的海濱。從這天開始處理鴉片。
高階官員輪流擔任這一工作的監督。這天從廣州來了巡撫怡良、海關監督予厚庵和布政使熊聲谷。另外，早就駐在虎門的關天培以及餘保純也來到了現場。
因為是頭一天，到天黑只處理了一百七十箱。以後技術更加熟練，因而效率不斷提高。###處理了二百三十箱，五日一千四百袋，六日九百箱，七日九百五十箱，八日一千五百箱。……
5
「又少了一箱！」簡誼譚嘻嘻哈哈地嚷著。他夾在許多起鬨的人當中，從鴉片處理所外面的木柵欄縫裡，瞅著銷燬鴉片。
他接受了姐姐的忠告，暫時停下了鴉片買賣。現在禁令越來越嚴，大頭頭基本上被一網打盡，看來再沒有人插手鴉片了。「這可是千載難逢的大好時機啊！」他心裡這麼想。其實他這麼想也不是沒有道理。即使沒有賣鴉片的人，並不是鴉片不需要了。鴉片癮不是那麼容易戒掉的。鴉片鬼還在尋找鴉片。供應一少，價格肯定會上漲。
誼譚認為這是個好機會，於是在澳門拼命地收羅鴉片。死刑是可怕的，那些擁有鴉片的人，用最低的價格把沒有登上表冊的鴉片拋售出去。
他撬開「不死鳥」酒吧間的鋪地石，在下面挖了一個洞，洞裡填上稻皮防潮，埋進三百斤鴉片。另外還在他情婦賣淫的一間空房子的地板下埋了近千斤鴉片。這是冒著生命危險的勾當，它比偽造冒牌鴉片更加危險。
他深信鴉片一定會漲價。果然不錯，鴉片黑市的價格一下子猛漲了一倍。他認為漲得還遠遠不夠，收藏的鴉片仍不出手。
今後私賣鴉片，如不小心注意，腦袋瓜子可要搬家啊！澳門抓了一個叫紀亞九的傢伙，他坦白鴉片是從葡萄牙人安東尼奧那兒買來的，安東尼奧嚇得逃跑了。清國的澳門同知一向對此是不聞不問的，這次也大肆抓起鴉片犯來了。
「很快就會鬆弛下來的。只是林則徐這老小子在這兒的時候緊一陣子。聽說他已經當上了兩江總督，遲早會離開廣東的。不過，等鬆了之後再出手可就晚了，價格肯定會下跌的。要在價格最高的時候賣。當然囉，這也會帶來危險。」誼譚眼睛看著銷燬鴉片，腦子裡卻一直在轉悠這些事。每投下一箱鴉片，他就想到價格又提高了一點，心裡高興得了不得。
六月三日開始的銷燬工作，六月十五日休息了一天。因為這天是陰曆五月五日端午節。
誼譚第三次來看熱鬧是六月十七日。
「啊呀！不好！」誼譚發現了連維材，趕快低下頭。
連維材好像不是來看熱鬧的，他只在四周踱來踱去，還不時仰首望著天空。
這一天，夷人也難得地來看熱鬧。他們是歐立福特商會的金谷夫婦、裨治文和本遜，四個都是美國人。
他們向欽差大臣打了招呼，領取了禮品。
林則徐讀過《中國叢報》的譯文，他以為此舉足以禁絕鴉片貿易。
道光皇帝的上諭裡說，不僅要讓中國人來看看，也要讓英國人來看看。但是英國人到底沒有來。
目睹苦心經營的鴉片被銷燬，那當然不會是愉快的事情。他們只是在廣州開往澳門的船上，遠遠地望著在虎門冒起的銷燬鴉片的濃煙。
林則徐在給北京的報告中說：「察其情狀，似有羞惡之良心。」