贊成「清堂」運動
1927年蔣介石發動四一二政變後不久，汪精衛也發動了七一五分共。在蔣、汪聯合鎮壓共產黨後，寧漢兩政府的合併也就提到議事日程上來了。為了爭奪中央領導權，國民黨各派展開了激烈鬥爭，蔣介石一時成為眾矢之的。處於各種矛盾旋渦中的蔣介石不得不於8月13日離寧赴滬，14日，在上海發表辭職宣言，在一番「進退生死，一以黨之利益為依歸」的冠冕堂皇言辭下黯然下野。
對蔣介石的下野，二陳雖感十分惋惜，卻也無可奈何。8月14日，蔣介石要離滬到老家奉化溪口，陳果夫與張群親自護送返浙。在溪口，陳果夫陪蔣介石登武嶺，遊剡溪，徜徉於高聳的危崖和瀠洄的流水之間，賞隔溪之綠竹，觀嶺上之蒼松，似乎其樂無窮。實際上，他們的心思，不在山水之間，他們在積極籌劃，準備蔣介石的重新上臺。
蔣介石下野後的第二天，即8月15日，北洋軍閥孫傳芳領殘部偷襲京滬路龍潭一帶，南京局勢日漸緊張，陳果夫與陳立夫這時對南京方面採取不合作主義。當陳果夫陪蔣介石到奉化時，陳立夫退居上海。不久，陳果夫也來到上海。而南京方面因中央組織部代理部長吳倚滄病逝，電催陳果夫即到南京代理組織部部長職務。對此，陳果夫大耍滑頭。他想，接受任命，對不起蔣介石，不接受任命，南京方面會任命其他人，因此他欣然接受，但卻一直呆在上海，遲遲不赴南京上任，致使組織部長雖有名而無其實，部內工作處於混亂之中。
此時的陳果夫與陳立夫正在上海緊鑼密鼓地開展擁蔣活動。他們上下串連，各方聯絡，逐漸聚集起一股強大的擁蔣勢力。
還在北伐戰爭時期，陳果夫與陳立夫為了反對國共合作，建立自己的嫡系勢力便與曾養甫、陳肇英等一些浙江籍國民黨員於1926年11月在廣東成立了一個組織——浙江革命同志會，這個組織以地域為紐帶，以擁蔣反共為目的，很快得到發展。後來，陳果夫隨蔣介石到南昌後，便與江西的反布林什維克組織頭目段錫朋搞到一起，並使這兩個組織聯合起來，成為國民黨內右派勢力的核心組織。為了使這股右派勢力迅速控制整個國民黨，陳果夫經與蔣介石密謀後，便以中央組織部長的名義，將這個秘密組織成員委派為一些尚沒克復的省市黨部負責人，使這些地區一克復，便由他們的勢力控制起來。但北伐軍佔領南京、上海後，由於蔣介石、汪精衛先後背叛革命，北伐一度停止下來，於是，這些拿著空頭任命的人一時好夢難成，只好從廣州、武漢來到上海，尋找他們的主子，此時蔣介石與二陳都自身難保，豈能滿足他們的要求，只能惺惺惜惺惺而已。但他們在同病相憐之中，也認識到了一個道理，即要想求得一官半職，必須蔣介石再起。而陳果夫與陳立夫也從這些散兵遊勇中看到了東山再起的希望，於是極力鼓動他們聯合起來擁蔣。這樣，以二陳為中心，這股擁蔣的勢力抱成了一團。
9月28日，蔣介石為了取得帝國主義的支援，偕張群一道赴日本訪問。還在下臺之時，蔣介石在軍事上抓住黃埔系，把黃埔學生交給國民革命軍總司令部參謀長朱紹良負責，以保持自己對軍事實力的控制權；在黨務上，則抓住陳果夫，讓他控制各地黨務幹部。在訪日前夕，蔣介石在上海召見了陳果夫與陳立夫，蔣介石希望陳立夫一起去日本，但陳立夫以身體健康欠佳，極需休息，且不懂日語為由沒有應允，蔣介石也不強求，只是向他們面授機宜，要求他們帶動擁蔣勢力大造聲勢，使南京陷於困境，並看準機會，實行反擊。對此，二陳心領神會。在蔣介石出訪日本後，他們更加緊了國內的擁蔣運動。
桂系白崇禧曾專門找到陳立夫，希望聘請陳擔任他的顧問，陳立夫因蔣介石下臺，對政治沒什麼興趣，因此沒答應白崇禧聘任，他想放棄一切政務，重去當礦業工程師。雖然如此，他還是希望蔣介石有朝一日能上臺，因此，在機要科交接時，蔣介石的機密檔案、密碼及其他一些高度機密的檔案沒有交出。然後離開南京，回到上海。
蔣介石的下野，促進了寧、漢、滬的合流。9月11日，寧、漢、滬三方中央黨部代表終於坐在了一起，在上海戈登路伍朝樞的寓所舉行談話會，經過三天討論，決定在國民黨三大前先成立特別委員會，「漢寧滬三方中央黨部將其職權委託於特別委員會」。「特別委員會委員32人，候補委員9人」。9月16日，國民黨中央特別委員會經過緊鑼密鼓的籌備後，正式在南京成立，決定接收寧漢滬的中央黨部及中央政治會議，改組國民政府，宣告「中央特別委員會，代行中央執監委之職權，改組國民政府」，「以前峙立三黨部均不復行使職權」。由於國民黨的一批元老派人物如胡漢民、張靜江、吳稚暉、蔡元培、李石曾等均辭職，聲稱「各為故里遊，一了百了」，使得黨務大權由西山會議派所掌握，謝持、居正、林森、張繼、鄒魯等人均進入32人的特委會，謝持居然成為特委會3名常委之一。軍政大權則操於桂系之手。
