正統三年（1438年）于謙之子于冕與提刑按察使司副使邵悰之女結婚。
正統九年（1444年）于謙之女璚英嫁給錦衣衛武官朱驥。
正統十年（1445年）于謙妻子董氏去世。于謙與妻子感情深厚，終身不納侍妾，也未再續娶。
正統十二年（1447年）于謙五十歲，父於仁（字彥昭）病故，泣請回鄉守制。朝廷不許，令有關部門辦理營葬事，遣行人汪琰諭祭。于謙回鄉參加葬儀，請吏部尚書王直作墓表。墓表言：「公，子二：長即謙，今為大理寺少卿；次泰；女一，嫁錢塘朱濟。孫男一，即冕；孫女一，即璚英。」于謙事畢回京，恢復兵部右侍郎職，留部理事。
正統十三年（1448年）于謙五十一歲，佐兵部尚書鄺埜經畫軍務，奏遣兵將，鎮壓福建鄧茂七、浙江葉宗留起事。于謙母喪，復懇守制，朝廷以邊事緊張，不許。于謙於喪事完畢後返部理事。
正統十四年（1449年）也先入寇，英宗聽信王振之言，御駕親征，土木堡一役，明軍潰敗，英宗被俘。京師大震，有遷都南京之議，于謙力加阻止，決定戰守。九月初六，郕王朱祁鈺即皇帝位，是為明景帝，又稱明代宗。以明年為景泰元年，遙尊英宗為太上皇。瓦剌首領也先挾英宗大舉入犯攻北京，京城告急，景帝亟詔各地諸王遣兵入衛京師，命兵部尚書于謙提督諸營，將士皆受其節制，都指揮使以下不聽從命令者可以先斬後報。于謙保衛北京，也先潰退，擁英宗北逃。京師之圍遂解。
景泰元年（1450年）八月十五日，英宗還京，百官於安定門迎接。景帝迎拜英宗於東安門，又送英宗至南宮，大赦天下。
景泰三年（1452年）五月，皇太子朱見深（明英宗子）被廢，立皇子朱見濟（明景帝子）為皇太子。加於謙為少保，兼太子太傅。
景泰四年（1453年）石亨舉薦于謙子冕為府軍前衛副千戶。于謙懇辭：「決不敢以子濫功。」仍不獲準。回家勉勵兒子「砥礪名節」，不辜負朝廷獎勉之意。十一月，皇太子朱見濟亡故。于謙一品秩任期屆滿，例封四代。
景泰五年（1454年）時序失和，雨雪不降，有災異象。于謙數次上疏請求罷職，景帝再三挽留。御史鍾同、禮部郎中章綸請求復立沂王為太子，景帝怒而收捕鍾、章二人。于謙請求解除兵權，告歸田裡，又不允准。
景泰六年（1455年）于謙五十八歲，所居僅蔽風雨，景帝賜給房屋，懇辭不允，僅將平日所賜袍帶、金帛、圖書、盔甲之類移入，以封條貼於門上，仍居舊廬。
景泰七年（1456年）于謙勤於王事，自奉又過於儉約，身體虧損，風痰疾作。帝迫太監興安、舒良看視，又追太醫董宿視疾。病少，于謙多次請求罷職歸鄉，仍不獲準。景帝特降手敕諭留，可免朝參。十二月，景帝病重，于謙同百官問安於午門外。同御醫董宿進宮問疾。
景泰八年、天順元年（1457年）春正月，景帝病重而儲位未定，中外憂懼。正月十七日，徐有貞、石亨等迎英宗復位。正月二十一日，英宗告即位於宗廟陵寢。下詔大赦天下。改景泰八年為天順元年。當日即命徐有貞以原官兼學士，入內閣參預機務，次日，加兵部尚書。不久又以奪門之功，封石亨忠國公，張軏為太平候，張輗文安伯，楊善興濟伯，曹吉祥之嗣子曹欽都督同知。逮捕于謙和大學士王文下獄，誣以迎立外藩之罪，正月二十三日遇害。臨刑時，于謙神色不變，口占辭世詩一章，從容就義，年六十歲。抄沒，家無餘資。二月初一，廢景泰帝仍為郕王，遷之西內。貶生母皇太后吳氏復為宣廟賢妃，廢后汪氏復為郕王妃，削孝肅皇后杭氏諡號，皆稱孫太后制行之。二月十九日，郕王死，詔喪葬悉依親王例。毀所營壽陵，葬之西山，諡曰「戾」，以其後宮唐氏等殉葬。三月初六，英宗復立沂王朱見深為皇太子。
天順三年（1459年）石彪謀鎮大同，明英宗覺其詐，以罪下獄。十月，英宗罷石亨之職，絕朝參。石亨敗。
天順四年（1460年）正月二十四日，錦衣衛指揮同知逯杲等奏石亨怨望益甚，與其從孫石浚製造妖言。而且蓄養無賴，專伺朝廷動靜，不軌之跡已著。廷臣皆言不可輕宥，乃下石亨於詔獄。從「謀叛律」應斬，籍其家。二月十六日，石亨瘐死獄中，英宗命革「奪門」功，窮治石亨黨羽，由石亨而得官的盡行罷黜，朝署一新。
天順五年（1461年）七月初二，太監曹吉祥反失敗，其家無論大小盡誅。
天順八年（1464年）正月十七日，明英宗朱祁鎮死於乾清宮，年三十八歲。臨死罷宮妃殉葬。上尊諡睿皇帝，廟號英宗，葬裕陵。正月二十一日，皇太子朱見深正式即皇帝位，是為明憲宗，時年十八歲。大赦天下，以翌年為成化元年。憲宗即位後不久，為于謙平反，赦免於氏家人。于謙子于冕任兵部員外郎，上疏申訴，憲宗遂恢復于謙官職，賜祭。于謙婿朱驥再度出任錦衣衛長官。明孝宗弘治二年（1489年），進于謙光祿大夫、柱國、太傅，諡號肅愍，賜在墓建祠堂，題為「旌功」。萬曆中，改諡忠肅。