於1912年1月1日出任中華民國臨時大總統之後，孫中山的看法其實也變了。就像史扶鄰所描述的：「在此後數月裡，他主持一個軟弱無力、財政拮据的臨時政府。省一級以下自發地背棄清王朝的軍隊根本不聽他的指揮。地方上的軍事首領及權貴，不僅拒絕接受清王朝的指令，也抵制任何強有力的中央集權政府。」面對於此，他雖不能公開反對聯邦制，卻也再未主張過聯邦制了。
孫中山的徹底轉向，是在1913年與袁世凱政府鬧翻後。轉而反聯邦制，固然是為了革命集權的需要，但他卻因此連自己過去的民權主張都改變了。他開始宣稱：今後絕不能如過去一樣，將全國人都一體視為「國民」，凡不真心贊成共和而宣誓註冊者，即不得享有「國民」資格。
1914年夏，孫組建中華革命黨，其制定的總章等對此更有明文規定稱：
「凡進本黨者必須以犧牲一己之身命、自由、權利而圖革命之成功為條件，立約宣誓，永久遵守。」
「凡於革命軍未起義之前進黨者，名為首義黨員；凡於革命軍起義之後、革命政府成立以前進黨者，名為協助黨員；凡於革命政府成立之後進黨者，名曰普通黨員。」
「革命成功之日，首義黨員悉隸為元勳公民，得一切參政、執政之優先權利；協助黨員得隸為有功公民，能得選舉及被選舉權利；普通黨員得隸為先進公民，享有選舉權利。」
「凡非黨員在革命時期之內，不得有公民資格。」在革命期間主動出資者例外，「凡出資千元者，照黨員例，享有公民權；出資萬元者，政府認為公民代表，參與政事，組織國會」。
這個時候，對一般人民的國民資格，孫中山還有所承諾，稱憲法頒佈之後，當可從憲法而獲得之。但思想上，孫對此其實並不重視，故1924年國民黨一大召開時，由他審定的大會宣言就變成另一種說法了。宣言公開否定了「天賦人權」說，強調「民國之民權，惟民國之國民乃能享之」。何人可以成為國民呢？只是那些贊同和擁護其革命者。「凡賣國罔民以效忠於帝國主義及軍閥者，無論其為團體或個人，皆不能享有此等自由及權利。」
孫中山不瞭解現代國家與古代國家的本質區別嗎？未必。比如，他一向喜歡講這樣一句話，即：「世界潮流，浩浩蕩蕩，順之者昌，逆之者亡。」對於這個「世界潮流」，他也講得很明白，主要就是：「由神權流到君權，由君權流到民權；現在流到了民權，便沒有方法可以反抗。」
問題是，孫中山到底還是在中國傳統文化薰陶下成長起來的一箇中國人。他接受了一些西方的思想文化，卻並不能真正認識到自由、平等、人權的現代意義和價值。他的思想觀念事實上還停留在柏拉圖式的整體主義的發展階段，還沒有完全進化到現代社會以個人主義為基礎的集體主義的發展階段。因此，其思想觀念中才會生成不少類似於柏拉圖觀念的看法。
比如，像柏拉圖相信只有像自己這樣具有超人的知識能力的「哲學王」，才能領導城邦國家一樣，他也認定人生來就有優劣高低之分。只是他的區分方法是認為，人在知識能力上可劃分為三類：「先知先覺」、「後知後覺」和「不知不覺」。社會的進步，只能靠那些「先知先覺」者提出思想、制訂方案，灌輸給部分「後知後覺」者，再由他們去領導大批生生世世都「不知不覺」者去衝鋒陷陣。因此，他明確提出，要成就革命事業，就必須要把權力全部集中到「先知先覺」者，亦即像他這樣獨一無二的領袖手裡，建立領袖個人專斷體制，不能搞什麼平等。他明確講，「非服從我不行」，因為「除我外，無革命導師」。
再如，像柏拉圖一樣，他也認定整體的利益高於一切，個人自由對於整體有害無益。他明確認為，離開國家民族整體講個人權利和自由，是錯誤的。因為，「個人有自由，則團體無自由」。他特別強調：「在今天，自由這個名詞……萬不可再用到個人上去，要用到國家上去。個人不可太過自由，國家要得完全自由。到了國家能夠行動自由，中國便是強盛的國家。」他指出，在中國學歐美去喊什麼爭自由、爭權利，不僅是盲從，而且是莫名其妙！國人從來是一片散沙，原因就是「自由太多，沒有團體，沒有抵抗力，成一片散沙。因為是一片散沙，所以受外國帝國主義的侵略」。因此，他宣稱：「我們需要的不是自由而是紀律，為此我們要摻加水和士敏土，變成很堅固的團體。」中國革命必須以統一而非以自由為奮鬥目標。
人類的歷史，越現代就越加複雜。同樣活在現代，同樣構建現代國家，同樣叫共和、叫民國，卻總有許多把國民主權抽空去，只留下一個在國際上有領土、有主權地位的「民族國家」的空殼。後來那個繼承了孫中山遺志的中華民國領袖蔣介石，也是這樣告訴他的人民的：「如果我們個人要講自由，國家民族便要受人家的壓迫！」