青白團入團者需面向孫中山遺像宣誓，孰不知，他們所信奉的三民主義早已非孫三民主義之本意。時刻窺測南京動向的陳果夫與陳立夫見時機來到，便率滯留在上海的那幫擁蔣勢力揭起了反對中央特別委員會的旗幟，儘管陳果夫已被特別委員會推為農民部委員，但他表示決不就職，而將主要精力放在擁蔣上臺方面。為了使他們反對南京方面的行動形成一股有綱領的政治力量，二陳經過多次策劃後，於11月初成立了一個秘密組織，取名為「中央俱樂部」。因其英文縮寫是cc（英文為centralclub），故該組織也簡稱為cc。中央俱樂部以反對國民黨中央特別委員會為名，實際上是以擁蔣、反共、清黨為主要職責。
二陳兄弟表面上搞得似乎很熱鬧，而實際上是一個架子。中央俱樂部開始成立時，就只有滯留上海的一些人，加上鄰近上海的一些省區黨部骨幹，計不到40人，「以浙江、江蘇、山東、山西、南京、上海等省市的黨部執行委員張強、洪陸東、許紹棣、潘公展、苗培成、馬元放、鄭異（後以字行，名鄭亦同）、蕭錚、程天放等為主幹……並擁護戴季陶、丁惟汾、陳果夫等為領導人，負指揮責任」。戴季陶和丁惟汾雖然被推為中央俱樂部領導人，但卻很少參與其活動，其主要負責的實際上是陳果夫與陳立夫。在二陳的領導下，其成員主要通過在一些刊物上寫文章，反對南京中央特別委員會，為蔣介石上臺大造輿論，如陳果夫當時與戴季陶等人創辦的《新生命雜誌》，就是作為其宣傳的陣地。
正當二陳兄弟為擁蔣上臺多方奔走，大力鼓譟的時候，蔣介石也完成了在國外的活動，取得了帝國主義的支援，於11月10日回到上海。蔣介石對二陳的舉動給予了讚揚，並要求他們把活動開展到南京去。於是，陳果夫專程來到南京。這時，南京方面已發生桂系與汪派爭奪中央權力的鬥爭，導致桂系出兵討唐，並擊敗唐生智。11月22日，陳果夫運動一些國民黨人舉行「慶祝討唐勝利大會」，實際上，矛頭直指中央特別委員會。會議「通過促開四中全會，擁護蔣總司令復職，打倒中央特別委員會及西山會議派」等議案。會後還舉行了遊行，結果遭到西山會議派分子葛健所指使的軍隊槍擊，擊斃4人，傷20多人，這次事件使中央特別委員會和西山會議派聲名狼藉。
1928年1月4日，蔣介石帶領陳立夫等人，得意洋洋地回到南京「主持大計」。1月6日，在蔣介石的指揮下，譚延闓、陳果夫、丁惟汾接收了中央特別委員會。7日，中央黨部正式辦公，特委會宣告取消。9日，蔣介石向全國通電，宣告復職，擔任了國民革命軍總司令，國民黨中央軍事委員會主席、國民黨中央政治會議主席、中央組織部長等職。
對二陳兄弟在擁蔣活動中所表現出來的耿耿忠心，蔣介石當然不會忘懷，他認為二陳是經過患難的忠臣，因而，對他們更加信任。此後，陳立夫繼續留在身邊參與機密事宜，陳果夫仍然回到組織部任副部長，並代行部長職權。
至於為擁蔣上臺立下了汗馬功勞的中央俱樂部成員，也都一一被蔣介石委以重任，將他們分派到一些地方省市擔任黨部負責人，去取代汪派或西山會議派在各地的勢力。於是這些人也就皆大歡喜地分赴各地上任。這樣一來，中央俱樂部似乎煙消雲散了。其實不然，二陳由於掌握了中央組織部的大權，更加緊了對這些人的控制，而這些人也體會到，只有服從二陳，他們的烏紗帽才能保住，而且還可以升官晉爵。因此，這股擁蔣反共勢力更加緊密地抱成一團，他們除了繼續擁護蔣介石，排斥國民黨內其他派系外，更主要的是開展反共活動。他們主持各地的清黨委員會，大肆迫害和摧殘共產黨人與各級組織，在政治上起了更加反動的作用。在二陳兄弟炙手可熱的權勢下，人們開始把cc解釋為二陳（陳字英文譯音的第一個字母是c）的簡稱，cc系也就成為以二陳為首領的國民黨內一大派系，是蔣介石在國民黨內的嫡系。
「將共產黨遺留作風掃空」
