日野富子聯絡另一個有實力的大名——佔有八國之地的山名家，要剝奪義視的繼承權。當時另外兩個重要的家族斯波家和畠山家，也因為繼承權的問題，分別跟細川家和山名家結盟。
將軍家分裂了，以義視和日野富子為首形成了兩派，水火不容，遲早要刀兵相見。
b應仁之亂打七年/b
后土御門天皇應仁元年（1467年）1月18日，大戰終於爆發，地點是御靈神社。
當時的將軍義政在山名家的壓力下解除了畠山氏當主的管領之職和家督之位，另立家督。畠山氏老家督被罷免，又被要求交出畠山氏的家宅，一氣之下，放火燒了自家宅院，並且在御靈神社附近的森林之中佈陣。新家督在山名家的支援下攻擊老家督，打了一天，老家督打不過新家督，只好敗走。
山名家支援的一方獲勝，得意揚揚引兵回國。細川家不動聲色，在四個月之後突然發動攻擊，佔領了幕府將軍的宅邸——花之御所，把天皇家和將軍家納入自家的勢力範圍之中，然後開始攻擊山名家。
細川家由於把天皇和將軍都控制在自己手裡，取得了所謂的大義名分，在政治上和軍事上取得了雙重勝利，山名家失去了在幕府中的所有官職。但是，山名家很快就得到了西國大名的支援，雙方在京都展開大規模混戰。
混戰從應仁元年開始，一直打了七年之久。當時細川一方的兵力號稱十六萬，山名一方的兵力號稱十一萬，根據雙方佈陣的位置，細川一方被稱為東軍，山名一方被稱為西軍。
東西兩軍數十萬人湧入京都，造成的破壞難以想象。不到一個月，基本上這座千年古都就化為灰燼。雙方大打出手的時間長達兩年，然後戰事陷入膠著，誰也沒有辦法取得決定性的勝利，只好堅守各自的陣地，平時依靠足輕相互攻擊。足輕並不是武士，由於戰事曠日持久——在日本歷史上很少有這麼大規模、沒完沒了的戰鬥，源平合戰也不是天天打——以至雙方兵源匱乏，很多足輕都是招募來的浪人或者失業的農民。對他們而言打仗效忠誰是次要的，藉機搶掠才是主要的。
而參戰的大名，也因為戰事曠日持久，顧不上抓生產，經常發不出糧餉，除了跟將軍夫人日野富子借高利貸之外，只能縱兵搶掠。每次佔領一處對方陣營的地盤，為了打擊對方，就搶掠一空，然後縱火將一切建築燒為白地。
雙方打仗一直打了七年之久，東西兩軍都傷亡慘重，又看不到戰事結束的可能，於是都有了談和之意。但是內部又有主戰派反對，甚至威脅主帥不得談和。一直到了文明五年（1473年），東西兩軍的頭領在一個月內相繼病死，經過將軍夫人日野富子的調停，雙方宣佈罷戰。這就是日本歷史上著名的「應仁之亂。」
b將軍已經有名無實/b
應仁之亂的直接後果就是導致日本歷史進入混亂的戰國時代。
此前各國的守護大名都是由幕府指派的，但是由於幕府大權旁落，各國守護具備了獨立的能力。應仁之亂一爆發，有實力的守護大名紛紛脫離幕府的掌控。另外，由於很多大名忙於戰事，無暇管理領國內的事務，甚至有些大名因為戰敗失利，被領國內有實力的人取代，最常見的就是守護代或者大名的家臣取代守護大名。比如擔任斯波氏守護代的越前國朝倉氏，在應仁之亂之後就取代了主君，成為越前國的守護。戰國時代朝倉氏大放異彩，讓織田信長吃了不少苦頭。
朝倉氏的叛主行為，給各國守護的家臣起了一個榜樣作用，榜樣的力量是無窮的。誰胳膊粗、拳頭大，誰就能當大名，所以背叛主君的行為一時間此起彼伏。很多有實力的家臣，都走上了這條下克上的道路，甚至有連家臣都不是的國人，居住在當地的野武士，具備一定實力之後都趁機作亂，以武力取代守護的位置。
在日本的戰國時代，轟轟烈烈的毛利氏、伊達氏、長宗我部氏，本來都是當地的國人，驅逐了守護大名後自己做了大名。也有守護大名保住了家業，到了戰國時代仍然有聲有色的，比如甲斐的武田氏、薩摩的島津氏、駿河的今川氏，都是幕府原來任命的守護大名。甚至還有伊豆的北條氏、美濃的齋藤氏，都不知道出身是幹嗎的，卻也成了大名。
這些戰國大名，跟幕府時期的守護大名完全不同。守護大名必須由幕府指派，跟幕府有從屬關係，也可以到中央任職。戰國大名靠實力取勝，地盤是自己打下來的，獨立管理領國內的一切事務。
室町幕府在應仁之亂之後，根本就無力掌管各地的大名，將軍已經有名無實，有時候甚至要投靠有力大名才能生存。
將軍足利義政在開戰後不久，發出對西軍的討伐令，等於是投靠了東軍。戰事稍歇之後，義政就把位子讓給了自己的兒子義尚，去過他的太平生活，戰後又接著過優哉遊哉的文人生活。
義尚接了親爹的位子當了將軍之後，就不把老爹放在眼裡了。他不像老爹那麼窩囊，跟母親一樣聰明能幹，但是對老爹的醇酒美人的愛好是全盤繼承。他甚至把手伸到老爹房內，跟老爹的侍妾私通。這種事在歷史上也是屢見不鮮的，跟父皇的后妃私通的人很多。神奇的是，義政一看兒子偷自己的人，他也把手伸到兒子的臥室裡，父子倆相互偷人。這種事在歷史上就很罕見了。
雖然戰亂中日野家族利用權勢取得了龐大的財富，在戰後依然牢牢控制著將軍家，九代將軍義尚、十代將軍義直、十一代將軍義成，都在日野家掌控之下，但是這個時候的將軍家已經無力掌控天下，日本進入戰國時代，從此天下大亂！