於是第二天曹二虎到壽春鎮總兵轅門去投文辦事，正在等候謁見時，中軍官拿著令箭，帶著馬弁，來捉拿曹二虎，說他通匪。等一上了綁，總兵徐戌裝出臨，不容曹二虎辯白，就告訴他說：「馬大人委你動身後，就有人告你通捻，預備領了軍火，接濟捻匪。已有公文下來，等你一到，立刻以軍法從事。你不必多說了。」
曹二虎被殺，張文祥大哭了一場。他跟時金彪表示，一定要為曹二虎報仇。時金彪面有難色，張文祥便指責他「不夠朋友」，願意獨任其事。於是收了曹二虎的屍體埋葬以後，張、時二人，就此分手。在這一段傳說中，唯一真實的是，時金彪確有其人，現在在山西當參將。
傳說中的張文祥，被描畫成史記《刺客列傳》中的人物。據說，他用精鋼打造了兩把匕首，用毒藥淬過，每天夜深人靜後，勤練刺擊的手勁，疊起四、五層牛皮，用匕首去刺，起先因為手腕太弱，貫穿無力，這樣兩年，練到五層牛皮，一刃洞穿。他這樣做的用意，是假定嚴冬有下手的機會，那怕馬新貽身著重裘，亦不難一刀就要了他的命。
自從練成這樣一番功夫，張文祥暗中跟蹤了馬新貽幾年。一次相遇於杭州的城隍山，因為巡撫的護從太多，無法下手，直到如今，始能如願。又有人說，馬新貽被刺時大喊一聲「扎著了！」其實是「找著了」，意思是說冤家路狹，終於被找到了。還有人說，馬新貽被刺，看清兇手是張文祥，說一聲：
「是你啊！」接著便吩咐左右：「不要難為他！」
這些傳說，繪聲繪影，言之鑿鑿，民間即令是腦筋很清楚的人，亦不能不相信。因為，不然就會發生這樣一個疑問：張文祥刺馬，到底是為了什麼？同時官場中知道張文祥沒有什麼詳細口供的人，卻又諱莫如深，頗有談虎色變之慨，因而越發助長了這些傳言的流播，不久連京城裡都知道了。
但替馬家不平的，也大有人在，只是有的膽小，不敢多事，有的與湘軍素有淵源，不便出頭。只有安徽巡撫英翰，身為旗人，不涉任何派系，由於跟馬新貽私交甚厚，因而上奏，在表揚賢勞以外，「請嚴詰主使之人，以遏詭謀。」京裡又有個給事中王書瑞，奏請「添派親信大臣，徹底根究」，摺子中「疆臣且人人自危」以及「其中或有牽掣窒礙之處，難以縷晰推詳」的話，意在言外，連慈禧太后都動了疑心。於是以五百里加緊的上諭，指派漕運總督張之萬，「馳赴江寧，會同魁玉，督飭司道各員，將該犯設法熬審，務將其中情節，確切研訊，奏明辦理」。此諭剛發，接著又發密旨，說「此事案情重大，斷不準存化大為小之心，希圖草率了事。」
張之萬是個狀元，也是個「磕頭蟲」，他的獨得之秘的強身之道，是每天臨睡以前，磕多少個頭，說是起拜跪伏，可以強筋活血。為人深通以柔克剛的黃老之學，所以也是個「不倒翁」，這時接到朝命，大起恐慌，如果遵旨根究到底，一定會成為馬新貽第二。果然，不久就接到了間接的警告，勸他不可多事，這一下，張之萬越發膽戰心驚，一直拖延著不肯到江寧。
無奈朝旨督催，魁玉又行文到清江浦，催「欽差」快去，張之萬隻好準備動身，把漕標的精銳都調了來保護，數十號官船，在運河中連番南下，他自己一直躲在艙裡不露面。
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其時正值深秋，紅蓼白蘋，運河兩岸的風光頗為不惡，這天由河入江，到了瓜州地方，張之萬在船裡悶了幾天，想上岸走走，走了一陣，忽然內急，就近找了個茅廁方便。野外孤露，四無隱蔽，倘或此時遇到刺客，是件非常危險的事，於是漕標參將，親自帶領兩百親兵，拿槍的拿槍，拿刀的拿刀，團團將茅廁圍住。正在收割稻子的老百姓，大為驚異，不知道那裡出了什麼事？
跑去一打聽，才知道是「漕帥張大人」上茅廁。於是張之萬人還未到，他的笑話先到了江寧。魁玉一見了面便拿他打趣，「天下總督，漕帥最闊，拉場野矢都得派兩百小隊守衛。」他喊著張之萬的號說：「子青，你真正是前無古人，後無來者！」張之萬唯有報以苦笑，「玉公，」他說，「我是奉旨來會審的，一切都要仰仗。」
「不然，不然！」魁玉搖著手說：「你是特旨派來的欽差，專為查辦此案，當然一切聽你作主。」
兩個人一見面先推卸責任，但彼此有關，誰也推不掉，那就只有「和衷共濟」商量著辦了。當夜魁玉為張之萬設宴接風，陪客有署理藩司孫衣言、臬司梅啟照、候補道袁保慶。孫衣言也是翰林，比張之萬隻晚一科，他的兒子叫孫詒讓，功名不過舉人，官職不過主事，但聲名極盛，對「墨子」的造詣極深，父子二人都是經師，所以張之萬另眼相看。