1927年，蔣介石發動四一二反革命政變後，即開始在上海、廣東、廣西、江蘇、浙江、福建、四川等省市進行反共反人民的「清黨」運動，在「清黨」運動中，大批共產黨人和革命人民慘遭殺害。
蔣介石崛起于軍界，在黨方可以說毫無基礎，這也就造成二陳兄弟在國民黨中地位迅速上升。4月17日，南京中央政治委員會決定成立兩個權力很大的委員會，一個叫中央宣傳委員會、一個叫中央組織委員會，陳果夫分別成為這兩個委員會的委員，並且具體負責主持「清黨」活動，領導各級清黨委員會，專門對付共產黨人。
4月底，蔣介石在第一期「清黨」的基礎上又開始第二期「清黨」，他認為，第一期「清黨」雖「以極敏捷嚴厲之手腕，撲滅共產黨徒之逆謀，摒除共產黨徒於黨外」，但並沒有將共產黨斬盡殺絕，「各地仍有該黨餘孽暗中活動，或仍匿居舊時共產黨機關，藉口已經改組，巧自粉飾，或插入新興團體，從中搗亂」，因此，還必須繼續清黨。
對於「清黨」運動，陳果夫、陳立夫兄弟倆極力贊成，他們認為，光從中央機關清除共產黨是不夠的，還必須在國民黨各基層組織中，清除隱藏的共產黨，這樣才能徹底消滅共產黨。陳果夫此時已不在組織部任職，其代理組織部長一職由他推薦右派人物吳倚滄擔任，組織部的大權仍然由他所控制。7月，蔣介石指令成立全國「清黨委員會」，陳果夫、陳立夫都沒有在委員會中擔任職務，但他仍極力把自己的親信安插進「清黨委員會」，在7名「清黨」委員中，就有曾養甫、段錫朋、吳倚滄、鄭異、肖佛成等5人是他們所信用的人，對他們是惟馬首是瞻，所以，二陳兄弟實際上是「清黨」運動的主持者。
國民黨政界，爾虞我詐，相互殘殺，蔣介石卻似一僧人般坐看風雲起。「清黨委員會」成立後，在二陳指揮下進行工作，陳果夫事事過問，事事插手，整個「清黨」的程式，由他一手安排，以至蔣介石下野後，陳果夫依然能暗中操縱各地的「清黨」運動。
1928年初，蔣介石重新上臺，他接受陳果夫的建議，其首要任務仍然是繼續「清黨」，「乃欲移其勢力之重心於黨部」，基於此目的召開的國民黨二屆四中全會，就是要使「清黨」的理論、組織、方法、程式更加完備，更加系統，更加嚴密。
在二屆四中全會上，陳果夫是一個十分活躍的人物，他多次發言，陳述自己對「清黨」的主張，他強調，要使「清黨」運動收到實效，必須與整理黨務結合起來，把整理黨務作為「清黨」的一個重要內容，他認為，以前雖然也整理過黨務，但收效不大，這次應該徹底整理，為此，他與蔣介石、丁惟汾一起擬定了一個整理黨務的提案交會議討論。他還強調，要為「清黨」制定法律條文，基於此，他還與蔡元培等提出了《制止共產黨陰謀案》等，陳果夫參加擬定的提案几乎佔了會議所有提案的一半，這些提案，對「清黨」的理論、方法、程式進行了系統的闡述。
為什麼要繼續「清黨」呢？陳果夫等認為：「清黨時間倏逾半年，共產黨之逆跡固以大暴國中，本黨之精神亦日就淹沒」，現在國民黨的組織形式、工作方法、所持理論均沿用過去國共合作時的一套，「是昔者以共產黨操縱國民黨，今則以國民黨繼承共產黨」，因此，「非將容共期中之理論與方法，一舉清之不可」。繼續「清黨」就是要清除共產黨的理論與方法。
如何「清黨」，整理黨務呢？陳果夫等的提案作了具體的佈置。
第一，關於基本理論。陳果夫等攻擊共產黨的理論「為破壞，為階級鬥爭，為反科學，為虛偽不擇手段，為以民眾為工具，為分裂三民主義為三個一民主義，為造成全民恐怖，為使中國產業由落後而至於絕滅，為遮斷中國在國際間取得平等優裕之機會，為打破國民革命軍的基本力量以培植爪牙」。因此要徹底清除，「一反其義」。他們提出國民黨要樹立自己的理論，即樹立被他們篡改了革命內容的「三民主義」，為此，要「制定管理黨報及黨的一切刊物條例」，以利於宣傳「三民主義」。
第二，關於組織。陳果夫等主張：「廢除容共期內一切民眾運動方式」；「嚴厲取締農工間武裝集團及潛伏暴動性之秘密結合」；「各地畸形農工集團一概取消」；「取消省黨部以下一切畸形、殘破的黨部」；「省黨部未正式成立時，由中央指定各省登記委員，專辦全省黨員登記，限期完成整理黨籍工作」，「廢止中央及各級之農民、工人、婦女、青年、商民等部，只設組織、宣傳、訓練三部，於必要時得設特種委員會輔助之」；「厲行監察委員會職權，監察委員會得指導中央及地方特種刑事法庭」。
第三，關於整理黨務的方法。陳果夫等提出：整理黨務要經過四個階段，即總登記、總考查、徹底訓練、徹底改組各級黨部。先由中央成立考查委員會，考查各地曾任省級及與省同級黨部的委員；再由中央選派指導員組織各省黨務指導委員會；然後由省黨務指導委員會選派指導員組織各縣市的黨務指導委員會，分級考查各地的國民黨員。凡經登記合格者為預備黨員；凡經考查合格者為正式黨員；凡經長期考查與訓練合格者為基本黨員，在此基礎上成立各地的國民黨黨部。
這些「清黨」的方案提出後，陳果夫不遺餘力，在會議的各種場合反覆解釋、說明，使二屆四中全會通過了他們的提案。會議決定首先改組國民黨中央機構，開除撤銷共產黨員和所謂「附逆」共產黨的譚平山等人的國民黨籍和國民黨中央執監委員職務，選舉蔣介石等36人為國民黨中央執行委員；在國民黨中央取消農民、工人等五個部，只設組織、宣傳、訓練三個部，並決定對各地的國民黨黨部進行整理，對黨員重新登記。陳果夫由於在全會上的出色表現，他被選為中央監察委員會委員，在會議閉幕後，他又被任命為中央民眾訓練委員會委員、常委，主持該委員會的工作。
二屆四中全會後，陳果夫、陳立夫兄弟即著手對國民黨各級組織進行整理，他們發誓要「將共黨遺留作風一掃而空」。整理的第一步便是向各地派出黨務指導員。他們找來張道藩、餘井塘等人進行密謀，決定從反共人物中選拔黨務指導員。為此，他們對大革命時期國民黨內一些極右派人物逐一進行考查，凡是積極反共的人都被挑選出來，作為黨務指導員的人選。然後，讓這些人參加中央組織部的各項工作和各種會議，使他們熟悉環境，並從中觀察他們的政治立場和工作能力。按二陳的要求，「必須具有忠於國家民族，忠於本黨主義，認識共黨陰謀，忠於領袖的真誠才行」，簡言之，只要具備反對共產黨，忠於蔣介石這兩條就行了。
此時的陳立夫與戴笠似有「既生瑜，何生亮」之感慨，但二人卻在明爭暗鬥著。圖為：戴笠經過兩個月的悉心考查後，二陳便從這批人選中挑出一些思想反共而又忠於他們的國民黨人，委派為黨務指導員，將他們派往各地去執行「清黨」任務。二陳對此十分重視，在這些黨務指導員出發之前，都親自召見，反覆交待。他們要求黨務指導員到各地後，再進行認真考核，選擇一批堅定的反共分子到各縣市擔任黨務指導員，所有各地的黨務整理和「清黨」運動，統統由黨務指導員負責進行。
這些黨務指導員到各地後，秉承二陳的旨意，迅速開展工作，對各地的黨部進行解散、改組、重建，將共產黨員和國民黨左派人士逐出黨部，換上二陳所指定的人，到1933年，各地主掌黨權的基本上是二陳的親信。如天津市，陳果夫派傅作義、苗培成、劉不同作為黨務指導員到達後，即將天津市黨部全部改組，二陳的親信邵華，馬亮、邵漢元、時子周等，都被塞進市黨部，市黨部下的各基層組織也換上了他們的人。還有，如「江蘇為馬元放；浙江為張強、許紹棣、羅霞天、方青儒、鄭異、葉溯中、胡健中；安徽為佘凌雲、張德流、魏壽永；湖北為艾毓英、楊錦昱等；江西為王冠英、劉家樹、李中襄；河北為陳訪先、詹朝陽、胡夢華；山東為趙偉民等；河南為陳泮嶺、王星舟、李敬齋與張廷休；陝西為宋志先等；甘肅為田崑山、凌子惟等；黑龍江為王憲章、王秉鈞等；察哈爾為馬亮、劉誠宣、郭育愷等；綏遠為趙允義、陳國英等；寧夏為沈德仁；青海為燕化棠、方少雲、李天民；南京為方治；上海為潘公展、童行白、陶百川、陸京士、吳開先；北平市為陳石泉、龐鏡塘；青島為李漢鳴等；漢口為李冀中、吳企雲、單成儀等」。這樣，全國各省市的國民黨組織已被二陳兄弟所掌握。
整理黨務的第二步，便是對國民黨員重新進行登記，這一次比1926年陳果夫接收組織部時所進行的登記更加廣泛、更加嚴格。根據二陳的命令：「各地各級黨部，一律暫停活動，聽候中央派員整理，所有黨員一律重新登記。」並要求所有國民黨員「必須絕對遵守紀律」，「不得違反黨綱、黨章及一切決議案之主張」，「必須絕對服從黨部之決議及命令」，聽候審查。
在各地黨務指導員的部署下，所有國民黨員一律填交審查表。審查表中，有關於政治信仰的欄目，根據二陳的指令，在此欄目中，要求回答對三民主義和共產主義的認識，並加以區別，以此來測驗填表者的政治傾向，這是決定其登記與否的一項重要標準。然後對這些黨員開展調查，進行評審，凡有共產黨嫌疑或親共言行的，皆由軍警和行政機關配合，進行審查、緝拿或清除。這是對共產黨和其他非蔣勢力從中央到地方的一次大清洗。
陳果夫、陳立夫對於派員到各地主持「清黨」工作，總是不那麼放心，生怕什麼地方出了問題，因此，兄弟倆常常不辭勞苦，親臨各地去巡視，指導當地的「清黨」運動。特別是對華北、東北地區，陳果夫最不放心，他考慮到這些地方原是張作霖的領地，國民黨勢力不強，現在剛剛平定，恐怕共產黨乘機插入其中進行活動，因此，他把北方地區作為開展黨務的重點。1929年夏天，陳果夫親自到了北平。
一些新聞記者知道陳果夫是國民黨內的新權貴，蔣介石的親信人物，這次來北平一定有重大任務，便紛紛來到陳果夫下榻的旅館，想進行採訪。陳果夫知道，他所主持的「清黨」運動是不得人心的，他此行的任務是秘密的，他本身的工作更是特務性質的，因此，儘管記者多次提出採訪要求，他都一概回絕，拒不接見。一天，陳果夫出席張學良舉行的宴會，他興致沖沖，十分瀟灑地步入餐廳，剛進大門，便被早就守候在那裡的一群新聞記者包圍起來，陳果夫再也逃脫不了，他看看錶，離入席的時間還有十幾分鍾，心裡十分著急，突然，他靈機一動，計上心來。於是，陳果夫滿臉堆笑，先入為主地詢問那些記者在什麼報館工作，報紙發行的情況，編輯工作的情況，甚至問到了廣告業務等等，好不容易，拖到了宴會入席的時間，陳果夫即站起來，收斂笑容，冷冰冰地說道：「對不起，我要入席了。」說完，便把一群記者丟下，徑自走了。事後，陳果夫得意了好幾天，他說：「他們對我一無所得，而我反做了新聞記者的新聞記者了。」實際上，這正說明陳果夫做賊心虛，他的所謂「清黨」運動，整理黨務，說穿了，就是殘害共產黨，殘害人民的代名詞。
正是二陳所主持的這種反革命「清黨」運動和整理黨務中，又有無數的共產黨人和革命群眾慘遭殺害，「例如，在廣州‘四一五’和以後，殺害了蕭楚女、熊雄、孫炳文、安體誠等。過了幾年，還把韓麟符在天津捕殺。又長期關押黃埔軍校第五、六期的學生多人……在其他各省市，持續一二年之久，還在多方進行迫害，必至置諸監獄而後已，就全國範圍而論，被害的人數，竟至數以萬計」。許多共產黨的基層組織和革命群眾團體被野蠻地破壞。同時，通過所謂的整理黨務，完全改變了孫中山親手建立的國民黨的性質，國民黨日益被推上法西斯化的道路，陳果夫、陳立夫逐步控制了國民黨，他們的勢力也日益膨脹起來。
博得老蔣的高度信任
蔣介石叛變革命後，建立了大地主大資產階級專政的南京國民政府，在這個國家政權中，實施的是國民黨一黨專政，蔣介石為了維護自己的獨裁統治，他必須控制國民黨，因此，他對國民黨的理論、組織等方面的建設十分關心，表示：「繼今以往，本黨必益當努力於黨權之集中，組織之精密，紀律之森嚴，信仰之統一，凡別有結合別有卵翼之反革命派，固當在所必除。」
陳果夫、陳立夫對蔣介石的意圖心領神會，他們根據「清黨」運動和整理黨務中出現的問題，積極為蔣介石出謀劃策。陳果夫認為，要實行國民黨的專制政治，一方面要以武力剪除國內一切異黨，特別是共產黨及其進步力量；另一方面要進行反共宣傳，以開化全國民心。而這兩方面的進行，都需培養大批反共「人才」。陳果夫看到，共產黨中有很多人才，因此在國共合作時，成為國民黨各級組織中的骨幹，「清黨」後，共產黨人被除掉，各級組織也癱瘓了，另外，國民黨中一些人因深受共產黨宣傳的影響而立場游移，態度曖昧，不能勝任反共的責任，這樣，國民黨中人才匱乏的問題便十分突出地顯露出來。因此，陳果夫認為，要完成「清黨」反共的任務，要推行一黨專制的政治，必須培養一批新的國民黨骨幹分子。為此，陳果夫專門請來戴季陶、丁惟汾等人，共同磋商培養黨國「人才」大計，戴、丁二人對陳果夫的想法深表同意，但一時拿不出培養人才的具體方案。陳果夫便提出，將以前黨政訓練所恢復，並擴大其規模，以此為基礎，創辦一所中央黨務學校，以培養高階黨務人才為主要宗旨，使之和培養軍事人才的黃埔軍校一樣，成為國民黨一文一武兩個專門學校。
陳果夫的提議一齣，即得到了戴季陶、丁惟汾的一致贊同，於是，他們便對黨務學校的辦學宗旨、辦法及招生，師資、校址等問題進行了商討，形成意見後，擬成詳細的書面建議，向蔣介石彙報。蔣介石看了書面建議後十分高興，他當面誇獎陳果夫具有遠見卓識的頭腦，並即指令有關當局儘快付諸實踐。1927年5月5日，南京國民黨中央決議，正式在南京設立中央黨務學校，直屬國民黨中央黨部管理。蔣介石為了表示他對黨務學校的重視，親自擔任校長，並任命戴季陶為教務主任，丁惟汾為訓育主任，陳果夫為總務主任。由於蔣介石是國民黨的總裁，事務諸多，戴季陶和丁惟汾也各有自己的具體工作，都只是掛名而已，實際上，中央黨務學校的一切大權由陳果夫一人總攬。
陳果夫比當年辦黨政訓練所時的興致更高，他拿著蔣介石的上方寶劍，到國民黨各部門要錢要人，十分順利，他親自選定校址，大興土木，蓋起了十分講究的房舍。他各方羅致，聘請了一些頑固反共的國民黨分子充任學校師資。他親自參加招生錄取工作，從當時2000多名報考者中，經過嚴格口試筆試，錄取了340名學生。經過幾個月緊張的籌備後，中央黨務學校正式開張了。
蔣介石與中央研究院的成員在元旦前夕合影留念。針對蔣介石叛變革命後，國民黨內派系林立，蔣介石在國民黨內威信掃地的情況，陳果夫主持的中央黨務學校十分注重培養學生的凝聚力和對蔣介石的忠順精神，他親自為學校制定了「親愛精誠」的校訓，意思是要求學生親愛團結，精誠一致，擁護蔣介石，形成國民黨內以蔣陳為代表的新右派勢力。
為了將學生培養成他們所希望的黨國人才，陳果夫為中央黨務學校確立了以政治訓練和軍事訓練為主的教學內容。所謂政治訓練，即加強對學生的思想和言論的控制，主要是以蔣介石的言論和戴季陶主義教育學生，通過這些反共教育，培養學生仇視共產黨、仇視革命的情緒與精神。同時，還訓練學生主持會議、控制會場、指定發言、公眾演講等多種智慧，以利將來從事各種反共工作。所謂軍事訓練即將學生的學習、生活均納入軍事管理中，並進行軍校學生所必須的訓練。陳果夫將全校的學生編為三個區隊，每區隊再編為三個分隊，分別選派中央軍校畢業的學生擔任區隊長和區分隊長，負責軍事訓練和管理。平時，除訓練學生集合、佇列、出操、瞄準、投彈、械鬥等基本功外，特別注重培養「軍人魂」，即蔣介石所提倡的仁、智、勇的精神。
經過陳果夫近一年的苦心培育，到1928年6月，中央黨務學校第一期學生340人中，除60多人因反共立場不堅定，對蔣介石忠誠不夠，或身體、家庭狀況不佳等原因不能畢業外，274名學生被認為成績「合格」，准予畢業、被分配到中央及各省市從事「清黨」反共工作。陳果夫對這一期畢業生十分重視，學生畢業時，他舉行了隆重的畢業典禮，並發表長篇演說，殷殷期望這批學生到各地後努力工作，為反共大業盡忠效力。對一些重點學生，他又是拍照留影，又是親自召見，可謂用心之良苦。他還挖空心思，為畢業學生紀念冊寫了長篇序言，在序言中，他感慨萬端，合盤道出了他辦中央黨務學校的初衷：「當斯時也，北伐之功未競，黨務之糾紛以起，在湘、鄂、贛則有共產黨之擾亂，為本黨心腹之大患；有長江下游諸省，則因黨務幹部人才之缺乏，使黨務不能隨軍事勢力進展，而空虛散漫之象以生。本黨至此，非毅然清共，不能挽回革命之危機；非鞏固黨基，亦無以達革命成功之目的，於是中央有設立本校之決議，蓋深信黨務較軍事尤為重要——欲造成革命之武力，不可無黃埔；欲推進黨務之發展，更不可無一般曾經充分訓練之黨員，充實各級黨部，鞏固本黨之組織。」在陳果夫看來，在蔣介石已完全控制軍事力量後，黨務比軍事更為重要，而辦好黨務，就要有一大批國民黨黨務人才，這批黨務人才既要信仰「三民主義」、忠於蔣介石，又要有組織能力和其他方面廣博的知識，由他們充任國民黨各級黨部負責人，就可以振興國民黨。
這一期學生果然也不負陳果夫所望，他們到各地後，為充實國民黨各級組織，為各地的「清黨」反共起了很大的作用。由此，蔣介石也更加信任陳果夫，更加重視中央黨務學校，從各方面給予中央黨務學校更多的支援。
1929年6月，蔣介石以為天下大定，為適應他國家政治進入訓政時期的需要，他要求陳果夫的黨務學校培養更多的訓政人才。蔣介石旨意一下，陳果夫立即行動起來，他再三考慮後，提議中央黨務學校為名正言順，應該更名，這一提議得到蔣介石的批准。於是，將中央黨務學校改名為「中央政治學校」，學制四年，主要任務為培養黨務人才和訓政人才。為了表示對政治學校的重視，蔣介石繼續擔任學校校長，並任命丁惟汾為教育長。學校還增設了校務委員會，陳果夫為校務委員之一，後來乾脆取代丁惟汾擔任了教育長，實際上，中央政治學校仍然是陳果夫統治的獨立王國。
中央政治學校成立後不久，陳果夫為了進一步擴充套件自己的勢力，便將其弟陳立夫也拉人校內，擔任了校務委員，二陳聯手辦校，權傾一時，中央政治學校實際上成了陳氏學校。正如當年在此校工作過的人所指出的那樣：「到‘中央政治學校’時，一切實權都抓到了陳果夫、陳立夫的手中了。故人稱這個學校是屬於cc派的。」
陳果夫、陳立夫雖然對中央政治學校大權在握，在國民黨其他要人面前可以趾高氣揚，可在蔣介石面前卻不敢功高震主，他們處處表現出謙恭謹慎、溫馴賢良，而且時時都在揣摩蔣介石的心思，以便確定自己的行動來討蔣介石的歡心。他們深知蔣介石辦中央政治學校的目的是為了培養蔣氏勢力和反共人才，因此，他們一切惟蔣介石命令是從，而且經常把蔣介石請到學校來，對學生髮表演講，給予指示。蔣介石則從不推辭，每逢學校重大集會如校慶、開學典禮、畢業典禮等時刻，他都必來學校，或者對學生訓話，或者對教職工指示，每次總是大同小異，老生常談。蔣介石強調：「政治的現狀不好，力量不夠，乃因政治人才缺乏，政校即為造成黨的政治人才而設。」他要求中央政治學校「一定要有嚴格的訓練，像黃埔一樣的學校，訓練出一批幹部人才……」一般人聽了味同嚼蠟，而二陳卻奉為聖旨，並嚴格加以執行。
二陳除了請蔣介石來校作指示外，他們還經常去晉見蔣介石，向蔣介石報告中央政校的工作，請求指示，蔣介石也多次向二陳面諭，或者寫信給二陳，指示政校工作。1932年，蔣介石給陳果夫、陳立夫等人寫信，規定「中央軍校與中央政校，為本黨教育幹部之基本工作，課程雖有不同，而精神則無二致」，因此，他要求「……二校切實聯絡，打成一片，而二校間之學生精神與情感，更須團結無間，是二校教職員之責任，尤為重大」。
不管是蔣介石的訓示也好，還是面諭也好，或者是函示也好，二陳兄弟都惟命是從，堅決照辦。他們遵照蔣介石的旨意，為了使中央政治學校像黃埔軍校一樣，成為培養國民黨幹部的基地，勞心費神，想了很多辦法，出了很多主意，大從學校的培養目標、招生原則，小到科系設定、教學內容等方面都作了硬性規定。表面看起來，中央政治學校科系分明，章程儼然，實際上卻是一個包羅永珍，五花八門，不倫不類的大雜燴，與其說是個學校，不如說是個臃腫的機關。
在二陳的直接干預下，中央政治學校設定了許多大學所沒有或少有的機構，如公務員訓練部、專修科、附屬學院、學校及研究部等，科系中還設定行政系、外交系等。學校對師生的管理十分嚴格，採取層層控制的辦法。在教育長以下，分教育處、訓導處、總務處、公務員訓練部、研究部、畢業生指導部、軍訓總隊部等等，各處都設有主任和副主任，處以下再設科，科有科長和副科長。各執其事，各負其責，完全是一個行政衙門的官僚組織，將一切權力都集中於教育長一人之手，即集中於陳果夫一人之手。
作為幕僚，無論怎樣迎合，終不過是他人手中的一顆棋子。正是在這層層控制之下，學生像奴隸似地集中在學校，實行軍事管理，一切言論行動都聽從學校指揮，稍有越軌，即行處置，如有某種進步言行，則堅決開除。有一次，學校內有三名學生在閒談時，對國民黨「圍剿」紅軍、壓迫民眾的政策略有微辭，很快被學生中的奸細告之學校，校方二話沒說，即以「共產黨」罪名宣佈予以開除。有位具有正義感的教師覺得處理太重，便找到陳果夫，向他說情，希望校方能寬恕這三名學生，但陳果夫滿臉冰霜，對此毫不通情，他眉頭緊鎖，一字一頓地說：「學生好比一筐廣柑，這三個學生好比是三個爛廣柑。爛廣柑一定得拿掉，否則就會影響別的。」這位教師再三懇求也無效，只好怏怏而退。
另外，對一些違反紀律的學生，校方也不問青紅皂白，予以重罰。陳果夫常對學生講：「學生在中央政校既是學生，也是士兵，誰要不守紀律，即按軍法處置。」一些學生往往稍有不慎，就會糊里糊塗地受到學校「軍訓總隊部」的懲罰。有一年夏天，天氣十分炎熱，校方要求中午睡午覺，一名學生在宿舍裡難得入睡，便出來走走，他信步進入大禮堂，覺得裡面十分涼爽，便在禮堂的長凳上睡著了，結果被校方發現，將這個學生叫到軍訓總隊部，予以嚴厲斥責，說他在禮堂睡覺是違反紀律，有傷風化。這個學生不服氣，認為僅在禮堂躺了一下，無傷大雅，便與該部負責人發生爭論，結果，陳果夫知道後，大發雷霆，指示校方，以「目無長官」的罪名將這名學生開除。
陳果夫、陳立夫還深恐學生不能成為他們所希望的「人才」，除了加強對學生的控制外，還經常向學生髮表演講、訓話，並將學生找到家中或辦公室裡，進行個別訓示、引導，以籠絡學生。當中央政治學校第一期開學時，陳果夫正發胃病，但他還是忍著疼痛向學生髮表講話，在講話中，他特別強調蔣介石、國民黨中央對學校十分重視，說什麼：「中央對於這個學校，期望甚殷，希望諸位受到三民主義的高等教育，將來負擔實踐主義的責任。」這裡，陳果夫所說的三民主義，實質上是蔣介石的新專制主義，負擔實踐主義的責任，即是說明中央政治學校要將學生培養成實施蔣介石新專制主義的骨幹「人才」。
在陳果夫、陳立夫的慘淡經營下，中央政治學校的學生一屆屆畢業，走向了國民黨各級黨部和各級行政部門，成為蔣介石統治各地的基本力量。同時，二陳也通過這些學生將自己的勢力滲透到國民黨各級黨部和政府機關。開始，他們以控制各級黨部為重點，後來，在把持黨務的同時，也向政府滲透。1932年，二陳曾向他們的親信訓示：「我們要設法轉到各級省政府民政部門，因為民政廳管轄各縣，既可以保薦縣長，又可以直接指揮各縣，使民政部門黨化，把黨融化於民政部門內。民政部門黨化後，黨部就可在背後發號施令，勿需正面出現。」於是，他們首先在浙江控制了民政廳，然後將120多名中央政治學校的學生派往那裡，以佐治員的身份參加各縣縣政工作，實際上控制了浙江所有縣的黨政大權。在其他一些省，他們也採取了類似辦法，達到了控制這些省黨政大權的目的。中央政治學校的歷屆畢業生，便成為二陳在各地的基本力量，所以，當時社會上就普遍的說，「中央政治學校出來的學生，腦門上都刻著cc兩個字」。如果說，當年蔣介石通過辦黃埔軍校控制了國民黨軍隊，那麼陳果夫、陳立夫兄弟倆則通過辦中央政治學校而控制了國民黨，他們在國民黨內的勢力越來越大。
cc勢力已過於龐大，蔣介石憂心忡忡，恐其勢力的發展危及自身的安危，終要費盡心機，剷除禍源。
看好三全大會
根據國民黨二屆四中全會決定，將於1929年初召開國民黨第三次全國代表大會，蔣介石對這一次大會特別重視。因為蔣介石雖然通過二中全會復出，取得了黨政軍大權，但並沒有在國民黨統治上確立其政治領袖的地位。蔣希望通過這次會議打擊反蔣派系，形成自己的一統天下。因此整個會議的籌備活動都在蔣的直接指導下進行，而具體擔任籌備工作的則是陳果夫。蔣要求陳果夫結合各地整理黨務、實行「清黨」的情況，籌備好三全大會。
二陳兄弟對三全大會都抱有很大希望，但陳立夫認為自己太年輕，要在國民黨中央獲取權力還為時尚早，心情要坦然些。而陳果夫則不同，還在二全大會時，就靠蔣介石的全力提攜，當上了國民黨中央監察委員，現在考慮的是，在三全大會上怎樣鞏固已有地位，並得到進一步躍升。因此，陳果夫對蔣交給自己的籌備三全大會的任務，既感到榮幸，又感到艱鉅，他必須抓住這一契機，通過三全大會的召開，既確立蔣介石的黨統地位，又確立自己在國民黨中央的特殊優勢。
但要真正按蔣、陳的意願開好三全大會，並非易事。陳果夫首先分析了國民黨內各派勢力此消彼長的大勢，認為胡漢民、汪精衛、西山會議派、蔣介石這四大柱頭中，西山會議派經二屆四中全會的打擊，已是銳氣盡傷，已無與蔣爭鋒的能力；胡漢民雖在黨內有很高的政治聲望，深厚的革命資歷，很強的理論水平，但自廖案後，長期遠離政治中樞，勢力已大不如前，尚不能對蔣構成威脅；只有汪精衛，自孫中山逝世後，一直以孫中山的繼承人自居，而其資歷、才幹、聲譽也非蔣所能比，特別是手下聚集著一批中央高層幹部，如顧孟餘、陳公博、王法勤、王樂平、郭春濤、白雲梯等，形成人多勢眾、陣容強大的局面，不可小覷，這是三全大會上能夠對蔣構成威脅的最大一支力量。